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!量子化学の話題はこのスレで!

1 :あるケミストさん:01/09/20 03:15
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
1つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。

理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。

2 :あるケミストさん:01/09/20 04:05
DFTまんせ〜!!!

3 :あるケミストさん:01/09/20 10:23
>2

逝ってよし。お前は、Tちゃん信奉者か?

4 :あるケミストさん:01/09/20 12:27
MCSCFがよくわかりません。教えてください。

5 :Ψ:01/09/20 13:22
そのうち た〜なか が 来る に 1票。

6 :あるケミストさん:01/09/20 13:33
量子化学の未来はDFTが切り開くんだゴルァ!!

7 :あるケミストさん:01/09/20 13:57
>>4
軌道と CI 係数を同時に最適化する手法です。
ただ、full CI レベルでは何の意味も持ちません。
CASCI など、途中で展開を打ち切った CI を
CASSCF などでよりよくすることはできます。

詳しい理論については俺も分からん。

8 :あるケミストさん:01/09/20 15:14
DFTはab initioとはいいきれないけど、それを承知の上で使うぶんには結構いいかも。

ところで、GAMESSのDFTとGaussianのDFTは全然違うようにみえるんだけど、そろえる方法はあるのだろうか。両者のDFTを比較できるようになったら最高なのだが。
あと、GAMESSがなぜUSとUKに分裂しているのかもわからん。使い勝手に差とかある?うちはUSしか使ってない。

9 :あるケミストさん:01/09/20 15:29
>>8
どういうところが違うようにみえるの?

10 :あるケミストさん:01/09/20 15:46
>>9
さしあたり、出てくるエネルギーがかなり違うんす。Hartree-Fockだと0.0001a.u.くらいしか差がないのに、B3LYPだと0.5a.u.も違ってる。あと、いくつかの系でエネルギー差を見たときも定性的に見てすら違ってます。
GAMESSはgridを使ってる、とか書いてるのでそのせいかな、とも思うんだけど。

11 :あるケミストさん:01/09/20 16:25
>>8
Gaussian の方を Int(Grid=UltraFine) でやってみたらどう?

12 : :01/09/20 17:06
すばらしいスレだ!量子化学を知りたいっす!
どんなことやってんのか教えてくれ!

ところでDFTって何?Hartree-Fockの基底の種類?
Gaussian はそのまま基底っぽいけど…?
略語がわからん…

そうそう、相互作用はクーロン?横波もいれる?
それとも半経験的な密度依存の中心ポテンシャルを使う?
略語の意味はそれかっ!

あと、使う方程式ってDiracだよね…

13 :11:01/09/20 17:08
よく見たらそういうレベルの差でもないですね...。
0.5a.u. となると随分な差ですよね。

INPUT.DOC には
「GAMESS の DFT は grid-free で、
 現在の方法ではいろいろな数値的な誤差がある」
と書いてあるので、そのあたりが原因?
Gaussian とどっちの方が信頼できるんだろうか。
とりあえずうちでは DFT は Gaussian でやってるけど。

14 :あるケミストさん:01/09/20 17:16
>>12

たとえばもう大昔の本だけど、
Parr, Yang "Density-Funtional Theory of Atoms and Molecules", Oxford
でもみてみるとか。

この本って、古いせいか例えばスピン多重度あたりのことが、
教科書としては、はっきりとしてないような気がする。
もっと新しい、しかもしっかりした本は無いですかね?

15 :あるケミストさん:01/09/20 17:39
>>12
量子化学は基本的に Schroedinger っす。
ただ、金 (Au) とか相対論的効果の重要になる系では
Dirac を使う難しい理論もあったと思う。

DFT は Density Functional Theroy(密度汎関数理論)の略。
HF (Hartree-Fock) とは別の理論で、
ab initio と semi-empirical の中間っぽいものになるかな?
簡単に言えば、エネルギーを密度の汎関数で表し、
HF 方程式みたいな KS 方程式というのを作って解くというもの。
この中にある相関項と交換項の正式な形は分かってなけど
(分かったところでソフトにのらないと思うけど)、
いろいろな近似式が作られてる。

HF と DFT を混ぜた hybrid DFT なんてのもある。
B3LYP ってのはその一種。

Gaussian, GAMESS はソフトの名前です。

16 :8=10:01/09/20 17:39
>>14
初心者にパーやんは厳しいでしょう。とはいえ、確かにDFTの(化学よりの)いい教科書はないですねえ。
12さんのようなひとを大事にしたいものですが。ちなみに、GAMESSもGaussianも計算ソフトの名前です。
普通の量子化学計算(分子軌道法)は電子に関する関数を使うのですが、DFT (密度汎関数法・Density Funtional Theory)は電子密度(これ自体が関数になっている)の関数(関数の関数なので厳密には汎関数)を使います。

>>13
最新のGAMESSのINPUT.DOCだと、grid-freeじゃないほうに力を入れているような書き方になっています。
出た結果を見る限り、Gaussianのほうが妥当そうです。

17 :あるケミストさん:01/09/20 21:42
>>10
gaussianのB3LYPはVWNをつかっているが
gamessのB3LYPはVWN5をつかっているので
同じ gridでも結果が違うではないでしょうか?

18 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

19 :あるケミストさん:01/09/21 09:08
酢ばらしいすれ駄

20 :あるケミストさん:01/09/21 10:38
>>17
ほんとだ。わざと違うのを採用したのだろうか。
とすると、DFTでもBLYPあたりはGAMESSとGaussianで同じ結果が出る?
マシンが足りないので確認できない…。
そもそもGaussian98のマニュアルもないし(94のマニュアルはある)。そのくらい買ってくれ!

21 :sage:01/09/21 12:45
ちなみにHartree-Fockはハートリー・フックと読みます。

22 :あるケミストさん:01/09/21 14:24
>>21
ハートリー・フォックでしょ?

23 :17:01/09/21 14:46
>>20
そうです。
水だと BLYP/STO-3Gでoptすると
macGAMESS -75.2919378082
GAUSSIAN98 -75.2919534124
構造が微妙にちがうので収束条件を厳しくすればもう少しいけるかもね。

24 :12:01/09/21 21:09
>>14、15
サンキュー
DFTって密度汎関数法だったのね。いろいろ想像してしまった…
HFとはやっぱり違うのか…
でも、HFもHamiltnianを密度の関数で表現してそれで変分してるよね?
(つーか、そういうふうにも計算できるよね)
HFと何が違うかというと、ポテンシャルをより経験的?に
与えているってことで理解していい?

それと、Dirac方程式でやったら結構評価高いです?
それともそんな程度は問題外?

25 :12:01/09/21 21:12
>>16もサンキュー

26 :あるケミストさん:01/09/21 22:16
>>23
 基底を6-31Gにあげたらもっとあうようになる?
 いや、なんかSTO-3Gって心許なくて(笑)

27 :あるケミストさん:01/09/21 22:41
をぉ、最近は「ちゃんと」計算できるんだな。扱う原始の数が2桁から3桁だったから、MOPACしかつかえんかったやつ。

28 :あるケミストさん:01/09/21 23:56
STO-3Gって基本だろ?
3-21G
6-31G*
6-311G
今どんな計算機でどれくらいのスピードで解くのか知らんが
いきなりレベルあげても「時間の無駄」って言われちゃうぞ

29 :あるケミストさん:01/09/22 00:10
>>24
>でも、HFもHamiltnianを密度の関数で表現してそれで変分してるよね?
>(つーか、そういうふうにも計算できるよね)
交換項って密度でちゃんと求められたっけ?
求められたら DFT で苦労して近似する必要もないと思うんだけど。
俺が知らんだけ?

>それと、Dirac方程式でやったら結構評価高いです?
>それともそんな程度は問題外?
軽原子ばかりの分子なら、Dirac のずれは些細なもんで、
ずれがある場合でも他の要因ずれの方が圧倒的に大きい。
重原子が入ってくる系だと重要になるみたい。
前に見たのは金原子の計算結果だったけど、結果に結構差があった。

Schroedinger のレベルでは、重原子に対しては
ECP(有効クーロンポテンシャル)近似した基底関数を使う。
内殻電子をポテンシャルで近似してしまうというもんだったはず。
でも、内殻電子のエネルギーが求められないとか、
それがどこまで有効なのかとか、いろいろ問題もある。

まだまだ素人なので違うところあったらスマソ。

30 :あるケミストさん:01/09/22 00:16
>>28
 そちらがどういう化合物の計算してるかわかんないけど、
 水の計算するなら6-31Gでも「そんな低い基底でなにやってるの?」
 と言われるぞ。

 つーか実際問題、STO-3Gが実験値とあわないのはよくあることだ。
 うちは基本が6-31G*だよ。それ以下はあわないケースが多くて
 やるだけ時間の無駄だからやらない。

31 :あるケミストさん:01/09/22 00:36
なんで、いまどきPople groupの基底関数を使うんだ?

最近の基底関数の進歩を知らないのか?それとも、Gaussianに毒され
てるのか?

同じVDZPだったら、Dunningのcc-pVDZの方が明らかに優れているじゃ
ないか。cc-pVXZのシリーズなら、系統的に基底関数効果も見られるし。

32 :あるケミストさん:01/09/22 00:47
>>28
ちょっとした傾向を見るのに使うかな。STO-3G。
数値でMOを見たいときとか、ちょっと計算してみるとか。
特に数値でMOを見るときには重宝する。
ただ、傾向が大きな基底と同じ場合じゃないと使えないけど。

ちゃんとした計算だと最低でもダブルζはいると思う。
変な形してたり応答量求めたりするときは polarize 関数は、
励起状態とか計算するときは diffuse 関数は必須ね。
応答量でも diffuse 関数いるかな?

まぁ、場合によっては 4-31G も使うかな。
単純なモデル系を計算するときとか。
このあたりは目的と分子次第やね。
今回のような場合では、GAMESS と Gaussian での値の比較なんで、
別に STO-3G で充分だと思う。
それよりは、NNO とか電子相関がめっちゃ重要な分子を使うと、
DFT の結果の比較にはいいんじゃないかな?

33 :あるケミストさん:01/09/22 00:54
cc-pV6Z ダ!!

34 :あるケミストさん:01/09/22 01:03
aug-cc-pV6Z ...。

35 :あるケミストさん:01/09/22 10:18
いやあ、いいスレだ。

>>31
cc-pVDZはどのへんがいいですか。やっぱり計算時間対効果の比が高いとかですか。
どんな物性に強いとかを教えてもらえるとうれしいです。
うちは「しょぼい有機化合物だったら4-31Gでいいや」みたいなことしかやってないので、すごく興味があります。

36 :12=24:01/09/22 10:33
>>29
>交換項って密度でちゃんと求められたっけ?
>求められたら DFT で苦労して近似する必要もないと思うんだけど。
できると思ったけど…まずHFとDFTの違いを理解したいね。
だれか簡単にでも説明できん?

>軽原子ばかりの分子なら、Dirac のずれは些細なもんで、
>ずれがある場合でも他の要因ずれの方が圧倒的に大きい。
>重原子が入ってくる系だと重要になるみたい。
>前に見たのは金原子の計算結果だったけど、結果に結構差があった。
不思議だねーそうなんだ。重くなると相対論的な効果が結構出てくるのか。
SchroedingerにはL・S項(に対応するもの)が入ってるんでしょ?
その辺が電子が多くなるとうまく記述できていないとか…?

37 :あるケミストさん:01/09/22 11:29
こんなすれで、自己のちっぽけな知識を振りまわし、
お互い傷をなめあっているのをみるとわびしいね。
ここに一生懸命かきこする時間があったら、研究(勉強)
しなよ。
あ、ちなみに僕は部外者だけでね。

38 :あるケミストさん:01/09/22 12:11
>>37
話わかんないんだったら素直にそう書けば?(藁

39 :17=23:01/09/22 13:16

gamessはimacでしか使ってないので大きい基底関数使うのがいやだったので3g
をつかっただけです。 ついでにoptの様子を見るために
別個にoptのさせたので構造が、若干ことなっています。
一次微分とoptアルゴリズムが悪いと危なくて使えないからね。
もう少しがんばればというのは optの収束の条件を厳しくすれば
という意味です。基底関数を上げる意味はあんまりありませんね。
同じ構造に収束して、かつ同じエネルギーにならないと意味がないです。
そこで初めて 一次微分とエネルギーの評価ができるのではないでしょうか。

あんまり 関係ないですが 私のお師匠さまは高い基底で計算して、その結果
を3gを使ってguess=readで呼び出してました。けむどろうでかくのは
こっちの方がわかりやすいんやとかいってましたが。

40 :あるケミストさん:01/09/22 23:06
水素分子をHFで手計算(もしくはそれに近い計算)で解くのは
いろいろな量子化学の教科書に載っているけど、DFTで解いて
いるのが載っている本ってあります?

41 :あるケミストさん:01/09/23 00:07
ここの書き込み見てるとこいつはここの研究室だなってある程度予想できる。
お前ら特定されないように気をつけとけよ。

42 :クロマト高校:01/09/23 01:39
いいスレだ!
こんなまじめなスレ有ったんだ!

43 :29:01/09/23 07:37
>>36
重原子は核の電荷が大きくなるから、
軌道半径が小さくなって電子が速くなる。
そのために相対論的な効果が重要になってくる。
そうでないときも確かに補正になると思うけど、
それ以外のずれの方が(多分)大きくてあんまり意味がない(はず)。
合った合ったといっても、実際結構ずれることも多いしね。
Dirac 使うよりも、別の改善を行った方がいいということかな?

実際に計算はしてないので、
もしかしたら Dirac がかなりの補正になるのかも知れないんですけど...
とりあえず今まで問題になったことがないので
多分大丈夫なんでしょう。

44 :あるケミストさん:01/09/23 10:52
iMacでも意外に計算できますよ。時間はかかるけど。
アミノ酸程度の大きさの分子なら、MP2での構造最適化なども可能です。

HFとDFTは本来全然違うものです。HFなどの手法がSchrodinger方程式からスタートするのに対して、DFTではHohenberg-Kohn式からスタートしています。
前者は波動関数に関する方程式ですが、後者は電子密度関数に関する方程式です。また、相関交換をポテンシャルの形で与えてる点も後者の特徴でしょう。
ただ、実際の計算の際にHohenberg-Kohn式をKohn-Sham式という一電子密度関数を使った式に変換するので、結局「電子密度」を用いていた式が「電子」を用いた式のようになって、HFとDFTが似たような形になっています。

というところですが、私もDFTはあまり詳しくないので、間違いがあれば指摘して下さい。

45 :あるケミストさん:01/09/23 11:34
>>44

Hohenberg-Kohnの定理は、鉄壁だとおもう。
しかし、Kohn-Sham方程式へ行く時、仮定が入っているけど
あまり本(Parrのやつとか)には、露に書いていないように
思う。
このあたりから、個人的には理解が弱くなっている。(なんだか
DFTが胡散臭く思えてくる。)

46 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

47 :あるケミストさん:01/09/23 14:00
41だが、だいたいどこの研究室のやつが書いてるかわかってきた・・・

48 :あるケミストさん:01/09/23 14:06
>>47
しつこいよ。そんなの有機合成あたりのスレだって同じ。だから逆にこの手のスレは荒れにくくていいんじゃないか?

HFの相関については、確か「電子相関」という用語自体が電子間相互作用のうちでHFに含まれていないもの、という定義だったと思うので、HFには電子相関は含まれてないのではないか?

49 :あるケミストさん:01/09/23 15:46
だいたいわかったぞ。どこのやつが書いてるか。
調子のってたり知ったかぶりで何か書いてたら、
名前かきこんでやろうかな(ヒヒヒ

50 :あるケミストさん:01/09/23 18:52
有名なのは東大のH尾研とかかな?

まあいいが
Hohenberg-Kohnの第一定理は“基底状態において(v表示可能な)電子密度と波動関数には一対一の対応関係がある”ことを保証しているだけです。
一方、Kohn-Sham方程式は全エネルギーを直行化の束縛条件のもとで変分してでてくる方程式なのでべつものです。(外部有効ポテンシャルveffの中でN個の電子が互いに相互作用なく活動する系を仮定していますが)

51 :あるケミストさん:01/09/23 20:28
>>49
何がわるいの?
名前かかれても困んないじゃないの。

52 :あるケミストさん:01/09/23 23:52
なんか書き込み少なくなったな。
そんなにばらされるの怖いか???
安心しな。そんなことしないからさ。

53 :あるケミストさん:01/09/24 00:08
書き込みが減ったのは単に日曜の夜だからでしょう。

結局、Kohn-ShamってDFTにとって不可欠なものではないんだよな?
Kohn-Shamに基づいてないDFTはあるのだろうか。あってもおかしくはないように思うんだが。

54 :あるケミストさん:01/09/24 02:15
以前、Slaterはあまりに変人すぎてノーベル賞を取れなかった、というような話を聞いたけど、どのくらい変人だったのでしょうか。
ノーベル賞うんぬんはともかく、ちょっと興味があります。
確かに、あの業績はノーベル賞を取っていてもおかしくないですが。

話の流れからはずれていますが、まあDFTがらみということで…。

55 :馬鹿博士と呼ばれてはや1年(w:01/09/24 22:08
 2年前まで研究室でDFTを使っていた、にせ計算屋さんです(現在某企業でポリマー合成屋さんです(w
 ここってすごくまじめなスレですよね!自分もまじめに書かせていただきます・・・

>>48さん
 HFでの相関「エネルギー」の定義は、真の全エネルギー値とHFで得られた全エネルギー値の差だったと思います


 HF法は、N電子系波動関数を1電子波動関数の積(Slater行列式)で書けると「近似」していて、さらに電子間に働くクーロン相互作用も
無理やりSlater行列式で書いてしまっており、定義そのものから近似的・・・という理解をしていました。
 Kohn-Sham法に関しては、仮にこの世の中に「電子間相互作用がない」とすれば、Kohn-Sham有効ポテンシャルのつくる場の中で
ひとつひとつの電子軌道は「独立に存在する」ものと見なすことが出来、したがって「近似」ではなく"exact"になる・・・という理解を
していましたが・・・これで合ってます?どなたかご指摘くださいませ。

>>15, 29さん
 学生のときの研究では貴金属を扱いましたのでコメントさせて頂きますと・・・ずばり、Auよりもやや軽い貴金属でも、relativistic
correctionは効いてきました。1996年あたりの、確かJPCあたりにPd, Pt, Auあたりの計算を相対論効果の補正あり・なしで比較した
研究例があったと思います。自分の印象でも、Pdよりちょっと手前あたりからは補正を入れておいたほうが、他のペーパーの結果とも
比較しやすかったという感じでした。

56 :あるケミストさん:01/09/25 09:30
ちょっと聞きたいんだけど、(量子化学が載る)雑誌の格付けってどんな感じ?
おらっちの印象では、
 JCP > JPC(A) >> JCC > CPL,TCA >> MP,CP >> THEOCHEM
てなところだけど。みんなはどう?
(IFが・・・、というのはやめてね。生物屋じゃないんだから。)

57 :あるケミストさん:01/09/25 10:45
>>56
つまらん格付けはやめれ。意味なし。

58 :あるケミストさん:01/09/25 12:04
>>56
おまえみたいなのいるからクソスレっていわれるんだよ

59 :あるケミストさん:01/09/25 12:40
          ,,,,,,,..........,
       ./"´:;;::;;;: ::::;::"ソヽ
       / ,ヘ〜-ー'´⌒``ヽ:ヽ
      / ノ 彡:三:三:三:ミ |: \
      | |. __,,;;ィ  t;;;;,,,_ :ヽ |
       | |シ ,ィェァ') (.yェュ、 ミ| |
      !r、|  ''''''. | | ''''''  Y )
      ヽ{ ヽ. (r、 ,n)  /:: };ノ
       し}  : 、___二__., ;:::::jJ
        !、.:. ´ ..::::... `ノ::::ノ
        _,〉、ゝ '""'ノ/:|
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60 :あるケミストさん:01/09/25 13:23
GAMESSで基底関数を$DATAから読ませると、defaultではd軌道が6D (cartesian)になっていますよね?
あれを5D (pure d)にするキーワードはありますか?

Gaussianなら簡単なのですが…。

61 :あるケミストさん:01/09/25 13:26
>>60
マニュアル読めよ・・・まずはそれからだ。

62 :あるケミストさん:01/09/25 13:29
>>60
同じ研究室の人に聞けよ。
友達いないのか????

63 :60:01/09/25 13:39
>>61-62
すみません、私は量子化学が専門ではないのです(もちろん研究室も量子化学の部屋ではありません)。
マニュアルを「cartesian」あたりで検索してみると$CONTRLのISPHERが引っかかったのですが、これをいじってみても基底関数の数に変化がありませんでした。

という状況です。「教えて君」で申し訳ありませんが、もしご存じなら教えてください。

64 :あるケミストさん:01/09/25 13:41
>>63
調べたらわかることを人に聞いてはいけません。

65 :あるケミストさん:01/09/25 16:29
>>64
気持ちはわかるけど、そういうこというなよ。初心者が書き込みにくくなるだろ。
ただでさえ化学板では量子化学はマイナーなんだから。
俺も教えられないけどな。GAMESS使ったことないから。

>>35
cc-pVDZは俺の計算した系(普通の有機化合物)ではだいたい6-31G**と同じくらいの基底数になる(6-31G**のほうがちょっと多い)。
エネルギーの値はHFではcc-pVDZのほうが低い。その意味ではcc-pVDZのほうがいいのか?と思わなくもない。
ただ、一回しか経験がないので、より詳しい人がいると教えてほしい。「調べたらわかる」とかいわないでね。

66 :まいく:01/09/25 22:19
>>63
$CONTRLのISPHER=1でsphericalになります。
-- VARIATIONAL SPACE WILL BE RESTRICTED TO PURE SPHERICAL HARMONICS ONLY --
とかoutputにでていれば大丈夫です。
ただGAMESSは本質的にspherical basisで積分を扱うわけではないので、
outputのMOの見方には注意が必要です。

67 :あるケミストさん:01/09/26 00:21
>>65
Core軌道を良くすれば、エネルギーはどんどん下がるよ。だから、core
により多くのGTOを使うcc-pVDZの方が低いのはあたりまえ。全エネルギー
の高低は、化学で重要な物理量の精度とは直接は関係ないよ。

68 :あるケミストさん:01/09/26 01:34
盛り上がらないスレだね。

69 :12=24=36:01/09/26 01:45
HFは理解できているつもりなんです。
Slaterを使う限りにおいて、HFが最良の結果を与えることは
変分法によって証明されます。また、HFはFeynman diagramによって
どの相関が考慮されているのかも明白なため、拡張もしやすいと
思います。(例えば拾われていないdiagramを加えてiterationする、
など。計算はかなり大変になると思うけど)

DFTについての書き込みを見ての理解は、Hohenberg-Kohnの定理によって
Slaterにとどまらない電子密度による多粒子系の理論を与えてくれること、
しかしながら、3体系でも厳密に解ける方法がないように、
Kohn-Shamの近似を使うことによって計算が可能になるってこと…でいい?

>>50、55さんの「電子相関がない」として一体ポテンシャルを解くのは
HFでもおこなっています。やっぱり一体ポテンシャルの違いなんじゃ…?

>>43、55
Relative correctionの話、なるほどです。

70 :  :01/09/26 02:33
就職先が大学には少ないと聞いていますが、
福井先生のノーベル賞の御威光で乱発できなかった
のですか?

71 :あるケミストさん:01/09/26 02:55
理論で乱発ってのはないんじゃないの??

72 :あるケミストさん:01/09/26 04:56
>68
みんな札幌のホテルで寝てるんだよ。そりゃ盛り上がらんさ。

73 :あるケミストさん:01/09/26 05:51
>>72
なんでサッポロにいるってわかるんだ????

74 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

75 :sage:01/09/26 08:02
>73 分子構造でしょ

76 :あるケミストさん:01/09/26 17:45
分子構造から帰ってきた人が何か有用な報告をしてくれることを期待してageときます。

77 :あるケミストさん:01/09/26 18:02
>>76
君の知的レヴェルじゃ理解するのは難しいと思うよ.
っていうかどこの大学なの?????

78 :76:01/09/26 18:10
ハーバード大院
おまえどこ?

79 :あるケミストさん:01/09/26 19:11
>>78
ネタがつまらなすぎてこたえる気にならん

80 :>79:01/09/26 19:22
                __
                 ./  /≡≡=-
                / も /≡=-
               ./ う ./=-
              / 来./-
              / ね./
             ./ え /
            / よ /
            / !! /
  プンプン      / ̄ ̄
   (Д´ )  /
  ◎ U┌/)□       バカ
   └<−◎ \ヽ(`Д´)ノ     .
          | ̄ ̄ ̄|      チンカス
          . ̄◎ ̄\ヽ(`Д´)凸                     
                | ̄ ̄ ̄|       シネ
                . ̄◎ ̄\ヽ(゚Д゚;)ノ
                       | ̄ ̄ ̄|≡=-
                       . ̄◎ ̄

81 :76≠78:01/09/26 22:13
とだけいっておく。
77も76のどこを見て大学名をききたくなったのだろうか。学歴板の方ですか?

82 :あるケミストさん:01/09/27 01:07
>>76
H尾研??N辻研???

83 :あるケミストさん:01/09/27 13:34
>>69
> 50、55さんの「電子相関がない」として一体ポテンシャルを解くのは
> HFでもおこなっています。やっぱり一体ポテンシャルの違いなんじゃ…?
これはHartree-FockとKohn-Shamを比較した場合ですよね。それは大体正しいと思います。
電子間の相互作用(「電子相関」という用語は誤解を招きます)がないとして作った一電子方程式の中に、
半ば別枠としてクーロン項と交換相関項を入れたのがKohn-Shamになります。HFも同様に一電子方程式から
なりますが、55さんも書いていらっしゃる通りそれらが全てSlater行列式に納められています。
その意味でDFTのほうがexactかつsemiempirical的ともいえます。ただ、どちらも多体→一体という点では
同じです。
DFTがHFと大きく違っているような気がするのは、ab initioかsemiempiricalかがこの分野では非常に重視
されるためではないかな、と思っています。

84 :馬鹿博士と呼ばれてはや1年(w:01/09/27 22:17
>>83さん
 55です。大変参考になりました!

 自分も、ab initioなのかsemi-empiricalなのかという点について悩みました。学生のときはこのことが原因でチクリとやられた
こともあります(学会などでの発表で)。しかし今となっては、より使いやすくかつ低コストな方法に興味がでてきました(苦笑)

85 :69:01/09/28 00:54
>>83
オッケーっす!なんとなく「そうかな〜」って思っていたとおりでした。
ありがとうございました。

86 :あるケミストさん:01/09/28 22:05
さっぽろから帰ってきた。
結構 スレがふえてるね。

83のおっしゃるように交換相関項がすべてだね。
HFはいかにfull CIに少ない計算量で近似していくかを模索しているのにたいし
DFTは 交換相関項をひたすら改善していくという方向がとられているね。

>>70 この分野は公募は ほとんどないです。

87 :あるケミストさん:01/09/28 22:05
福井せんせの基礎化学研ってなくなるんですねえ。
りろんだけのけんきゅうじょってほかにないのにもったいない。

88 :あるケミストさん:01/09/28 23:28
基礎化学研って何か研究成果があるんですか?
研究成果がなければなくなるのも仕方ないんでは。
経営難で京大に身売りするという話を昨年、新聞で読んだ
記憶があるんですが。。。

89 :あるケミストさん:01/09/29 00:16
>88
成果の問題ではない。
原因は元所長代理の不正経理だ。
もともと、御大からしてお金に関してはけじめがなかったからね。

90 :あるケミストさん:01/09/29 00:19
さーしりません。りろんかがくってはんいでいっても
そもそも日本でせいかってあるんですか?
文試験とかどうなんでしょ。

91 :あるケミストさん:01/09/29 00:23
>89
それって新聞にのってましたねー。
でもきんがくとかすごくしょぼかったような記憶が。

92 :あるケミストさん:01/09/29 00:26
>90
成果という点でいえば、消えてもおかしくない研究所とか機関
はいっぱいあるのだろうから、そのなかであえてつぶされる
というのは何か意味があるのかもね。

93 :あるケミストさん:01/09/29 00:41
>91
表に出たのはな。

ひとにに聞いてみたら? もと所長代理がどんな人だったか?

94 :あるケミストさん:01/09/29 01:02
>93
たぶん兄弟のとき講義とったけど、いいかげんだった
感じがしました。でもそれとじんかーくとはかんけーねーか。
自爆

95 : :01/09/29 01:27
理論の話しませう。
ところで、反応速度の理論って今どうなの?
量子力学で計算してる人っています?

96 :あるケミストさん:01/09/29 01:37
そんなくだらない話よりさーサメの話しよーぜ!
サメってかっこいーよな?憧れだよな?トラよりもかっこいいよな?
昔ジョーズをテレビで見た時恐くて眠れなかったよな?やっぱサメだよな?
中国地方ではワニっていうんだよな?山奥ではよく食うんだよな?
サメって泌尿器が発達してないから肉がアンモニア臭いけどそのおかげで腐りにくいんだよな?
だから中国地方ではサメ食うんだよな?エイとかも同じだよな?
あとさー小判ザメもサメの種類なのかなぁ?あんなのサメとして認められねーよな?
甚平ザメもでかいだけで人食わね−んじゃ話になんねーよな?
やっぱサメ=人食い、じゃなきゃ申し訳たたねーよな?
なーなーおもしれーだろ?だからサメの話しよーぜ!

97 :あるケミストさん:01/09/29 10:51
福井謙一教授のことを御大と50代の門下生は呼ぶらしいが、
若い門下生もそう呼ぶのか?
Popleがノーベル賞を取ってから量子化学=Gaussianという
商品になってしまった感がある。福井本家の諸熊教授のONIONとか
分家の中辻教授のSACもGaussianの軍門に下ってしまった。
基礎化学研の滅亡というか、福井家当主の崩御とともに
福井家は滅亡してしまったので、日本の量子化学は
この先、ノーベル賞の資産を引き継ぐつもりはなさそうです。

98 :あるケミストさん:01/09/29 11:48
というか、国にしてみれば、特に必要ない分野にはなってきています。
その大きな原因は、アメリカのような、本格的な軍事大国ではないし、
そうなる気もないからです。国にとって、量子化学の発展というのは、
直接的な恩恵を特にもたらさないんです。だから、国が化研費を出さない
方向に行ったとしても、それは十分に正論であるし、納得がいきます。
そもそも税金から出てるんですから。だから、量子化学の、社会への
直接的な貢献というのは期待すること自体に無理があるし、また期待すべきではない
、そう考えています。ちなみに私は福井先生を尊敬している方です。
しかし、もはや時代が違うんですよ・・・。

99 :あるケミストさん:01/09/29 12:54
う〜ん、「社会への直接的な貢献」
理論物理も必要ないね、それだと…
僕は優秀な人(これ大事)なら「社会へ直接的に
貢献」しない研究でも、理論の研究をしてもよいと
思っています。だって、それこそ人類の到達じゃん!

100 :あるケミストさん:01/09/29 13:21
必要あるかないかということはそんな短期的観測から
簡単にきめられないだろ。すぐ役にたつことでないことも
国は支援するべきだってことは福井先生に限らず基礎科学に携わる
人の多くが昔から指摘していることでしょ。まあ日本は
一切そういった基礎研究をやらずにものつくりだけやるという
考え
型もあるけどな。

101 :あるケミストさん:01/09/29 16:12
そんなことを言っていたら、それこそ理学部なんて全部いらないことになるよ。
全合成スレを見てると、やはり合成と言えどもそういうもんなんだな、と思う。
もちろん、理学部不要説を主張したいのならそれでもいいけど、理学部の存在を
「必要ない」と言ってしまう国に住みたいかな。
ものつくりしかできず、科学に対して寛容ではない国に。

ラボアジェが近代化学を作ってから、それが実用的になるまでには何十年もかかって
いるよね? 理学なんてそんなもんでしょう。
福井先生は工学部だし、量子化学の有名どころにも工学部の先生はいるけど、分野
全体の精神としてはそうなんじゃないかな、と思うよ。

102 :あるケミストさん:01/09/29 17:13
将来の量子化学を支える研究者になろうとするなら
Gaussianで事足りるような研究をやってはならぬ。

103 :あるケミストさん:01/09/29 17:49
確かに、量子化学を追いつづけることには意味はありますが、
そうまでして量子化学を研究する以上、かならず責任はついて
きます、日本の場合。量子化学やったけど、特に発展しませんでした
、は研究では全く問題ありません。少なくとも一つの結果が出たわけですから。
しかし、現実は違う。
理学部は基礎研究にとって欠かせません。十分承知の助です。
ただ、理学部に来る人全員が、死ぬまで研究一筋、大学に残る!!
と思ってるわけじゃないでしょう。企業だって、理学部とらないじゃない。
役に立たないからです、企業では。
はっきり言いますと、日本は、科学に関しては、寛容ではないと思います。
それはとっくに知っていることだと私は思っていましたが・・・。
まさかそれを知らずして大学に入ったわけでもないでしょう?
今更何を言ってるのか・・・。

104 :あるケミストさん:01/09/29 17:53
Gaussianは、実験系の人たちが主に使ってるんじゃないかな?
理論系は、あまり使っていないときくよ。
それに、Gaussianはそんなに簡単にいじれないだろ。
応用系の理論研究をしているひとたちならわからんが。

それに、地道な基礎研究なくして斬新な物作りは出来ません。

105 :あるケミストさん:01/09/29 19:15
>>103

>はっきり言いますと、日本は、科学に関しては、寛容ではないと思います。
だからどうしようもありません、量子化学はやめて下さい。というのが
科学者の(というかどんな職業だろうと、プロの)とるべき態度だと思
っているのなら、もう語るべきことはない。
基礎研究をやっている人間なら、日本が科学にアメリカほどは寛容では
ない(それでも、世界の大半の国よりはマシ)ことはわかっているし、
それを打破しようとそれぞれ働きかけている。「日本はこうだから、
あきらめましょうね」という種類の人間はそもそも理学部なんて入らな
いのではないか。
それこそ、そこで全員があきらめてたら科学なんて発展しなかったんじゃない?
今の日本が17世紀のイギリスより科学に不寛容だ、という事実なんてないで
しょ?

そもそも、日本の現存する量子化学者が業績を出していないという根拠
は一体どこにあるのか、それが知りたい。
(それを述べたのは別の人だっけ?だとしたらごめん)
ONIOMやSACがGaussianに取り込まれてしまった、というのは、逆に言え
ばM先生やN先生が世界的に認められている、ということではないの?
単にPopleがお情けで取り込んでやっただけだとでも?

106 :あるケミストさん:01/09/29 19:26
横から瑣末な部分に突っ込んで申し訳ないが、

> 企業だって、理学部とらないじゃない。

これって世間でいわれてるほど極端じゃないよ。
薬学部だって製薬企業以外は厳しいし、結局先生の持ってるパイプ
次第だよ。単に工学部の先生のパイプが太いとか、その程度の差。
企業側から見れば、学生が理学を学んでいようと工学を学んでいよ
うと関係ないよ。たかが学士か修士か程度に、そんなもの期待でき
るわけがない。

107 :あるケミストさん:01/09/29 19:34
>>105
別にそういう意味ではないのだろうが、
ラボアジェは18世紀のフランス人だ。

ひょっとするとニュートンのことをいっているのか?

108 :あるケミストさん:01/09/29 19:47
GaussianにDFTが入った理由を知ってる?
Gaussianは商品です。商品である限りはいろいろオプションがあった方が
よいという論理で、DFTのひとりの開発者がGaussianにDFTを売り込んだのだ。
Gaussian Inc.から依頼したわけではない。
今やGaussianのオプションのひとつになることが世界への登竜門になっている。
そう言ったわけで、PopleはGaussian Inc.とは決別してしまったのだ。

109 :EOM-CC:01/09/29 23:38
>>108
それって結局、Gaussianに入ったらそれなりに認められてる、ってこと?

いや、別に誰の肩を持つわけでもないが(某先生方とは関係ないっす)、
DFTを例に出されると、それはすごいことなんじゃないか、と思わない?
むしろGaussian IncがDFTの重要さに気付いてなかったのだとすれば、
そっちのほうがまずいんじゃない?

110 :109:01/09/29 23:54
あ、なんか関連づけられそうなので先にいっとくけど、
俺は量子化学に意味があるかないかなんて興味ないっす。
「計算化学なんて…」というひとは、「全合成なんて…」
というひと(105だって一度くらい言ったことない?)と
同じくらいの人数いるだろうし、基礎科学者がそんなこと
表にでない場所で議論しててもきりないよ。それを言われ
るのも基礎科学者の仕事の一つだ。
それに抵抗するのも重要な仕事だけど、それは表でやることだ。

だいたい「ものつくり」だって今もてはやされてるだけなんだし。
明日にはどうなってるかわからん。そんなもんだ。

俺はそんなのよりGaussian話に純粋に興味あるな。
GaussianのDFTってそれ以前のDFTとは結構違ってるから、
それなりに力入れて開発されたもんだと思ってたよ。

111 :あるケミストさん:01/09/30 00:09
量子化学を研究することに、何の意義があるのか、それが
知りたい。つまり、量子化学を研究したことによって、
どのような有用性が見出せるのか、具体的なかたちでそれが
知りたいです。単に好きだから、というのは、まさにプロとして
は失格です。そういう人は、100%自分の人生とお金をかけて
、研究しなさい!と言いたい。他人のお金を頼ってるのは卑怯です。

基礎研究というのは、非常に損をする分野、裕福な人生を送りにくい
分野であるということなどを全て知った上でやらなければならない。
他の研究分野の人たちと、同じような幸福を求めるということにも
無理がある。他の、普通の暮らしを送ってる人よりも、少なくとも
経済的に貧相な人生を送るだけの覚悟をした上で、全力で取り組むの
なら、それはすばらしいことだ。

現実的に、量子化学を、世間に認めろ!という方がおかしい。
いくら金かけてると思ってんだ。努力するのは当たり前の話でしょ。
頑張ってますじゃ、話になりません。それはアマチュアの意見です。
つまりは、具体的な有用性をはっきりとしたかたちで打ち出してください。
でないと、少なくとも、国から支援は受けられないと思いますよ。
あとは、自分人生をかけて頑張ってください。

112 :あるケミストさん:01/09/30 00:58

アンタヴァカ???

113 :あるケミストさん:01/09/30 01:21
いくらなんでも、それまでそれなりにまともだった103と111が
同一人物ってことはないよな・・・。
量子力学も、当初有用でも具体的でもない学問として何十年も
研究されてたけど、きみがコンピュータを使って書き込みでき
たのはそういう「卑怯」な研究のおかげだよ。
だいたい、今の化学で量子化学の関係してない分野がある?

ま、ネタか電波にマジレスするのも恥ずかしいが。

114 :105=113:01/09/30 01:32
すんません、110を見てもうやめようと思ってたのだが。ついやってしまった。
103あたりはまだ話になりそうだったけど、111はちょっとすごかったので・・・。
103≠111なら、もうやめときませんか。
110のいう通り、立場によって思うことは違うし(すまん、全合成のことは確かに
俺もいったことある(笑))、103も何かそういう状況を見て憤ったのだろう、と
思う。それでも103は話す余地のある書き方だったし、「日本の量子化学」という
論点ではそれなりに有意義だったと思う。
でも111はなあ。量子化学全部を否定するのは、化学全部を否定するのと一緒だよ。
なんでここにいるの。

115 :あるケミストさん:01/09/30 02:22
>105
>基礎研究をやっている人間なら、日本が科学にアメリカほどは寛容では
>ない(それでも、世界の大半の国よりはマシ)ことはわかっているし
てそうなの?
日本に比べてアメリカの方が、より実力主義のような気がする(予算とかね)。
日本は、予算に関しても平等主義に見える。
アメリカと日本の差は、研究を評価する力じゃないかなあ。

116 :105:01/09/30 02:56
>>115
ここでの「寛容」は、「(基礎科学に対して)理解がある」というような
意味だったのだが、確かに103は金の話をしているので不適切だったかも
しれない。申し訳ない。

117 :あるケミストさん:01/09/30 03:00
日本でいう、研究評価っていうのは、私達の住む社会に対して、
どれぐらい貢献ができるか、ということにかかっています。
予算に関して、優先順位というものは、必ずあります。もし、その優先順位
において、下の方になってしまったら、いくらアピールしても、
評価は知れてるわけですね。
全体的に言って、やはり量子化学は苦しいと思います。今、壁にぶつかってるような
気もしますが。発展しきってしまってる感もあります。将来的に、どのような方向へ
向かっていきそうでしょうか?これは量子化学を研究している人じゃないと、分からないと思いますが・・・。

118 :あるケミストさん:01/09/30 05:33
>>117
発展しきった感がするだと??(ワロタ
知ったかぶりするな。低能!バカ!

119 :あるケミストさん:01/09/30 10:59
>>118
おいおい。117は極論ではあるが、111みたいな電波系バカではないだろ。

化学の全ての分野(「ものつくり」の化学工学も例外ではない)と同様、
今は各論の時期だろうね。117はその辺が不満なのかな、と思うが、それ
は量子化学に限ったことではないので、我慢してくれ。

どういうわけか、量子化学(予断だが、「計算化学」の間違いでは?)が
実用になってないと思われているようだけど、ドラッグデザインにとっ
て計算化学は欠かすことができない要素になっている。分子軌道法もそ
の一つ。主要な製薬会社から出された薬で、計算化学のおかげで開発でき
た薬は結構たくさんあるよ。
計算化学に金をかけなくなったら、その辺は全部ダメになるだろうね。

120 :119:01/09/30 11:01
予断→余談
意味は通じるところが余計欝。

121 :あるケミストさん:01/09/30 12:54
量子化学を、表面的にしか知らないのですが、シュレーディンガー
方程式程度の内容からは、相当ほど遠い内容をやっているのですか?
実際の、最先端の研究を詳しく解説してください。

122 :あるケミストさん:01/09/30 16:40
量子化学の計算技術は「発展しきった」とも「成熟した」とも言えるだろう。
適用範囲を広げるという応用的発展は、今後も期待できるが、理論的には
全く面白くない。なお、シュレーディンガー方程式を厳密に解くという
観点では特別な分子以外はほど遠い。GAUSSIANは厳密さを求めて開発されては
おらずpragmaticな考え方が根底に流れているが、それはアメリカの量子化学の
主流と言えるし、ほとんどの化学においてはそれで十分である。

123 :あるケミストさん:01/09/30 17:16
つまりさらなる追求は、現在において、特に急務ではないと
いうことですか?それとも、とことん追求すべきなのでしょうか?
あえて言えば、過渡期ということになるんでしょうか?
今までのように量子化学がうまくいかない可能性は高いと
見ていいのでしょうか?

124 :あるケミストさん:01/09/30 19:35
「その時点でのレベルの」量子化学がうまくいかないケースは絶えず起きうる。
ただし、量子化学に限らずどんな理論でも進化すると共に、議論は細かくなるので、
枝葉末節とか重箱の隅つつきとか見なされることが増えてきてしまう。
研究の前線にいる人は興味を持ってやっているのは間違いないが、世間に理解
されるかどうかは不明。素粒子の世界でもそうでしょう。電子、陽子、中性子、
中間子と反粒子くらいまでは利用価値があるような気がするが、そこから先は
やっている人以外には意義はよくわからない。ただ、湯川秀樹先生以来、国策的な
要素があるので、予算はかなり投入されている。一方、量子化学は。。。

125 :あるケミストさん:01/09/30 20:31
>109
> むしろGaussian IncがDFTの重要さに気付いてなかったのだとすれば、
> そっちのほうがまずいんじゃない?

おいおい、こんなことを言える奴がいるとは、思わなかったぞ。

当時の量子化学の研究の状況を知ってるのか?当時DFTが重要だと思っていた研究者
は、まれだった。あの時点で、DFTを入れたGaussianはむしろ慧眼である。

126 :あるケミストさん:01/09/30 22:08
GAUSSIANのDFTはクソだ

127 :あるケミストさん:01/10/01 00:05
量子化学のことはよく分かりました。もう終了しませんか?
このようなスレで、量子化学を理解させようとするのにも無理が
あります。みんな遊び半分で書いてるんですから。真剣に耳を
傾けない方が、身のためですよ。こんなスレで、真剣になって
いるのは、まだまだあまちゃんだね。
黙って、自分の仕事をしてればいいんですよ。
いい仕事をし、そしていい結果を得る。それでいいじゃないですか?
何が不満なんですか?そんなに量子化学を理解して欲しいんですか?

128 :あるケミストさん:01/10/01 00:32
> 当時DFTが重要だと思っていた研究者は、まれだった。
はいいすぎかとも思うけど(それなりに大勢の研究者がいた)、確かに今の感覚で語るのは間違いだね。

でも、なんでGaussianはあんなDFTを搭載したんだろうね。
クソだというのではなく、むしろ精度をあげることを目的に
したんだろうけど、(当時の)一般的なDFTと違いすぎるじゃん。
なんだかあっちのほうがスタンダードなDFTみたいになっちゃ
ったけどさ。Gaussianの功なのか罪なのか。

129 :あるケミストさん:01/10/01 00:40
>>127
よく主旨はわからんが、スレ全体を終了させようとしているのなら。
このスレって、別に「素人に量子化学を伝道しよう」というスレじゃないだろ。
「量子化学とは」みたいなでかいことばかりじゃなく、ツールの話題とかを続
ければいいんじゃないの?
GAMESSとか使ったことなかったから、このスレの前半は結構ためになったよ。

もし「量子化学伝道」はやめよう、という主旨なら。
賛成。

130 :あるケミストさん:01/10/01 00:51
ところで、109の名前には誰もつっこまんのか。109=129くさい。
俺は怖くてつっこめない。

131 :あるケミストさん:01/10/01 01:11
GAUSSIANのひとつの機能になるとクソ機能でもdefacto standardに
なってしまうのが怖い。利用者がオプションを使いこなした時点で
理論がわかっていると錯覚するところも非常に怖い。
GAUSSIANのbeyond HF法の中ではオリジナルなMPだけがまともと言える。
それ以外の非オリジナルなbeyond HF法はほとんどクソ。
ところでEOM-CCはGAUSSIANの機能に入る予定はあるのか?

132 :あるケミストさん:01/10/01 02:35
理論を知らずに使って危ないのは当然の話で、
薬品の特性をよく考えないまま使ってるのと同じことだ。
とりあえず使えて、しかも爆発とか毒ガス発生とかがないあたりが
多少厄介なところではあるが。
命かかってないから。

量子化学は応用に利用できる段階に入ったので、
普通の化学者でもある程度の理論は勉強しておいて損はないかと。
別に HFR 方程式導出しろとか、小原積分を説明してみろとか、
そこまでは求めないけど、
どの理論がどういう特性があって、
どういう利点があって、どういう欠点があるのか、
最低限のことは理解しておくといいかもね。

133 :あるケミストさん:01/10/01 03:39
しゅうもだめだが、やめた剣道部の後輩はもっとだめだな。

134 :あるケミストさん:01/10/01 05:46
>>131
SACが入るからないと思うよ。

135 :あるケミストさん:01/10/01 05:51
めっちゃ簡単に、そこらへんのWindowsマシンで
計算できて、かなり正確な結果が出せるようになった、ってのは
先人の努力だろうな。有機化学者でさえ「ぽちっとな」で
計算できちゃうなんて量子化学(計算化学)の成功の一つであろう。
というわけでこれから量子化学で食ってく方が大変だろうなぁ...

136 :あるケミストさん:01/10/01 06:00
>>132
> GAUSSIANのbeyond HF法の中ではオリジナルなMPだけがまともと言える。
> それ以外の非オリジナルなbeyond HF法はほとんどクソ。
Gaussianについてはよく知らないですが、「非オリジナル」って
どんな意味でしょうか? またクソってどうしてですか?
計算量が多いから? 計算精度が悪いから? 知りたいです。

137 :あるケミストさん:01/10/01 06:02
>>136
>>131
の間違い。すいません。

138 :あるケミストさん:01/10/01 20:49
Gaussianをくそみそに言うんだったら、
かわりの良い分子軌道計算ソフトを教えてちょ。
ちなみに、ぼくは、JAMOL!

139 :あるケミストさん:01/10/01 23:28
もういいじゃん。このスレ終わりにしようよ。
まるで量子化学がすばらしいものであるかのように言うなよ。
決めるのは、量子化学の専門化だけじゃないだろ?
いろいろな分野の人と一緒に決めていくことなんだから。
それでだめだったら仕方ないじゃない?
それとも量子化学はすばらしい!というだけの証拠はあるのかね?
可能性は、どの分野にもあるわけだから、量子化学だけ、
特別視しろなんて無理だよ。「量子化学に、可能性があります」
じゃ駄目なんだよ。それじゃ、他の分野と同じになってしまう。
でも、そんなもんだと思うけどね。

140 :あるケミストさん:01/10/01 23:30
というか、無料で優れたDFTソフトがあったら俺も教えて欲しいよ。
有名どころ全部有料だもんな。

141 :あるケミストさん:01/10/01 23:46
われず・・・・・

142 :あるケミストさん:01/10/01 23:46
>>139 あんたがここから逝けばいいだけの話。あんたが仕切ることはない!

GAUSSIANでクソと判断される理論、計算とは、
(1)10年後、20年後には生き残らない、今しか存在価値のない近似理論、
(2)対象によって使えたり、使えなかったり、基準がはっきりしない理論、計算方法
(3)木に竹を接いだような他の機能と統一性のない計算方法

商品価値を高める弊害として(3)が増えたのは悲しい
無償のDALTONではDFTが入っている(あるいは近く公開)と聞いたよ

143 :あるケミストさん:01/10/01 23:49
>>140
優れているかどうかはわからんが、
GAMESS はただで DFT の計算ができるぞ。

144 :あるケミストさん:01/10/02 00:00
>>142,143
でもGAMESSのDFTってGaussian寄りじゃない?
DALTONか。名前は知ってるんだけどなあ(笑)

あと、相手しちゃだめなんだろうけど、
>>139
きみ、この前からずっと量子化学と計算化学の区別がついてない人でしょ。
炭素の手がなぜ四本か知ってる? sp3混成って何が混ざってるんだろうねえ?
有機化学者も無機化学者も分析化学者も、量子化学は知らなきゃできないんだよ。
「計算化学は他の化学と同じ」というのならまだわかるけどねえ。

ちなみに、計算化学の有効性が知りたければラウンジ行ってUDのスレを見ておいで。

145 :1:01/10/02 00:03
>>139
このスレの趣旨を曲解せんといてくれや。
量子化学についての話題全般についてのスレであって、
量子化学をたたえるためのスレじゃない。
そういう話題はもうよそうよ、という話ならええが、
スレにまで拡張すんなや。

ま、そういうことで、引き続き楽しんでくだせぇ。

146 :あるケミストさん:01/10/02 00:06
古典力学との違いが分からない
厨房あげ

147 :あるケミストさん:01/10/02 00:13
>>144
UDはどっちかというと古典か。分子間相互作用を扱うから、完全に
古典とも言いきれないが。

化学板の住人の場合、モロに本職とかちあう可能性があるからUDの
スレが立たないのか。計算の人も合成の人も、他のどの板よりも
プロなんだが。

148 :147:01/10/02 00:15
ああ、化学系はMacが主流なせいもあるのか。
Gaussian for Macも出るんだよな(笑)

149 :あるケミストさん:01/10/02 00:29
>>144
sp3 混成とかの描像は
一部怪しいところもあるんだけどね。
メタンの MO は混成なんかしてないし。
かと思えばベンゼンのσ結合は
ちゃんと sp2 混成になってる。
このあたりきちんとした説明できる人キボンヌ

150 :あるケミストさん:01/10/02 00:55
>>141
われずで論文は書けんでしょ・・・・。
バレたらすごいことに・・・・。

151 :もっと量子化学を勉強してね:01/10/02 01:20
「メタンの MO は混成なんかしてない」というのは間違い。
sp3 混成で各結合に局在した軌道ができるが、それを基底にして
a1対称とt2対称の分子軌道をつくればいいのです。
分子軌道が混成軌道から構成されていることになります。
そういう意味ではベンゼンもメタンも違いがありません。
閉殻基底状態の化学結合を語るのにカノニカル軌道を使う必然性は
ありません。もちろん、電荷移動、光励起、イオン化など電子を閉殻
から抜くようなケースでは、軌道概念やHOMO-LUMO理論が近似理論として
利用できます。分子軌道というのは観測量ではないことに注意して下さい。

152 :あるケミストさん:01/10/02 08:35
age

153 :あるケミストさん:01/10/02 13:35
sage

154 :あるケミストさん:01/10/02 19:32
>>151
>分子軌道というのは観測量ではないことに注意して下さい。
Koopmansの定理からそれなりに実験と対応がついてるんじゃないの?

155 :あるケミストさん:01/10/02 23:20
DALTONのDFTは今年末らしいです。DALTON 2.0からの対応とのことです。
すでにCCは入っているので、CCがなくてDFTのあるGAMESSとは補完関係に
あるのではないかな、と思います。どのくらい使えるかは知りませんが。
どなたか、DALTONを使っている方はいらっしゃいますか?

156 :あるケミストさん:01/10/03 00:31
>>154 もっと量子化学を研究して下さい。
イオン化で観測される量はN電子系からN−1電子系へ変化
する際の差であって、Koopmansの定理が適用できるカノニカル軌道の
ことではない。分子軌道が観測できるというのは大きな誤解。

DALTONは著者達から判断するにpragmaticというよりも
理論的にはwell-definedな量子化学計算法に基づいていそう。。。

157 :あるケミストさん:01/10/03 03:06
PM5ってどうなの

158 :あるケミストさん:01/10/03 08:59
PM5って何ですか?名前からすると、半経験的手法?
私にも教えて下さい。

せっかくなんだから、sageないで書いて下さいよー。

159 :あるケミストさん:01/10/03 12:22
>>156
まだ、よくわからないです。
結局言ってることは、電子相関とか緩和の効果が入ってないから
厳密にはKoopmansの定理が成り立たないと言いたい?

160 :あるケミストさん:01/10/03 12:27
>>159
書いてる事がおかしいなあ。
えーと、
結局言ってることは、電子相関とか緩和の効果が入ってないから
Koopmansの定理は近似だと言いたいの?

161 :あるケミストさん:01/10/03 13:23
いつからここはsage進行になったんだ。おもしろいからsage。

KoopmansってもともとはHFだけだよね? もちろん緩和もないし、近似
であることは確かなのでは。
あと、あれはエネルギーについて語っているのであって、軌道について
語っているわけではないように思うのだが。

162 :154=159=160:01/10/03 15:11
>>161
その通りだと思う。
あえて、”分子軌道というのは観測量ではないことに注意して下さい。”
と書いてるから、なんか特別なことがあるのかなあと思って。

163 :154=159=160:01/10/03 15:17
そうだね、軌道が観測できないということを言いたかったんだね。

軌道で議論する事自体を否定してるように誤解してしまった。
よく前のカキコみたらちゃんと書いてましたね。お騒がせしてスマソ。

164 :あるケミストさん:01/10/03 15:31
内輪スレが多すぎるのでageで。

PM5はご想像通りsemi-empiricalで、CAChe5.0に搭載らしい。CACheなんて使ってねえよ。
ただ、異様にパラメータが増えたので(Ca, Kなど)それなりにおもしろいかもしれない。
http://venus.netlaboratory.com/material/messe/cache/image/PM5.gif
に紹介っぽいものがある。
semi-empiricalなので、相当の計算例が出ない限り評価しづらいなあ。誰かやってくれ(笑)

165 :あるケミストさん:01/10/03 15:39
CACheなんて、使った事ない。GAMESS、Gaussian,HONDOぐらいだなあ
使えるの。

いつから、GAMESSにDFTが入ったの?最近だよね。

166 :あるケミストさん:01/10/03 15:46
GAMESSのDFTが現在の形になったのはたぶん今年中頃。
version historyによると、6/25だってさ。

CACheならDGaussが入れられるよ。無料からはほど遠いけど。
金持ち研なら屁でもない金額だが、うちには厳しい。というか、
うちの先生ソフトには金出さないんだよな。

167 :あるケミストさん:01/10/03 15:53
遅レスだけど、150ウケタ。リファレンスににそのサイトのアドレス書いたり
して。

>>166
レスサンクス。いまだにただなんだよね?
読みやすく、かつ無料なんて凄いね。

知り合いがGAMESS開発者がDFTを嫌ってたという噂を聞いたん
だけど、本当かなあ?でも、DFT入ったという事は考え変わった?

168 :あるケミストさん:01/10/03 23:06
「Koopmansの定理はエネルギーについて語っているのであって、
 軌道について語っているわけではないように思うのだが。」

藤永茂先生の「分子軌道論」を読んで勉強して下さい。
N電子系をHF近似で記述したときに占有空間の中だけでN−1電子系を
最適化したときに1電子軌道とエネルギーが得られるわけです。
これがKoopmans定理の語るところです。よって励起状態には適した軌道
にはなっていません。そのため、励起状態の軌道はnatural orbitalなどで
定義するわけです。もちろん、natiral orbitalも観測量ではありません。

169 :あるケミストさん:01/10/03 23:44
>>168
ごめん、マジでわからないんだけど、
>N−1電子系を最適化したときに
KoopmansってN-1電子軌道の最適化したっけ?
HFで得られた結果から、そのまま電子一個(という表現が適切かどうかはわからないが)取るだけじゃなかった?
「占有空間の中だけで」というのを見ると、軌道は最適化してないのだろうか。
それならわかるけど、そうすると今度は何を最適化しているのかわからなくなる。
あと、得られる1電子軌道というのは、どれのこと?

MOやNOが観測量じゃないというのはわかるんだけど、その辺がどうも。
私の勉強不足か理解力不足で申し訳ないが、教えて欲しい。

170 :あるケミストさん:01/10/04 00:16
N電子系(閉殻)の占有空間の中で軌道はどのように選ぼうと自由。
適当に局在化した軌道でもよいし、適当な演算子を対角化する軌道
でもよい。系のエネルギーは変わらないし電子密度も変わらない。
N−1電子系のFock演算子を作ってそれを占有空間の中で対角化
するのがKoopmansの定理の正しい理解。単に軌道のエネルギーの
逆符号がイオン化エネルギーになるというのではない。軌道を
N−1電子系向きに最適化しないとKoopmansの定理ではない。
CIを知っている人ならN電子系にはN/2個の軌道があるが
N/2個の軌道(局在化軌道でもよいし定義はどうでもよい)
から電子を抜いた2重項の電子配置はN/2個できる。
その間でCIをしてnatural orbitalを求めればKoopmansの定理
で求まったすべての1電子軌道と同じになる。

171 :あるケミストさん:01/10/04 01:22
Koopmans の定理は
「HF占有軌道のエネルギーの逆符号がイオン化エネルギーになる」
ってのじゃなかったっけ?
N電子のMOを使ってN−1電子状態を近似して、
そこから計算していくとそうなるとかだったと思う。
電子相関と緩和の効果が微妙に相殺しあって
なんかそこそこの値を与えるという感じで。

N−1まで最適化したら delta SCF になるのでは?
HFでやると電子相関が入らないから、
微妙な相殺が消えて値が悪くなるという。

172 :171:01/10/04 01:25
追加。

Koopmans の定理の中には
仮想軌道のエネルギーが電子親和力に対応する、
というのも入ってるけど、
これは電子相関と緩和の効果が同符号に効いて
使い物にならない。

173 :あるケミストさん:01/10/04 01:36
>>171, 172
いや、例えばB-O近似みたいに、普段使ってるときに漠然と考えていることと、
その定理(近似)の本質とが違っている例もあるから、ひょっとすると原論文
ではそこまで論じてるのかもよ。

B-O近似って、「核は(常に)止まっていると見なす近似」だと思ってなかった?俺だけか?
M1のころ、none B-Oの人の話を聞いて感動した覚えがある。

174 :171:01/10/04 02:19
>>173
うーん。確かにそれもあるかも知れませんね。

ところで、本当の BO 近似は何個か摂動も取り込むんでしたっけ?(うろ覚え)

175 :軌道理論教授:01/10/04 11:16
もし皆さんが理論化学者、量子化学者のはしくれなら
Koopmansの原論文を読まなくてもよいから、
藤永先生の「分子軌道法」(丸善)を読むように。
軌道理論が判っていない方が多すぎます。
×「N−1まで最適化したら delta SCF 」
○ Koopmans の定理では占有空間の中だけで最適化するのがミソ
△「電子親和力に対応するKoopmans の定理は使い物にならない」
○ 使い物になる場合もあるので、使いようです。例えば、NOラジカルの
  π*電子の励起の議論にはπ*電子を取ったNO+の空軌道が有用

176 :あるケミストさん:01/10/04 12:43
>>173
面白そうな話しですね。
もう少し御願いします。

177 :あるケミストさん:01/10/04 12:46
うちには藤永先生の本は「入門分子軌道法」(講談社)と「分子軌道法」(岩波書店・絶版)
しかないけど、後者の5.4節に、
「Koopmansの定理の近似度について,後に残る電子の軌道が‘固定’されている点が
しばしば言及されるが,これは始めから固定してかかったわけでは決してなく,{ψi}
の中での変換(5.4.29)をやってみても,元のN電子系の正準軌道が最良の選択として
残るということである」
とあった。この(5.4.29)の変換が175のいう「占有空間の中だけでの最適化」だね。
つまるところ、確かに固定されてはいるけど、最初からそう仮定していたわけではない、
ということかな。

しかし、175がこれまでの人と同一かどうかはわからないし、本当に教授かどうかも
わからないけど、ここまで辛抱強く付き合ってくれる教官がいてくれたらいいね。

178 :177:01/10/04 12:55
しかし、藤永先生はさすがに文系の著作もあるだけのことはあって、
文章がわかりやすい。
ただ、Szaboあたりが教科書として使われていて(もちろんSzaboも
いい本ではあるが)、藤永先生の本は入手困難なのが問題だな。
実際、SzaboだとKoopmansの定理をここまでは書いてないからね。
藤永先生の本でも、「入門」のほうは「固定」に対して問題を提起
していないし。入門だから当たり前だが。

179 :あるケミストさん:01/10/04 15:03
DFTの軌道エネルギーはどれくらい使い物になるのだろう?

180 :あるケミストさん:01/10/04 22:43
もし皆さんが理論化学者、量子化学者のはしくれなら
使い物という結果オーライの議論ではなく、軌道エネルギーと軌道関数の
定義に戻るのが筋でしょう。DFTが必ずしも信用されてるわけでないのは
理屈はどうであれ結果オーライの世界という認識があるからでしょう。
DFTの結果が実測と合わなかったときに次にどうするかという理論もないしね。

181 :あるケミストさん:01/10/04 23:54
>>180
DFTの場合実用上のスタートのKSから結果オーライ的な部分が
あるからね。KSの(原理的な意味での)責任ではないけど。

ただ、有機実験系の人から未だにAM1が支持されていたり、それどこ
ろか原子電荷の計算には「なんとなくあうから」という理由でMNDO
(最初聞いたときは信じられなかった)が使われていることを考えると、
結果オーライの世界を否定するのも狭量すぎはしないか?
量子化学・理論化学、そしてなにより計算化学の人間が結果オーライの
世界を捨ててしまうと、それこそ「詳しくないけど使っている」という
人たちがどこへ行ってしまうかわからないよ。彼らが計算に求めている
ことのうち、一つは確実に「結果オーライ」なんだから。
率直に言って、象牙の塔にこもる人間が一人もいない分野もダメだと
思うし、象牙の塔にこもる人間ばかりの分野もダメだと思うけどな。

そのへんは、偉い先生方でも議論がわかれていることなので、あまり
アジテートしないほうがよくないかな。もしかすると、正体がばれるかもね(笑)

182 :180:01/10/05 00:43
お互い様なのでこの辺りにしておきませう

183 :181:01/10/05 00:46
了解っす。
お互い様、というのはまさに言いえて妙ですな。

184 :あるケミストさん:01/10/05 09:45
>>175=180
もし、あんたがホントに教授なら、ふだんの物言いをやめて、イーブンの立場で発
言してほしい。上からものを言うような書き方をされると気分が悪い。匿名掲示板
であることの意義をよく考えよ。181 も同様である。

185 :あるケミストさん:01/10/05 12:19
>>184
気持ちはわかるけど、それこそ匿名掲示板でそれをいっても仕方ない。
むしろ、全員が偉そうに語れることが対等であることの証左では。
煽ってないだけ、180なんてかわいいもんだ。
あと、181って「上からものを言うような書き方」か?
まさか全員に敬体を使え、ともいえないだろう。

186 :あるケミストさん:01/10/05 13:39
量子化学≠化学

187 :あるケミストさん:01/10/05 16:08
>>181

Hohenberg-Kohnは、Shroedinger方程式から
仮定無に導けるけど、Kohn-Shamは仮説が入っているような
気がする。
全然間違っていますか?
Parr-Yangの本の導出だと、そんな気がするんですけど。
もっとわかりやすい文献があったら教えてください。

188 :あるケミストさん:01/10/05 17:13
>>180
DFTに対する姿勢に関する話しはいいですから、
結局のところDFTの軌道エネルギーはどんな問題点があるの
でしょうか。軌道エネルギーと軌道関数の定義とかについて
もうちょっと詳しく話してもらいたいです。

189 :あるケミストさん:01/10/05 23:19
DFTは”分子軌道”法ではないということに尽きるのですが、
GAUSSIANなどに組み込まれているので、誤解されてしまっています。
GAUSSIANのdefaultではHF計算でも分子軌道の情報はあまり得ることは
できませんので、GAUSSIANとしては首尾一貫しているのかも知れませんが。

190 :あるケミストさん:01/10/06 00:48
>>184 あなた様も”意義をよく考えよ”というような上からものを
言う書き方をなさっているので気分が悪くなってしまいました(藁藁

191 :あるケミストさん:01/10/06 10:28
175が、院生あたりの芸風だったらたいしたもんだけど、本当の教授だったら、
「先生、まんまやないですか。もっと芸を磨いてください。」

192 :軌道理論教授:01/10/06 13:42
もし皆さんが理論化学者、量子化学者のはしくれなら
軌道理論教授に該当しそうな人の顔が数名浮かぶでしょう。
でもその人たちは2ちゃんとは縁がないはずのお年寄りです。
よって。。。

193 :188:01/10/07 09:11
>>188
誰も答えてくれないのでとりあえず、自分で少し書こう。

Koopmans定理のあたるものはDFTでは成り立たない。よって、近似的にでも
軌道を使って議論する正当性あまりないように見える。Exで自己相互作用の
部分をきちんと取り除いてやれば、近似的にKoopmans定理は成立する。(Ec
は無しね)これは、昔Perdewとかが研究を行っている。
HOMO-LUMOギャップに関しては、LDAで60%の過小評価、HFはかなり大きく見積
もる、といわれている。B3LYPを使うと、合ってしまう。
まあ、当たり前にも見えなくはない。

194 :188:01/10/07 11:44
>>187
Hohenberg-Kohnの定理が成り立つのはv-Rep条件が満たされている
ときだけとParrの本に書いてあると思います。この条件は
正確には知られていません。いまも、Kohnのグループの人とかが
研究してたりします。

195 :阪大から:01/10/07 19:50
阪大の方でGAMESに詳しい方いらっしゃいませんでしょうか?

196 :あるケミストさん:01/10/07 19:59
理学部化学の山口兆教授の研究室のどなたかではダメなんでしょうか?

197 :阪大から195:01/10/08 15:50
10月から阪大に着ました。
>196さん、レスありがとうございます。
山口研のかたいらっしゃいますでしょうか?

198 :あるケミストさん:01/10/09 13:38
DALTON
http://www.sdsc.edu/dalton/dalton.html
使ってる人いないの? 同じ無料なのに、GAMESSより無名なのはなぜだ。

あと、195=197はGAMESSの何について聞きたいのか書けば、ここの人が答えてくれるかもよ。
名指しされて出てくる人はいないだろ(笑)

199 :あるケミストさん:01/10/09 13:46
daltonはbasisの数に制限があってつかいずらいよ。

200 :188:01/10/09 14:34
>>198
>名指しされて出てくる人はいないだろ(笑)
笑った。狩られるとか以前の問題だよな。

201 :あるケミストさん:01/10/09 15:10
>>199
ほんと? いくつまでなんだろう。
使わないソフトのマニュアル読むのもいやなので、誰か教えてくれ。

でもGAMESSも基底関数にh軌道以上が使えないんだよな。
うちみたいな用途だとhなんて滅多に使わないけど、気になる。

202 :あるケミストさん:01/10/09 15:15
 >>201
255 だよ

203 :あるケミストさん:01/10/09 15:21
255はかなりキツイね。
コンパイルの段階でいじれないのかなあ。
GAMESSの場合は変更できたよね。

204 :201:01/10/09 15:29
>>202
早レスサンキュー。
たしかに255は少ない。アミノ酸一個でさえ基底関数によっちゃ厳しいんじゃないか?
DALTONのDFTに期待したいところなんだが、もしGTOベースのDFTで基底関数が255までだったら、
かなり萎える。
203がどうなのか、気になるね。

205 :あるケミストさん:01/10/10 00:43
ほんとかなぁ? 今時、pack/unpackで積分のindexを1バイトしか使わないような
コードはないと思うけど。それにDALTONを使ってC60とかの大きな計算してるの
見たことあるような気がするけど。。。

206 :あるケミストさん:01/10/11 03:16
ttp://dirac.chem.sdu.dk/

Program for
Atomic and
Molecular

Direct
Iterative
Relativistic
All-electron
Calculations

使ってる人っている?
How to obtain Dirac?
Please let me know!
いや、マジで。
ライセンスがどーたら書いとるけど、
あれをどーしたらええねんな。

Dirac-Fock-Breit の原著論文引っ張ってきたが、
なんか読む気がしないくらいややこしそう。
まだ読んでないけど。

207 :理論化学懐疑者:01/10/11 07:36
ノーベル賞には、名古屋大の触媒系の(実験)野衣教授が
受賞しましたが、理論系のお方は福井先生以来でていませんねー。
実験系には(日本で)、ノーベル賞候補が、何人かいるのに、
理論系にはノーベル賞候補はいるのでしょうか?
理論家が、真に評価されるのは、理論的な世界で重要
なことにとどまらず、現実世界においても意味のある
(実験系の成果同様)結果を出さないとだめですかね?
その点、現在量子化学は、非常に困窮しておると
思うのですが、この現状を将来において、切り開くことは
できるのでしょうか?

化学は、やはり、実際に物質を作りだし、それを社会に
役立てる所に大きな意味があると思いますし、魅力があると
思います。
確かに理論的な観点は重要でその存在価値があることは
多少教養のある人なら否定はしないと思うのですが、
余りに現状の理論化学はその要望にこたえていないと思うの
ですが。
理論化学が’化学’を先導していく事は、将来において
おとずれるのでしょうか?

208 :あるケミストさん:01/10/11 08:11
野依先生の受賞は基礎化学の受賞というべきでしょう。以前基礎化学懐疑者がいましたが、それに対する回答ともいえます。
>>207の言説では、まるで野依先生が理論化学を無視して合成したみたいですね。そうではないでしょう?

ただ、ノーベル賞をもって全てを語るのも危険です。今年の物理学賞はボーズ・アインシュタイン凝縮に与えられましたが、
肝心のボーズはノーベル賞を受賞しないまま亡くなりました。理論系の科学者の宿命というべきでしょうね。
ノーベル賞は、理論系には元々与えられにくいのです。むしろ、それほど福井先生の業績は巨大だった、というべきではない
でしょうか。

また、1999年のノーベル化学賞が誰に与えられたかもご存じないようですね。
率直に申しまして、否定のための否定をしているのではないか、という感じがします。あまり有意義な議論ができそうにあり
ませんので、ここまでにしましょう。

209 :あるケミストさん:01/10/11 08:18
> 理論化学が’化学’を先導していく事は、将来において
> おとずれるのでしょうか?

なにいってんだ。理論化学が化学を先導しなかった
時代なんてねえよ。
もう放置な、こういうカキコは。なんでこのスレに
限ってそういうこといいたがるのかね。量子化学に
何か特別な思いでもあるのか(笑)

あと208、書いてることはともかくとして、改行わかりにくすぎ。

210 :あるケミストさん:01/10/11 14:02
>209

例えば、理論化学が先導してきた分野ってなんだよ。
少なくとも理論化学が先導しなかった時代なんてない
なんて、化学を知らないものの発言か、単なる理論信奉者としかおもえん。
そういう奴に限って、何もできないやからが多いい。
少なくとも、理論家であろうが、実験家であろうが、
優秀な奴らは自分たちの領域をわきまえているもんだ。

211 :あるケミストさん:01/10/11 14:23
野依のこの間のJACSフルペーパーは理論計算だらけだったよ。

212 :あるケミストさん:01/10/11 16:33
K大のT花先生は助手に論文書かせて
自分は上澄みを吸い取ってるんですけど、
N依先生もそうみたいですね。

213 :あるケミストさん:01/10/11 18:26
>>209-210
まあ待て。不毛な議論の予感がする。どっちも冷静になれ。
理論と実験は卵と鶏みたいなもんだろ。209が興奮している
のは207のせいだと思うが、210まで興奮するなって。
もうこの手の議論はやめてくれよ。
化学の特定の領域が特別必要とか不要なんて、それこそ
ありえない話だろ? 全部大事なんだって。

>>211は詳細を知りたい。煽らずにね。
>>212はスレ違い。

214 :あるケミストさん:01/10/11 23:07
スレ違いじゃないよ
「K大のT花先生は下のものに穴埋めしかやらせず、
理論の中身は教えない」じゃ、なかったっけ?
理論の中身を先生に教わらず導出できればスゴイ!
有機合成の研究室は皆似たりよったりだと思うよ。
それに比べ量子化学の研究室はそれぞれ個性があって興味深い。

215 :一応理論化学やってます:01/10/11 23:51
量子化学が大切であるのと、全く同程度に、他の分野も大事です。
これを分かった上で、研究をしていないのであれば、それは未熟者
であるとしか言いようがありません。量子化学をやっている方は、
どうやらこのスレでは、非常に誇り高き人が多いようですが、自分の
領域だけを高く持ち上げる真似だけは絶対にしないで下さい。
全ての分野がかみ合うからこそ、化学は発達するのです。
理論化学がいかに発達しようと、それを現実のものにするためには、
いろいろな手助けが必要だし、それは理論化学に限らずそうなのです。
よこう覚えておいてください。

216 :あるケミストさん:01/10/12 07:54
いや、まったく215のいう通りなんだが、一応いっておくと
たぶん普通の量子化学者はわかってると思うよ。
> どうやらこのスレでは、非常に誇り高き人が多いようですが、
といわれるとちょっとね。
207はたぶん粘着的に「量子化学を日本から排除せよ」みたいな
ことをいってた人なので、>>208くらいはいいたくなる気も
わかる。>>209はのせられすぎだと思うが。

>>214はやはりスレ違いでは。
量子化学の特定の講座を話題ならスレ違いではないが、他の分野
の特定の講座の話題はやめようよ。このスレ自体が内輪スレに
埋もれやすいのだから。
そもそも、それは各研究室の個性であって、「有機合成」「量
子化学」の違いではないだろう。

217 :たるとオニ:01/10/12 08:39
     /\       /\
    /   \____/   \
  /                \
 |   ● \____/ ●.|
 |       \   /    |
  \        \/     /
  /    ______   \
 |     |  ∧_∧   |    |  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 │     | ( ・∀・)  |    │< >>64カエレ!
 │     | ( つρつρ|    │  \________
 |      ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄    |
  \                /
   |       |      |
   |       |      |
   |       |      |
  /         \      \
. |           |       |
  \______/____/

218 : :01/10/12 10:15
物理系なので細かいことは分かりませんが、軌道の概念自体が
近似だと思われ

219 : :01/10/12 10:18
物理系なので細かいことは分かりませんが、軌道の概念自体が
近似だと思われ

220 :あるケミストさん:01/10/12 10:56
LCAOの時点でもうだめだめですか。>>218

221 :あるケミストさん:01/10/12 18:05
>>220
いや、MOのことを言っているのでは。
そのへんは既に議論されていたような気がするが。

ああ、確かに>>64の態度は外部の反感を買ったかもね。

222 :あるケミストさん:01/10/12 18:59
狂大のT花先生は学生の院入試を妨害して
プレイ○ーイに掲載されたという
噂がありますね

223 :あるケミストさん:01/10/12 20:59
ttp://laser.chem.mie-u.ac.jp/sato/ganbaru/qcindex.html

224 :206:01/10/12 23:52
Dirac 使ってる人っていないんかな...。

225 :あるケミストさん:01/10/13 13:41
DALTONももっと語ってほしいしなあ。
変な議論に埋もれちゃったよ。

226 :あるケミストさん:01/10/14 01:10
GAMESS のマニュアル、ソースに相対論補正の記述が。
何かよく分からないのですが、
どんなことをやってるのでしょうか?
Dirac-Fock-Breit 使ってるって訳ではないですよね?

227 :物理科:01/10/14 14:42
群論分からん。

228 :あるケミストさん:01/10/15 13:34
あげ

229 :あるケミストさん:01/10/15 13:58
すまん、俺は相対論補正の意味自体わからん。
どういうときに使うのか、中身はどういうものなのか。

いや、専門が微妙に違うから…(いいわけ)。

230 :あるケミストさん:01/10/15 15:43
GUGAについてよい本があれば教えてください。

231 :あるケミストさん:01/10/16 01:27
GUGAって何?

232 :あるケミストさん:01/10/16 03:06
CI の解き方の1つ、という理解でいいんかな。
詳しい理論については知らんが。

233 :あるケミストさん:01/10/16 15:08
GUGAとは、Graphical Unitary Group Approachの略で、
CI行列の行列要素を効率良く作る方法です。

Gaussianなどの、メジャーなプログラムのCIはこの方法で行われていると思います。

234 :あるケミストさん:01/10/16 15:22
>>226
確かにGAMESSにはいろいろ機能があるな。
相対論補正は知らんが、ECPが導入されたときは感心した。
でもLANL2DZがなかった(自分で入力しなければならない)のでがっかり。

235 :あるケミストさん:01/10/17 09:12
age

236 :とある実験者:01/10/17 10:34
将来てきに、理論化学は、反応とかを追跡できるように
なるのでしょうか?

237 :あるケミストさん:01/10/21 15:38
あげ

238 :あるケミストさん:01/10/21 18:15
量子化学・・ぷぷ。ぷぷぷ。

239 :あるケミストさん:01/10/22 00:40
量子化学を嗤う者、量子化学に哭く。

240 :あるケミストさん:01/10/22 16:44
量子化学を真に知る者,いかに少なきや。
ぷぷぷpupupupupu。

241 :あるケミストさん:01/10/22 21:36
これは「ぷぷぷ」とupをかけたage行為なのだろうか。
ageるんなら、意味のあることを書こう。内容がないならsageて書け。

242 :sageたるぜ:01/10/22 22:37
GAUSSIAN・・ぷぷ。ぷぷぷ。
GAUSSIANを真に知る者,いかに少なきや。
ぷぷぷpupupupupu。

243 :あるケミストさん:01/10/27 00:43
ところで、シミュレーション板でたまにMOの話題があがってるの知ってた?
あっちも閑散としてるけど。

244 :あるケミストさん:01/10/30 03:41
結果が基底関数とどうてらこうてらといった話は
つまらん。

245 :あるケミストさん:01/10/30 17:39
ちょっと質問

>151にあるように、分子軌道(分布と言った方がいいかな?)
そのものは観測可能量ではない。
で、それはHF方程式がユニタリ変換に対して不変であるから、
と理解してたんだがこれは正しい?

246 :あるケミストさん:01/10/30 19:30
質問です。
皆さんは最初から量子化学好きでしたか?

247 :あるケミストさん:01/10/30 22:12
>>245 観測しているのは状態間遷移なので、分子軌道そのものでは
ない。始状態と終状態を定義して考えること。そのあたりを忘れて
分子軌道そのものが物理量のように思ってしまう輩が多すぎる。。。

248 :pupupupu:01/10/31 00:54
いつまで続くのだろう…このスレは。
このごろ面白くなくなってきた。
違うスレそろそろつくんない?? 

249 :papipupepo:01/10/31 21:48
いつまで経っても分子軌道から外に行けないのなら
スレ名は「量子化学」ではなく「分子軌道」だよね・・・

250 :あるケミストさん:01/10/31 22:36
というか、「量子化学」というくくりが大きすぎるんだよな。
ただのツールの話をしているのか、電子状態理論全体を語っているのか、それどころか
理論化学全て(下手すれば古典まで含めて)を語ろうとしているのか、わからなくなっ
ている。
とはいえ、レスの数から考えれば統合スレも仕方ないな。理系板のGaussianスレ
なんて一瞬で消え去ったぞ。

>>249
DFTの話題も何度も出てるよ。

251 :あるケミストさん:01/11/01 01:11
「DFTは分子軌道法、あるいはab initioとして認められる」
と皆さんはお考えでしょうか?

252 :あるケミストさん:01/11/01 22:08
一つはまらないことがあるんですが、円二色性とファラデーA項との関係についていまいちわかりません・・・
どなたかわかりませんか? スレ違いでしたらすみません

253 :あるケミストさん:01/11/17 12:16
あげ

254 :あるケミストさん:01/11/17 16:41
オーケー!ではそろそろ終わりにしましょう!!

255 :あるケミストさん:01/11/25 17:12
終わりにはさせん・・・

256 :256:01/11/25 22:26
256!

257 :あるケミストさん:01/11/27 14:47
岩波現代化学への入門3 「化学結合」 志田忠正著 3,400円
って本が出ているみたいですけど、この本についての感想を希望します。

そもそも志田忠正って誰?MO屋さん?

258 :あるケミストさん:01/11/27 15:33
>>252
誰も返事しないから返事します.ファラデーA項って何のことか知らない
オレが返事するのもへんだけどね.
それがファラデー効果のことだとしたら,それは磁場印加の元で,物質を
伝播する電磁場の振動面がまわることで,円2色性は光学活性な物のR
体とS体で,右,左回りの円偏光の吸光係数がそれぞれ異なることじゃな
いかな.
この現象を量子化学的に説明するのは,それはもう大変じゃないかなぁ.
誘起電気,磁気双極子を含めた高次の摂動項を議論しなきゃいけないと
おもうよ.
話は変わるけど,電子状態計算パッケージって,旋光性等にかかわる分
子の量を出力してくれるのかなぁ.

259 :あるケミストさん:01/11/27 18:37
VCDならガウシアンでできるよ。
ECDとMCDならダルトンか

260 :あるケミストさん:01/11/28 14:42
>>259
サンキュー!
へー,ダルトンか.結構ソフトによって出力するデータの種類違うんだね.

261 :259:01/11/28 16:05
いまコットン効果の計算をしています。
何か勉強するのにいい本or論文あります?
とりあえずChem. Rev.でも読もうとおもってますが

262 :あるケミストさん:01/11/29 23:26
>>257 放射線化学の大御所、ラジカル種の電子スペクトルやスピンに詳しい先生
http://mentai.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/l44-151 で厨房質問の
あった混成軌道の話が先生の新著には丁寧に説明してあるので、勉強してちょ〜

263 :いい本ある?:01/12/02 00:05
今3回生ですが量子化学をきっちり勉強したいと思ってます。
今の知識は物理化学の教科書ぐらいしかありません。
何か良い本はあるでしょうか?
とりあえずAtkinsの「Molecular Quantum Mechanics」でもやろうと
思ってます。
経験あるみなさんの推薦本をお聞きしたいです。

264 :あるケミストさん:01/12/02 13:33
>>263
どんな物理化学の教科書で今まで勉強したか、が問題だな。例えばバーローと
マッカーリ・サイモンでは量子化学の扱いが違いすぎるし。
とりあえずまだ読んでないんだったら、マッカーリ・サイモンでも読んでみたら?
正直いって、初歩からわかりやすい量子化学の教科書は少ないように思う。
もちろん良書はいくつかあるけど、ある程度の知識が要求されるからねえ。

265 :263:01/12/02 15:24
>264
物理化学の教科書はAtkinsです。
この程度の基礎知識からはじめられるやつ、ありますか?

266 :あるケミストさん:01/12/02 16:22
量子化学って結構、いい加減なところがあるので、
その前に量子力学をしっかり勉強しておいた方がよいと思うよ

267 :265=263:01/12/02 23:35
量子力学を勉強しようとしたんですけど数学と物理の知識が
足りないようなので無理っぽいかなって思いまして。
よって少しずつ難しい本に移行していくのがベストかなって
思っているんですが・・・。

268 :あるケミストさん:01/12/03 01:28
量子化学だけなら簡単な本はいくらでもある
ただし、偉い先生が書いているものでも、
いろいろ間違いがあるので、あまり鵜呑みにしない方がよい
結局、量子力学をしっかりやっておいた方が将来つぶしが利く

269 :あるケミストさん:01/12/03 08:34
うーん、263がもし量子化学の専門家になろうとしているのでなければ、
それほど量子力学にこだわる必要はないと思う(もちろんある程度は
やっておかないとダメだと思うが)。それこそ何番だかが挙げたマッ
カーリ・サイモンに載っているくらいの量子力学・量子化学で良いの
では。

量子化学の専門家になろうとしているのなら、数学や物理からちゃんと
やっておこう。それはさすがに必要です。

270 :263:01/12/03 12:37
いろいろためになります。本屋に行っていろいろ
みたのですがとりあえずマッカーリ・サイモンを
買いました。現時点では一番よさそうな気がします。
ただ解答・解説集が売ってなかったんですが・・・。
ちなみに私は有機化学専攻で行こうと思っています。
それで最近物理化学をやっていたらあまりに面白く、
量子のところで感動してのでもっとやりたいと思った
わけです。学部は薬学部で生物中心の授業・実習なんで
物理化学すら2ヶ月前に始めたところです。
いろいろ教えて頂いてどうもありがとうございます。

271 :あるケミストさん:01/12/09 20:19
量子力学は、自分は

小出昭一郎→J・J・サクライ→ランダウ、メシア、朝永

の順番で読みました。
J・J・サクライくらいで、量子力学について少し分かった気がしました。
そして、ランダウで潰されました・・・。

272 :あるケミストさん:01/12/09 22:49
原島鮮→小出(量子論→量力T→Uは挫折)→原田義也→マレル量子化学
一番読んだのは原田義也だな。ほぼ前頁そらんじてた。

273 :あるケミストさん:01/12/10 12:55
マッカーリ・サイモン、とりあえず解答だけだったら下巻の巻末にあるよ。

274 :263:01/12/10 23:45
>273
どうもです。洋書であるみたいなので注文入れときました。一ヶ月以上
かかるって言われましたが・・・。

>271
J・J・サクライって入門書としてよいんでしょうか?
ちょっと読んでみるとケットって記号が出てきてなんとなく
わからないように思ってしまったのですが。

275 :あるケミストさん:01/12/11 16:58
>>274
ケットが出てきてわからないように思うなら、

(1)Diracを読んで状態ベクトルとその双対ベクトル
についてちゃんと理解する。
(2)「ケットは波動関数、ブラは波動関数の複素共役、
ブラケットで積分または和。但し、波動関数の変数は座
標とは限らない。」との理解でよしとする。

の二つの方法が有ります。
まあ(1)の方が良いとは思いますが。

276 :あるケミストさん:01/12/11 22:41
僕も(1)をおすすめします。

J・J・サクライはそこら辺りを、すっきりまとめてる気がします。
角運動量とかって、量子化学で大事だと思うけど、そこらへんをちゃんと理解
するのにも必要だと思います。

271で書いたようにそこらへんを勉強したいのなら、J・J・サクライは良いと
思いました。
スピン角運動量を電子がくるくる回ってる程度の理解で良いなら、別に量子力学
勉強する必要もないと思うけど・・・。

277 :263:01/12/12 00:20
かさねがさねどうもです。
今日図書館で借りてきたんでとりあえず冬休みに
J・J・サクライを真面目に読んでみます。

278 :あるケミストさん:01/12/14 19:43
>>252
磁気円二色性のファラデーA項のことを言ってるのなら,
1次のゼーマン効果による縮退電子状態のエネルギー分裂幅に比例する量。
励起状態の磁気双極子モーメントと関係が深い。

(自然)円二色性にもA項というのは,あるのだろうか?ちょっとわからん。

279 :あるケミストさん:01/12/23 09:12
>277
本気でよむのなら本は買うのが基本。
特にJ.J.サクライのような専門書になるならなおさらです。

280 :あるケミストさん:02/02/01 23:57
実験しない研究室ってあるんですか?

281 :あるケミストさん:02/02/02 08:32
懐かしいスレが上がっているな。「有機を専攻するヤツはアホ」スレの
巻き添えか。
あのスレの煽りが理論化学を持ちだしてるせいで、理論化学を攻撃する
やつが出てきているのがなあ。理論化学って、そんな万能でもなければ
逆に不自由なものでもないと思うのだが。

DaltonのDFTは結局まだ搭載されてないね。GAMESS (US) のホームページ
もつながらないし。

282 :あるケミストさん:02/02/02 11:32
角運動量ならRoseがおすすめだけど。

283 :あるケミストさん:02/02/02 13:06
>>281
GAMESS USのページは復旧したよ。

284 :あるケミストさん:02/02/02 17:17
>>281
つーわけで我々も飯の種に困らないというわけですな。
みんな、結構面白いよ。だからやろうよぅ。
工学的な側面もあれば、理学的な
側面もあって、僕のようなどっちつかずにもってこい(?)
な学問だ。化学が好きなんでアレです。

285 :あるケミストさん:02/02/08 22:49
LANL2DZだと重過ぎる。。。LANL2MBだと物足りない・・・。
その間くらいのものないですか。

286 :あるケミストさん:02/02/10 23:39
赤帽LinuxでGAMESSを64bitコンパイルしたいのですが
g77のコンパイルオプションがよくわからず、できません。
どなたか知ってる方いませんでしょうか?

287 :あるケミストさん:02/02/11 19:45
>>286
なぜに? Alphaもってるの? 何がしたいので 64bitにしたいの?
ttp://www.kjemi.uio.no/software/dalton/resources/LFS-description.php
結構ウザいようだよ。がんばってくれぃ。


288 :あるケミストさん:02/02/12 20:08
>>287
ありがとうございます。
Alphaはありますがディスクが少ないんですよ。
足せばいいのですけどね。
どうしてもペン4でスクラッチファイルが
2G超える計算したいので質問してみました。
ウザそうですが、がんばってみます。

289 :あるケミストさん:02/02/13 13:45
なるほどなぁ。g77 より ifc の方が速いけど、
2G を越えるという点に関してはよりナイーブだと思う。
FreeBSD ならそもそもそういう問題はない。しかし
ファイルポインタに off_t じゃなくて integer*4 をもちいて
いればアウト、だけどね。まぁたぶんLinuxで問題ないならFreeBSD
でもないとおもう。昔のやつならportsにしてある。webさがしてみてね。
そろそろ真面目にアップデートしようかなぁ。

290 :あるケミストさん:02/02/13 18:04
すまん。
やっぱりFreeBSDでも問題あった。
次のプログラムを走らせてください。
256Mずつ書いてゆくプログラムです。
Program FileO
Real*8 X(16*1024*1024)
do i=1, 16*1024*1024
X(i)=1.0D0
end do
open(1,File='fileout.data',status='unknown',
1 form='unformatted')
write(6,*)'Open OK--->fileout.data'
do i=1,1024
if(mod(i,10).eq.0) write(6,*)i
write(1)X
end do
end
Linuxでもi386ならこけるはず。
これはf2c の問題か?


291 :あるケミストさん:02/02/19 10:26
ifc でもやっぱり2G以上はかけないな。


292 :あるケミストさん:02/02/22 23:03
>>291
IA64だとうまくいくんでしょうか?

赤帽7.1で>>287さんが教えてくれたページから
ダウンロードできるパッチを当ててgcc-3.0.3を
コンパイルしようとしたのですが、libI77のところ
(つまりパッチを当てたところ)でこけてしまいます。
7.1のライブラリが2.2.4だからでしょうか?
パッチを当ててコンパイルを通した方、
いらっしゃいましたら教えてください。
教えて君(厨房?)ではいけないのは
わかってるのですが、どうしても通したくて・・・。

293 :あるケミストさん:02/02/25 19:05
>>292
http://home.jp.FreeBSD.ORG/cgi-bin/showmail/FreeBSD-users-jp/66979
これを見よ。
とりあえず、gcc-3.1ブランチの SNAP を使えばよい。
これなら Linux でもそのままでコンパイルが通るはず。



294 :あるケミストさん:02/02/25 19:45
>>292
IA-32環境のみ確認。IA-64はもってるんだったら試して
教えてください。

295 :あるケミストさん:02/02/28 11:40
>>292
やっぱ教えて君か...


296 :みーはや:02/02/28 13:28
量子を、こころざすひとって、どうしてすくないのだろう。
物理から来るだけではなく、かがっか のひとたちは、
数学がキライだから、
ついていけないのだろうか?

297 :あるケミストさん:02/02/28 14:24
>>296
驚くほど数学(論理思考)できない人が多いよ。物理嫌いな人も
いるし、数学はもっと嫌いだねぇ。


298 :あるケミストさん:02/02/28 15:56
>>296
数式がずらずら〜っと並んでる教科書を見ると,
そりゃあやる気なくすだろう。
特に化学系は数学・物理が嫌で来たってやつも居たりするし。
俺としては,量子化学が出来ないと
これからの研究者としてのレベルが知れてると思ってるんだが・・・

299 :あるケミストさん:02/02/28 17:59
>>298
よーわからん。数式嫌いやったら数学は嫌いやろうから、
量子化学をまじめに理解しようと思ったらある程度(線形代数程度)
は必要だと思うので、理解はとてもしんどいと思います。
いろんな思考法を知っていると研究者としては有利ですが、
たとえば有機化学者にとって量子化学は本質ではありません。
これから量子化学ができないと、というのはアリだと思いますが、
数式も(それもそんなにむつかしくない)が追えないのでしたら、そういう人は
使わないほうが懸命だと思います。まぁ所詮そのパートはその程度なのでしょうし。
またトレンドと良い研究(ってなんや?)は一致しないと思うので、
好きなことをとことんやり込む、というのがいい方法だと思います。
しかしながら有機化学者にとって
必須になる可能性があるのは量子化学者としてうれしい限りです。

300 :あるケミストさん:02/02/28 18:04
しかしなぜにgamessは使われていないんだろうか?
mpqcは使っている人いる?

301 :あるケミストさん:02/02/28 22:10
GAMESS使ってる人もいるけどね。たまに論文でも見かける。
ただ、未完成な感じがあるからなあ。DFTは去年のバージョンでようやく
まともになったようだけど、構造最適化やSCF収束なんかはやっぱり
Gaussianに一日の長がある。

302 :あるケミストさん :02/03/01 03:44
量子化学を専門としている人は微分方程式なんかをがんがん
解けるのですか?
物理の友達に量子やるなら数学をしぬほどやりこまないと無理
って言われたのですが・・・.

303 :あるケミストさん:02/03/01 08:39
量子化学が専門ではなく,研究の疑問を解決するために
利用しているだけの自分は微分方程式などをガンガン解くことは無理です。
ただ,マッカーリ・サイモンの量子化学は全問やりました。

304 :292:02/03/01 13:30
>>289=290=293(=295?=299?)
gcc-3.1コンパイルのGAMESSでは、確かに2GB越えのスクラッチファイルを
扱うことができました。ありがとうございます。

>>294
残念ながら持ってません。すいません。

305 :あるケミストさん:02/03/01 16:50
>>304
ばれてるな...言い過ぎてすまんです。役に立ってよかったです。
研究頑張ってねー。



306 :あるケミストさん:02/03/02 15:48
人間の能力よりも、計算機の性能の向上におんぶに抱っこしてもらって
堕落している科学の典型例ですね。ソフトを使うだけなら、大学で
計算をする必要はないでしょう。

307 :あるケミストさん:02/03/02 18:12
>>306
「堕落している科学」の意味がよくわからんが、きみの指している「堕落」は
「より迅速に真理を得ようとすること」のように思うぞ。どっちかというと
「堕落していない科学」のほうが人間の能力を使ってないんじゃないか。

例えば有機合成を低く見る人がいるのは、その「堕落」していないっぷり
(努力と根性の全合成!みたいなやつ)がまともな科学に見えないからだろ。
いや、俺は有機合成否定派じゃないよ。念のため。実際のところ、有機合成
だって「堕落」を目指して研究が進んでいると思うからね。同じ結果を出す
のなら金・時間・労力の消費を最小限にしようとするのはどの分野でも同じだろ。

で、今の計算化学は「堕落」できるレベルにまでは到底到達していないよ。
「ソフトを使うだけで全てできる」というのが計算化学者たちの目標では
あるけどね。
「未完成だ」と叩かれるのならわかるけど(事実、よく叩かれる)、きみは
ちょっと計算化学を買いかぶりすぎているようだね。

というわけで、煽りにマジレスなのでsage。

308 :あるケミストさん:02/03/02 18:21
あー、楽したいー。
ピッと分子を仕込んだらニョッてすべてが見えるような、
そんな楽をしてみたいー。

309 :あるケミストさん:02/03/02 19:24
>>308
君がプログラム書け!


310 :あるケミストさん:02/03/02 19:40
>>301
事実としてはその通りだと思うけど、GAMESSは、ゴードン研の研究成果+ボ
ランティアベースなわけで、それを商業ベースのGaussianと比べて未完成と
いうのは、酷なのでは?

>>300
mpqcって、何でしょうか?

311 :あるケミストさん :02/03/02 20:01
>>310
禿同。けど、DFTはもう少し改善してくれたらいいなと思います。
CASSCF計算はGAMESSの方がすぐれてるように思います。
Robbのコードがよろしくないのかな?

312 :あるケミストさん:02/03/02 20:13
>>310
僕自身、Gaussianが嫌いなわけよ。ソースを大学の研究者に
Contribute させて金儲けするわけだろ?
最低でもロイヤリティは支払えと思う。
それをベースに改良っていっても
はっきり言って詐欺だ。サポート業務で売るのは解るが、
サポートは悪い(CCLで見かけるやんか)し
ソースはクローズドだし。ああいうの、ソースが見えないと
意味が無いわけだし。
OpenSource ベースにそういうのが欲しいんだよ。
GPLかBSDライセンスで。もちろん金儲けしちゃいけないとは思わない
が、自由度が少ないのは問題だと思う。
当然サポートでいくらでも金は稼げるわけだし。

Gamessは基本的にただってのがすごいんだけど、
評価もしてるんだけど、プログラミングスタイルも古いし、
Fortranだし。一番悪いのはソースの再配布が認められて
いないということ。なんでやろうね?意味がわからんのです。
まぁ時代にそぐわないようになっただけかもしれんです。


313 :あるケミストさん:02/03/02 20:21
>>310
続き。これからは、多くの人のコラボレートが重要。それには:
1.古いスタイルから解放されること。
2.オープンな開発体制をとること
が満たされれば良い。

MinixとLinuxどっちが良いか?なぜMinixがすたれたか。
Linuxの配布体系は?

mpqcはここらへんを解決する。ソースはC++でコーディング、
ライセンスはGPL。問題点はまだ未熟だということ。
これは我々が解決する問題だと思ってる。

大学側からしたら、理論が実装されることが重要である。
金は必要と思っていないようだ(cf. Gaussianのロイヤリティは0)。
したがって、コードをコントリビュートする、という立場からは
GPLだろうが、BSDだろうが関係ない。あらゆる意味でユーザに
利便があるのはGPLやBSDライセンスだとおもう。
もちろんサポート業務で金は入るわけだ。

僕はmpqcにソースをコントリビュートしようと思ってる。
今なら貢献者として名前を載せやすいだろうし。
まぁ後しばらくかかると思うけど。
今がチャンスだと思ってる。


314 :あるケミストさん:02/03/02 20:24
あ、ちなみに
mpqcのページは:
http://aros.ca.sandia.gov/~cljanss/mpqc/
です。

そうそう、最近になって、Gaussian98はやっとATLASによる
ビルドが標準にになったらしいな。どうでもいいが、ATLASは
CPUに対して作るから、自分で作らんとパフォーマンス低いのに。


315 :あるケミストさん:02/03/21 23:31
mpqc、ここのところずっと更新されてないことないか?
まあ、GAMESS(US)チームのタフさと比較しては気の毒だが。

316 :あるケミストさん:02/03/26 14:10
>>315
でも一月前にはマイナーリビジョンリリースだし。
知名度からいってもまだ発展段階でしょう。コードをリリースできる側に
立てるのはこれだけやんか。GAMESSはすごいよねぇ。あれが
GPLかBSD styleになればいいと思うんだけど。


317 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

318 :あるケミストさん:02/03/27 16:11
量子化学を独学で勉強したい(生物系なので)のですが、
いい教科書教えていただけませんか?
マッカーリ・サイモンの物理化学は持ってますが。
ほかにいいのありますでしょうか。

319 :263:02/03/28 14:22
どうも久しぶりです.とりあえずマッカーリ・サイモン問題全部
終わったのでうれしくて書き込んでいます.JJサクライをやっている
のですが2章でハミルトニアンの説明あたりからかなり苦しくなって
きました.皆さんに聞きたいのですがやはりハミルトニアンを理解する
ためにゴールドシュタインの力学などを読んだのでしょうか?
私にはかなり難しくて萎えているのですが・・・.

320 :あるケミストさん:02/03/28 17:51
量子力学のための解析力学入門 なんてのはどう?

321 :あるケミストさん:02/03/28 22:02
=318
319さんあれを全問やるなんてすごい。
7章の近似計算くらいで挫折しかかってます・・・

322 :あるケミストさん:02/03/29 16:34
>>319
ランダウの力学が記述が簡潔で楽です。読書会をやってとてもゆっくりやって
素人三人でもだいたい読み終わりました。とりあえずPoisson括弧の
対応原理までくれば後は不要かも? Chap1,2はとりあえず覚えるくらい
の意気込みでやれば、挫折は無いと思います。剛体も飛ばしてよいし。
がんばってください。
ゴールドシュタインは量が多すぎるのと練習問題もハードなので
取捨選択しないと出来ないと思う。さらに、電磁気についても
多少の知識を要求されるところがあるし、まともに「それだけ」
読むのは厳しいと思った。しかし、
問題を幾つか選択して解くというのは楽しくてよかったです。
もし本気なら理学部系の演習にもぐりこむのもかなり力がつくのでは
ないでしょうか。僕はレベルの高さに問題だけもらって挫折しましたが。

323 :263:02/03/29 17:03
どうもです.

>320
ちょっと見てみます.

>322
ランダウは物理の友達によると難しいので止めとけ
とのことでした.ですがちょっと読んで見ます.
Poisson括弧のところでもかなり悩んだんです.

色々ありがとうございます.

324 :あるケミストさん:02/03/29 18:48
MOLPRO使われている方いらっしやいます?

WIN版、NT版ってあるんでしょうか?


325 :あるケミストさん:02/04/01 22:34
>>323
Poisson括弧は運動方程式の表現のひとつ、そういう風に思えば
悩まなくなる。量子力学はランダウより桜井の方が記述が
簡単でいいと思う。電磁気と統計力学の勉強も
平行してやるべし。絶対わけわかんなくなるよ。
磁場と磁束密度の違いがわからないとしんどい。
まぁ量子論の教科書ってそこらへんの知識を前提に書いてあるからな。

326 :あるケミストさん:02/04/12 12:25
>>315
GAMESS(US)は、チームがタフというよりは、(これは悪い意味で言うんじゃないん
だけど)共同研究して、コードとノウハウを取り入れるのが、上手い(コードをよ
くみるとわかるけど、オリジナルをAmesで書いたコードは、意外に少ない)。その
あたりは、コードは書かないけどGordonさんの寄与が大きいね。


327 :あるケミストさん:02/04/27 02:25
>>324
あんまり速いんで、いんちきじゃないかと思った。むかし、むかしのこと。

WIN、NT版は、ないんじゃないかな。
ttp://www.tc.bham.ac.uk/molpro/
いってみ。

328 :`∀′<ゴラァ:02/04/27 13:54
量子化学の就職ってどんなとこがあんの?

329 :あるケミストさん:02/04/27 17:46
化学系の中堅以上のメーカーなら大抵そういう部門はある。求人は年による。
それに、修士レベルだったら大学での専門なんてあんまり問われないし。
思ったより意外にあるな、とは思ったな。

330 :あるケミストさん:02/04/28 03:18
TDDFT計算をしたいのですが・・・。
どのようなソフトウェアを入手すればいいのですか?
G98Wなら持っているけど。

331 :あるケミストさん:02/05/21 08:57
質問です。
DFTでは、F[\rho]、つまり、二体の演算子 (1/r) の最小値を
求めるということをしますよね(Levyの方法だったっけ)。
KS を導くときに原理的にこれが汎関数微分できるという
のを仮定しています。厳密に解くためには2体のN-rep.問題が必要です。
このconvexを考えるとそこらじゅう尖点ばかりで微分なんかとんでもない、
という風に思いますが、そこらへんのことご存知の方おられませんか。


332 :あるケミストさん:02/05/25 17:10
>>331
よくわからないんですが,たとえば、どのような関数\rhoに対して,Fがsingurality
を持つのですか?

333 :あるケミストさん:02/07/07 20:41
age

334 :あるケミストさん:02/07/07 21:58
表面とか、SFG分光とか、パルスシェーピングとか、
その辺の分光学話はこのスレでしていいの?

335 :あるケミストさん:02/07/07 22:49
そりゃ、ちがうだろ。

336 :あるケミストさん:02/07/07 23:32
>>334
いや、内容によってはここでも可。
ただ、暗黙の了解として量子化学のうちの実験ではない(理論・計算)部分に
ついて語るスレとなっているので、ご注意を。

というか、そういう制限がなければ現代化学のほとんど全てが「量子化学」の
範囲内に入ってしまう。

337 :あるケミストさん:02/07/07 23:37
日本化学会年会に量子化学の専門会場が無いのはなぜ?
物理化学にまとめられているけど.

338 :あるケミストさん:02/07/08 01:31
>>337
単に、年会で発表しようとする人が少ないからじゃないの?

分子構造が、メインに位置づけられてて、あとは、理論化学、化学反応、計算化学
なんかの小規模学会のひとつに出すんじゃないかな、たいていの人は。

339 :あるケミストさん:02/07/08 05:24
私は化学系の学問のなかで一番量子化学が解りません。
今私の学校では三共出版の化学結合の量子論入門
と言う本を使っていますがもっと簡単に書いてある
ばかでも解る本はないですか

340 :334:02/07/08 22:40
寸真線。思いっきり実験屋さんです。
ここは理論屋さんのスレでしたか。前の方をよく見もせずにすみません。
スレ違いですね。逝きます。


>>339
どのくらい分かっていないのかが分かりませんが、有名なところでは、

アトキンス      物理化学 第4版(上)          東京化学同人
マッカーリ・サイモン 物理化学−分子論的アプローチ−(上)  東京化学同人
大野公一       量子物理化学              東京大学出版
大岩正芳       初等量子化学 第2版           化学同人
廣田穣        分子軌道法               裳華房(化学新シリーズ)
近藤保・真船文隆   量子化学                裳華房(化学新シリーズ)

この辺は分かりやすいと思いますので一読なさってみては。

341 :あるケミストさん:02/07/09 00:32
>>339
阿武 聰信   量子化学 基礎の基礎   化学同人
http://www.kagakudojin.co.jp/library/ISBN4-7598-0758-6.htm
なんてどうでしょう?

私は「有機化学の基礎の基礎」が好きですけど.入門書としてはお勧め.

342 :あるケミストさん:02/07/09 10:05
んーー

343 :あるケミストさん:02/08/03 23:56
age させていただきます。

344 :あるケミストさん:02/08/04 20:47
今年の分子構造総合討論会、見事に申し込み忘れますた(;゚Д゚)

345 :あるケミストさん:02/08/04 21:28
ブルーバックスからでた 量子化学はどうでしょうか
CD−ROM月です。

346 :あるケミストさん:02/08/05 00:16
たった今読んでますw
これに付属のWinMOPAC3.0BB(BlueBacksVer.のことかな?)って、まだ使ってないけどどうなんだろう…。

347 :あるケミストさん:02/08/05 00:18
…よく見てみたら、3.0.3のTrialと同じみたいだ(泣)

348 :あるケミストさん:02/08/05 06:22
早稲田の化学科にある量子化学の研究室どーよ?

349 :あるケミストさん:02/08/08 05:44
>>339

細谷治夫 量子化学 サイエンス社
(個人的にはいい本かと。ただ>>339の口振りから考えて難しいかも?)

井上晴夫 量子化学T 丸善
(初歩から分かるように書いてあるけど、あやしい部分も多々あるので騙されないように。)

350 :あるケミストさん:02/08/08 05:49
読んでみた感想です。
ごく個人的なので、参考程度に。

結局なにがいいたいんだ〜って感じの本ですた。
高校生にはちょっと難解だと思うし、かといって専門の人が読む本でもないかと。
学生実験で機器利用の分子軌道計算をするようなときに、事前の頭の整理に利用するが吉かと。

専門家には( ´_ゝ`)こんな顔されそうです。

351 :あるケミストさん:02/08/08 10:34
>>350
どの本のこと? ブルーバックス?
確かに量子化学の入門書、って選びづらいんだよなあ。「基礎の基礎」は
間が抜けてるような感じがあるし。まあ、あの薄さで全てを説明するのが
難しいのはわかるが。

吉助先生の「すすめ」はどう?

352 :351:02/08/08 10:35
ごめん、「まがぬけてる」じゃなくて「あいだがぬけてる」と読んでくれ。

353 :あるケミストさん:02/08/08 17:15
>>351
ブルーバックスです。

354 :あるケミストさん:02/08/15 01:09
353さん、割り込んですみません。
すげえ基本的な質問ですけど、金なんかでは相対論的効果が無視できないので
相対論的量子力学が重要なのはわかります。
しかし、スピンそのものが相対論的量子力学の概念ですよね。つーことは水素分子
イオンの段階で既に相対論的扱いを要するということではないのでしょうか?


355 :あるケミストさん:02/08/22 12:08
age

356 :あるケミストさん:02/08/22 14:57
>>354 スピンそのものが相対論的量子力学の概念ですよね。つーことは

スピンは質量と同じような粒子の属性であって、相対論的量子力学の概念と
いうわけでない。その属性が、方程式にある種の不変性を要求し、それが、
相対論的量子力学では満たされる(ように定式化されている)ということに
過ぎない。


357 :あるケミストさん:02/09/01 21:25
age

358 :あるケミストさん:02/09/22 15:05
量子化学の分野で、分子の「磁気性」という言葉が出てきたのですが
よく分かりません。酸素分子O2の磁気性の有無はどうやって求めるのですか?

359 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

360 :あるケミストさん:02/09/29 21:11
分子構造討論会、プログラムが見にくいっす。数えんと時間がわからん。

まだ、計算してるのって漏れくらい?そんなことないよね?

361 :あるケミストさん:02/09/29 21:40
分子構造,,,あーもうなにがなんだか・・・
中身ぐちゃぐちゃで出しちゃうです。

362 ::02/09/29 22:00
http://homepage3.nifty.com/tak-net/molcal/molcaltop.html/
上のページからだと携帯電話からも分子量計算できるぞ!!

363 :あるケミストさん:02/09/29 22:28
>>362
ワラタヨ

364 :あるケミストさん:02/10/01 05:17
分子構造(((;゜Д゜)))ガクガク

365 :あるケミストさん:02/10/02 00:54
>>362
携帯電話から量子化学計算がしたいです。

366 :MD計算屋:02/10/03 22:01
NMRの実測と比較するために、分子のquadrupole momentが必要になり
久々にMO計算をGaussian98で計算をしております。
しかし、標準で出てくるのは、すべてマイナスになったりしており
そのままでは使用できません。
現在必要としているのはTracelessなquadrupole momentです。
少し調べるとAIMの計算で出てくるらしいのですが、
文献と比較するとBenzeneですら2倍近く異なってしまっています。
基底とかハミルトニアンも変えてやってみたのですが
ほとんど変化はありませんでした。

そこで、何かTraceless quadrupole momentを計算するこつをご存じでしたら
お教えください。

よろしくお願いいたします。


367 :あるケミストさん:02/10/04 01:02
αは結構合わないとか聞いた。
自分で計算したことないから分かんないけど。

何かガウシアンだと中心のカスプがヘタレてるから
そこの重要なαはヘタレるとか。
内殻の基底関数をExtraBasisで増やしてやればええんでは、
とか思ったけど。
計算したことないから分かんないけど。

あんま参考にならなくてスマソ。

368 :あるケミストさん:02/10/04 01:07
お前ら、分子構造討論会の会場にあるPCでfusianasanやってみて!

369 :あるケミストさん:02/10/04 01:49
>>368
いたずらする気か?

370 :あるケミストさん:02/10/04 17:37
分子構造終了!

特に、聞いてよかったって発表はなかったです。
4日間で、ポートビアホテルが一番印象的だったなあ。
来年は、要旨集代ケチって、宝ヶ池でやってほしいです。

371 :あるケミストさん:02/10/05 08:48
来年からはCD-ROM になるっていってたよ。あれってどうかんがえても
重りだよなぁ。

372 :あるケミストさん:02/10/05 23:54
>>371

原稿内の画像を適当なサイズに圧縮するって気の利いたやつは、そんなに多くない
から、2枚にはなるな。
なんか大変そう。ご愁傷さまです。>>京大理の方々

373 :あるケミストさん:02/10/06 02:02
二枚組みだろうが三枚組みだろうが激しくCD化は熱望だな。
重さよりも、なんとなく捨てるわけにもいかないから毎度取ってるけど、
場所を取らなくていいよ。

374 :あるケミストさん:02/10/06 02:36
理論の発表を、発表者の意思に反して、ちょっとキーワードが一致するくら
いで、実験の中に混ぜないで欲しい。見てて、浮きまくり、座長困りまくり
だったぞ。

375 :あるケミストさん:02/10/06 15:43
大学にいって、理論化学を勉強したいと思っている理学部化学科志望の高3ですが、

今の所、
名古屋大学理学部理学科
大阪大学理学部化学科
が候補となっています。

理論系が強いのはどちらでしょうか?

376 :あるケミストさん:02/10/06 18:46
名大理:大峰G
名大人間情報:笹井G、古賀G、天能G
阪大理:山口G

ってとこ?名大理から人間情報へは多分行けるから、選択の幅は名大の方が
大きいね。でも、定年+異動があるから、10年もしたら、どんどん変わっ
ちゃう。

本気で理論化学をやりたいんだったら、がんばって東大や京大に行った方が
いいかもしれない。公募や引き抜きで、いいグループ最後には東大や京大に
集まっていくから。

377 :あるケミストさん:02/10/06 19:03
九大は?

378 :375:02/10/06 19:19
>>376
ご指南ありがとうございます。
阪大は2年のとき、オープンキャンパスに言ってきて、山口先生の研究室も見学してきました。
キャンパスはきれいでした。

東大・京大・・・。確かに、2年の頃は目指していましたが・・・。
今は、「ああ、夢の京大」です。あと、3ヶ月しかありませんし・・・。

名大・阪大→京大・東大院ってのは、どうでしょうか?

379 :あるケミストさん:02/10/06 21:37
「理論化学」という言葉のイメージは確かに理学部なんだけど、工学部
もチェックしておいたほうがいいよ。

研究室のイメージからすると阪大が好きだけど、山口先生って見た感じ
結構年食ってるよね? 定年いつ?
名大も阪大もそれなりに良い研究をしていると思うので、あとは各先生の研究
内容を見て判断してくれ。

380 :あるケミストさん:02/10/06 23:06
>>378 最近はやりの学歴ロンダリングってやつだな。がむばってね。

381 :あるケミストさん:02/10/06 23:41
名大・阪大→京大・東大院は「学歴ロンダリング」かなあ。
特に量子化学の分野だと、そうともいえないような…。

382 :あるケミストさん:02/10/07 00:02
>>381
ごめん、言葉足らずだな。

名大・阪大が優れているとか京大・東大が劣っているとかいう
意味ではなく、実験屋さんほどには大学名(および設備など)が
シビアには効いてこないんじゃないの? という意味で。
化学の中では、いわゆる「地方DQN大」にも結構デキル先生がいる
数少ない分野ではないかと。

383 :あるケミストさん:02/10/07 00:23
>>382いわゆる「地方DQN大」にも結構デキル先生がいる
数少ない分野ではないかと。

それはその通りだが、ポスドクとして行くならともかく、学生として行っ
て、十分な教育が受けられる体制になってるかいうと、そうではないよね。
いくら優秀な先生がいても、学生としては「地方DQN大」には行かないほう
がいいよ、やっぱり。

>>379
名大、阪大の研究が「それなり」ですか?

384 :あるケミストさん:02/10/07 00:40
>>383
> 名大、阪大の研究が「それなり」ですか?

どっちの意味でのツッコミかわからないし、俺は379でもないんだが、
「それなり」という評価は適切ではないかと。
バリバリの原理主義者には好かれないタイプの研究をしている人も
多いけど、いずれにせよ極端に良くも悪くもない。

385 :あるケミストさん:02/10/07 01:57
じゃあ、日本の他の大学で、「それなり」じゃなく、留保なしによい理論研究
って、例えば何?

386 :あるケミストさん:02/10/07 19:02
まあ、研究には当たり外れがあるし、留保無しに良い研究などそうポコポコ
出るものではないので、むしろ良さげな人材を排出しているかに注目するのが
良いかも知れんよ。

387 :385:02/10/07 20:19
>>386

いや、いい研究してるとこを尋ねてるわけじゃなくて、例えば、名大の水素結合系の
研究や、阪大の磁性、非線形光学の研究は、十分に「良い」研究ではないかと。

それらが、「それなり」と言われてしまうなら、じゃあ、いったいレベルの高い良い
研究とは、どういうのか、を聞きたいのです。

388 :379:02/10/07 23:15
>>387
すまん、書き方がうかつだったか。
>>376に「がんばって東大や京大に行ったほうが」とあったので
「そんなことを言われるレベルではないだろう」という意図で書いたのだが
(つまり385=387が指摘しているのとは逆の意味だったのだが)、確かに
「それなり」はまずいな。すまんかった。完全に俺のミスだ。

責任をとって登場してみた。

389 :あるケミストさん:02/10/07 23:32
理論屋はまじめだな。

390 :あるケミストさん:02/10/09 14:44
俺が大学いた10年前とはPCの速度も激上がってるし、ゴリゴリ
計算させるのは楽しそうだなー。

391 :あるケミストさん:02/10/10 00:02
>>390
GAMESS でも落としてみればどうでしょう?
そこいらのパソコンでも結構計算できますよ。

392 :あるケミストさん:02/10/10 10:48
GAMESSも機能が増えて、namelist間のオプションの組み合わせが、正しく機能しな
いことが多くなってきた。純粋の意味でのバグではないけど、リリース前にもうちょっ
となんとかしてくれー。

393 :あるケミストさん:02/10/16 01:47
>>392
メールで知らせるといいよ。自分でパッチを当てたソースを送れば
なおよろしい。

394 :あるケミストさん:02/10/16 04:39
>>393
んー、もうやってる。
でも、知らせるんだったら、これこれだと動かないと文句を言うだけじゃなく
て、組み合わせを調べて、整理して情報を渡すのが、ギブアンドテイク、って
ことで、まあ、仁義だよな。
その調べる組み合わせが、最近のは多いのさー。

395 :あるケミストさん:02/10/16 18:23
>>394 例えば、どんな組み合わせで問題が起こる?

396 :あるケミストさん:02/10/16 22:14
量子化学って計算化学のこというんですか?何か見てると計算のことばかりで、
素人なもんでまったくわからないんですが、構造を最適化することに何か意味は
あるんですか?計算で何か応用できるんですかね。
ちなみに量子化学の範囲だったら私は多世界解釈が好きです。

397 :379:02/10/16 23:25
>>396
誰かも前に書いているけど、このスレは量子化学の中でも計算化学的な量子化学に特化してます。そうしないと、化学の全領域が量子化学の
範囲内に入ってしまいますので。

ちなみに構造最適化は計算化学の中のごく小さな一部に過ぎません。
もしかすると、分子力学あたりと勘違いされているのかもしれません。
「量子化学計算で何ができるか」という質問に一言で答えることは
私にはできませんが。
多世界解釈はどちらかというと量子力学の範囲内です。もちろん
量子化学とも十分関係していますが。

398 :あるケミストさん:02/10/16 23:27
ああ、379という名前に意味はありません。確かにこのスレの379は
私なのですが(笑)。
消し忘れていました。すみません。

399 :あるケミストさん:02/10/17 00:19
>>397
んー。
別に量子化学の話題であれば何でもいいんじゃない?
そんな制限しなくてもスレの進行遅いし(ぉ
話題があるならどんどんウェルカム。

400 :あるケミストさん:02/10/17 00:26
量子化学おもしろいですか?

401 :あるケミストさん:02/10/17 00:40
>>400
面白いも何も、化学やる以上は避けて通れないと思うが。
電子を古典で扱うわけにもいかないしねえ。

402 :400:02/10/17 01:47
有機化学の研究をする場合にでもやはり必要ですか?
大学程度の量子化学が分からないとどうしようもないですか?

403 :あるケミストさん:02/10/17 03:29
はい。どうしようもないです。
でも、そういふ先輩は沢山いるはずです。

404 :400:02/10/17 03:42
じゃあなんとかなると。
避けて通れると。


405 :あるケミストさん:02/10/17 06:13
よく分からんが、、
量子力学まともに知らずに論文書いてる人が沢山いると?

406 :あるケミストさん:02/10/17 07:12
あの、すいません。
ものすごくOBなんですが、
皆さんの話題にまったくついていけてません。
せっかく有意義なスレッドを見つけたのに。
ここの話題って学部レベル? それとも院?
あるいは、もっと上のドクターの人たちなんですか?
ちなみに私が量子化学やってたころっていうのは、
1 アインシュタインを否定することから学問が始まっていた
2 佐野量子というかわいいアイドルがいた
ころなんですが。


407 :あるケミストさん:02/10/17 10:33
>>406
レベル的にはいろいろです。
このスレには親切な人もいるので(意地の悪い人もいるけど)、
わからないことがあれば質問してみてください。
総じて量子化学者は他の化学者より親切かもしれません。迫害されやすいから。

408 :400:02/10/17 20:49
量子化学者ガンガレ!

409 :あるケミストさん:02/10/17 21:48
>>406
【有機】軌道を理解できるまで1から勉強するスレ
http://science.2ch.net/test/read.cgi/bake/1012175223/
もあるのです。

このスレは陰性異常が多いみたい
量子たん(;´Д`)・・・ハァハァ

410 :あるケミストさん:02/10/17 22:02
摂動法について教えてください。
1次の証明は簡単ですけど2次以上になるとわけわかりません。
というか2次以上やったことないんですが・・・・。


411 :あるケミストさん:02/10/18 00:22
>>410 やったことないのにわけわからんとはなぜだ!

412 :410:02/10/18 11:48
すみません。3次以上になるとわからないの間違いです

413 :あるケミストさん:02/10/19 04:07
>>412
先ず、ハミルトニアンを
 H=H0+λV
ってするよ。
H0は運動エネルギーと外場との相互作用(1粒子演算子)の和で、
Vは電子同士の相互作用(2粒子演算子)の部分ね。
λはそうだね、次数を表すための目印のようなもんだね。
摂動次数っていうんだけど。
で、ケットとエネルギーを展開するのね。
 |Φ>=|Φ0>+λ|Φ1>+λ^2|Φ2>+λ^3|Φ3>+…
 E=E0+λE1+λ^2E2+λ^3E3+…
|Φ1>,|Φ2>,…とかE1,E2,…は順に小さくなってくと思ってね。
そう。|Φ1>,E1は1次の効果、|Φ2>,E2は2次の効果ってね。
あぁ、|Φ0>とE0はH0の固有状態と固有エネルギーね。
 H0|Φ0>=E0|Φ0>
それから、|Φ>と|Φ0>の間に
 <Φ|Φ0>=1
っていう条件を加えるのね。
これ、中間規格化。
これから分かるように、|Φ1>以降は全部|Φ0>と直交するのね。

414 :あるケミストさん:02/10/19 04:08
で、あとはこれを固有値方程式に放りこむ、と。
 H|Φ> = E|Φ>
 (H0+λV)(Σ[n=0,∞]λ^n|Φn>) = (Σ[n,m=0,∞]λ^mλ^nEm|Φn>)
 Σ[n=0,∞]λ^nH0|Φn> + Σ[n=0,∞]λ^(n+1)V|Φn> = Σ[n=0,∞]λ^n(Σ[m=0,n]En-m|Φm>)
 E0|Φ0> + Σ[n=1,∞]λ^n(H0|Φn> + V|Φn-1>) = E0|Φ0> + Σ[n=1,∞]λ^n(Σ[m=0,n]En-m|Φm>)
 Σ[n=1,∞]λ^n(H0|Φn> + V|Φn-1>) = Σ[n=1,∞]λ^n(Σ[m=0,n]En-m|Φm>)
で、これをλに関する恒等式と見なして、
 H0|Φn>+V|Φn-1>=Σ[m=0,n]En-m|Φm>
ってするわけ。
摂動次数ごとに方程式を分けるってことね。
これに<Φ0|をかけると、|Φm>と|Φ0>の直交性から簡単になるわけ。
 <Φ0|H0|Φn>+<Φ0|V|Φn-1>=En
 =E0<Φ0|Φn>+<Φ0|V|Φn-1>
∴En=<Φ0|V|Φn-1>  [n=1,∞]
で、実際のハミルトニアンはλ=1なわけでしょ?
そういうことで、MPnのエネルギーは
 E=Σ[n=0,∞]λ^nEn=Σ[n=0,∞]En
  =E0+Σ[n=1,∞]<Φ0|V|Φn-1>
  =E0+Σ[n=0,∞]<Φ0|V|Φn>
って訳。Are you okey?

415 :あるケミストさん:02/10/19 04:12
> 順に小さくなってくと思ってね。
もちろん、この部分はそうなると保証される訳じゃぁない。
そう仮定すると上の話は成り立つけど、
そうなってないと摂動法は破綻するのね。
いつまでたっても収束しない。

416 :あるフィジストさん:02/10/19 10:03
所詮、非相対論的だろ(ぷ

417 :あるケミストさん:02/10/19 17:03
>>416は相対論がわからないらしい

っていうか、別に相対論でもできるだろ。
おれは相対論のHatree近似のプログラムやそれに対応した
RPA計算をやったけど?

418 :あるケミストさん:02/10/19 17:49
MPn -> RSn (Rayleigh-Schodinger)
だね。

419 :418:02/10/19 17:55
h o
^
r

420 :あるケミストさん:02/10/19 21:45
あげますう

421 :413:02/10/20 01:05
>>418
おー。消し忘れてた。
すまん。
途中で気が付いたんだけどね。

422 :あるケミストさん:02/10/20 10:53
>>416 摂動論わからないフィジスト(ぷ

423 :あるケミストさん:02/10/21 02:39
たまに非相対論よりも相対論的な仕事の方が偉いと勘違いしてるアホいるな。。。
そういう人は素粒子論でもやって就職チキンレースでもやってろってな。


424 :あるケミストさん:02/10/21 05:50
まぁ、相対論的効果が必要なところでも
考慮しないってのはそれはそれで問題だけどね。
東大のあの研究も地道だけど面白いと思うよ。
アクチノイドとかは縮退や電子数が多いから
電子相関を取り入れるのが大変そうだけど
(そこをどうにかするのもまた面白そう)。

でも、あまり必要ないところで使うのは無駄だね。
普通の有機分子計算する分にはいらんし、
3d原子程度でもECPでいいっしょ。

425 :あるケミストさん:02/10/22 23:38
>>422
おいおい、煽るのはいいが、自らツッコミどころを作るなよ。

426 :あるケミストさん:02/10/23 02:39
Molpro 使ってる?

427 :あるケミストさん:02/10/24 01:18
使ってるぞ。

428 :あるケミストさん:02/10/24 18:10
>>427 で、どうよ?

429 :あるケミストさん:02/10/25 00:39
俺は使ってない。

430 :427:02/10/26 00:32
他のプログラム使ったことないから評価のしようがないです。。
エラー出たときの説明がもうすこしあれば良いのだけど。
とりあえず HF->CAS->CI という普通の使い方してるよ。
他の機能はあまり使わんので知らない。
他の人はどんな機能つかってるの?

431 :あるケミストさん:02/11/03 02:52
age

432 :あるケミストさん:02/11/03 04:23
>>428
あがってるので、せっかくだから、書いてみたりする。

CAS-SCFの収束法が、非常に優秀で速いんだけど、ときどき、ローカルミニマ
ムに引っかかる。MRCIはとてもよい。MRPTはCIベースなので、MOLCASや
GAMESSと比べて計算限界が低くて、いまいち。

433 :あるケミストさん:02/11/09 19:06
藤永茂「分子軌道法」岩波書店

復刊ドットコムに復刊リクエスト出しました。
よかったら投票をお願いします。

http://www.fukkan.com/vote.php3?no=13220


434 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

435 :あるケミストさん:02/11/24 21:05
a

436 :あるケミストさん:02/11/30 01:04
おい!お前らどんな本で勉強しましたか?

漏れはJJサクライ読んでるが、難しいので全然進みません。

437 :あるケミストさん:02/11/30 01:05
age忘れ

438 :あるケミストさん:02/11/30 11:55
わーい!すごいスレ発見!

『はじめて学ぶ量子化学』と
『基本の16章』とかを参考に勉強してますよ〜

439 :あるケミストさん:02/11/30 13:30
A.ザボの新しい量子化学ってどうなんですか?

440 :あるケミストさん:02/12/02 03:20
>>439
量子化学を大雑把に理解するには適当かと。
Gaussian とか使いたい実験屋さんが読むとか、
量子化学の初学者が読む分にはいいんじゃないでしょうか。

ただ、厳密性はある程度はしょってるので、
そのあたりは別の本で補完するのがいいかと。
例えば、ブラケットと波動関数は本当は別物ですよ!

あと、Green 関数の章はオマケみたいなもんだそうです。

441 :あるケミストさん:02/12/02 03:24
あと、Slater行列式をまともに考えるより
第2量子化使った方が慣れると遥かに分かり易いので、
ある程度分かってきたらそのあたりも勉強するといいかと。
ザボの第2量子化は紹介程度なので、あんまり役に立ちません。

442 :あるケミストさん:02/12/02 08:45
>>440
本当の初学者にはお薦めできないと思うが…。
量子化学というよりは、どっちかというと計算化学の本だし。

443 :あるケミストさん:02/12/02 08:48
Lecture Notes in Quantum Chemistry
Lecture Notes in Quantum Chemistry II


444 :あるケミストさん:02/12/02 14:50
ザボはどうかと聞く人は、計算化学を要求してると思うがね。

445 :あるケミストさん:02/12/08 09:16
おまいら、
米澤他「量子化学入門(上、下)」は読まんの?


446 :あるケミストさん:02/12/08 09:25
>>439
RHF, UHF, CI, MCSCF, CC, MP2 とかって何だよ?
と思うが教科書は日本語しか読めないヤシには薦められる。

>>442
計算化学というよりは、量子化学計算の本だな。計算化学はもっと広い。

447 :あるケミストさん:02/12/14 18:31
あげ

448 :あるケミストさん:02/12/15 10:58
いろいろ教えて!
量子化学ってどういう計算がメインですか?

化学反応速度定数を理論的に計算するとか?
よくPhys.Rev.Aに原子分子系の電子構造の
実験と計算なんかが載るけど、そういうのも
やってます?

有機化学で必要というのはなぜに?結合の次数
とか、攻撃のしやすさがわかるんで、なんかの
実験結果の根拠として計算をしないといけない
のですかね?

計算方法は?密度汎関数法とかいうやつ?
密度汎関数法とHartree-Fockの違いって?

449 :あるケミストさん:02/12/16 09:11
age

450 :あるケミストさん:02/12/19 01:10
Hartree-Fock法
 波動関数を1電子軌道(分子軌道)を使った単一Slater行列式で表現し、
 厳密なハミルトニアンを使ってエネルギーを求める。
 そのエネルギーを最小化するように分子軌道を最適化する。
 単一Slater行列式を使うため、
 ハミルトニアンは厳密でも結果は厳密ではない。

密度汎関数法
 エネルギーを密度の汎関数で表現し、
 密度を最適化することでエネルギーを求める。
 しかし、正確な形は分からないので、
 エネルギーの形は近似せざるを得ない。
 厳密には基底状態にしか適用できない。
 密度汎関数法を分子軌道法ライクにしたのがKohn-Sham方程式。
 Slater行列式から得られる密度を使い、
 軌道を最適化することで状態を得る。

出発点は全く違うが、
Hartree-Fockも密度を最適化していると表現できるので、
密度汎関数法の一部と見做すこともできる。
が、普通はHartree-Fockでは得られない効果を含めたものを
密度汎関数法と呼ぶ。

451 :あるケミストさん:02/12/21 14:11
現在、割と最近出たGAMESSのソースを読んでいるのですが
もしかして、基底関数はG関数までしか対応していない
のでしょうか?

452 :あるケミストさん:02/12/21 14:43
Gまで対応してるんですか?
出力だけ見ててっきりFまでだと思ってたのですが。

って、確かに使えますね。びっくり。
1 H 1 S 0.280322 -0.438592 -0.350785 0.352969 -0.444606
2 H XXXX 0.013404 -0.021070 -0.016940 0.018085 -0.022975
やっぱり表示があふれちゃってますけど(笑
こりゃ出力の部分をいじらなきゃ。

あ、やってみましたが、Hは使えませんでした。

453 :あるケミストさん:02/12/21 15:35
>>452

実は使い方分からないんですわ。
ソースだけ読んでいて自分のプログラムに
くっつけようとしているのですが、Gまでしか
使えないのなら、H先生のやつが公開されるのを
待つとするか。GAUSSIANより速いらしいので

454 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

455 :あるケミストさん:02/12/21 16:36
Gaussian は確か I くらいまで使えたと思いますね。

456 :??:02/12/21 20:30
初歩的な質問ですが、ガウシアンって完全系をはっていないのに
なぜ基底関数につかってもOKなんですか?


457 :あるケミストさん:02/12/21 23:27
>>453
H先生って、T大の?
だいぶ昔にそういう噂を聞いたような気もするけど、いつ公開されるの?

458 :あるケミストさん:02/12/22 05:45
>>456
非直交基底の線形結合から
規格化直交基底を作ることができるからです。

非直交基底を φ_i(r) と、行列 S を
 S_ij = ∫dr φ_i^*(r) φ_j(r)
として、規格化直交基底を
 φ'_i(r) = Σ_j X_ji φ_j(r)
とできるすると、
 ∫dr φ'_i^*(r) φ'_j(r)
  = Σ_kl X_ki^* X_lj ∫dr φ_k^*(r) φ_l(r)
  = Σ_kl X_ki^* S_kl X_lj
よって、
 X^† S X = 1
なる行列 X が存在すればよい。
例えば
 X = S^(-1/2)
を使えば、S のエルミート性から
 [S^(-1/2)]^† S S^(-1/2) = S^(-1/2) S^(1/2) = 1
となる。
あとは X に右からユニタリー行列をかけても
 (XU)^† S (XU) = U^† (X^† S X) U = U^† U = 1
となるので、一般に
 X = S^(-1/2) U
は規格化直交基底への変換行列となる。

実際は重なり積分を対角化して、
 s = U^† S U
 X = S^(-1/2) U = (U s^(-1/2) U^†) U = U s^(-1/2)
としたものを使うことが多いです。

459 :あるケミストさん:02/12/22 12:32
>>456
完全系をはっていなければ、基底関数につかってはいけないと思う理由は何ですか? 

460 :あるケミストさん:02/12/22 13:42
>>457
噂では来年の二月とか....

461 :456:02/12/24 01:15
>>459
ヒルベルト空間上の一部の波動関数しか表現できないからです。
変分条件をみたす関数を探すときには可能な探索領域をすべて探して
最適なものを選ぶ方が自然だと思いました。


462 :456:02/12/24 01:30
>>458
わざわざ面倒な式を打ち込んでくれてありがとう。正直まだ仮定の部分が
よくわからないですが、文献とか教えて貰えますか?


463 :458:02/12/24 17:52
>>461
変換後の規格化直交基底は、
その基底を使って表現できる、ヒルベルト空間の「部分空間」内で
完全系を張ってるわけです。

無限基底は実際に計算する上では使えないので
(係数が解析関数になるわけではないので、
 各基底に対する係数をそれぞれ保存しないといけないのです)、
仕方なしに部分空間内で計算するのです。
仰る通り基底関数を上手に決めないとpoorな結果しか与えてくれないので、
水素原子の厳密解であるSlater関数(計算量が多い)か、
それにによく似たGaussian関数の線形結合(比較的計算量が少ない)をよく使います。
どの幅のGaussian関数にどの異方性をつけてどう線形結合するかによって
STO-3G, 6-311G(2p,2d), aug-cc-pVTZ, MIDIなど、いろんな名前がついてます。
どれを使うかは、計算量と要求される計算精度から経験的に決めます。

>>462
本なら、上にあるザボとか。
本は疎いのでこれ以上は勘弁。
多分標準的な量子化学の教科書なら何にでも書いてあるのでは?

464 :456:02/12/25 01:14
>>463
詳しくかいてくれてありがとう。おっしゃるところの部分空間がどういうもので、
なぜその空間で考えれば経験的にもうまくいくのかピンときませんが、話の大筋
が見渡せました。


465 :456:02/12/25 02:30
>>464
について自己フォロー。有限個の基底という意味での部分空間というところ
を読み飛ばしていました。464は無視してください。とすると、話は
戻ってしまって恐縮ですが、規格直交基底がガウス関数で展開できるという
仮定がなぜ正当化できるのかが浅学で理解できません。


466 :458:02/12/25 03:15
>>465
規格化直交基底に変換することのできる条件は、
変換行列 X が存在するということです。

S^(-1/2) U が存在すればそれは X の要求される性質を満たすので、
即ち S^(-1/2) が存在すれば必ず変換できるわけです。
(これだけでは必要条件しか示せてませんが、勘弁)

S^(-1/2) が存在する条件というのは、
即ち S が正則(逆行列が存在すること)であることです。
S の逆行列は S のエルミート性を使えば(>>458を参照)
 S^(-1) = U s^(-1) U^†
求められるので、要するに S がゼロ固有値を持たなければ正則なわけです。

S がゼロ固有値を持つというのは、
非直交基底関数が線形従属だということに他なりません。

結論としては、非直交でも線形独立ならば
X で1次変換を行うことによって
直交基底に変換することができるというわけです。

実際には s が非ゼロでも小さくなりすぎると
対角化の場合の数値誤差のせいで使い物にならなくなります。
原子間距離が狭くなりすぎるとそういう状態になりますが、
普通の結合距離程度ではそれ程問題にはなりません。

467 :458:02/12/25 03:38
補足。

2次元平面で考えてみると分かりやすいと思います。
平面は平行でない非直交な2つのベクトルの線形結合で張ることができます。
で、そのベクトルの適当な線形結合2つを選べば、
直交する2つのベクトルも表現できるはずですよね?
そういうことです。
直交基底が完全系を成すことはわかりますよね?

また、最初に選んだベクトルが平行(線形従属)な場合は
1次元直線しか表現できなくなってしまうわけです。
この場合は2次元平面の完全系を成さなくなってしまうのです。


で、変換後の基底が完全系を成すのに元の非直交基底は完全系を成さないのか?
ということですが、元の非直交基底は
ある計量を持った歪んだ完全系を成しています。
規格化直交基底の完備性条件はブラケット記法を使うなら
 Σ_i |ψ_i><ψ_i|=1
ですが、歪んでいる場合は
 Σ_ij |φ_i> M_ij <φ_j|=1
となります。
基底関数
 φ_i(r) ≡ <r|φ_i>/√K (K は基底の数)
を導入すれば
 1 = <r|1|r> = ∫Σ_ij <r|φ_i> M_ij <φ_j|r>
 1 = Σ_ij M_ij ∫φ_j^*(r) φ_i(r) / K
  = Σ_ij M_ij S_ji / K
  = Tr(MS)/K
となるので、M = S^(-1) であることが分かります。
(相変わらず必要条件ですが、勘弁)

468 :456:02/12/26 01:46
>>466,467
なるほど。適当なガウス関数を複数とってきたら、よほど変なことしないかぎり
線形独立にはなるので、御説明通り直交基底はほぼ表現できますね。
クリアな説明ありがとう。

469 :あるケミストさん:02/12/26 02:51
誤植
× φ_i(r) ≡ <r|φ_i>/√K
○ φ_i(r)/√K ≡ <r|φ_i>

470 :あるケミストさん:02/12/28 12:56
あー!講義ノート準備すんのうぜえ!勝手に本読んで勉強してほすいものだ。

471 :あるケミストさん:03/01/07 04:22
摂動法ってなんですか?

472 :あるケミストさん :03/01/07 12:37
>>471
隋の時代、とある農村の小さな寺で修行をしていた
若き拳法家、摂・動が、ある日...

473 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

474 :j:03/01/08 16:45
量子化学

475 :あるケミストさん:03/01/08 18:55
>>471
一般的に言うと、ある量 A を大体表現できる A_0 という量を考え、
そこに補正を加えるという方法。
A_0 や補正項が A をまともに求めるよりも解きやすく、
補正が小さければ、摂動法が有効。

量子化学の話なら >>410 あたりから先を見てみるよろし。

476 :あるケミストさん:03/01/08 23:38
フェルミ気体、フェルミエネルギー、フェルミ温度、フェルミ面など
それぞれ詳しく教えて下さい。僕の弱い頭ではいまいち理解できません。
漠然とした質問ですがどうぞお願いします!


477 :あるケミストさん:03/01/09 14:35
>>476
物理板で聞くと詳しく聞けるかと。

478 :あるケミストさん:03/01/14 13:20
>>472
誰も突っ込まないから突っ込んでおくか…。
民明書房かよ!

479 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

480 :あるケミストさん:03/01/15 09:10
>>476
フェルミ気体…スピンが半整数の粒子で構成される気体
フェルミエネルギー…絶対0度におけるフェルミ粒子の持てる最大のエネルギーフェルミ温度…なんだっけ?Cvの計算とかで使うんだよ。定義みたいなの。
フェルミ面…フェルミエネルギーとその上のエネルギーで生じる境界面



481 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

482 :山崎渉:03/01/18 13:32
(^^)

483 :あるケミストさん:03/01/25 14:19
保守

484 :あるケミストさん:03/01/26 23:50
量子化学の話題から少しそれますが、固体の電子論なんかで
kベクトル(波動ベクトル)って出てきますよね。
あのkベクトルの意味するところがよく分かりません。
具体的に言うと、バンド計算で出てくるブリルアンゾーン内の
エネルギーの分散関係をどのように解釈すればいいのかが分からないんです。

直感的にどういう理解をすればいいのか、教えてください。


485 :あるケミストさん:03/01/27 09:38
kベクトルはそのまま空間座標のフーリエ変換=運動量と
考えればいいんでないかい?
んで、多分分散関係からフェルミレベルとかがわかるっしょ?
答えになってる?

486 :あるケミストさん:03/01/27 19:56
理想気体を一定圧力のもとで、ある温度範囲にわたって熱したときと、
一定体積のもとで同じ温度範囲にわたって熱したときでは、どちらの
エンタルピー変化が大きいか?

この問題の答えと証明過程おしえてください。




487 :484:03/01/28 01:24
>>485
なるほど、運動量と解釈するんですか。

>>486
量子化学じゃなくて熱力学じゃないか・・・。

nモルの単分子理想気体の可逆過程ならば、
定圧過程では、dH=(Cp)dTより
僣=∫(Cp)dT=Cp儺=(5/2)nR儺

定容過程では、dH=dU+VdP=(Cv)dT+VdPより
僣=∫(Cv)dT+∫VdP=(3/2)nR儺+V儕=(5/2)nR儺

で、単分子理想気体だとエンタルピー変化は同じ。

ちなみに、エントロピー変化、仕事は
定容の場合、dU=dQ=TdSだから
儡=∫dU/T=∫dT(Cv)/T=(3/2)nR*ln(T2/T1)
dW=-PdV=0より儻=0

定圧の場合、dU=TdS-PdV
∫(dV)P/T=∫(dV)nR/V=nR*ln(V2/V1)=nR*ln(T2/T1)
となるから、儡=(5/2)nR*ln(T2/T1)
儻=-∫PdV=-∫(dV)nR/V=-nR*ln(V2/V1)

もし間違ってたら恥ずかしいので逝きます。
俺、  必  死  だ  な  (藁

488 :あるケミストさん:03/01/28 01:34
うわ・・・定圧過程の仕事間違ってるよ・・・
儻=-P儼だ・・

逝ってきます

489 :あるケミストさん:03/01/28 04:03
イ`

490 :あるケミストさん:03/01/28 04:43
厨向けのフォノン解説ページってありますか?
振動とどこが違うの?

491 :あるケミストさん:03/01/28 08:29
>>490
単発質問の上に量子化学と関係ない。487が親切だったからって、
やりすぎるな。

492 :あるケミストさん:03/01/28 12:55
>>487
ありがとうございます

493 :あるケミストさん:03/01/28 14:11
>>491
フォノンも別に量子化学でいいと思うけど?
というか、どうせ量子化学は化学に行けば物理で
物理に行けば化学と言われる学問なんだし、
細かい区切りはいらないと思う。

でも、物理板で聞いた方が詳しい答えが返ってくるかもね。

494 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

495 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

496 :あるケミストさん:03/01/31 09:31
フォノンの解説かぁ〜
キッテル+多粒子系の量子力学でだいたいわかるんじゃないかな?
もちろん、基本的な量子論は理解してるとして。

497 :あるケミストさん:03/01/31 11:33
win版のG98WをDOS上(コマンドライン)で動かしたいのですが、うまくいきません。
ファイルを.GJFでセーブして、inputまでは出来ているのですが、.logが出来ません。
どなたか力貸してください。

498 :あるケミストさん:03/02/02 01:30
win版はわからね

499 :あるケミストさん:03/02/03 11:09
ここはみなさんレベルの高そうな人ばっかりで
馬鹿にされてしまいそうですが質問です。

Gaussian98で構造最適化計算をしたいのですが、
一部分だけを固定して最適化させないようにしたいのです。
Z-matrixに変数でなく定数をそのまま入力すればよいみたいな
ことを聞いたのですが、どうも固定されていないみたいなのですが。
optキーワードを使いました。

Red Hat Linux7.0で使ってます。
量子化学は全然わかってないんですけど。
よろしくお願いしますです。

500 :あるケミストさん:03/02/03 13:17
日本で一番世界的に有名で権威のある量子化学の教授は何大の何教授ですか?

501 :あるケミストさん:03/02/03 13:44
>>499
Gaussian98 ならそれで良かったように思うのですが、
それでだめなら opt でなく popt にしてみて下さい。

502 :あるケミストさん:03/02/03 18:59
>>500

江森大学のモロ隈じゃないの?

503 :あるケミストさん:03/02/03 21:42
>>502
生者ではたぶんそうだろうなあ。

504 :あるケミストさん:03/02/04 01:55
小原積分は偉大だよ。

505 :あるケミストさん:03/02/04 10:10
>>501
返事おくれました。
固定できました。ありがとうございます。
でも確かに私もoptでよかったと思ってたんですけどね。


506 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

507 :あるケミストさん:03/02/04 15:53
>>506
このコピペ見るといつも思うんだけど、
このコピペ張ってる奴は絶対A型だよな。

508 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

509 :あるケミストさん:03/02/04 16:57
Gaussian98でScanとSCFの両方リクエストしていて、Restartしたいときは
ScanとSCFのどっちにRestartをいれりゃいいんすか?

510 :あるケミストさん:03/02/04 17:43
Scan=RestartでOK

511 :あるケミストさん:03/02/08 23:57
ほっしゅほしゅ

512 :あるケミストさん:03/02/09 02:12
保守age

グリーン関数について語って下さい。

513 :あるケミストさん:03/02/09 02:34
演算子作用させるとδ関数になって、
微分方程式解くのに便利で、
デムパを表す関数ってことやけど、
グリーン関数使う機会無いからあんまよー分からんわー。
Hartree-Fockもグリーン関数使って表せるねんけどな。

514 :あるケミストさん:03/02/09 02:40
質問なんですが。
多電子原子の電子軌道のエネルギーについて、2Sより2Pのほうがエネルギーが大きくなるのは
遮蔽効果によるものだ、ということらしいのですが、遮蔽効果がどのように関係するのかが分かりません。
軌道の形が影響するのかなぁ

515 :あるケミストさん:03/02/09 02:49
S軌道は原子核のところにピークがあるけど、
P軌道は原子核のところにノードがあって
電子の分布はS軌道よりも外側になる。
だから、S軌道の電子によって原子核の電荷が遮蔽されて
P軌道の電子は束縛がちょい弱くなる。

516 :あるケミストさん:03/02/09 22:40
>>513
Slater行列式の代わりにGreen関数を使うってことですか?

517 :あるケミストさん:03/02/09 23:42
>>516
Hartree-Fock は MP1 やゆうんは聞いたことない?
確か、Feynman diagram のうち、
1次のやつとそれを組み合わせてできる高次のやつの
合計を考慮したものが Hartree-Fock やったと思う。
うろ覚えやけどな。
フェッター・ワレッカとか読めば書いとる。

518 :あるケミストさん:03/02/10 03:28
量子化学を実際に使う分野ってどんなとこですか?


519 :あるケミストさん:03/02/10 08:59
>>518
触媒扱ってるメーカーなら大抵量子化学計算(Gaussian,GAMESS,Molpro)してる。


520 :あるケミストさん:03/02/10 10:07
>>518
ナノテクはまだまだ理論予測が必要だ
それに力を発揮するのが
  『Gaussian98』
そろそろバージョンアップしねえかな

521 :激殺邪道拳:03/02/10 10:20
>>520
そろそろでるらしいですよん。ソースは下。
http://www.netscience.ne.jp/comid/engin/gaussian/index-main.html

522 :1234565653:03/02/10 10:28
まだ素人からの質問です。
量子化学、放射線科学、そして核化学の違いについてどんな印象をお持ちですか?

523 :あるケミストさん:03/02/10 10:34
>>516
変分法において試行関数を単一粒子描像(single-particle representation)
で表したとき、Hartree-Fockが最良な試行関数となることが証明できたはず。

>>517の書いてある通り、1次のFeynman diagramだけを考慮してHamiltonian
を書き下し(このときグリーン関数が現れる)グリーン関数を無摂動展開し
て、試行関数がSlater行列である変分法を使うっていうのが一般的な
Hartree-Fock計算。
もっと高度な方法もあり、その場合グリーン関数を無摂動展開せず、
直接グリーン関数を計算する。
エレガントではあるが、これは僕にとって、実際に計算しようとしても
ちと理解がむずかしいのでお手上げ…



524 :あるケミストさん:03/02/10 10:48
>522
量子化学っていうと、原子分子の電子構造とかのイメージ
物理学の分野?Physical Review AかBな感じ。

放射線科学は放射線技師なイメージ(適当w知識が大事?高校の物理(悪い意味ではない)な感じ。

核化学は原子炉なイメージ
実用できるかが重要?原発で働く感じ。


525 :あるケミストさん:03/02/10 11:30
量子化学or量子力学をいちから勉強しようと
思っているのですが、いい教科書はないでしょうか?

526 :あるケミストさん:03/02/10 12:46
僕はほんと馬鹿だったので、物理学の入門コースとかの量子力学も
全然理解できなかったんですが、ポーリングの「量子化学序論」で
かなり目覚めることができました。参考までに>>525

527 :あるケミストさん:03/02/10 13:18
>>525
小出の1と2
これだけで十分


>>520
Gaussian98はいいよね
とくにDFTの結果は素晴らしい
でも計算時間が長いよね


528 :あるケミストさん:03/02/10 13:28
>>527
俺もGaussianに萌えた。
ノーベル賞級だけあるな。

>>519
企業でもGaussian使ってるの?
俺はB4M1とずっとGaussian使ってきたんで
将来活かしたいなぁと思ってるんだけど例えばどんな企業かな?
知ってる企業名教えてよ。

529 :あるケミストさん:03/02/10 14:01
>>527
確かに DFT は Gaussian98 がいいね。
GAMESS の DFT は収束が非常に悪い!
でも、GAMESS は CI 系が充実してるのがいいね。
タダだし。
でも、Gaussian2003 が出たら状況も変わるのかな?

530 :あるケミストさん:03/02/10 14:17
例えばフラーレンに鉄をドープした系で
基底関数をC原子には6−311G(d)
Fe原子にはロスアラモスを使いたいんだが
どう書けばいいものか?誰かおしえて〜!!

531 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

532 :あるケミストさん:03/02/10 23:28
>>530
基底関数を gen にして何かする。
詳しくはマニュアルでも見てみれ。

533 :あるケミストさん:03/02/11 00:57
>>517
>>523
丁寧な説明サンクスコ。
実はGreen関数のこと全然知らないんですよ(ヘボ
場の量子論の講義で、S行列の計算の辺りで出てきたんですけど
専門書は全く歯が立たず、ザボの下を少し読んだ程度でして・・・。
勉強して出直してきます。

>>524
Phys. Rev.に量子化学計算ってあんまり載ってないような。
金属の入った物質はたまに見かけるけど、分子の量子化学計算より
バンド計算のイメージがありますねぇ。

量子化学計算がよく載るのはJPC(A,B), JCP, CPLとか、
あとはIJQC, THEOCHEMあたりじゃないかなー。
個人的に、Mol. Phys. はかなり渋いと思ってます。

534 :あるケミストさん:03/02/11 01:00
連続スマソ

>>525
量子化学入門、ザボ、JJサクライあたりを齧りました。
が、まだまだ全然分かってないっす・・・。

>>520-521
Gaussianついにver upですかぁ。
うちは金ないから当分は98のままだな(w
Gaussianに慣れると他のプログラムって使いにくいですよねぇ・・・

535 :あるケミストさん:03/02/11 01:49
>>533
あとは界面やクラスターの計算とか。 > Phys. Rev.
どちらにしろ、普通の分子っぽいのはあまり見ませんよね。
あとは手法の論文とか。

あと、ザボの Green 関数はオマケみたいなもんなんで、
あまり参考にならないかと。

>>525
物理の講義に出まくる!
それと並行して勉強すれば理解も進むかも。

536 :あるケミストさん:03/02/11 02:05
>>533
ザボは確かにおまけだよって著者も書いてますね。
本格的な場の量子論の教科書は完全に駄目ですた(w
そもそも相対論知らないし。素粒子やってる人はやっぱ頭良いわ。

>>525
量子化学の講義とかあるなら出てみたらどう?
漏れは結構勉強になりますた。

537 :あるケミストさん:03/02/11 02:19
>>536
特殊相対論ならちゃんと勉強すれば
そんなに難しいものでもないですよ。
一般相対論はややこしいけど、
量子化学では全く関係ないですね...。

538 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

539 :あるケミストさん:03/02/11 12:45
パリティ物理学コースの「素粒子物理」ってかなりわかりやすく
書いてくれてるよ。後は簡潔だけど「場の量子論〜摂動計算の基礎〜」
もいい。
最強は「多粒子系の量子論」フェッター/ワレッカ著。
これはすべて非相対論で話を進めてるよ。
ここで言われてるザボって知らないんだけど多粒子系のやつかな?
もしそれならフェッター/ワレッカのほうが10倍詳しくっていいと
思うよ。



540 :525@3回生:03/02/11 13:09
みなさんレスありがとうございます。

あの後さっそく本屋に行き、量子化学のテキストを手に取り、
数ページをペラペラ・・・
それだけで頭が痛くなってきました。やはり知識がないと、どれがいいかなんて
わからないですね・・・。今度は皆さんから聞いた本を探してみます。

ちなみに去年量子化学の授業をうけたけど、さっぱり身についてません。
授業は、先生がひたすら黒板とおしゃべりしていた感じでした。

とりあえず本当にいちから勉強しようとおもっています。
そこで質問ですが、数学の知識はどれくらい必要ですか?
解析と線形は、今、自習してますが(主に線形)半分くらいしか理解できません。
みなさんの経験からアドバイスをください。よろしく。

541 :あるケミストさん:03/02/11 13:22
>>539
ザボというのは、
A・ザボ 「新しい量子化学(上・下)」 東京大学出版会
のことです。量子化学計算はこれで勉強しました。

フェッター・ワレッカを勧めてる方が何人かいますけど
絶版なんですね・・・復刊.comに出てました。

542 :あるケミストさん:03/02/11 14:04
>>540
数学単独で勉強するよりも、
実際に量子化学内でいじってる方が理解が進むと思いますよ。
あと、授業でよく分からないのは普通なので、
あまり気に病む必要もないかと思います。
ちゃんと理解したのは研究室に入ってからですね。

>>ザボ
ザボは初心者向けの本としてはよくできてると思います。
でも、(説明を簡略にするための)嘘も書いてあるので、
大体理解できたら他の本も読んだ方がいいですね。
(嘘で一番目に付くところは、
 ブラケットを波動関数と同一視してるところですね)

543 :あるケミストさん:03/02/11 21:11
>>542
禿胴。
ブラケットの意味や波動関数との関係はJJサクライ読んで
初めてちゃんと分かりますた。


544 :あるケミストさん:03/02/14 02:53
保守。

545 :あるケミストさん:03/02/14 04:58
下の写真を見て答えなさい
http://lounge.dip.jp/upboard/img-box/img20030209215834.jpg

この写真が撮影された理由


546 ::03/02/14 15:48
「量子力学の冒険」は最高

547 :あるケミストさん:03/02/16 02:45
量子化学を大学院で勉強されてる方って、それを活かすならどんなところに就職されるんですか?
アカデミックではなく、一般企業で。
企業名を挙げて、だいたいどんなことをするのか教えてください。

548 :あるケミストさん:03/02/16 04:59
やっぱ薬学系?
量子化学計算で性質調べてから
良さそうなものを実際に合成する、って聞くよね。

549 :Gaussian2003ほすぃ:03/02/16 12:03
>>547
大手メーカーの基礎研か中央研など。
基礎研究分野ではたいてい量子化学計算やってるよ。
漏れはまさに企業で第一原理計算やってるし。
普通はMD法の方が多いかな?

550 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

551 :あるケミストさん:03/02/16 21:21
誰かこの問題を解ける人、教えてください。
∫ψ2s※ψ2pxdτ=0が成り立つ時、ψ2sとψ2pxが互いに直交しているという。
このことを別にどのように表現できるか。
よろしくお願いします。


552 :あるケミストさん:03/02/17 10:21
>>551
これは意味がわからないなぁ
「どのように表現」かぁ、上のことで十分じゃない?

553 :あるケミストさん:03/02/18 21:07
>>551
なんじゃこりゃ?典型的な悪問棚。出題した狂員の名前晒していいよ。

554 :あるケミストさん:03/02/19 09:09
>>551
地方私立大?

555 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

556 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

557 :あるケミストさん:03/02/24 18:30
量子化学を勉強したいです。

そのまえに数学ももう一回勉強したいです。
何を勉強しなおせばいいでつか?

558 :あるケミストさん:03/02/25 13:20
>>557
九九

559 :あるケミストさん:03/02/25 13:34
d軌道がD2hの場のもとでどのように分裂するか分からない。
D2hのχ(可約)の値も分からないのだが‥





560 :あるケミストさん:03/02/27 14:42
カーパリネロ法が入っているソフトご存知の方いませんか?

もしご存知でしたら教えて下さい。

561 :あるケミストさん:03/02/27 14:52
>>560
DACAPO

562 :560:03/02/27 16:54
>561さん
ありがとうございます。早速探してみます。ありがとうございました。

563 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

564 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

565 :560:03/02/28 09:07
>561さん


カー・パリネロ法が使えるソフトで、
国内の代理店でとりあっかっているところはないでしょうか?
もしご存知でしたら教えてください。

566 :561:03/03/02 21:27
>>560さん

私はDFT使いなもので、実際Car Parrinello法はよくわかりません。
力になれなくてすみません。

↓このサイトが参考になるのでは?
http://www.geocities.co.jp/Technopolis/4765/INTRO/yogo.html

567 :あるケミストさん:03/03/03 00:36
>>566
Car Parrinello法はDFTだ!
というような揚げ足取りはこのスレにふさわしくないので、このへんにしておくけど、
たしかCAMP-ATAMIってあったよね。だいぶ古いけど。確かFree。
566氏の紹介しているサイトにも記載されてたっけ?

されてたね。
Cerius2ってアクセルリスだったんだね。あれは日本法人もあるよ。

568 :山崎渉:03/03/13 13:31
(^^)

569 :あるケミストさん:03/03/13 19:39
定期的にアゲル!

570 :あるケミストさん:03/03/19 04:23
>>560
CPMDはだめ?
無料だけど。

571 :あるケミストさん:03/03/25 00:40
計算の話が多いな

572 :あるケミストさん:03/03/25 00:54
Gaussian03出たね!

573 :あるケミストさん:03/03/26 10:18
>>571
具体的にやってること、今後これやったらおもしろいかもって
いう量子化学の話をしようか?

僕がやってんのはHartree計算。
今後やりたいなってのは化学反応かな?どのくらいやられてるのか
全然調べてないけど。

574 :あるケミストさん:03/03/27 07:54
ネタ?

575 :あるケミストさん:03/03/27 18:26
HF/STO-3G

これ最高だね

576 :あるケミストさん:03/03/28 04:54
描像はきれいなんだけどね。

577 :あるケミストさん:03/03/28 17:53
>>573 Hartree-Fock でなくて Hartree か、まじで?

578 :あるケミストさん:03/03/29 01:26
>577
核のダイナミクスかもしれんよ。
それだったら、Hartree計算で今後化学反応をやりたい、
ってのもありでは?

579 :あるケミストさん:03/03/29 04:36
さぞかし大規模な計算しとるのだろうなあ。

580 :あるケミストさん:03/03/31 19:40
学部生ですー。
四月からGaussian98を使って構造とかエネルギー計算とかをやるっぽいのですが、量子化学などの知識はどのくらい要るんでしょうか?
研究室も専門でないので1からのスタートです。
今アトキンズを使ってるのですがこれで大丈夫ですか?

581 :あるケミストさん:03/03/31 20:18
マッカーリでやり直せ。

582 :あるケミストさん:03/04/01 08:13
>>580
分子軌道法 計算化学シリーズ
講談社

583 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

584 :あるケミストさん:03/04/03 02:10
ワシが近いうち教科書かいたる。内容などの要望があったらここに書いといてね。

585 :あるケミストさん:03/04/03 08:05
>>584
安く汁

586 :580:03/04/03 17:15
>>581,>>582
ありがとうございました。探してみます。

587 :あるケミストさん:03/04/06 15:05
>>584
悪戯書きできるように顔写真入れろ!

588 :あるケミストさん:03/04/09 01:27
>>584
MCSCF についてこれでもかというくらい詳しく書いて下さい。
おながいします。

589 :あるケミストさん:03/04/09 12:42
>>588
マイク牧に聞いてください

590 :584:03/04/11 22:08
>>587 らくがおだな? よっしゃ!

>>588 とりあえず次の四つでも読んどけ。
J Olsen, DL Yeager, P Jorgensen, Adv Chem Phys 54 (1983) 1.
H-J Werner, Adv Chem Phys 69 (1987) 1
R Shepard, Adv Chem Phys 69 (1987) 63
BO Roos, Adv Chem Phys 69 (1987) 399

591 :あるケミストさん:03/04/13 11:07
>>590
マイクの論文はねーんかい?



マイクはMCSCFじゃなかったかな?

592 :あるケミストさん:03/04/13 11:08
マイクってがめすのマイクシュミットだよ

593 :あるケミストさん:03/04/13 20:16
M.W. Schmidt and M.S. Gordon, Ann. Rev. Phys. Chem. 49, 233 (1998)
"The Construction and Interpretation of MCSCF Wavefunctions"
のことか?

594 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

595 :あるケミストさん:03/04/13 22:55
>>593
そうそう、がめすのマイクのこと

596 :山崎渉:03/04/17 08:51
(^^)

597 :あるケミストさん:03/04/18 02:46
age

598 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

599 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

600 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

601 :山崎渉:03/04/20 03:56
   ∧_∧
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)

602 :あるケミストさん:03/04/20 04:28
あぼーんや山崎渉ばっかなのもいやなので、
ここいらでちょいとネタふり。

Gaussian2003 が出てもうそろそろひと月になるけど、
使った人にちょいと感想を聞きたいです。
追加機能、良くなった点、悪くなった点、などなど
どんな感じなんでしょうか?

603 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

604 :あるケミストさん:03/04/26 19:43
ザボっている香具師集合汁!

605 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

606 :あるケミストさん:03/04/27 23:01
age るごとに荒らしが入ってあぼーんというのも遣る瀬無いなぁ。

607 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

608 :あるケミストさん:03/04/29 02:12
age なくても荒らしが入るのはイヤン。
ところで、Gaussian2003 使ってるの、まだろくにいないの?
まぁ、うちもまだ入ってないから人のこと言えんが。

609 :あるケミストさん:03/04/29 20:48
またバグが(ry

610 :あるケミストさん:03/04/30 13:01
うちもGaussian2003買おうか迷ってます。
GaussViewはどうですか?


611 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

612 :あるケミストさん:03/04/30 21:12
>>610
がうすヴゅーはいいよ

613 :FMM屋:03/04/30 22:18
古典系で高速多重極展開(FMM)を修論としてやっているものですが、
量子系でもつかっているってほんとですか?つかえるとしたら実際どんな感
じで使っているんでしょうか?


614 :あるケミストさん:03/05/02 18:55
2電子積分を計算するのに使ってるのだろう。おそらく。

615 :あるケミストさん:03/05/05 13:37
http://utchem.qcl.t.u-tokyo.ac.jp/index.html
UTChem上げ
報告よろ〜

616 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

617 :あるケミストさん:03/05/05 16:37
>>615
UTChem キター!

618 :あるケミストさん:03/05/05 18:47
>>617
UTChemのいいところってどこよ?

619 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

620 :あるケミストさん:03/05/05 20:01
>>618
相対論効果だな。
4成分スピノルを使ってまともに解ける。
Features を見る限り、相対論的 DFT もできるみたいだな。

あの研究室は相対論的 MCSCF とかしてたと思うから、
そのうちそれも入ってくると思われ。
まぁ、十分論文が出てからなんだろうがな。

621 :あるケミストさん:03/05/05 20:34
>>618
http://www.chem.t.u-tokyo.ac.jp/appchem/labs/hirao/qc/comp/index.html
Sphericaなんかめちゃくちゃ速いんですが・・・・

DL失敗するのはオレだけか?

622 :あるケミストさん:03/05/05 21:02
>>621
ほんとだねー、滅茶苦茶速いね
おまいらはプログラム作ってるのかー?

623 :あるケミストさん:03/05/10 23:04
上の方で少し話が出てましたが、Car-Parrinello法に
ついて知ってる方、計算時間とかテクニックなど、教えてください。

624 :あるケミストさん:03/05/11 11:37
フラスコ振らないで研究する理論屋さんの面白さって何?

625 :あるケミストさん:03/05/11 11:59
フラスコ振る実験屋さんだって、実際に「研究してる」のは、
「どういう実験をするのか」「実験結果は何を意味するのか」
を考えてるときじゃない? 理論屋は(ほとんど)その部分だけを、いわば
「おいしいとこ取り」してるようなもの。そういう面白さ。

もちろんフラスコを振る面白さもうらやましいと思うし、それは実験屋さん
の特権だと思うので、是非ともその世界の面白さを極めて欲しいと思う。

ちなみに理論屋じゃなくて「計算屋」の面白さは、実験屋さんの面白さに
近いんじゃないかと。

626 :あるケミストさん:03/05/22 08:31
・束縛状態&散乱状態ってなんでしょう?

627 :あるケミストさん:03/05/22 11:59
光解離と光脱離の違いって何?
photodetachmentに関する良い本ある?

628 :あるケミストさん:03/05/23 05:37
そういった用語は物理学辞典とか理化学辞典みると良いよ。
知らない分野の論文読むときとか役に立つ。


629 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

630 :あるケミストさん:03/05/25 03:43
理論化学系に進もうと思ってるんですが、理論化学に将来性はありますか?

631 :あるケミストさん:03/05/26 10:13
将来性ってなに?
1.大発見ができるか → 理論化学に大発見のネタはないでしょう
             理論生物なら大発見の宝庫だろうけど
2.論文が書けるか → 山ほど書けます。分子の種類は無限だし
            計算すれば必ず結果はでるし、ソフトはそろっている。
3.教授になれるか → ポストは少ないです。教授になりたいなら実験系にいくべし。
4.やってて楽しいか → プログラムのコードを書くのが好きな人は楽しいのでは
             サイエンスが好きな人はそれほど楽しくないと思う。
5.数学は必要か → 数式の羅列で自己満足の論文を書く人は多いが
           ほとんど役に立たない仕事が多い。
           20年経ったら消え去っているような論文がほとんど。

結論として、たくさん論文書いて、運良くポストにつけたら、一生食えるが
サイエンティスとしては二流で終わる場合が多いってとこか


632 :あるケミストさん:03/05/26 10:16
>>630
どうしてもやりたいなら中辻研行きなさい。
あそこは福井先生の直系だから、討ち死にはないだろう。


633 :あるケミストさん:03/05/26 17:27
>632
中辻さんって直系なの?
今福井研のあとついでるのはI堀氏だったような。


634 :あるケミストさん:03/05/27 05:02
>>633
今堀先生?ううん……少なくとも福井さんが生きてた頃は
中辻先生が一番可愛がられてたし、
何か講演なんかある度に福井先生の前座を中辻先生が任されてたから、
研究所の系列云々は抜きにして、直系は中辻先生と考えていいんじゃないかな?


635 :あるケミストさん:03/05/27 05:03
福井さんなんて馴れ馴れしく言っちゃいけないな。
福井先生ですw

636 :あるケミストさん:03/05/27 09:08
>634
中辻先生はそろそろ定年なので・・・

637 :あるケミストさん:03/05/27 19:04
頭が高い。大先生と呼びなさい

638 :あるケミストさん:03/05/27 21:08
量子化学の研究室(学部の)って、どのくらいの予備知識が要るんでしょうか?
プログラミングとかできた方がいいですか?
サイモンマッカーリなら自習で何とか読めそうな気がするんですけど。

639 :あるケミストさん:03/05/28 00:52
>>638
ゼミとか開くところが多いと思うんで、
研究室入ってから覚えたんでも別にいいとは思うけど、
何事も知っておくに越したことは無いよ。
やれると思ったらどんどんやればいい。

プログラミングは何を研究するかによって必要不必要が変わってくると思う。
知っておいた方が研究できる範囲が広がるけどね。
理論を作って、そのプログラムを組むというだけではなく、
入力ファイルの自動構築とか、プログラムの自動実行とか、
結果の解析とか、データの整理とかにも使えるしね。

640 :あるケミストさん:03/05/28 05:51
福井氏の孫弟子あたりの世代で良さそうな人はおらんのか?
いやなんか弟子世代も定年間近みたいなので..

641 :あるケミストさん:03/05/28 08:12
>>639
レスありがとうございます。
やっぱり何事も知っておくに越したことはない、ですよね。
ちょっと躊躇してたんですけど、色々本を齧ってみます。

642 :あるケミストさん:03/05/28 11:11
孫弟子の世代って、幅あるよね。
平尾先生くらいから、長岡先生の弟子くらいまで。

643 :あるケミストさん:03/05/28 11:14
>>642
多分>>640は弟子入り志願だと思うから、
同じ程度の実績と政治力ならできるだけ年少の方がいいだろう。

644 :山崎渉:03/05/28 14:11
     ∧_∧
ピュ.ー (  ^^ ) <これからも僕を応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄〕
  = ◎――◎                      山崎渉

645 :あるケミストさん:03/05/28 23:02
寸法安定陽極(DSA)の役割について調べているのですが、
いまいちピンポイントでのっているところがないんです。
お分かりの方、ぜひ教えてください!


646 :あるケミストさん:03/05/29 06:32
誤爆??
googleでこんな論文みっけたけど..

ttp://netserv.ipc.uni-linz.ac.at/~dieter/DsWeb/Lit/PEC/ElActa45(00)2377_PEC_Trass.pdf

647 :あるケミストさん:03/05/29 16:55
東大の山下先生がすばらしい


648 :あるケミストさん:03/05/29 17:19

すみません、物理板の者ですが、
場の量子論から始まる量子化学の書籍いいのありませんか?

649 :あるケミストさん:03/05/29 19:29
>>648
分子科学講座5
「分子の電子状態」−分子理論の展開−
第5〜11章(青野茂行)
共立出版(1986)
がいいでしょう。
古い本なので、図書館で探してください。


650 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

651 :あるケミストさん:03/05/29 20:47
>>649

絶版のようですが、Amazonで目次を見ることができました。
今から20年近くも以前に、場の理論の方法を取り入れた
そんな良さそうな本があったんですね。Green関数の方法が
どんなふうに応用されているのか興味のあるところです。
ぜひ図書館で探してみます。ありがとうございました!

652 :あるケミストさん:03/05/29 20:49
J Linderberg and Y Ohrn, Propagators in Quantum Chemistry, Academic Press 1973
というのもあるな。

653 :あるケミストさん:03/05/29 21:17
>>652

実に魅力的な題名ですね。30年も前の出版とは思えません。
しかし、似たようなアプローチで最近の書籍はないですかね?

654 :あるケミストさん:03/05/30 15:30
量子力学のために解析力学をやろうとおもうのですが、
ゴールドスタインと山本義隆どっちがいいでしょうか?


655 :あるケミストさん:03/05/30 18:51
>>653物性で使ってる場の理論と違うのか?


656 :あるケミストさん:03/05/30 19:31
>>655

言われてみればそうですね。その方面で探してみます。

657 :あるケミストさん:03/05/30 21:05
今サイモンとマッカーリで変分法のところやってます。
算数が3分の2くらいしかわからないけど面白いですね。
ヘリウムの波動関数を近似するときに、
ヘリウムの原子番号は2でわかりきってるのに、
その原子番号を敢えて変分パラメーターにしてしまうのがすごいです。
そして出てきた数字を有効核電荷とする!!すごすぎ。

658 :あるケミストさん:03/05/30 23:16
その変分パラメータは波動関数の広がりを表す。
有効核電荷は他電子による遮蔽効果を取り入れたことになっている。

659 :あるケミストさん:03/05/30 23:23
>>655
物性(=固体物理)の標準的教科書では並進対称性により運動量表示に
すぐに持って行ってしまうが、分子の問題ではそれが出来ない。

660 :あるケミストさん:03/05/30 23:28
>>654
ゴールドスタインならば原書で嫁。
他には高橋康の本がコンパクトで良い。
ランダウ・リフシッツも悪くない。

661 :ボロン:03/05/31 01:12
ボロン12やボロン6の結晶(クラスター)を勉強したいのですが、良い本ありますか?

662 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

663 :あるケミストさん:03/06/04 21:52
サイモンマッカーリ読み疲れage

664 :あるケミストさん:03/06/10 17:53
保守

665 :あるケミストさん:03/06/10 23:42
マトリックスリローデッド見てきたのはいいが
キアヌがマトリックスマトリックス言うたびに
ハミルトニアンを基底関数で展開した
あのマトリックスが頭にうかんでどーも
集中できなかったのは漏れだけですか?

666 :あるケミストさん:03/06/12 00:06
フラグメント MO は、たんぱく質分野で有望でしょうか?
Abinit-MP を使用しているのでしょうか?!
あと、二電子積分の計算法は、今はどの方式がいいのでしょうか?
HGP 法と Gauss-RYS 求積法で d 軌道までの 1 次微分までは FORTRAN で
作ったことあります。(Schwarz 不等式の見積もりありで...)

667 :あるケミストさん:03/06/12 01:01
>>666
>フラグメント MO は、たんぱく質分野で有望でしょうか?
その結果をどう解析するかが確立すれば有望かもしれん。
でも、膨大な結果の何を見て何をどう判断すればいいかって、
かなり難しい問題に思える。

>二電子積分の計算法
小原積分かな?
論文読むのに最低でも1〜2週間はかかると思うけど。
http://ojps.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal&id=JCPSA6000084000007003963000001&idtype=cvips&gifs=yes
http://ojps.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal&id=JCPSA6000089000003001540000001&idtype=cvips&gifs=yes

このレベルまで必要になるかは分からないけど、一応。
Fourier 変換の積分核を含んだ奴。
Laplace 変換の積分核を Gaussian で表現するよう変数変換すれば、
大体の場合は事足りるんじゃないかな。分からんけど。
http://ojps.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal&id=JCPSA6000094000005003790000001&idtype=cvips&gifs=yes

668 :666:03/06/13 00:58
情報ありがとうございます! 一番最初のリンクの Obara,Saika の漸化式
VRR と HRR でコーディングしていました。
http://ojps.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal&id=JCPSA6000089000009005777000001&idtype=cvips&gifs=yes
理解できるかわかりませんが参考にさせて頂きます。


669 :あるケミストさん:03/06/13 01:57
本人か?>667

670 :667:03/06/13 02:36
本人って?
まさか。

671 :999:03/06/16 22:25
量子化学なのですがπ電子の非局在化のおこる条件を教えてください

672 :あるケミストさん:03/06/17 14:49
誰か、ここでIFC7.0でGaussian03をコンパイルされた方
居られますか?


673 :あるケミストさん:03/06/17 20:42
>>671
何それ? ベンゼン環のことか?

674 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

675 :あるケミストさん:03/06/18 20:53
>>672
疲労こんぱいる

676 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

677 :672:03/06/19 11:05
>>675
笑えませんなぁ〜。まさにそのとおり。

678 :あるケミストさん:03/06/26 13:17
Gaussian98でCalcFCのオプション使っていたら、角度が途中で
0〜180度を超えちゃって止まってしまいます。解決方法ありますか。


679 :とあるマニア:03/06/29 09:58
そういや、デュラックの海のエネルギーが真空には満ち溢れているというのはどういう意味なんですか?


680 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

681 :あるケミストさん:03/06/29 16:53
>>679
ディラック方程式の解を素直に解釈すると
反粒子のエネルギーが負なので
無限に安定な状態が存在することになってしまう。
だから既に反粒子の準位が全部埋まってるのが真空だと解釈する、
というのがディラックの海のお話。

でも、ディラックの海の説明は単なる玩具なんで、
あんまり真面目に受け取らない方がいいかも。

682 :あるケミストさん:03/07/02 17:40
mopacでpKaの予測ってできるの?

683 :あるケミストさん:03/07/06 23:19
CASSCFのレヴュー教えてください

684 :あるケミストさん:03/07/07 00:39
放送大学の量子化学の講義誰かwinnyで流して

685 :あるケミストさん:03/07/07 00:41
>>684
誰かにビデオにでも撮ってもらえ!

686 :あるケミストさん:03/07/07 00:43
>>683
>>590
>>593
読んでないから何なのかは知らんが。

687 :あるケミストさん:03/07/08 05:35
誰かBSSEについて教えてくれ!!

688 :あるケミストさん:03/07/08 08:39
BSSE : Basis Set Superposition Error

近くの別の基底関数があると
そいつが関数の表現力を補填してくれるので、
その基底関数単独の表現力との差が出る。
それが BSSE だと理解している。

例えば H2 を計算する事を考えると、
近付けた時と離した時とで基底関数由来の精度が変化する、
もしくは H2 と H の結果を比較する時にも
H2 の方が精度が高くなっちゃうという、そんな感じ。

後者の H の計算の時には、
H2 の時と同じ場所にもう 1 つの基底関数を置いておくと
BSSE が回避できるけど
(Gaussian だとゴースト原子 (Bq) 置いて ExtraBasis で基底を指定。
 H の基底関数を GFInput で表示させて、それを取ってくるといい)、
対称性が壊れるのが気持ち悪いといえば気持ち悪い(仕方ないけど)。

689 :あるケミストさん:03/07/08 20:06
BSSE: Basis set Superposition Error
LCAO法において各AOをSZ(=STO),DZもしくはMZで近似する。
重なり積分を数個のGTOで近似して計算する時にr→∞の近似は良好だが
r→0は一般に改善されにくい。
多原子分子をSCFで計算した場合、r→0の誤差を他原子のGTOで改善してしまい
結果的に物理的描像に合わない結果を出すことがある。
この誤差をBSSEという。
特に小さい基底系では注意が必要である。
ttp://www.geocities.co.jp/NatureLand-Sky/1976/diary/d-03-12.html

690 :あるケミストさん:03/07/08 20:16
>>688
 なるほど。
 つまりは基底間の空間的距離が問題になるわけかぁ・・・。
 だからintermolecular interactionを出す時とかは修正が必要なのねん。
 (全領域(分子間距離)で同精度の計算が出来ないから。)

 Thanks 688 !!

691 :あるケミストさん:03/07/08 20:20
>>689
 なるほど。より詳しく言うとこんな感じなわけね。
 Thanks 689 !!

692 :_:03/07/08 20:28
http://homepage.mac.com/hiroyuki44/hankaku07.html

693 :さんちょきほーて:03/07/08 20:40
>>691
古い本だけど
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4621032526/qid%3D1057664309/249-2656111-3215514
にGaussianでの応用例があったよ。
あとCounterpoise correctionの話しも。

694 :あるケミストさん:03/07/08 20:56
>>693
 ありがと〜!!
 図書館にあったから、明日借りてみるよ(うちの図書館、閉まるの早ぇ〜よ〜)。
 Counterpoise Methodの事も知りたかったから、ちょうど良かった♪

 Thanks 693 !!

695 :テン:03/07/09 20:07
量子化学計算ソフトGaussianを使っている人、いますか?
もしおられるなら、教えてください。
多重度はどの位までなら、結果として得られるエネルギー
等を信頼できるのでしょうか?この問題は計算する系に
も依存すると思われますが。
ちなみに私が計算している系は基底関数が約470ちょい
です(3-21Gにて)

単に計算終了後に得られるS^2値が自分で数値計算した
ものとほぼ同じであれば、結果を信頼してもよいので
しょうか?

696 :あるケミストさん:03/07/09 20:44
>>695
> 量子化学計算ソフトGaussianを使っている人、いますか?
ちょっとワラタ。絶対いる。

とりあえず非制限で計算してるよな? UHFなど。
「自分で数値計算」がよくわからないが。

697 :テン:03/07/09 21:00
>>696
ここに来たの、初めてだったので...
「自分で数値計算」→1.設定した多重度より不対電子の数を決定
           Ex.多重度3なら、S=2s+1より、不対電子は2個
          2.不対電子の数より、S^2値を計算
           Ex.不対電子2個なら、S^2=S(S+1)=2
 この二つの手順による計算が「自分で数値計算」したという意味です

 
 それと、ある有名な量子化学の教授がこの問題に対し、「CASSCFで
多重度とエネルギーの信頼性を調べればよい。」と言っていましたが
本当でしょうか?CASSCFは励起状態に関する系の性質を調べる為の
計算で、信頼性を調べることは出来ないような・・・

 計算初心者なので、いろいろ勉強しているのですが分かりません                        
           

698 : ◆ZBrGtCREP2 :03/07/09 23:36
e=e

699 :あるケミストさん:03/07/10 01:43
> 単に計算終了後に得られるS^2値が自分で数値計算した
> ものとほぼ同じであれば、結果を信頼してもよいので
> しょうか?
まぁ、そんなに外れてなければいいんじゃない?
微妙なエネルギーの差を見たいのであれば
それでも問題になることもあるけど。

> CASSCF
CASSCF 使えるなら CASSCF 使ってみるのはいい事だと思うぜ。
CASSCF は確かに励起状態も計算できるけど、
基底状態でも十二分に役に立つぞ。
基底関数が約470ちょいなら CAS 空間狭ければ
(かなり時間かかるけど)何とか計算できるレベルだし。
まぁ、その時間が問題になるようならやめるのも已む無しだけど。

異なるスピン多重度の状態2つ計算して、
そのエネルギー曲線とエネルギーギャップの傾向が CASSCF と似てれば
信頼できるんじゃないかな?

700 :実習生さん:03/07/12 09:19
先日授業で、気体原子の固体表面に衝突する頻度について学んだのですが、頻度をZとしたとき、圧力p、原子の質量m、ボルツマン定数k、絶対温度Tとすると
Z=p/(2πmkT)^(1/2)
と表せるのだそうです。ここで疑問に思ったのですが、pが大きくなれば衝突回数が大きくなるのは解りますが、分母の意味がいまいちよく解らないです。どなたか、この式の成り立ちを教えていただけないでしょうか。

701 :山崎 渉:03/07/12 12:09

 __∧_∧_
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)
 |\⌒⌒⌒\
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄

702 :あるケミストさん:03/07/12 15:17
kT ∝ mv^2 (運動エネルギー)と考えると
mkT ∝ (mv)^2 = p^2 (ここの p は運動量)になる。
運動量が大きいと一つ一つの粒子が壁に与える力は大きくなるので、
圧力が同じなら運動量が大きい方がぶつかる粒子の数が少ないことになる。

しかし、なぜ量子化学スレにと思ったが、
統計のスレはないんだな。化学には。

703 :山崎 渉:03/07/15 13:02

 __∧_∧_
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)
 |\⌒⌒⌒\
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄

704 :あるケミストさん:03/07/15 16:44
age

705 :テン:03/07/16 09:20
GaussianでSP計算を行った際、outファイルを見てみると収束してはいるものの、
最後のサイクルで最低エネルギーになっていないことってありますよねぇ?
その場合、最低エネルギーになるサイクルまでSP計算するように設定し、
結果として得られたエネルギー(←当然、計算はそのサイクルで中断する)
をその本当のエネルギーとして採用する という考え方は正しいですか?

初学者なので、ご存知の方がおられたらカキコをお願いします。

706 :Forest:03/07/16 18:35
MOLPRO2002 をMac OS X上でコンパイルしたことがある方はいらっしゃいますでしょうか?
parse-powerpc-apple-darwin5.2-i4.o.gz
とかいう文字が見えるので一応 Mac OS X にも対応しているようなのですが…

707 :あるケミストさん:03/07/16 19:15
テスト

708 :あるケミストさん:03/07/16 19:23
☆頑張ってまーす!!☆女の子が作ったサイトです☆
       ☆見て見て!!
http://yahooo.s2.x-beat.com/linkvp2/linkvp2.html


709 :あるケミストさん:03/07/17 16:58
>>702
あれから自分でも調べてみた結果、なんとか理解できました。ありがとうございました。
レス遅れてすいませんでした。

710 :テン:03/07/19 14:30
GaussViewの代用で、周期境界条件を入れたモデルを作成できる
ソフトないですかー。
何か情報をご存知でしたら、カキコお願いします。

711 :_:03/07/19 14:36
http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

712 :あるケミストさん:03/07/19 20:41
>>706
やってみて報告してよ!

713 :あるケミストさん:03/07/22 18:02
デバッグの一環で
RHF を勾配法で解いてみてるのですが、
安定解近傍の initial を入れてるにも関わらず
不安定解へと収束してしまいます。
ソースコードをここに載せるわけにもいかないので何ですが、
何か原因となりそうなことってありませんかね?
式変形での落とし穴から、プログラムでの落とし穴まで...。

714 :あるケミストさん:03/07/22 22:24
どこか1、2か所で符号でも違っているんじゃないか?

715 :mk:03/07/23 19:35
共役ポリエンで、σ電子を無視してπ電子のみ考えればいい理由って何なんですか?教えてください。お願いします。


716 :713:03/07/24 00:58
何度も符号とか確かめたんですけどねぇ...。
系によってはちゃんと収束したり。
さっぱり分かりませんな。

717 :あるケミストさん:03/07/24 05:15
>713

可能性が多すぎて・・・

0.勾配の符号が反対じゃないかチェックする(以外によくある)。
1.更新途中の軌道の規格直交性をチェックする。
2.初期軌道の位相を反転させて、同じ振る舞いをするかみる。
3.収束した不安定な解に対応する初期軌道をいれて、最後のエネルギーを再現する
か、一回で収束するかみる。

くらいは、やってみた?


718 :あるケミストさん:03/07/24 05:18
あーもう、分子構造の要旨書けねーよ。データないのに2枚って大杉。
後12時間なのに、まだ、半ページって、おれだけ?

719 :_:03/07/24 05:20
http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

720 :あるケミストさん:03/07/24 05:32
みなさんにとっては常識なのかも知れませんが質問があります。

独立粒子モデルの、電子配置が(1s,2s)の水素分子では
一重項より三重項の方がエネルギーが高くて、
ヘリウム原子では逆になるのは何でなのでしょうか?

テスト勉強中なのですが、先生様の説明についていけず…
こんな時間ですが、お暇があれば誰かよろしくお願いしますm(_ _)m

721 :713:03/07/24 08:40
回答ありがとうございます。

0. McWeeny の本にある MCSCF の勾配法ルーチン
(B を特異値分解するやつ)を使っているのですが、
回転行列の符号を逆にするととんでもないことになりました。

1. 問題ないです。
2. 同じ振る舞いをしました。
3. 一度で収束しました。

いろいろな距離で試してみると、
ある程度は収束に向かうのですが、
途中で変な方向に飛んでいってしまうことが多いようです。
確かに CASSCF でもよくある振る舞いなので、
もしかしたら仕方の無いことなのかもしれませんね...。

722 :Forest:03/07/24 10:15
>>712
レスが遅くなりました.
まだ,コンパイルを手掛けていませんが,チャレンジしてみているのですが,
状況をまとめてから改めて報告します.


723 :あるケミストさん:03/07/24 12:02
>>722
マックで計算できるとなると、研究室行っている時は家で計算しとけと
そんなことになるのかな?w

724 :_:03/07/24 12:47
http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

725 :あるケミストさん:03/07/24 20:27
195の文章は無茶苦茶です。さて何カ所間違いがあるでしょうw
http://www.milkcafe.net/cgi-bin/readres.cgi?bo=yozemi&vi=1056683075


726 :あるケミストさん:03/07/25 00:21
>>723
俺は GAMESS を Windows (Cygwin), Macintosh (Mac OS X), Linux 全部にインストールしてるけど。

727 :あるケミストさん:03/07/25 05:40
>>726
まいくも喜んでいるよ

728 :あるケミストさん:03/07/25 07:39
神城麻郁?

729 :あるケミストさん:03/07/25 08:09
>>728
GAMESS使っていて、まいくを知らんヤシは
インチキだよ。
つーか、使うな!

730 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

731 :あるケミストさん:03/07/25 12:19
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732 :あるケミストさん:03/07/25 12:41
>729

ネタに××××。

733 :あるケミストさん:03/07/25 15:22
友人が山口大に編入したんだけど、あそこの堀井教授って凄い人?

734 :あるケミストさん:03/07/25 15:24
× 堀井
○ 掘

735 :ビッグバン宇宙論は完全に間違いだった!:03/07/25 19:27
科学者よ、恥を知れ!
ビッグバン宇宙論は完全に間違いだった!
科学の原則を無視した、デタラメのインチキ理論だったのだ。
そして、そのビッグバン宇宙論の世界的な浸透は
アメリカ、ユダヤ・キリスト教勢力による世界支配のための思想的な戦略なのだ!
また、ビッグバン宇宙論の思想によって戦争が起こり、
貧富の差がひらき、終末的な絶望感が世界に蔓延しているのだ。
ビッグバン宇宙論は世界の平和を揺るがす、悪の元凶となっているのだ。
ビッグバン宇宙論とは、
「宇宙は『無』からビッグバン(大爆発)によって誕生した」という理論である。
この理論は、ユダヤ・キリスト教の創造神話(神が天地を創造した)そのものである。
ビッグバン宇宙論の実態は、科学理論ではなく宗教思想なのである。
『無』は科学的に証明できるものではなく、
そして、『無からの誕生』も科学では証明できるものではないのだ。
ビッグバン宇宙論が科学の正統であるという思想を、世界中の人々に
浸透させる戦略が成功したことにより、ユダヤ・キリスト教勢力の
世界における優位性が確立されていったのだ。(20世紀に)
そして、その思想的支配の最大の例が、アメリカやイギリスによる
イラク戦争なのだ。
ビッグバン宇宙論の浸透により、世界中に終末思想(世界の終わり)が
蔓延してしまっている。
そのことにより、自己中心的、せつな的、短絡的な考え方が
社会に広がっている。
科学的に間違っているビッグバン宇宙論から脱却しなければならない。
そして、宇宙は無限だということを理解しなければならない。
人間は本当の宇宙観、世界観を構築し、
新しい時代に進んでいかなければならないのだ。
ビッグバン宇宙論が世界を支配している限り、平和な世界にはならないのだ。
そのことを科学者は重く受けとめるべきである。
平和を返せ!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!



736 :あるケミストさん:03/07/25 22:02
>>732
そうか、まいくはいいヤシなんでつい
カ―ッとしちゃったよ

737 :ともき:03/07/25 22:05
あるケミストさん、いまの研究者で一番すごいひとは_???


738 :あるケミストさん:03/07/25 22:08
>>737
どのあるケミストさんのことだ。

「今生きている」という意味ならKohnかなあ、と叩かれまくりそうなことを書いてみるテスト。

「今現役の」という意味なら…荒れそうなのでいわない。

739 :あるケミストさん:03/07/26 01:23
http://molcal-web.hp.infoseek.co.jp/molcaltop.shtml

740 :あるケミストさん:03/07/29 15:02
>>734

おいおい、「堀」だろ。

741 :ぼるじょあ ◆yBEncckFOU :03/08/02 03:00
     ∧_∧  ∧_∧
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ

742 :ひよこ:03/08/04 20:51
Gaussian98 でOptした後Freqでエネルギーの熱力学的補正をしようとしたのですが、
WARNING-- EXPLICIT CONSIDERATION OF ___ DEGREES OF FREEDOM AS
VIBRATIONS MAY CAUSE SIGNIFICANT ERROR
というWARNINGを解消できません。WARNINGのでる原因と解決方法について教えてもらえないでしょうか。

743 :あるケミストさん:03/08/04 21:21
>>742
ちぇっくぽいんとファイル読ませているにょ〜?
98はrevはいくつなにょ〜?rev7はばごがあるにょ〜。

744 :直リン:03/08/04 21:31
http://homepage.mac.com/maki170001/

745 :あるケミストさん:03/08/04 23:43
今日の刺激!
http://homepage3.nifty.com/coco-nut/

746 :あるケミストさん:03/08/04 23:47
セーラー服ものならここ!!
ロりっぽい美少女が淫らな姿でお出迎え
無料画像も当然モロ見え!!
http://www.pinkschool.com/


747 :あるケミストさん:03/08/05 12:01
何で、GAMESSはRHFの振動解析があんなに遅いのですか?

748 :ひよこ:03/08/05 15:25
>>743
ありがとうございす。
--Link1--
%___
# ___ Freq Geom=check Guess=read
でcheckpoint file から読み込みました。
Gaussian98のバージョンは Rev.A9です。

749 :あるケミストさん:03/08/05 15:26
http://www.vesta.dti.ne.jp/~hi-lite/fe/ero.html
すごくフェチだ

750 :あるケミストさん:03/08/05 18:19
>>747
まいくに聞け!

751 :あるケミストさん:03/08/08 15:12
すいません。ここで誰か、GAUSSIAN03+LINDAを使っておられる
かた居ますでしょうか?

最近インストールを頼まれたのですが、RedHat8.0+PGF環境で
コンパイルすると、LINDAを使わないシングルプロセッサーでは
普通に動くのですが、%nproclを設定してGAUSSIANを起動すると
eval server 1 on (ホスト名) has dropped it's connection.
のようなエラーが出て終了してしまいます。

他に同じような症状になって実行出来ない方とかおられますか?

752 :山崎 渉:03/08/15 18:13
    (⌒V⌒)
   │ ^ ^ │<これからも僕を応援して下さいね(^^)。
  ⊂|    |つ
   (_)(_)                      山崎パン

753 :テン:03/08/25 15:37
Gaussian03で並進ベクトルTVを用いた周期系の計算を
している人、いますかー?

私もやっているんですけど、系が大きすぎる(基底関数
370ちょい)ためか、必ず途中で止まってしまいます。
原因はメモリーではなさそうだったし…。
それでデフォルトではなく、PBCキーワードを使ってみ
ようと思うのですが、User's Referenceの説明じゃあ、
何言ってるのか分からないです。

誰かご存知の方、カキコお願いします。

754 :あるケミストさん:03/08/26 12:12
>>751
えらーってどこにはかれるのよ?環境の設定がへんなんじゃねーか?

>>753
えらーめっせーじ見たのかー?

755 :テン:03/08/26 15:08
>>754
エラーメッセージは出てこーへんのよ、それが。
けど、必ず writwa という言葉が最後に表示
されて計算が中断されてるんよ。

writwa って、なんだろぉー。なんだろぉー。

756 :テン:03/08/26 15:17
710で投稿したテンです。

GaussView以外のソフトで周期境界条件を課したモデルを
作成する方法は分かりませんでした。

しかし、Gaussian03でTVを用いたgjfを表示する方法を
見つけることが出来たので、それで代用していこうと思い
ます。

少しでも考えたりして下さった方、いらっしゃいましたら
何とか解決できたので、御助力ありがとうございました。

757 :あるケミストさん:03/08/26 15:35
>>755
それはディスクの切り方(指定の仕方)が悪いんじゃなかったかなー?
ぜんぜん違うかなー

758 :テン:03/08/26 15:55
 ネットであちこち調べたら、writwa に関する次のような文がありました。
  That problem is that your job is writing scratch files to
 a filesystem that is unable to keep up with the I/O. Most likely,
 it is an NFS-mounted filesystem like /scratch.

 757さんの言う通り、ディスクの切り方(指定の仕方)に原因があったよう
です。問題解決―と言いたいのですが、どうしたらディスクの切り方をする
ことができるのでしょうか?


759 :あるケミストさん:03/08/27 05:34
>>758
ディレクトリを指定するんだなー。
その辺はまぬあるにのっているぞー。

ttp://www.uic.edu/depts/accc/hardware/argo/g98.html#6
りーどらいとファイルの場所を指定するんだなー。

760 :テン:03/08/27 09:03
>>759
朝早くからのご回答、ありがとうございます。

教えていただいたページを和訳し、トライして
みます。

761 :テン:03/08/30 11:20
Gaussian03で周期境界条件を用いて計算してたら、
「アプリケーションエラー」のメッセージウインドウ
が出て、計算が強制終了されちゃったです。

一応outファイルをみたのですが、何が原因なのか
記述されていませんでした。どうしてなんでしょう
かー。

誰か、ご存知の方いらっしゃいますかー?
やっぱり、Gaussian03出て半年も経ってないから、
周期境界条件の計算やっている人、いないかなぁ?

762 :あるケミストさん:03/08/30 14:09
>>761
ほんで、前のばーじょんじゃできない和気?
よくわからんが、系を小さくしてもできない涌け?

763 :あるケミストさん:03/08/30 19:48
前のバージョンにPBCのオプションはないわな。

764 :テン:03/09/01 09:23
そうなんですよー、前バージョンのGaussian98にはなく
Gaussian03で新機能として使えるようになったんですよ。

762さんが言われている系の大きさの問題ですが、基底関数
が小さくても、周期境界条件を用いるとスゴイ時間がかかる
んです。
 ・自分がした計算:Cr_crystal(bcc構造)
座標
    Cr 0.00 0.00 0.00
    Cr 1.44 1.44 1.44
    TV 2.88 0.00 0.00
    TV 0.00 2.88 0.00
    TV 0.00 0.00 2.88
  を lsda/STO-3G で計算する(36 basis functions)と、
  シングルポイント計算なのに、13.3時間もかかっちゃった。
  メモリー使用量もデフォルトでは無理だったし。(400MB要した)
  (Pentium4 cpu:2.2GB memory:1GB搭載,PBCキーワード不使用 にて)

  計算結果を見ると、HOMOとLUMOが正の値になってるしー。やはり
  B3LYPかと思えども、エラーは起こるやら・・・。

765 :テン:03/09/01 09:25
764:長いカキコでごめんなさい。

766 :あるケミストさん:03/09/01 10:30
>>765
いやいいんだけど、ずいぶんと具体的に書いちゃってへーきなんか?w
もしかして、自分でコンパイル→走らせる→上に相談するヤシいない
という環境でやってんのかー?
この板の住民でGaussian使っているヤシ少なそうだなー

767 :あるケミストさん:03/09/01 10:43
あたりめーの話だけど、インストール後テストジョブ投げて
答えと一致してたんだよな?

768 :テン:03/09/01 11:14
>>767
それは大丈夫だと思います

>>765
具体的にカキコしたら、やっぱしヤバイんかなぁ?
本当はGaussian社に質問したらいいとは思うんだけど、
質問するにはライセンス登録した教授じゃないとダメポ
なんよ。
教授に頼んでも、質問送らさせてくれへんのんよー。


769 :あるケミストさん:03/09/01 12:24
>>768
あんまり具体的だと、どこの研究室だとわかるヤシには
わかると思っただけだー。
つーか、その教授もわかんねーんじゃねーのかー?
問題解決がどーしても無理なら、他大の似たようなことしている
とこに質問するしかねーんじゃねーかー?ドクタか助手あたり
に聞けば以外と親切に教えてくれそーだけどなー。

>>763が詳しそうなんだけどなー。
つーか、このスレ自体読んでいるヤシが3にんしかいねーんじゃねーかー?


770 :テン:03/09/02 09:53
ハッキリ言って、教授は量子化学を殆ど理解してません。
自分も理解できている訳ではないけど、量子化学計算を
やらせるなら、自分も理解しろと言いたいです。

それなのに、計算は上手く言っているのかとか言うしー。
「量子化学なしには化学できない」って聞いたことある
けど、50半ばの教授でさえ分かっていないんだから、
量子化学なしでもいいのだろうか?

771 :あるケミストさん:03/09/02 18:59
なんか可哀相だなー。そーいう先生が増えているとは聞いていた
けどなー。
Gaussianやりますた!だけな論文はジャンクとみなされるとな。
量子化学の勉強はしたほうがいいぞー。

学会行った時に、他の研究室のヤシと親交深めたほうたよいぞー。

PBCはやったことねーからこれ以上アドバイスできんなー。
あとNewsGroupにポストするってのも手かもなー。
fj.*だけじゃなくて、外国のほうもなー。

772 :あるケミストさん:03/09/02 23:16
CCLはどうなんだろ?
www.ccl.net/chemistry.shtml


773 :あるケミストさん:03/09/04 23:40
>Gaussianやりますた!だけな論文はジャンクとみなされるとな。

雑誌によるな。化学的に面白ければ通してやるよ。ついこの前の査読はJCPだったから
落としたけど結果が面白いから他の雑誌を勧めておいた。
日本の理論屋は方法論に偏っていて化学を知らない人達が多い、というか業界を牛耳って
いるからそういうことが言われるんだろうがね。
ただの計算をする人達のレベルが●●(自粛)というのもあるだろうけどな。

774 :あるケミストさん:03/09/24 11:47
Gaussian03で %RWF=/su1/rwf1,2GB,/su2/rwf2,2GB,
/su3/rwf3,2GB,/su4/rwf4,-1 として計算したら、
rwf1,2,3は2GB占有されていたのに、rwf4はゼロバイト
でとまるのは何故?


775 :あるケミストさん:03/09/24 17:19
あげる

776 :schurodinger:03/09/24 19:21
凄いYO!
http://yokozuna.tv/m.php?i=18


777 :あるケミストさん:03/09/24 21:16
>>774
>>759読んだよなー

778 :あるケミストさん:03/09/24 21:34
>764殿
gaussian03で某酸化物の計算やってますが、
他のバンド計算ソフトで、5分くらいで終わる計算すら、
1週間かかっても終わりませんでした。
このソフト使うの初めてなんで
どこかの設定がおかしいのかも知れませんが、
無機固体を扱うのであれば、Wien2kなどのソフトのほうが
はるかに使いやすい。と思いました。
サポートの話では、
そもそも簡単な系の計算でもかなり時間がかかるみたいです。


779 :あるケミストさん:03/09/26 09:24
>>777
一応・・・
>>778
そうですね。時間かかるみたいですよ。
我も某酸化物をTV使用で計算していますが、
SPで1step経るのに半日かかっています。

Gaussian使うんなら、もっとPCをパワー
アップさせないといけないのだろうかー?

780 :テン:03/09/26 14:17
>777さん
最大2GBまで書き込み可能なrwfを8つ作って計算しましたー。
が、readwa-readmというエラーで中断されてしまいました。

このことについて調べたところ、readwa-readmエラーは異常
終了だそうです。
やっぱ、TVを用いた計算なので、負担が大きいのでしょうかー?

>778さん
GaussianでTVを用いた計算は、かなり無理があるようですよ
(←酸化物だけど)

781 :778:03/09/26 22:05
というわけで 買うだけ買って
全く使ってないです。
周期構造に使えると聞いて
飛びついたのがいかんかった。

782 :あるケミストさん:03/09/26 22:06
>>780
時間がかかるんだったらまじーけどさー
「#p」だか、「#」の後になんかつけるとログファイルが詳しく出力されるよなー
それやるとどこで落ちたかわかるかもしんねーなー
これやるとログファイルでけーぞー

783 :あるケミストさん:03/09/27 00:48
#P 以外使ったことないな。

784 :あるケミストさん:03/09/27 09:35
Gaussian03のWindows版でも、スクラッチファイル2GB超えられますか?


785 :あるケミストさん:03/09/27 11:24
>>784
GaussianをWinで走らせている時点で、逝ってよし!
まっくすぱるたん使っているヤシと同じ。

786 :あるケミストさん:03/09/27 15:09
>>785
でも、マジで結構これが早いんですわ<G03W
単発で計算するならLinuxでもWinでも時間があまりかわらん。

ま、もちろん、Linda+G03には負けますがね。

787 :_:03/09/27 15:50
  ∧_∧
 ( ・∀・)/< こんなの有ったっち♪
http://endou2.kir.jp/hankaku04.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku11.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku03.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku10.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku05.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku08.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku07.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku01.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku06.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku02.html#.2ch.net
http://endou2.kir.jp/hankaku09.html#.2ch.net

788 :あるケミストさん:03/09/27 16:32
>>786
構造最適化前の初期構造作りなってどーよ?

789 :あるケミストさん:03/09/27 16:33
つーか、OSXにインストールするとかいったヤシのその後が尻鯛

790 :テン:03/09/27 17:40
>781さん
うちの教授たちもその点に着目し、Gaussian03を
買って、自分にヤレ!です。もっと、様々な情報
を把握してから購入すれば良かったのにーと思い
ます。

周期境界条件を用いた計算ですが、PBCキーワード
を用いて、CellRangeなどをデフォルトよりも小さ
くしてみるというのはどうでしょうか?
自分もこれから試してみます

791 :あるケミストさん:03/09/27 18:19
>>790
苦労してんなーw
力つくと思われ

792 :あるケミストさん :03/09/28 09:56
東大化シスの山下研ってどうなんですか?

793 :あるケミストさん:03/09/28 11:16
>>789
OSXでGaussianの計算ってのも乙だな。
UNIX BASEDだから、なにかと使いやすそうだ。

そういや、MOLDENもOSXで動くんだっけ。

794 :あるケミストさん:03/09/28 11:34
>>785、786
GaussianをWinで使うのって、やっぱり遅いからダメなんですか?
うちの研究室は誰もLinuxを使える人がいないから、Win版を買ったんですけど・・・

795 :あるケミストさん:03/09/29 09:04
2チャンネラが、日本を救う!!】
マルチポストでごめんなさい。でも皆さんに緊急で考えてもらいたいことがあります。
東海地震が一年以内に迫っていると言われています。
しかし現在の震源域の浜岡原発[静岡]の現在の耐震設計は、予想される大地震には到底堪えられません。
阪神大震災の揺れは、地表面で最大818ガルでしたが、浜岡原発の3・4号炉は450〜600ガル、
1・2号炉にいたっては300〜450ガルの耐震設計しか兼ね備えていないのです。
が、カネの力にしばられたマスコミは声を上げることができない!
今この危機を回避できるのはネットの力しかありません!

1.東海地震が来るのは確実である。
2.震源域にある浜岡原発になんらかのダメージが及ぶのも確実である。
3.最悪のシナリオでは、2000万人が即死する可能性がある。

もはや一刻の猶予もありません。
妻を、恋人を、子どもを、親を、自分の命を、失いたくなければ、
いざ下のスレに集え。(-人-)ヨロシクネ
【東海地震】浜岡原発をなんとかスレ!!【間近】
http://aa2.2ch.net/test/read.cgi/eq/1064694092/
シミュレーション
ttp://www.stop-hamaoka.com/simulation.html
ハザードマップ あなたが住んでいる地域はどうですか?
ttp://hp16.e-notice.ne.jp/%7Epeace/hamaokatotal.PDF
原子力事故が起こったら 市民の防災ノート・伊那谷版
ttp://www.tekuteku.net/atomdez2.html


796 :あるケミストさん:03/10/05 23:59
あげます。

797 :あるケミストさん:03/10/06 05:20
>>794
りふぁれんすで、Winのがうしあん使ったって書けるのかな?
まっくすぱるたんってのもすげーだろーな。

798 :テン:03/10/06 16:12
Gaussianは何度での計算をしているんですかねー?
Temperatureキーワードを見ると、defalt=298.15 K
ってあったので、298.15 Kで計算されているんかなぁ?

799 :あるケミストさん:03/10/06 21:08
>>798
普通は0K。

800 :あるケミストさん:03/10/06 21:16
>>798
おまいは、がうしあんの教科書持ってるかー?
ttp://www.gaussian.com/allbooks.htm
Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods
の日本語版も売ってるぞー。

ttp://www.google.co.jp/search?q=cache:2mBe0VnMZZYJ:www.hpc.co.jp/BOOK/d-expchem-01.htm+Exploring+Chemistry+with+Electronic+Structure+Methods%E3%80%80%E9%9B%BB%E5%AD%90%E7%8A%B6%E6%85%8B%E3%80%80%E6%8E%A2%E6%B1%82&hl=ja&ie=UTF-8

801 :テン:03/10/07 09:20
>>800
ないんで、03内のマニュアルをみたりーとか、
立ち読みしたりしてます

802 :あるケミストさん:03/10/07 12:00
>>801
一冊あると便利だぞー。しかし03からの最新オプションは載ってないと
思うから、改訂版が出るのを待つほうがいいのかよーわからん。

803 :テン:03/10/07 12:38
>>802
了解しますたー

804 :テン:03/10/07 12:52
>>780 でカキコした内容ですが、outファイルに
readwa-readm と書かれてエラーで止まるのは、
異常終了ではなかったようです。

使用メモリーを増やしたら、何事もなく計算し始め
ました。 ←参考にして下さい

805 :あるケミストさん:03/10/07 18:14
>>803
追加
牙牛餡持っている研究室をいくつかまわったことあるけど
一冊はあるぞー。

806 :テン:03/10/07 19:06
>>805
何としても入手します

それと
Gaussianって、反強磁性物質を計算するための特別な
方法みたいなのがあるんですか?
試しに多重度1で U(unrestrect) をつけて計算して
みたら、各原子に割り当てられたスピンが表示され、
いずれの原子のスピンもゼロになっていたんですよ

つまり、Gaussianでは反強磁性物質の計算は出来ない!?


807 :あるケミストさん:03/10/07 19:40
>>806
それはRHF解に落ちているだけ。
initial guessを適当に設定すれば計算できると思う。

808 :あるケミストさん:03/10/07 22:57
CASSCFを除くと、量子化学はGaussianが全盛期だが、
他の分子軌道法プログラムの選択肢ってないのかな?

Q-Chem、ADF、Jagar、あたりはどうよ?



809 :あるケミストさん:03/10/07 23:10
>>808
GAMESS。

というか、GaussianにCASSCFってなかったんだっけ?
なんでみんなCASSCFはGaussian使わないんだろうなあ、と
思ってたけど(俺はCASSCFやったことない)。

810 :あるケミストさん:03/10/08 05:02
>>806
Guess の Mix とか Alter とか調べてみれ。
意味分かって使わないと意味が無いこともあるので注意。

>>809
Gaussian にも CASSCF あるよ。
というか、よく使う。

GAMESS は CI で励起状態求めるとか CASCI とかそういうのに使える。
こいつらは Gaussian ではだめだったと思う。
'03 まだ使ったこと無いんで '03 でどうなのかは分からんけど。

GAMESS は CI 関係充実してるね。
その代わり DFT の収束が変な気が...。VWN も 5 だし。
でも、自分のパソコンに入れて遊べるので GAMESS は結構好き。
ちょっと改造したりも出来るし。

811 :あるケミストさん:03/10/08 05:22
>>808
CASSCFならMolproだなー
まいくのGAMESSもいいなー

812 :あるケミストさん:03/10/08 07:40
GaussianでCASSCF使うのはかなり試行錯誤しないといけなく、
そういう意味では、Molproが一番扱いやすいです。

ADFもかなり優れてます。基底系はGTOでなくSTOであること
が個性的です。ただ、こいつは2階微分が解析的で計算しない
ため、振動数計算はGaussianに比べると非常に時間がかか
ります。機能的にGaussianに劣っているので、もう少し
バージョンアップすればADFは人気があがるかもしれない。

Jagarはしらん。とにかく高いので、これまで使ったことなし。


813 :テン:03/10/08 09:16
アドバイス、ありがとうございます。

CASSCFでいろいろやってみようと思います。

814 :あるケミストさん:03/10/08 09:54
CASSCFの時、初学者にはMolproはたいへんかもしれないけど、
一番勉強になるって隣の先生がいってたなー。

815 :テン:03/10/08 17:18
皆さん、Gaussianの操作や量子化学の知識、
すごいですね。自分は修士でまで1年弱しか
やってきてないんですよー。

ところで、ここでカキコしている皆さんって
学生?もしかして、助手や講師の方もカキコ
してるんかなぁ?

816 :あるケミストさん:03/10/18 14:11
cepって、なんですか?

817 :あるケミストさん:03/10/18 21:36
>>816
ttp://fconyx.ncifcrf.gov/~lukeb/GauBas.html
このことかー?

818 :あるケミストさん:03/10/19 12:49
>>817
Gaussianで普通に計算したら既定関数が多すぎて無理な場合、
内殻電子を近似して計算するのにcep?とかいう方法があると
きいたもんで・・・

そうなんですか〜?

819 :あるケミストさん:03/10/19 14:56
>>818
デカイ原子人の場合のECP;Effective Core Potentialのことかー?

>>817のリンク先のCEPの説明みると

CEP-4G
This is the Stephens/Basch/Krauss minimal ECP basis set. ・・・

って書いてあるな。何の略かわからんけど。

820 :あるケミストさん:03/10/20 02:15
Core Effective Potential ?

821 :あるケミストさん:03/10/20 09:37
>>819
そのことだと思うのですが、計算する時には
単に HF/CEP-4G とすればいいのでしょうか?
どこまでを内殻電子で、計算する電子はコレっと
指定したりする必要はないんですか〜?

>>820
そうともいうらしいです
Effective Core Potential でも
Core Effective Potential の
どちでもいいみたいですねぇ〜

822 :あるケミストさん:03/10/20 10:17
>>821
多分、CEPは計算での指定方法だから、勝手にやってくれ
るんだろーよ。原子によってどー指定されるかはマニュアル読め!
>>817のリンク先にも書いてあんじゃねーか。

それかGen使って
ttp://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html
こーいうとこ参考にしろー。

823 :あるケミストさん:03/10/21 21:27
Gaussian98のチェックポイントファイルをformchkでフォーマット付きにして
Chem3D Proで読み込んだんだけど、何も表示されないです。

何が問題なんでしょうか?

824 :あるケミストさん:03/10/22 05:14
>>823
ふぉーまっと付きファイルの中確認したかー?
なんも書かれてねーんじゃねーかー?

825 :あるケミストさん:03/10/22 09:35
>>824
中にはなんかいろいろ書いてあります。

826 :あるケミストさん:03/10/22 10:52
>>825
Formchkやったことねーけど、例えばH2Oのファイル

3              ←原子の数
O●1●X1●Y1●Z1  ←原子記号の後に
H●2●X2●Y2●Z2    順に番号とXYZ座標
H●3●X3●Y3●Z3    ●はスペース

という内容で、Chem3Dのほうで「File」→「Open」から
File Format:Cartesian Coordinates1
として、「Options」から
Connection Tableの「Missing」と「Expect Serial Numbers」の二つ
のみをチェックして、上のファイルを開くと構造が見られるぞー。

827 :あるケミストさん:03/10/22 14:05
http://www.moodyz.com/images/vhs/mdj/mdj054/mdj054jp-10.jpg
http://bbs.moonx.net/39/img-box/img20031020222406.jpg
http://sorikomi.kir.jp/bbs7/img/lrk20031019232711.jpg
http://www.ritsumei.ac.jp/mng/er/bunka/umemoto/data/075.html
http://www.topics.or.jp/rensai/tutaetai/senji3.html
http://xtp0001.s3.x-beat.com/cgi-bin/up/source/Sonata_4536.jpg
http://kageki.zone.ne.jp/siro_2/img-box/img20031021013150.jpg


828 :あるケミストさん:03/10/23 09:26
やぱ、周期境界条件を使った計算の時代かなぁ

829 :あるケミストさん:03/10/24 00:59
>>828
ADFのBANDなんかどうよ?

830 :あるケミストさん:03/10/24 09:20
>>829
がうしあん03よりも、進歩してそう〜

831 :テン:03/10/24 09:54
Gaussian03のPBC=CellRange=Nっていうのが、よく分からないのですが
知ってる人、いますか?
PBC=CellRange → Go our N Bohr in each direction in setting
up image cells.
らしんですけど、設定したNと計算で用いられるセルの数が矛盾している
みたいなんですけど・・・

832 :あるケミストさん:03/10/25 00:29
まだ第一原理バンド計算をやったことのない方へ
つい最近まで計算のド素人だった者です。(今でもそうですが)
「扱う系が簡単で、電荷密度分布を知りたい」
というようなときは、2GHzのCPUに1-2GBほどメモリを積んだ
PCが手元にあれば簡単に計算できます。
最近では使いやすいソフトも出てきているので実験主体の
人にもお勧めです。
IRやXPSなどの測定の一種だと思ってつきあえば大変すばらしい
と思っています。
こんな使い方は、邪道かもしれませんが、
少しは理論計算の匂いをかいでみて、実験結果の解釈の助けにする
というのも悪くないと思いませんか?


833 :テン:03/10/26 12:09
>>832
悪くないと思う、思う。

832さんが使われているのは何というソフト?
我はGaussian03使ってるけど、2GHz,1GBでは
足らないよぅ。(特に周期境界条件の計算)


834 :832:03/10/27 02:06
今いくつか手元にあるのは、
いわゆる第一原理バンド計算ソフトです。
Wien2k(超有名 : 5万円くらいだったかな?)
VASP (有名:コードだけなら30万円くらいだった気が・・・)
ABINIT (マイナー:タダ)
それぞれ計算手法が違うので、自分の目的にあった
ソフトを選ぶ必要があります。


835 :あるケミストさん:03/10/28 20:33
こういう問題がわたされたんですが、誰か頭のいい人とける人いませんか?
わかんなかったらしかとしてください。


水和層を含んだ直径210Åのレシチン(リン脂質の一つ)から成るリポソーム
は、1.88×106という分子量をもつと報告されている。さらに、このリポソー
ムの水和層は6Åの厚さであり、脂質2重膜層の厚さは37Åである。このとき
、以下の問いに答えよ。ただじ、レシチンの数平均分子量は770とする。
    注) 水和:分子の極性部分に水分子が水素結合でゆるやかに結合す
ること

  @)上記のリポソーム1個に、何molのレシチンが含まれているか求めよ。

  A)脂質2重膜の面積を、図中点線部が表す球面面積(m2)として求めよ。

  B)1molのレシチンが、単層の脂質2重膜を形成しているとする。面積(m2)
を求めよ。
 
  C) 今回観察したレシチンのリポソームの典型的な半径から、一つのリポソ
ームにレシチン分子がいくつ含まれているか平均的な2分子膜の多重度を
nとして(n×(数値))という形で概算せよ。
    (脂質2重膜の面積を計算するときには、今回生成したリポソームの半径
が膜厚に比べ非常に大きいので、膜厚0と近似してよい)
 
  D)今回用いたレシチンがすべてC)で用いた典型的な半径のリポソームとな
ったと仮定する。そのときリポソームの数はどのくらい存在すると考えられるか計算せよ。


836 :あるケミストさん:03/10/28 21:20
>>835
量子とどー関係あんだー

837 :あるケミストさん:03/10/28 21:27
>>836
バカは放置しとけよ。

838 :あるケミストさん:03/10/28 21:46
フォートランつかって計算するのって
もう古いんですか?

839 :あるケミストさん:03/10/28 23:45
分子量10の物質Aが50個あったら物質Aは何モルですか?
6.02×1023乗あったら1MOLってわかってるんですけど分かりません。
とても基本的なことだとおもうのですが、いろいろ探してみてもわかりません、
高校の教科書を読んでも。ヒントでもいいので教えてください。


840 :あるケミストさん:03/10/29 04:55
>>838
そんなこったーない
があうしあんってふぉーとらんじゃろ?

841 :あるケミストさん:03/10/29 11:28
>>839
学校の先生に教えてもらいなさい。
それとマルチはするな。

842 :あるケミストさん:03/10/29 17:57
フォートラン使ったコードを管理するのは古くはないが、
フォートラン使ったコードを新規開発するのはもう古い。
というか、古くなるべき。
いつまでそんな開発効率の悪い古典言語を使い続けるんだよ、この業界は。

843 :あるケミストさん:03/10/29 21:06
>>842
まあ、そんなとこだなー

844 :あるケミストさん:03/10/30 12:33
Gaussianの多重度1における計算で、
スピン密度を得ることは出来ないの
か〜?

845 :あるケミストさん:03/10/30 16:26
UHF使ったらできるよ。UMP2でもUCCでもUBLYPでもいいけど。

846 :あるケミストさん:03/10/31 03:04
スピン非制限計算でスピン多重度とか言うこと多いけど、
実際には磁気量子数なんだよな。

847 :あるケミストさん:03/10/31 09:26
>>845
U使うてやてみたけど・・・
どの原子も 0.00000 だったよ・・・

これって、一体?

848 :あるケミストさん:03/10/31 11:19
ものすごく最近既出。
guessの問題。詳しくは過去スレを見れ。

849 :あるケミストさん:03/10/31 17:29
>>846

どういう意味ですか? 縮退しないことがあるってこと?

850 :あるケミストさん:03/10/31 18:09
1重項については、UHF解が得られたとしても、スピン密度に関しては、
まったく意味がないのでは? 単にスピンシンメトリーの崩れによって出
るフェイクに過ぎないと思うが。
α電子とβ電子を入れ替えたものもまたUHF解だから、UHF解1ではある原子
上で0.5αだとしても、UHF解2では-0.5αでしょ?

851 :あるケミストさん:03/10/31 19:15
>>850
その場合他の原子上のスピンも入れ替わるからいいのでは。

852 :あるケミストさん:03/11/01 00:30
>>849
Sz の固有状態ではあるけど、
S^2 の固有状態じゃないってこった。

853 :あるケミストさん:03/11/01 00:35
>>850
スピン−軌道カップリングでも考慮しない限り
αかβかということに本質は無いんだよな。

854 :あるケミストさん:03/11/01 01:09
あとは外部磁場だね。

855 :850:03/11/01 06:23
>>851
じゃあ言い方を変えるとね、1重項に対して、spin-adaptedな計算法(たとえ
ば、UHFの代わりにGVB、さらには、CAS-SCFでも, full CIでも)を用いてや
ると、必ずスピン密度は0でしょ。それでも、UHFで出てきたスピン密度に
意味があるということですか?

856 :あるケミストさん:03/11/01 14:44
>>855
スピン密度じゃなくて、スピン相関を比べないといけない。

でも、UHF(というか UDFT)は最近はよく使われるようになってるけど、
昔はそんなもん使う奴はとんでもない奴だと言われたらしいね。
今でも使うときはスピンコンタミ見ながら注意して扱わないといけないとは思うけどね。

857 :850:03/11/01 15:08
>>855

スピン密度ではなく、スピン相関を求めるべき、ってこと?
それなら、宛先は、>>844です。

UHFを使えば(>>845)、という話があったので、スピン密度の計算に
対して、0じゃない値を出す、spin-symmetry brokenなUHFが適当か、
って話を私はしようとしてるんで。


858 :あるケミストさん:03/11/02 00:33
Single determinant でまともなスピン相関を出そうと思うと
スピン密度が現れないといけないってこった。

859 :あるケミストさん:03/11/02 01:02
横で聞いてて割り込むのもなんだが、full CIで0のものをUHFで出して、そこ
から計算したスピン相関がまともなのか?よく理解できない。

そうやってスピン相関を計算している論文で、参考になりそうなものを教えて
もらえないか?

860 :あるケミストさん:03/11/02 02:15
とりあえず水素分子の乖離領域では
それなりのもの(反強磁性的相互作用)が出てるように見える
(結合領域では RHF 解に落ちるのでダメだが)。
分子が大きくなったときにどうなのかは知らないが、
無意味なものだとは言えないんじゃないかな?

あと、UHF の一重項基底状態が2つ存在するってことは基底状態が縮退してるわけで、
本当はその波動関数の線形結合をとったものを基底状態と考えるべきなんだよね。
そうすりゃスピン密度は消えてくれる。
UHF はそういうものの片っぽしか与えてくれないから
スピン密度が消えないってだけだと考えたらどうかな?

まぁ、何だかんだ言っても所詮平均場近似なんだから
CI に負けるのはしゃーないかと思うんだがな。

861 :あるケミストさん:03/11/02 07:07
実用的には1重項のUHF解はそれなりに見える結果を出してくれるよ。
適当な参考文献が示せないのでなんだが、磁性関係の研究室が出している
論文あたりにないかな。
ま、理論的なところが気になるのはわかるけど、HFだし。

862 :あるケミストさん:03/11/02 09:19
オマイラ、
MOPACの話が全然出てないんですけどさー、
MOPACで基準振動解析した後に、振動モードを可視化するのにいい方法知ってるヤシいませんか。
漏れが使ってんのはWinのWinmostar&MOPAC6なんですけども
MacGAMESSだとMacMolPltで簡単に可視化できるのに
MOPAC→MOLDAでVRML形式に変換→ブラウザで可視化
しかもそれを振動モードひとつづつについてやるなんてマンドクセー
さんざん調べたつもりなんですがなんせ初心者なもんで勘弁してください
なんか、もっと簡単にシュッとできる方法ないですか、シュッとできる方法。
ちょっと場違いっぽいんですが他に適当なスレがなかったんでここに書いてみますた。
よろしくおながいします。

863 :862:03/11/02 09:26
言い忘れたけど、なるべくフリーウェアでやりたいと思ってるのでよろしくおながいします。

864 :あるケミストさん:03/11/02 10:36
>>862
いや、場違いではないと思う。確かに可視化ソフトの話は今まであまり
出てこなかった(よね?)。

MOLEKELってMOPACはダメだったっけ? あれは確か基準振動解析の
結果をアニメーションで見ることもできたはずだけど。
もしダメだったとしたらMOLDENかなあ。

865 :あるケミストさん:03/11/02 14:58
アウトプットファイルを
GAMESS のアウトプットファイルみたいな形式に変換するツールを作れば、
MacMolPlt で見れるぞー。

でも、年々アウトプットファイルのフォーマットチェックが厳しくなってきてるので、
なかなか面倒な作業ではある。

866 :あるケミストさん:03/11/03 00:33
量子化学勉強しようと思うけど難しすぎ
散々このスレでも参考書はどれがいいかというレスがなされてるけど
やっぱ難しいっていう証拠なんだね。。

で、1からはじめる人に向いてる本を教えてくらはい。。
一応まとめとして。。

867 :あるケミストさん:03/11/03 05:06
>>866
量子化学ってこーいうもんかーって全体像をすばやく理解できるのは
「講談社サイエンティフィック 入門分子軌道法」
じゃないかなー。たいてい図書館においてあるよ。

868 :あるケミストさん:03/11/03 07:01
>>857
spin symmetry brokenなUHF(UDFT)って、Gaussian03ではどういうオプションつけて
あげればいいんですか?

869 :あるケミストさん:03/11/03 17:28
UHF とか UBLYP とかで計算できないか?
あとは状況によって Guess=Mix とか入れて。

870 :あるケミストさん:03/11/04 04:21
>>860

おいおい、それは縮退って言わんだろ。だいいち、一般には、直交もせんし、
ハミルト二アン直交もせん。

871 :あるケミストさん:03/11/04 16:40
例えば、Cr2O3のような反強磁性のユニットセルを
計算する時、どのような計算方法をルートに入れたら
多重度1でエネルギー最低となるのだろうか〜

分かる人って、いるかなぁ〜?

872 :あるケミストさん:03/11/04 19:01
>>870
直交、非直交はあまり関係ない。
それは近似が原因でひずみが出てるだけかもしれないから。

本当に問題なのは線形独立かどうか。
解1とその励起配置の線形結合で
解2が作れるかどうかが問題。
作れたら縮退とは呼べないし、
作れなければ縮退と呼んで構わない。
言葉を変えれば、解1を基準とした解の集合と解2のそれを併せたものが
非直交であれ完全系をなすなら、縮退と呼べる。

で、実際にはどうかというと、
一般には線形独立になるんで、縮退と呼んで構わない。

と思うのだが、どうよ。

873 :あるケミストさん:03/11/04 20:06
つーか、お前等勉強してるな

874 :テン:03/11/05 20:03
>>873
情けないことに、俺はイッコモ分からんよ〜
それなのにGaussian使って計算している自分
が恥ずかしくなってきたよ〜 
(ToT)×10^23

875 :あるケミストさん:03/11/05 21:05
       へ
     /∧\
   / ,/  i; \
  / ,/   i;  \
<  /     i;   >
 \,i'      | /
  i  ⌒    |"  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  |●_ ●   | < >>874 学生だったら勉強してわかるようになれ この野郎♪
  () ▽  〇  |  \_
  /      |
  |     |,,/  |
 J|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|し
  |;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|
  |;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|

876 :あるケミストさん:03/11/05 23:07
というか、このスレはわからない人々に対しても親切な人が多いな。
どんなに既出でも一応は説明するし。

「量子化学者は迫害されがちだから親切」というカキコを思い出したよ。

877 :テン:03/11/06 11:48
>>875
頑張るニャン♪

878 :あるケミストさん:03/11/06 12:19
量子化学じゃなくて計算化学だろ・・

879 :テン:03/11/06 12:23
やぱり、基礎をしっかり固めんといかんと
思い、「量子化学−基本の考え方16章」
(東京化学同人発行)を読んでるよぉ〜

簡単すぎると思われるかも・・・
これ読んだら、次はどんなのを読んだら
いいと思う?教えてチョ〜

880 :あるケミストさん:03/11/06 14:14
J. J. サクライ

881 :あるケミストさん:03/11/07 00:08
ココで紹介されてた簡単そうな本読んだけど
ワカラネーヨ
シュレディんがーが出てくるあたりで?ってかんじ
微分とかも記号の羅列でサパーリ
ヽ(`Д´)ノウワァァァン

882 :あるケミストさん:03/11/07 02:41
今大学3回生で固体科学関係に進もうと思っているのですが。
無機固体における第一原理計算について基本的なところからかいてある
文献、もしくは書籍があったら教えて頂けませんか。

883 :あるケミストさん:03/11/07 05:08
>>881
>>867+「物理入門コース. 10 物理のための数学. 和達 三樹著」だなー

884 :あるケミスト:03/11/07 18:07
酸素原子は何重項ですか?

885 :あるケミストさん:03/11/07 18:18
>882殿
バンド計算のことを言っているなら、
とりあえずキッテルを眺めてみてはいかがですか?
周りで買って持っている人もたくさんいるだろうし。


886 :882:03/11/07 19:29
キッテルはこの間購入したばかりです。
今はウエストの固体化学入門を読んでいて
まだ手をつけてませんでした。早速読んでみます。

887 :あるケミストさん:03/11/08 01:50
あの〜、誰かポリマーのab-initioバンド計算やった人っています?

888 :あるケミストさん:03/11/08 02:57
>>884
相対論効果を考慮すると厳密には
S^2 演算子の固有状態ではないので
何と言えばよいのやら。
とか意地悪してみるテスト。

そういや、多電子系のヘリシティとか考えたこと無いけど、
Dirac-Fock 波動関数はヘリシティ演算子の固有状態になってるの?

889 :あるケミストさん:03/11/08 10:03
ガウシアンで遷移金属を含んだ系を計算する時は、
LanL2DZかな

890 :あるケミストさん:03/11/08 13:17
「量子化学入門」(上)と(下)化学同人発行って本は
ムチャ難しい (ToT)
毎週の勉強会で強制的に読まされている

日本語が書いてあるハズなのに、日本語じゃないみたい
だよ

891 :あるケミストさん:03/11/08 22:45
>>890
それはひょっとして「三訂」?
「入門」とは付いていますが、あれは入門書ではないですよ。

892 :あるケミストさん:03/11/09 08:12
>>888

なってないって。前段と後段のつじつまがあってないことに気づいてるか?

893 :890:03/11/09 15:40
>>891
そうそう、「三訂」です

894 :あるケミストさん:03/11/09 18:27
>>893
量子の先生は若い頃やってたりするので、やったほうがいいかもね。

895 :あるケミストさん:03/11/11 00:55
分子に電場をかけた時の軌道をGAMESSで求めなくてはいけないのですが、
どなたか、入力ファイルの書き方が詳しく載っている本かサイトを教えていた
だけませんでしょうか。

896 :あるケミストさん:03/11/11 06:53
げーむすは添付の英語まにゅあるを熟読するしかねーな

897 :あるケミストさん:03/11/11 08:00
>>896
GAMESSの使い方の本を出したら(学術書としては)そこそこ売れる
んじゃないか、とは前から思ってたけどね。
使われてるわりには、日本語文書はそろってないね。

898 :あるケミストさん:03/11/11 12:59
>>897
本を出すからには、マニュアルをただ訳しただけでなく「計算科学ガイドブック」
なみの濃さを要求されるからなー

もしかしたら
「計算科学シリーズ 分子軌道法」 木原、内田、生田
講談社サイエンティフィック, 1994, 212頁, \2500
にげーむすの使い方ものっているかもしんねーな。「計算科学ガイドブック」より
新しい本だから。これも町の図書館にあったりする。

ネットで検索すると、「 GAMESS(日本語マニュアル) GAMESSの紹介とマニュアル。
三重大学の小関史郎さんの作ったページです。 」なんてのがあるけど、卒業した
のか消されとる。

ttp://w3.kinjo.ac.jp/~kawabe/qc/
なんか親切だけど、入力ファイルはわからんな。

899 :あるケミストさん:03/11/11 14:39
>>895
マニュアル見たけど、GAMESSの普通の使い方知ってるんだったら、
$EFIELDを加えるだけじゃないの?
ネオンだったら、こんな感じ。

$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY ISPHER=1 MULT=1 $END
$SYSTEM TIMLIM=1 MEMORY=100000 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $END
$DATA
NEON
DNH 2

NEON 10.0 0.0 0.0 0.0
$END
$EFIELD EVEC(1)=0.0, 0.0, 0.002 $END


900 :あるケミストさん:03/11/11 15:34
小関先生は学生じゃないぞ。GAMESSの開発にも関与していたはず。大阪方面の大学に移ったと思う。
ただし、GAMESSのマニュアルを訳していたのは学生だろう。ところどころおかしかった。

901 :あるケミストさん:03/11/11 20:35
>>900
そうなんだ、先生だったのかー
GAMESS開発に携わったってことは、まいくみたいに肘当てした
服着てんのかー

902 :895:03/11/12 01:43
>>896-898
ホントにGAMESSの情報が少なくて困っていました。
お金のあるところはGAUSSIANを使っているのでしょうか。

>>899さん感謝です。
$EFIELD を入れるだけでうまくできました。
これで計算結果を見せに行くことができます。

903 :あるケミストさん:03/11/12 05:40
>>899
神降臨

904 :あるケミストさん:03/11/13 19:22
大学3年生の者で量子化学に興味あるのですが、
どのような能力が必要とされるのでしょうか?
教授に需要が少ないと言われたのですが、
就職は厳しいでしょうか?
ちなみに、院は行こうと思ってますが、
ドクターまで行くかはわかりません。
もし、よろしければ教えてください。

905 :あるケミストさん:03/11/13 21:49
>>904
> 就職は厳しいでしょうか?
就職が易しいと思うヤシがいたら是非、貴重な意見を聞きたいものです。

906 :あるケミストさん:03/11/14 07:54
>>905
意外にいわれるほどは厳しくないと思う。あくまでも「意外に」のレベルだが。

907 :あるケミストさん:03/11/14 18:24
SEとか、いろいろあるのでマジでおすすめ

908 :あるケミストさん:03/11/14 18:33
>>905
俺(修士2年)はGaussianを使った計算と勉強を1.5年やってきた。
その間、実験は学部の実験補助でしたぐらいだったけど、研究職に
内定できたよ。

要は、面接の時にいかに自分をアピールできるかだと思うよ

909 :904:03/11/14 20:19
みなさん、ありがとうございました。
私が思っていたよりも、
悲観するものではないとわかって安心しました。
あとは自分の能力しだいですね。

それとSEとはなんでしょうか?
無知ですみません(;;)

910 :あるケミストさん:03/11/14 20:53
>>907
SEだと、定年早いんじゃないの?

>>908は貴重な存在じゃないかなー
すげーな

>>909
しすてむ・えんじにあ

911 :あるケミストさん:03/11/14 21:17
>>910
908みたいな人はうちにもいたよ。今化学系や電機系の企業で研究してる。
修士時代の専門なんてその程度にしか扱われないのでは。

912 :あるケミストさん :03/11/14 22:35
ランダウ・リフシッツ最強

913 :あるケミストさん:03/11/15 00:06
話の腰折ってすまん。
量子化学の質問ではないんだけど、Gaussianのfchファイルの17行目にある
「Total Energy」の単位って何?Hartree?

914 :あるケミストさん:03/11/15 02:49
log ファイルのと比較して等しければ Hartree 。
違えば自分で変換して確かめてみ。

1 Hartree
= 4.3597482(26)e-18 J
= 6.270899e+2 kcal/mol
= 2.72113961(81)e+1 eV
= 3.157733(27)e+5 K
= 6.5796838999(78)e+15 Hz
= 2.1947463067e+7 m^(-1)
= 4.850 8741(29)e-35 kg

915 :x-moe 楓:03/11/16 04:14
>904,就職してゆく方たちへ。
わたしは8年間ひっしに勉強して、ラクに就職し、将来の役職も決まってたけど10ヶ月で肝炎で退社。
その後、量子化学をしていた数学力により予備校で数学講師。年収は初任給の約5倍。事実です。
このスレに来たくなるほど未練はあるが今の仕事もやりがいがあります。
目をつけた生徒には隙を見ては量子化学への勧誘をします。
スレの話題とそれてすみませんでした。

916 :テン:03/11/16 10:14
>>915
8年間とは?
学部4年 + 修士2年 + 博士3年 =9年 では?


917 :あるケミストさん:03/11/16 12:07
_..                ,,.-'ヽ 
ヽ "゙ー-、、         / : :!
 i 、 :. ヽヽ_,,.....、,,,....._;/ ,;'   ;,.!
  i.,  ..;;;ヽ       ヾ ,,;_ , /
  ヾ_:::,:'           -,ノ
  ヾ;.   ,         , 、;,  >>916
    ;;    ● , ... 、,● ;:  そんなとこ、つっこんでねーで
    `;.       C)   ,; '   マニュアル読んどけー
    ,;'     '.、 -‐-ノ ,;'、
   ;'            ;:
    ;:            ';;

918 :913:03/11/16 13:37
>914

どうも、サンクス!

919 :あるケミストさん:03/11/16 16:37
初任給の約5倍って、もの凄い少ないんじゃ。

920 :あるケミストさん:03/11/17 11:28
checkpointを使っての計算で
Opt=Restart と Geom=Checkpoint Guess=Read
は、どう違うのですか

921 :あるケミストさん:03/11/17 12:46
Opt=Restart
構造最適化を再スタートするばやい
当然、最適化が終わってないちぇくぽいんとふぁいるを読ます

Geom=〜
のほうは他にオプションつけるんじゃないの?たとえば、Freq

922 :あるケミストさん:03/11/18 00:05
分子軌道法の前に、Schroedinger を一度きちんと解いたことがあるのかしら?
教科書通り、井戸型ポテンシャル、調和振動子、水素原子の順番に、それから近似法、
多体系に入っていくとよろしいかと。

923 :あるケミストさん:03/11/18 01:55
>>922

誰に言ってんの? 2chビギナー?

924 :あるケミストさん:03/11/20 22:39
gamess ソースからコンパイルできた方いらっしゃいますか?
Suse Linux で g77, ifc, pgf77 でいずれもリンクまではできるのですが
gamess.00.x を実行した瞬間、いずれも Segmentation fault になります。


925 :あるケミストさん:03/11/21 00:40
>>924
1. スクラッチ置き場がない
2. rungms 設定ミス
3. アクティベート条件ミス
4. コンパイル条件ミス

の順で確認。
それでもミスが無ければ

5. その環境では GAMESS は実行不可能

というわけで、デバッグするかメール送るかしてみ。

926 :あるケミストさん:03/11/21 09:35
gaussianで計算が途中で中断され、しかもアプリケーション自体
が終了されている場合がある。
あれはどうしてなん?%Memで使用メモリー量を増やしても
同じようになっとるけど
おかしい

927 :あるケミストさん:03/11/21 10:15
>>926
まずはログをみてからだ

928 :あるケミストさん:03/11/21 10:50
>>927
Leave Link 601 at Fri Nov 21 07:02:32 2003,
MaxMem= 78643200 cpu: 1.0
が最後の行にかいてることだった

929 :あるケミストさん:03/11/21 12:37
Link 601ってなんだっけ?これから解決できねーかなー?
ぷろぐらまーまぬあるにのってると思うけど、手元にない。

930 :あるケミストさん:03/11/21 16:38
gaussianや他の量子化学計算で周期境界条件っての
があるけれど、あれってどーいーぅ理論を使ってるでつかい
なぁ

平面波展開?

931 :あるケミストさん:03/11/21 16:42
>>924,925

もしかして、rungmsからでなく、gamess.00.xを直接起動してないか?

932 :あるケミストさん:03/11/21 17:15
>>930
http://www.geocities.co.jp/Technopolis/4765/SAMP/interactive2.html

933 :924:03/11/21 19:18
>>925, 931 さん、コメントありがとうございます!
925 さんの書き込み見て今日、会社で再度、確認してみたところ
上手くいきました! 結局、931 さんの指摘のように実行していました。
実は、g77 ではロードモジュール自体は正常にできていて勘違いでした。
勘違いの原因は、ジョブの実行の仕方でした... (^_^;;
テストシェルの用意とスクラッチファイル?、入力の指定が抜けていて
http://www.webmo.net/support/gamess_linux.html を参考にやってみたら
g77 ではうまく実行させることができました。
バイナリで Linux 版の GAMESS をダウンロードして入力ファイルなしで
実行させたら下記のメッセージを出して終了したのですが、ソースから
コンパイルした gamess.00.x だと "Segmentation fault" と異常終了したため
コンパイルに失敗したものと早合点していました。(^_^;;

% ./GAMESS
CAN NOT OPEN PC GAMESS INPUT FILE.
THE PC GAMESS INPUT FILE NAMED 'input' MUST BE IN THE CURRENT DIRECTORY.
....
% ./gamess.00.x
Segmentation fault

934 :924:03/11/21 19:20
g77 でできたので問題ないのですが ifc ver.7 では正常に計算できているものの
実行出力結果に "FLUSH--FAILED:: Bad address" という行が何行もところどころに
入ってしまいました。コンパイル、リンクオプションはシェルにあったものを
使用したのですが FLUSH 関数の問題でしょうか?!
pgf77 3.3-1 では、下記のエラーが出力して終了しました。
Running gamess.00.x on dali0 as compute process 0
ddikick: trapped unexpected termination of a child process, SIGCHLD.

GAMESS g77/gcc コンパイル
1. gamess-current.tar.Z あるいは gamess-current.tar.gz を適当な
ディレクトリに展開。ソースは下記より取得。ユーザ名、パスワード必要。
http://php.scl.ameslab.gov/GAMESS/dist.source.shtml
% uncompress gamess-current.tar.Z
% tar xvf gamess-current.tar
あるいは
% tar zxvf gamess-current.tar.gz

2. /home/user 以下に展開したとすると、下記のコマンドを実行して
actvte.f の '*UNX' の 4 文字を空白 4 文字に置き換える。
% cd gamess/tools
% cp actvte.code actvte.f
% vi actvte.f (vi エディタ中で :%s/\*UNX/ /g を実行)

3. 変更を保存し、actvte.f のコンパイルを実施。
% g77 actvte.f -o actvte.x

4. endfile.tar.gz を /home/user/gamess/source に展開
% cp endfile.tar.gz /home/user/gamess/source
% cd /home/user/gamess/source
% tar zxvf endfile.tar.gz
endfile.c, f2c.h, fio.h が展開される。ファイルは下記より取得。
http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/g77bug/endfile.tar.gz

935 :924:03/11/21 19:22
5. /home/user/gamess ディレクトリに戻り、comp, compall, lked ファイルを
修正。
% vi comp
set TARGET=ibm32 -> linux-pc
chdir /u1/mike/gamess -> /home/user/gamess
下記の部分を確認
if ($TARGET == linux-pc) then
set OPT = '-O2'
set echo
g77 -c $OPT -malign-double -fautomatic \
-Wno-globals -fno-globals $MODULE.f
unset echo
endif

936 :924:03/11/21 19:23
% vi compall
set TARGET=ibm32 -> linux-pc
chdir /u1/mike/gamess -> /home/user/gamess
下記の部分を確認
set CCOMP=cc
下記の行の下に endfile.c のコンパイル、mv コマンドの追加
$CCOMP -c $extraflags source/zunix.c
$CCOMP -c $extraflags source/endfile.c <- 追加
unset echo
mv zunix.o object/zunix.o
mv endfile.o object/endfile.o <- 追加

% vi lked
set TARGET=ibm32 -> linux-pc
chdir /u1/mike/gamess -> /home/user/gamess
下記部分を確認。
if ($TARGET == linux-pc) then
set LDR='g77'
set LDOPTS='-Wl,-M'
if (-e /usr/local/bin/libblas-asci.a) then
set BLAS=' '
set LIBRARIES='/usr/local/bin/libblas-asci.a'
else
set BLAS='blas.o'
set LIBRARIES=' '
endif
set VECTOR=' '
set QUICHE='zunix.o endfile.o'
endif

937 :924:03/11/21 19:23
6. オブジェクトファイルの作成
% ./compall >& compall.log &

7. ロードモジュールの作成
% lked >& lked.log &
ddikick.x, gamess.00.x が作成される。

8. テストデータの環境用意
% cd
% mkdir scr
% cd scr
% cp /home/user/gamess/rungms .
% cp /home/user/gamess/tests/exam01.inp .
% vi rungms (下記部分修正)
set SCR=/scr/$USER -> /tmp
if ($os == Linux) set GMSPATH=/ho/mike/gamess ->
/home/user/gamess

9. テストデータの実行
% ./rungms exam01 >& exam01.log &
% ps
PID TTY TIME CMD
13769 pts/9 00:00:00 rungms
13842 pts/9 00:00:00 ddikick.x
13843 pts/9 00:00:00 gamess.00.x
13844 pts/9 00:00:00 gamess.00.x
うまくいった...

938 :924:03/11/21 19:29
gamess.00.x は、ddikick.x と連動して動くんですね...
ダウンロードした GAMESS と仕組みが違う...

939 :あるケミストさん:03/11/21 21:19
誰か、このスレを保存して量子化学のサイトたちあげろ
良スレ杉!

940 :あるケミストさん:03/11/21 22:00
>>938

ダウンロードしたのは、たぶん、モスクワのAlex A. Granovskyという人が
中心になってやってるPC GAMESSですね。もともとは、UNIXベースのGAMESS
をWindows上で動かせるようにすることが目的のプロジェクトでした。GAMESS
のソースコードに基づいていますが、ただ移植するだけでなくPC向けのチュー
ンをするので、アイオワの最新版からは遅れた版が出てきます。

941 :あるケミストさん:03/11/21 22:18
1. GCC 以外のコンパイラや GCC 3 以降なら endfile.c 達は要らない。
2. >>936 の cc でコンパイルしてるってのはいいの?
 目的の GCC が実行される場合もあるけど、
 別のコンパイラや別の GCC が実行されることもあるんで注意。
 GCC ではちゃんと実行できてるみたいだからいいけど。
3. 最適化レベルが高いとコンパイラのバグが入りやすいので
 問題がありそうなファイル(もしくは全部)の最適化レベルを下げてコンパイルしてみる。
4. どうしてもだめならデバッグしてみる。

942 :924:03/11/21 23:14
>>940,941 さん、ありがとうございます!
どうりで動作が違ったんですね... 納得しました。
> 1. GCC 以外のコンパイラや GCC 3 以降なら endfile.c 達は要らない。
lked を確認しました。

# 'comp' script between doing the compall and lked steps. If you
# are using a 3.0 GNU g77 release, don't use endfile.o in QUICHE.

手元の NetBSD 1.6 + gcc version 3.3.2 の環境で set QUICHE='zunix.o'
にしてリンクし直したところ問題なくロードモジュール作成できました。
テスト実行も OK でした。

943 :924:03/11/21 23:15
> 2. >>936 の cc でコンパイルしてるってのはいいの?
そうでした...(^_^;; 会社で試した時は、g77 の場合は、gcc、
ifc の場合は、icc、pgf77 は、pgcc に書き直したと思ったのですが
再度、ログを確認してみます。

compall の修正追加
#
# Select the name of the C compiler
#
set CCOMP=cc -> gcc, icc, pgcc できれば絶対パスで書いた方がよい。

944 :924:03/11/21 23:16
ifc, pgf77 の場合は、リンクの時に、ddisoc.c の下記のところで
"soc_init_" が見つからないといったエラーが出ていて、最後の "_" を
削りました。

ddisoc.c
#ifdef LINUX
#include<sys/select.h>
#include<sys/time.h>
#define SOC_INIT soc_init__ -> soc_init_
#define SOC_NPROC soc_nproc__ -> soc_nproc_
#define SOC_SEND soc_send__ -> soc_send_
#define SOC_GSEND soc_gsend__ 以下同様
#define SOC_RECV soc_recv__
#define SOC_GRECV soc_grecv__
#define SOC_RCVANY soc_rcvany__
#define SOC_WAKEKICK soc_wakekick__
#define SOC_KILLKICK soc_killkick__ -> soc_killkick_

945 :次スレは?:03/11/23 00:06
どうしよう。
>>950氏、立ててくだされ。

946 :あるケミストさん:03/11/23 04:40
このスレの速度なら >>975 程度でいい気もする。

947 :あるケミストさん:03/11/23 18:45
スレたてたぞー

量子化学の話題はこのスレでパート2
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1069578310/l50

948 :あるケミストさん:03/12/17 03:45
あげ

949 :DQN:03/12/17 14:41
(上で親切にレスされている方々に感謝、 全文コピペ保存しました)

950 :あるケミストさん:03/12/17 15:10
2ch ブラウザ使えよー。

951 :あるケミストさん:04/01/11 17:40
初学のおれには単位がわけわからん

952 :あるケミストさん:04/05/03 06:47
とりあえずこちらを消費すれ。

953 :あるケミストさん:04/05/03 13:58
消費あげ!

954 :あるケミストさん:04/05/04 13:58
DFTの汎関数をまとめたページってないかな?

955 :あるケミストさん:04/05/04 14:21
>>954
密度汎関数法
ttp://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%AF%86%E5%BA%A6%E6%B1%8E%E9%96%A2%E6%95%B0%E6%B3%95

956 :あるケミストさん:04/05/04 16:11
汎関数の具体形というか、式があるといいんだけどね...。

957 :あるケミストさん:04/05/04 17:10
>>956
あの本はどーなのかね

958 :あるケミストさん:04/05/04 17:58
Wileyの2nd買いたいけど。。。

959 :あるケミストさん:04/05/04 19:29
タダかつ手軽かつ電子的かつ軽量が理想的だなーって、理想的すぎるかー?
辞書的に使える、ということなんだが。
暇を見て上の Wikipedia に追加するかね...。

960 :あるケミストさん:04/05/04 20:03
何穂罪撮る

961 :あるケミストさん:04/05/04 20:17
無ければ自分で何とかするが、
あるなら利用するのは普通。

962 :あるケミストさん:04/05/04 21:45
学生さんにDFTて胡散臭い方法て聞いたけど、本当?

963 :あるケミストさん:04/05/04 21:50
DFT自体はそれほど胡散臭くは無いけど、過信は出来ない。
(意訳:ちょっとは胡散臭い)

964 :あるケミストさん:04/05/05 01:02
「最後にする」と言ってたわりにはPart 3にまで出て来てるな、あの人。

965 :あるケミストさん:04/05/05 01:39
イニシャルあてなきゃ、出世できんぞよ。

966 :あるケミストさん:04/05/05 01:58
尼ちゃん3日からかうとやめられん。

967 :あるケミストさん:04/05/05 02:07
DFTにはたくさん欠陥ある。
Wileyの本にまとめてある。

日本語の本では、最近の研究をまとめた本ない。
初心者か中級くらいまでの本ばかり。
プロ(JCPやJPAに投稿する人)用の本書いてほしい。

今、一番役立つ本はWileyの本だけみたいです。




968 :北野武史の毒ガス漫才:04/05/05 03:15
        へ
     /∧\
   / ,/  i; \
  / ,/   i;  \
<  /     i;   >
 \,i'      | /  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  i  ⌒    |"  / 自分が冷たいから他人も助けてやらねーんだよ。
  |●_ ●   | < だから北野武史は万年技官じゃねのか この野郎♪
  () ▽  〇  |  \_
  /      |
  |     |,,/  |
 J|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|し
  |;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|
  |;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|

おまけに、研究能力0では、定年まで技官で技官室におれ。
まだ、部屋あてがわれるだけでも感謝しろ。

969 :あるケミストさん:04/05/05 06:50
欠点のない手法はない。

970 :あるケミストさん:04/05/05 11:05
万年助手はどうなんかなあ

971 :北野武史の毒ガス漫才:04/05/05 17:34
IMSにも多いけどね。
だけど、悪い人たちでないから責める気がしない。

 

972 :あるケミストさん:04/05/05 20:08
つーか、なんで量子のスレがこんなにあるんばー

973 :あるケミストさん:04/05/05 21:16
>>971

藻前のことだろ。

974 :北野武史の毒ガス漫才:04/05/05 21:27
        へ
     /∧\
   / ,/  i; \
  / ,/   i;  \
<  /     i;   >
 \,i'      | /  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  i  ⌒    |"  / 自分が冷たいから他人も助けてやらねーんだよ。
  |●_ ●   | < だから北野武史は万年技官じゃねのか この野郎♪
  () ▽  〇  |  \_
  /      |
  |     |,,/  |
 J|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|し
  |;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|
  |;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|

975 :あるケミストさん:04/05/05 21:34
>>972 つーか、なんで量子のスレがこんなにあるんばー

といわれてるし、そろそろ埋めんか?

976 :あるケミストさん:04/05/05 21:35
976

977 :あるケミストさん:04/05/05 21:35
977

978 :北野武史の毒ガス漫才:04/05/05 22:45
        へ
     /∧\
   / ,/  i; \
  / ,/   i;  \
<  /     i;   >
 \,i'      | /  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  i  ⌒    |"  / 自分が冷たいから他人も助けてやらねーんだよ。
  |●_ ●   | < だから北野武史は病気になったのか この野郎♪
  () ▽  〇  |  \_
  /      |
  |     |,,/  |
 J|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|し
  |;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|
  |;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|


979 :あるケミストさん:04/05/05 22:59
パールとヤングの原子・分子の密度汎関数法


980 :あるケミストさん:04/05/05 23:01
そういえば実験化学講座の新しいやつの計算化学の巻に
密度汎関数法の章ができてたな。

981 :あるケミストさん:04/05/05 23:30
981っと

982 :あるケミストさん:04/05/05 23:40
DFT肯定派でも反対派でもないけど、ときどき奇妙さを感じてしまう。

n=3までは、MP2と一致してるのに、n=4はMP2と不一致。
さらに不思議なのは、n=5ではMP2と一致する。
その原因不明。

binding energyも大部分の複合体でCCSD(T)などに一致してるのに、
1つだけ全然駄目。その原因も不明。

その他DFTの結果は本当に正しいのかなと思うときありました。

いつも悪い結果が出る方法はだれも使わない。
いつもいい結果が出る方法はもちろんいい。
DFTはあるとき突然変な結果がでるので怖い。
しかも原因がわからない。
それがどんな分子の場合かすら、予想できない。
いろいろなデータ出版されてるけど、
それらのうちのある分子はまったく変な結果であることもありえるのでは?
しかも、それがどの分子の場合かもわからない。

983 :あるケミストさん:04/05/06 00:59
nはなに?

984 :あるケミストさん:04/05/06 01:05
溶媒分子の数

985 :あるケミストさん:04/05/06 06:02
>>984
CPCちゃんとやってる?

986 :あるケミストさん:04/05/06 17:38
やってるよw

987 :あるケミストさん:04/05/06 18:25
>>986
ほんじゃ、MP2とDFT両方やって、DFT逝ってよし!ってペーパー書いてよ

988 :あるケミストさん:04/05/06 18:40
書いたよw

989 :あるケミストさん:04/05/06 18:40
MP2 の方が使えない範囲多そうだけどね...。

990 :あるケミストさん:04/05/06 18:41
DFTよりレベル下だからしかたないかw

991 :あるケミストさん:04/05/06 19:53
うん。HFよりはレベル上。

992 :あるケミストさん:04/05/06 20:46
>>990
下なのか?

993 :あるケミストさん:04/05/06 20:48
>>992

どっち?

994 :あるケミストさん:04/05/06 21:56
精度:MP2 > DFT
時間:MP2 > DFT
じゃないの?

995 :あるケミストさん:04/05/06 22:00
おとぼけw

996 :あるケミストさん:04/05/06 22:10
団栗の背比べと思われ。

997 :あるケミストさん:04/05/06 22:13
そうでなかったら、
MP2使用者いなくなる。
だれもDFTを使うよ。

よくわからないのだけど、
MP2,MP4,QCISD(T),CCSD(T)のbinding energyのデータを載せたら、
どの審査員もMP2とCCSD(T)だけにしか興味ないんだ。

特に、1人の審査員は「MP4使わないほうがいい」とtextに書くべきとコメントされてました。

998 :学食DFT:04/05/06 22:17
安くておいしい学食あれば、みんな食べに行くよ。
近くの団栗屋は、お客なし。

999 :あるケミストさん:04/05/06 22:22
うちの大学の学食おいしいんだ。
その上、栄養学的にも申し分なし。

ただ、学生の空騒ぎだけが問題。

1000 :あるケミストさん:04/05/06 22:28
当たり前だのクラッカー。

1001 :1001:Over 1000 Thread
このスレッドは1000を超えました。
もう書けないので、新しいスレッドを立ててくださいです。。。

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