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量子化学の話題はこのスレでパート2

1 :あるケミストさん:03/11/23 18:05
鯖移転でスレがなくなったのでたてました。

---前スレ>>1から引用---
!量子化学の話題はこのスレで!
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
1つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。

理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。

2 :あるケミストさん:03/11/24 01:07
乙。
まだ前スレが生きてるような気もするけど、まあここらで移っといたほうが無難か。

3 :あるケミストさん:03/11/24 06:08
>>2
このスレ立てた時、この板にはこのスレを含め3つしかありませんでしたw

4 :あるケミストさん:03/11/24 19:53
今GAMESSのプログラムを読んでいます。
分子の対称性を使うところで、理論というか
式の意味が完全には理解できません。
群論の入門書を読んだのですがそれでも
理解できません。分子軌道法に特化した
GAMESSのプログラムをカバーできる良い本が
ありましたら、どなたか教えてください。


5 :あるケミストさん:03/11/25 10:27
たぶんGamessの役に立たんと思うが www.webmo.netは見ておいて良いかも。。

6 :あるケミストさん:03/11/25 15:25
>>4
テストジョブの説明なかったけ?あれでも駄目?

7 :あるケミストさん:03/11/25 15:26
>>4
C2v対称性の水分子の計算でもやって、基礎を学ぶところからやらんと駄目かな?

8 :あるケミストさん:03/11/25 19:27
水の構造って何で直線じゃないんですか?

9 :4:03/11/25 19:30
>>5-7
レスの数々ありがとうございます。
早速参考にさせていただきます。

群論は成田進、藤永茂著の群論入門を読んで理解しました。
射影演算子を使って、規約表現を作るという部分が
この本の要なのですが、GAMESSではこれがそのまま使われては
いないみたいです。






10 :あるケミストさん:03/11/25 20:49
>>8
講談社の「入門分子軌道法」を読んでみよう!
多分、わかりやすく載っている。

つーか、わしも忘れた!

11 :あるケミストさん:03/11/26 09:00

Gamessのmailing listに加入するのも良いかと。。(質問は具体的でないといけないが)

12 :あるケミストさん:03/11/29 16:44
京大の足立先生のところは理論化学や量子化学に入るのでしょうか?

13 :あるケミストさん:03/12/01 12:23
>>8
定性的に言うなら、
結合電子対2つと独立電子対2つが反発しあってそういう形になるから。
四面体を考えて、中心に酸素、頂点に電子対を置けば、
水分子が折れ線構造になるのが分かると思う。

14 :あるケミストさん:03/12/02 17:28
誰かgaussian03をifcでコンパイルしている人はいない?
うまくいかないんだが

15 :あるケミストさん:03/12/02 21:43
>>13
それってVSEPRっていう理論だよね・・・違っていたらスマソ

答になってないけど、H2Oを直線構造で構造最適化(結合長のみ)
そんで、振動解析かけるとイマジナリーモードが出るから
それの考察するってのは・・・
あんまり面白くねーか

16 :あるケミストさん:03/12/06 10:42
gaussianシリーズって R or Uの指定をしないでも、多重度2ならちゃんとUで
けいさんしてくれてる。マニュアルには R
とUの指定について書かれてあるけど
別に指定せんでもいいとおもうのはおれだけか

17 :あるケミストさん:03/12/06 12:08
多重度 1 で U したい時には必要だとおもうのはおれだけか

18 :16:03/12/06 16:59
>>17
うんうん、そうかも

19 :あるケミストさん:03/12/08 23:59
PCにて分子のspin-orbit行列要素を計算したいと考えちょりますが、
GAUSSIANとGAMESS、どちらが適当でありませうか?

20 :あるケミストさん:03/12/09 11:43
GAUSSIANで原子によって違う基底関数を指定するのはどうしたら
よいでつか

21 :あるケミストさん:03/12/09 13:28
>>20
GENっていうオプションを使ったと思う。あとこれも参考になるかもしれん。
ttp://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html

22 :あるケミストさん:03/12/09 13:29
あとこれも。
ttp://www.gaussian.com/g_ur/k_gen.htm

23 :あるケミストさん:03/12/09 18:23
>>21
昔、それ使ったときバグがあったので、
俺は今はもうそこは使っていない。
基底関数を出力するオプションつけて一通り出力させて、
それを使うのが一番安心できる。

24 :あるケミストさん:03/12/10 14:15
zmatrixで対象性があるふうにモデルを作ったけど、計算後にMOみたら対象的になって
なかったYo

計算内でモデルに対照性を持たして計算することなんて、できるでんか?

25 :あるケミストさん:03/12/10 14:39
Gaussian はデフォルトで対称性縛るYo
それで駄目だったら対称的な解には落ちないのか、
対称的な解に「落とせなかった」のか。

26 :24:03/12/10 14:45
>>25
わかったYo
ありがとさんYo

27 :あるケミストさん:03/12/11 14:32
SCF=Direstっていふのはなんぞや〜。メモリー上で計算を行うから計算終了
ハヤシときいたけど、そうは感じんかった。

一体、何やねん(大阪弁風に)

28 :あるケミストさん:03/12/11 14:40
27
計算の大きさによる。

29 :27:03/12/11 14:42
>>28
大きい系じゃないと、scf=direcTのありがたみは
分からないといふことでつね

ありがとう3でちた

30 :あるケミストさん:03/12/11 16:10
Direct ってのは、二電子積分が大きいと
全部をメモリに置こうとせずに、
置かなかった部分を各 iteration 毎に計算するようにするフラグ、
だったと思う。
小さい系だったら結局全部メモリに置けるんで、何も変わらんかと。

Direct じゃない場合は全部メモリに置こうとするんで、
二電子積分が大きくなると激しくディスクスワップして
めちゃくちゃ遅くなるけど、
Direct だとそれなりの速度で計算できるようになる、
んだったと思う。

31 :あるケミストさん:03/12/11 16:12
>>30が全部説明したから、カキコすることないけど
がうしあんの教科書に載ってるよ。

32 :あるケミストさん:03/12/11 16:18
あと、デフォルトで Direct だったと思う。

33 :あるケミストさん:03/12/11 20:25
Gaussian98でシングルポイントエネルギー計算が収束しないー!なんステップやってもエネルギーの差がぜんぜん変わらない!!!!!!どうしてですか?教えてください!

34 :あるケミストさん:03/12/11 20:37
VShift とか NoDIIS とか NoSymm とか Guess=Alter とか
いろいろオプション試して見れ。

35 :あるケミストさん:03/12/11 20:41
>>33
SCF=Tight

36 :あるケミストさん:03/12/12 00:02
Gaussian、動かすのって、Pentium4-3.2GHzと、Athlon XP 3200+ではどっちが速い?

Pentium4のほうが安定してそうだけど、とにかく計算が速いほうがいいので。


37 :あるケミストさん:03/12/12 14:55
Gaussian98で遷移金属がある系でも3-21G, 6-31G(d)で計算できますか?

38 :あるケミストさん:03/12/12 15:31
Gaussianで計算したら、系内の金属の電荷が負になっていた。
どうしたら、いいんでしょうか? …

39 :あるケミストさん:03/12/12 15:57
>>38
信じなさい

40 :38:03/12/12 16:06
>>39
信じるものは救われる〜、ですか?
でも、その化合物はAl2O3のようなイオン性結晶で
金属の電荷は正であるべきと思ったのですが。

やはり、これも量子化学計算は近似ということから
考えれば当然の結果なのでしょうか

41 :あるケミストさん:03/12/13 08:02
量子化学計算で、pHを再現するにはどうしたら良いの?

42 :あるケミストさん:03/12/13 16:44
WinMOPACでgaussianで得られたfchを開いた後、MOを表示する
と思うけど、それからどのように解釈したらいいんですか?

HOMO:電子供与性 LUMO:電子授与性 ぐらいしか分からないの
ですが…

43 :あるケミストさん:03/12/13 19:19
>>42
考えるな、感じるんだ。

44 :あるケミストさん:03/12/13 23:43
>>41
分子のまわりにH2O・H+・OH-を配位させよ。

45 :あるケミストさん:03/12/14 10:21
>>44
レス、ありがとうございます。

pH=4の場合は、OH-1個あたり、H+を10^6個配位させないとだめなんでしょうか。

46 :42:03/12/14 15:13
>>43
れす、ありがとうです。
まだ未熟ですが、感じることができるようにがんばります

47 :あるケミストさん:03/12/16 18:30
>46
Gaussianのoutファイルからこの結果はこの軌道からこの軌道への励起が関与しているってのが分かるっしょ?
それからその軌道の絵を描いてみたら、例えばπ-π*の励起がこの結果に深く関与しているとかが分かる。

48 :あるケミストさん:03/12/16 18:50
>>46
地道にMOの絵を書いてみろー

49 :あるケミストさん:03/12/16 20:13
MO を〜占有軌道同士、仮想軌道同士でユニタリー変換しても〜
エネルギーは変わらないよ〜
ラララ〜

でも NO は〜縮退してなければ〜
ユニタリー変換するとエネルギーが変わっちゃうよ〜
ラララ〜

50 :あるケミストさん:03/12/16 21:18
>>49
今日、ザボで習ったの?

51 :あるケミストさん:03/12/16 21:23
>>37
それで、構造最適化できるらしい。
漏れは、uhf/sto-3g*でなら、収束したけど、ub3lyp/6-31g+(d,p)だと
収束しなかった。でも、ほとんどの人が、遷移金属だけを違う基底系に
して計算しているみたい(本当かどうか知らないけど)。
さっき計算が終わったんだが、遷移金属だけLANL2DZにして,、ほかの元素は
6-31g+(d,p)にしてやれば、収束させることができたよ。


52 :あるケミストさん:03/12/16 23:36
>>50
正準軌道にどこまで意味を持たせられるかというのは深遠な問題。
「ユニタリー変換すりゃ色んな形に変えられるじゃないか、
 そんなもんのある1つの形を見て何がうれしいんだ? けしからん!」
という考えの人もいるし、
「CASCI とかそれなりにいい描像が得られるし、
 正準軌道も全く意味が無いわけじゃないんじゃない?
 軌道エネルギーとも対応させられ、
 その軌道エネルギーも HF なら意味づけできるし」
という考えの人もいる。

俺は
「HF レベルの MO なんか、複雑な系だと電子相関足りなさすぎて
 ホンマに当てになるんかいな。
 でも、素性のいい系なら後者の意見に賛成かな」
DFT については
「密度しか保証しないのに MO にどれだけ意味づけできるんだ?
 そりゃ危険だろ」
という意見。

NO は縮退さえしてなければ唯一に決まるので、NO に関しては気にしない
(NO だけで全てを語れるかどうかはまた別問題)。
fractional な占有数出すには高精度計算が必要だから
精度の方もそれなりにあるし。
まぁ、UHF でも出るけど、その NO をどれだけ信じれるかってのは正直分からん。
これは UHF の精度と、手法自体のぁゃιさを許容できるかという問題だな。

53 :あるケミストさん:03/12/17 07:48
age

54 :あるケミストさん:03/12/17 18:40
 ガウシアンの計算方法の pbepbe ってなんですか?調べたけど、
どこにも見当たらんのだけど

55 :あるケミストさん:03/12/17 19:47
Perdew-Burke-Ernzerhof 汎関数じゃない?

56 :54:03/12/17 19:55
>>55
それって、密度汎関数法の一つですかね?
情報ありがとうございました。調べてみます

57 :あるケミストさん:03/12/18 00:24
最近はなんでもかんでもB3LYPでしか計算してないなー。
昔はいろいろな汎関数を試してたけど、マンドクサクテ。

B3LYPより使えそうなhybrid fuctionalがあれば
そっちに乗り換えてもいいけど、なにかない?

58 :あるケミストさん:03/12/18 00:25
BHandHLYP...

59 :あるケミストさん:03/12/18 09:29
gaussianの計算結果見たら、HOMO−LUMOのエネルギー
差がたったの0.75kcalmol-1しかなかった。これだと伝導体に
なっちゃうよ(笑)

Optする時にSCF=VShift でLUMOの準位を上げて計算すれば
いいの?LUMOを引き上げるエネルギー値によって、結果もだいぶ
変わってしまうと思うんだけど〜

60 :あるケミストさん:03/12/18 10:40
VShift は

ギャップが広がるように Fock 行列を変換
 → 対角化
 → ギャップを元に戻す

なので、最終的なギャップの値がどうこういうもんじゃない。
今の奴が変なところへ収束してるんだったら
もっとギャップの開いた解が出る可能性もあるけど。

あと、HOMO-LUMO のエネルギー差が小さいというのは
静的電子相関が欲しいよーと訴えてるわけで、
CAS でもした方がいい予感。
もし正しい解に落ちてるなら、だけど。

61 :59:03/12/18 11:09
>60
そうだったのか。
gaussianの計算って、奥が深くて難しいなぁ

っていうか、そんな事とかってどこで知ったの
マニュアルに書いてあるのかな

62 :あるケミストさん:03/12/18 11:49
>>61
そういうノウハウは、経験や人からいろいろと聞いて
身につけていくものらしい・・・。

Gaussianの教科書って、ちゃんと使えるのは「電子構造論による化学の探究(第二版)」
しかないけど、もっとこういうGaussianのノウハウが詰まった本がでてもいいと思うけどね。
需要ありそうだし。



63 :あるケミストさん:03/12/18 12:47
ここの住民でQandAを作ろうぢゃないか!

64 :あるケミストさん:03/12/18 13:33
別にこういうのは Gaussian に限った事じゃないと思うけどな。
でも、Gaussian にターゲットをしぼった方が
説明しやすいというのはあるかもしれん。

65 :あるケミストさん:03/12/18 14:00
>>64
量子化学計算屋の人口のなかで、Gaussianユーザーが圧倒的に多いと思うので、そういう意味でも
Gaussianのノウハウ本は役にたつと思われ。

66 :あるケミストさん:03/12/18 14:11
>>63
面白そうだNE!
03と98の違いにもいちいちふれてほしいが。
>>64
Gaussianの結果も参考にできるように
使えるようにはなりたいよな

67 :あるケミストさん:03/12/18 15:20
Q&Aを作る利点は、初学者が無駄に悩まなくていいということだね。

おまえらも悩め、ハマれ、それで成長するんだっていうなら
そんなものいらないけど、考えてみるとノウハウを得るために
無駄に時間を棄てていたってことない?
本やすぐにアドバイスをくれる先輩がいれば、どれだけはかどった
ことかと・・・

68 :あるケミストさん:03/12/19 14:36
Q.GaussianでSP計算の結果を見たところ、DIIS: errorが10-1オーダーなのに
  SCF Doneになっていました。これだと、完全に収束に至っていないと思うので
  すが、この場合、どうしたらよいですか?

  ちなみに SCF=Tight だと、収束条件が厳しくなるので時間がかかりすぎるのですが

69 :あるケミストさん:03/12/19 15:48
A. 見るところが違う。

SCF Done の後の Convg か、
#P にしてるんなら各サイクルの Delta-E と RMSDP を見る。
RMSDP はサイクル間の密度変化の標準偏差で、
こいつが小さくなれば収束してると判断される。

DIIS error は対角化で求めた通常の Fock と、
DIIS で予想される Fock との間の違いを見てるだけ。
つまり、DIIS が失敗してるかどうかを見てるだけに過ぎない。
DIIS が失敗してても収束する事は別にあってもいいので
(単に DIIS で予想できる程奇麗な収束経路を辿っていないだけ)、
こいつを使って収束性を判断することはできない。

70 :68:03/12/19 16:41
>69
俺はてっきり、DIIS: errorがちゃんと10-3なんかになっていないと
ダメと思っていたが。

俺って、見当ハズレだね。

詳しい説明、有難うございます。

71 :あるケミストさん:03/12/19 21:00
>>69←Fock神認定

72 :あるケミストさん:03/12/19 21:13
Fock 神ってなんじゃー

73 :あるケミストさん:03/12/19 23:34
shrodinger方程式が理解できないよ!

74 :羽鳥:03/12/19 23:56
漏れは無視かよ!

75 :あるケミストさん:03/12/19 23:56
Schroedinger
S は大文字。人名だからね。
Sch という風に、c が必要。
oe は o ウムラウトの代わり。
ウムラウトの使えない時には後ろに e を付けるんだ。
でも、oe に関してはいい加減な人多いから
そんなに気にしなくていいかも?

76 :スレ板:03/12/19 23:58
やっとかめ! 羽鳥君。

77 :あるケミストさん:03/12/20 00:08
>>73
解析力学をやるといいよ。

78 :あるケミストさん:03/12/20 07:35
>>72
Answerの良し悪しにより、Fock神、Hartree神、Pople神などを認定

79 :あるケミストさん:03/12/20 10:44
Feynman神がいいなぁ。

80 :あるケミストさん:03/12/20 11:56
>>79
量子化学限定だから却下。


81 :あるケミストさん:03/12/20 11:58
Qお願いします。
 Q.2つの構造にエネルギー差はないと判断する時、差として
   はどれ程がいいのでしょうか?

   私は RT=2.5kcal mol-1よりも大きかったら差として有効
   と考えているですが

82 :あるケミストさん:03/12/20 12:17
真空中の議論ってどこまで使えるんかと。。

83 :あるケミストさん:03/12/20 12:22
目的 depend じゃね?

84 :81:03/12/20 15:38
>>82
そう言われてみれば…
>>83
そうなんですかぁ〜

先にRT=2.5 kcalmol-1って書きましたが、Gaussianって
デフォルトは確か298.15Kでの計算であってますよね
(0Kでの計算という人もいますが???)

85 :あるケミストさん:03/12/20 15:47
0K に決まってる。

86 :あるケミストさん:03/12/20 16:05
T = 298.15K なら
RT = 0.6 kcal/mol じゃね?

http://www.google.com/search?hl=ja&ie=UTF-8&oe=utf-8&q=R+%2A+298.15K+in+kcal%2Fmol%3D&btnG=Google+%E6%A4%9C%E7%B4%A2

87 :あるケミストさん:03/12/20 18:29
Rは気体定数で 8.314 JK-1mol-1 だから、
   RT = 8.314(JK-1mol-1) * 298.15(K)
= 2479(Jmol-1)
= 2.5(kJmol-1) じゃないんでつか

88 :あるケミストさん:03/12/20 19:17
2.5 kJ/mol = 0.6 kcal/mol ≠ 2.5 kcal/mol

89 :あるケミストさん:03/12/21 13:40
原子数が多くて、困っタンゴ
b3lypだと負荷が大きすぎちゃうので、lsdaにしたん
だがいまいち結果がよくない
計算負担が大きすぎないb3lyp以外でいい結果が得れる密度
汎関数法って何かある?

90 :あるケミストさん:03/12/21 13:51
いい結果を出したいのなら、
計算終了まで気長に待つ。

91 :89:03/12/21 14:13
>90
ふぁ〜い

92 :あるケミストさん:03/12/22 09:38
Q既定関数がSTO-3GだとHOMOが+けど
 3-21Gにすると負になるよ。
関数によって+−になるのは、何が原因でしょうか?

93 :あるケミストさん:03/12/22 10:10
A.
基底関数がボロいから。

94 :92:03/12/22 10:15
>93
やぱ、そうか。有り難う。

95 :sage:03/12/23 12:05
>>92
プラス、マイナスって、軌道エネルギーのこと?

96 :あるケミストさん:03/12/23 12:58
皆しゃーん、座標指定にはどうしてます?漏れは
XYZ座標だよ Z-matrixはマンドクサイというかムヅカシイからね

原子数60個をZ-matrixで点群S6(対象要素:E,C3,i,S6)にモデリング
した人が知り合いにおるけど、それってスゴイのかなぁ

97 :あるケミストさん:03/12/23 13:49
>96
ケースバイケース。

C60の場合、むしろZ-matrixの方が簡明かつ賢明なのでは?

98 :あるケミストさん:03/12/23 14:58
Cartesian で C60 書けと言われたら嫌だな。
多分 Z-Matrix で書いて、それを Cartesian に変換するな。

99 :あるケミストさん:03/12/23 16:01
二面角以外はみんな楽勝だと思うが、
二面角を考えるのが苦手な人は多少いると思う。
そこで、コツを教えよう。
例えばメタンで

C1
H2 1 len
H3 1 len 2 angle
H4 1 len 2 angle 3 dihedral

とある場合の dihedral を考えてみる。
angle までは H4 → C1 → H2 という「流れ」をイメージできる。
ここで dihedral は H3 へ繋がるもう1つの「流れ」をイメージすればよい。
それは H2 → C1 という「逆流」から H3 へと流れる「支流」のイメージだ。
この H3 への「支流」をイメージするときの、
H4 からのズレが二面角に相当する。

言い換えるなら、H2 に立って C1 の方向へ視線を向けたときの、
H4 と H3 の角度が二面角になる。
立ち位置と視線をどこにとるかを覚えるのに、
「流れ」のイメージが助けになると思う。

100 :あるケミストさん:03/12/23 16:10
メタンの H5 が抜けてたね。ごめんよ。
まぁ、H4, H5 の二面角が 120.0, -120.0 になるというのがイメージできれば
万々歳やね。

101 :あるケミストさん:03/12/23 17:31
つーか、メタンなんてえれー対称性高いヤシは大変なんじぇねーか?
C2vにおちんじゃねーか?

102 :あるケミストさん:03/12/23 18:51
?

103 :初学者:03/12/23 22:03
>>99 私はいつも H4 1 len 2 angle 3 dihedral
の行をみたとき 4-1-2-3の方向 つまり 1側に立って2の方向を見るとき
4と3を比較していたのでアレ?とオモタが >>99の説明と正負が同じに
なることがわかりホッとしますた。

104 :あるケミストさん:03/12/23 22:22
それでもいいね。

105 :あるケミストさん:03/12/23 22:38
>>96
初期構造は、Gauss Viewで、はっぱと適当に書いて放り込んでいる。ただし、GaussViewの最適化は
糞なので使わない方がよいな。フルオプチマイズのときは、Z-行列でもXYZ座標でも計算結果・時間は
変わらんはず。

106 :あるケミストさん:03/12/23 22:41
>>103
>>H4 1 len 2 angle 3 dihedra

1-2を軸として4から3をみたときの角度じゃなかったっけ?<dihedral anglel

107 :あるケミストさん:03/12/23 22:50
扱いに一貫性があれば
4から3だろうが、3から4だろうがどうでもいい。
一斉に符号が代わるだけだ。
一貫して無いのが一番問題。

108 :あるケミストさん:03/12/23 22:50
代わる→変わる

109 :あるケミストさん:03/12/24 05:25
メタンの点群って何?

110 :あるケミストさん:03/12/24 06:30
Td

111 :あるケミストさん:03/12/24 08:27
>>110
ほんで、上のようなZマトリックス作って走らせた場合Tdになる?
ダミーがいくつか必要なんじゃない?

112 :あるケミストさん:03/12/24 12:26
どうせ NoSymm 使うからどうでもいい。

113 :あるケミストさん:03/12/25 07:26
>>112
Nosymmのオプションはつけた方が良い結果が得られる?

いつもつけたことがないんだけど、なにかメリットあるんだっけ?


114 :あるケミストさん:03/12/25 11:50
>>113
おれもしらん

115 :あるケミストさん:03/12/25 12:46
Symm だと何か軌道が正確に規格直交になってないことがあって、
その軌道を自作プログラムで利用するときにはまってしまった事がある。
再規格直交化するのが面倒なのでそれ以来 NoSymm つけてる。

116 :あるケミストさん:03/12/25 16:29
収束が悪いときに、SCF=(VSHIFT=200)とかするとうまく行くこと多いよ。

先輩に言われたんで使っている。けど、なんでなんだろう?

117 :あるケミストさん:03/12/25 19:18
ほとんどGaussian(/GAMESS) 質問スレになってるな
ABINITつかってるひとっていないのか?

118 :あるケミストさん:03/12/25 21:38
>>117
ABINIT-MPならともかく、ABINITはなあ。
MP法に対応していないのにABINIT-MPという名前なのはどうにかして欲しいものだが。

119 :あるケミストさん:03/12/25 21:48
>>118
東京にないのに、東京ディズニーランドみたいなもんだなー

120 :あるケミストさん:03/12/25 22:30
何で FM じゃなくて MP にしたんだろなぁ。
MP法が使えるのかとか思わせるのが狙いなのか?
それとも MPI とかけてるのかな?

121 :あるケミストさん:03/12/25 23:18
>>116
HOMO-LUMO のエネルギー準位差が小さいと
収束中に HOMO-LUMO が入れ替わったりして
振動することが良くあるけど、
その差を無理矢理広げてやることにより
振動しにくくなる...ということなんだけど、
確実というわけじゃないんだよな。
でも、収束しないならとりあえず Level Shift するのは悪くないと思う。

122 :あるケミストさん:03/12/26 00:33
DIISってなんですか?

123 :あるケミストさん:03/12/26 00:39
>>122
収束するベクトル列の収束値を推測するアルゴリズム。
HF や DFT では Fock 行列に適用される。

具体的な方法はこのあたりを参照
http://vergil.chemistry.gatech.edu/notes/diis/node2.html

124 :あるケミストさん:03/12/26 00:59
>>123
つまり、行列の対角化のアルゴリズム?

125 :あるケミストさん:03/12/26 01:03
分子の励起状態の振動数には、かならず虚数振動がひとつ入っているのですが、これはなぜですか?
この虚数振動が一つであることが重要なことと教わったのですが、なぜなのかわかりませんでした。



126 :あるケミストさん:03/12/26 01:13
>>124
対角化じゃない。
ベクトルじゃなくてスカラーで考えるとイメージしやすいと思う。
何か収束してそうな点がいくつかあれば、
どこに収束するかってのはある程度予測できるでしょ?
そういう風なことをベクトルでやるのが DIIS 。
DIIS は収束に近いことを前提にしてるので、
場合によっては initial guess の形に引きずられて
微妙に不安定なところに落ちることもある点には注意。

Fock も一列に並べればベクトルとみなせるので、
DIIS を適用できる。
でも、MO はユニタリー変換の自由度があるので
DIIS を適用すると無茶苦茶になる。
密度係数行列も DIIS かけれるけど、
MO が得られなくなるので
同時に Level Shift したい時に困る。

127 :あるケミストさん:03/12/26 01:58
>>125
構造最適化前のことですかな?
基底状態と励起状態で基本的に分子構造が異なるからではないでせうか。
虚数振動が「ひとつ」である必然性については判りかねますので、
その辺詳しい方フォロー宜しくです。


128 :あるケミストさん:03/12/26 08:01
>>120
multi-processorの頭文字らしいよ。
なにもそんな紛らわしい略称を使わなくても。

129 :あるケミストさん:03/12/26 10:41
>>125
確か、Gaussianの例の教科書にそんなことが書いてあったね。漏れも知りたい。

130 :あるケミストさん:03/12/26 16:41
うまくSCFが回らないときの頼みの綱は,SCF=QC。

131 :あるケミストさん:03/12/27 10:13
moldenってどうやったら手に入れれるの?

FTP接続したらファイルや圧縮フォルダがいっぱい表示されたけど
どれをどうしたらいいのか分からないよ

132 :あるケミストさん:03/12/27 10:18
>>131
ttp://www.biwa.ne.jp/~k-sugino/related/molden/
なんてどーよ

133 :131:03/12/27 10:31
>>132
あそこはUNIXでインストールする場合ですよね?
WINDOWSXPにインストールしたいのですが、その
場合はどうしたら…

134 :あるケミストさん:03/12/27 11:33
Freewareソフトを使ってWindows95&98上で分子軌道計算
http://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/3019/

XP でも多分大きくは変わらないと思う。分からんけど。

135 :あるケミストさん:03/12/28 11:43
ABINITユーザーです。酸化物の計算してます。
物理の方にVASPスレッドがありますよ。

136 :あるケミストさん:03/12/28 12:09
Gaussianで得られた結果の信頼性を調べる時は、全サイクルにおける
最低エネルギーでSCF Doneされているかどうかを確認しないといけない
と思ったよ。皆はどう思う?
 また、SPで最後のサイクルで最低エネルギーになっていなかったら、
やっぱりSCF=QCかSCF=Tight?

>>135
金属酸化物の計算ですか?だったら、俺と同じだね

137 :あるケミストさん:03/12/28 17:20
>>135
まじですか?!
情報ありがとうございます。


138 :あるケミストさん:03/12/29 17:36
hage

139 :あるケミストさん:03/12/30 00:59
Arguslabが結構好きだ…。
計算の役には立たないが、POVRAY変換に萌える。

140 :あるケミストさん:03/12/30 11:14
うちの学校は数学でフーリエやる前にSchroedinger方程式勉強させられた・・・

141 :あるケミストさん:03/12/31 11:36
VShiftって何ですか?
どういう場合に役にたつものなのでしょうか?

手持ちの教科書に載っていないので。

142 :あるケミストさん:03/12/31 12:18
>>141
>>59 >>60
>>116 >>121

143 :あるケミストさん:03/12/31 13:19
>>142

ハートリーフォック方程式に関係しているのは占有軌道だけだった
と記憶していますが、違ったでしょうか?
もしそうだとしたらイニシャルの非占有軌道のエネルギー準位に
ゲタをはかせることに何の意味があるのか理解できませんが、
どうなのでしょうか?

144 :あるケミストさん:03/12/31 13:39
>>143
Fock を対角化して得られる HOMO, LUMO が
前回の HOMO, LUMO と関係の深い形をしているとは限らなくて、
もしかしたら HOMO が前回の LUMO や 2nd LUMO と似た形をしているかもしれない。
それでエネルギーが収束しないこともあれば、
エネルギーは収束するけど密度が収束しないということもある。

Hartree-Fock に関係するのが占有軌道だけ だ か ら こ そ
こういう軌道の入れ替わりがもろに効いてくる。
CASSCF だったら軌道が入れ替わっても
CI 係数の方でどうにでもなるからね。

この収束途中の軌道の入れ替わりを抑制するために
Level Shift が有効な事もある。
確実といえる手法ではないけど、ないよりは遥かにまし。

145 :あるケミストさん:03/12/31 13:54
>>144

ありがとうございます。
引き続き質問ですが、イニシャルループのLUMOのエネルギー準位に
下駄を履かせた後はどうするのでしょうか?
ただ下駄を履かせっぱなしだと、解くべき方程式とは異なる方程式の
解が得られるような気がしますが、それを防ぐべく何かをするの
でしょうか?

146 :あるケミストさん:03/12/31 14:04
>>144

恐縮ですが、今度は使い方に関する質問を一つ。

VShift=0, 50, 100, 200, などといくつか値を振って計算した
結果が異なる場合、全エネルギーの最も安定な結果を選べばよい
のでしょうか?

147 :あるケミストさん:03/12/31 14:21
>>145
完全に厳密に収束していれば
下駄を履かせても同じ結果を与えるようになってるので、
気にしなくていい。
Fock を F'=F+SCv(C^T)S (^T は転置)と変換すると、
F' は F'C=SCε' (ε'=ε+v, v は VShift)を満たす。
あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。

収束してなければ全く同じ結果にはならないけど、
それこそが VShift の目指すところではある。
収束してしまえば何の問題なくなるので安心して使ってよい。

>>146
いいんじゃないかな。
でも、あんまり変わるようなら
まだ別に安定な解がまだあるかもしれないんで、
もうちょい大きな(1000以上)ところも
試してみたらどうかな。

148 :あるケミストさん:03/12/31 14:34
>>147

どうもありがとうございました。
たいへん助かりました。

149 :感動的レスに深謝。皆様どうぞ良いお年を!:03/12/31 14:36


150 :あるケミストさん:03/12/31 15:03
>>147

恐縮ですが、細かな点を確認したく思います。すみません。

F'C-SCε' にF'=F+SCv(C^T)S を代入すると、F'C-SCε'=0、
すなわち F'C=SCε' であることが確認できました。

>あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。

「vの下駄を履かせた非占有軌道に対しては、最後にvの下駄
を外してやらなければならない。それに対して、占有軌道は
そのままでいい」という理解でよろしいのでしょうか?


151 :あるケミストさん:03/12/31 15:15
>>150
v としては HOMO-LUMO ギャップが開くのであれば
多分どんなものを使ってもいい。
非占有軌道だけを上に上げるのでも、
占有軌道を下げるのでも、
占有軌道を下げて、同時に非占有軌道を上げるのでも。
どうするかで若干収束挙動が変わるかもしれないけど、
そこまではよく分からん。

非占有軌道を上に上げただけであれば、
占有軌道の軌道エネルギーはそのままで構わない。
VShift という名前から考えると
多分 Gaussian はそうやってるんじゃないかな。
ソース読んでないんで分からんけど。

152 :あるケミストさん:03/12/31 15:44
>>151

非常によく理解できました。どうもありがとうございました。
感謝いたします。

153 :あるケミストさん:03/12/31 18:44
>>151←Hartree神
このコテハンを使うようにw

このスレのみなさん、よいお年を

154 :あるケミストさん:04/01/01 03:43
>>147
Gaussianの標準はVSHIFT=100だけど、VSHIFT=50とか200にすると劇的に効果が表れるのかな?
VSHIFT=100に対してVSHIFT=0とかVSHIFT=1000ならその効果を期待できそうだけど。

155 :あるケミストさん:04/01/01 09:40
>>154

デフォルトはVSHIFT=0なのでは?

156 :あるケミストさん:04/01/01 10:30
>>155
ttp://www.gaussian.com/g_ur/k_scf.htm
VShift[=N]
Shift orbital energies by N*0.001 (i.e., N millihartrees); N defaults to 100.
This option disables automatic archiving.
N=-1 disables level shifting; NoVShift is equivalent to this setting.

みると100みたいだなー

157 :あるケミストさん:04/01/01 10:53
>>156

入力データにただ"VShift"とだけ書くと、それは"VShift=100"とみなされる
という意味に理解していました。
すなわち、入力データに"VShift"と書かなければ、"Vshift=0"なのだと
思っていました。

でも、"N=-1 disables level shifting" と書いてあるから、
入力データに"VShift"と書かなくても、VShift=100が自動的に入っている
みたいですね。

158 :あるケミストさん:04/01/01 11:56
元日からカキコしているヤシはらぼにいるのかー?w

159 :あるケミストさん:04/01/01 19:55
正月はないよ。というか家にいてもつまらないだけ。

160 :あるケミストさん:04/01/01 20:41
>>159
研究者らしい休みの過ごし方かもしれん。
でも、初詣ぐらいして、ジョブがちゃんと終わることを願いましょうw

161 :あるケミストさん:04/01/02 01:01
vshiftついでにscf optionのqcについて質問ー。

scf=qcはscf計算を"二次(quadratic)"に解くってことらしいのですが、
実際にはどういう計算やっているんでしょうか? このoptionをつけると
エネルギーがより精度良く得られるということですか?

162 :あるケミストさん:04/01/02 05:04
>>161
G. B. Bacskay, Chem. Phys. 61, 385 (1981).
を読んで解説してくれたら、みんな喜ぶと思う

163 :あるケミストさん:04/01/05 18:11
>>161
エネルギーの二次変分求めて解いてる。
イニシャルが収束地点からちょっと離れている場合には
一次で解くより停留点に到達しやすい。
その代わり計算量はバカにならない。

164 :あるケミストさん:04/01/05 23:56
昔、6-31++G**を使わずに6-31+G**を使えって言われたんですが、なぜなんでしょうか?

165 :あるケミストさん:04/01/06 03:56
1 計算が終わらなさそうだから
2 以前の計算結果と整合性を持たせたいから

166 :あるケミストさん:04/01/06 10:16
Gaussian98でヒュッケル法は使えるんですか?

167 :あるケミストさん:04/01/06 10:47
>>164
エネルギー計算なら水素原子にDiffuse関数いれても意味ないよ。

168 :あるケミストさん:04/01/06 11:11
でも、他の原子との基底関数のバランスが悪いと
表現力の強い方へ電子が流れやすくなる傾向があるから、
入れれるなら入れた方がいいんじゃないの?

169 :あるケミストさん:04/01/06 12:10
>>166
Initial Guessはヒュッケル法で出している


だっけ?

170 :あるケミストさん:04/01/06 12:35
>>169
GAMESS はそうだけど、
Gaussian98 は普通 INDO じゃなかったっけ?

171 :あるケミストさん:04/01/06 18:43
固体の計算は物理板なのか……

172 :あるケミストさん:04/01/06 22:55
>>166
今時、ひゅっけるでなに、計算するの? 

いや煽りじゃなくて、マヂで素朴な疑問。

173 :あるケミストさん:04/01/07 01:22
俺んところの研究室では、扱っている分子が小さいものばかりなんで、みんな、
いきなり6-311+G*あたりから構造のオプチマイズや物性計算に使っている。
つーか、イマドキ、6-31G、6-311G系使うなんてもう古いかもな。

174 :あるケミストさん:04/01/07 03:23
(aug-)cc-pVDZ, (aug-)cc-pVTZ

175 :あるケミストさん:04/01/07 03:45
つーか、BasisSetどーやって決めた?>皆の衆
例えば、>>165の(1)はリソースを考慮して思考錯誤の末に決めたと
解釈できるけど。
この「思考錯誤」する過程を尻鯛。リソースとより表現力の高い関数との
トレードオフってこと?

176 :あるケミストさん:04/01/07 12:12
>172
別にたいした意味は無いんですけど、計算している系が大きすぎて経験的
な手法で一回計算してみようかと思っただけです。金属(NiやFe)のある系で
やっぱり半経験的方法や経験的方法はやばいかなー?

177 :あるケミストさん:04/01/07 13:59
>173
3-21Gはダメポですか?

178 :あるケミストさん:04/01/07 14:04
サイクル数って、MaxcycleやIOpで決めれるよね

っていうか、最適化の時なんかに1ステップで要する
サイクル数は、どれくらいが許せる範囲なの?SCF=QCや
収束条件を変えたら、変わってくると思うんだけど


ある人は200サイクルなんかだったら、そんなんだめだと
言ってたけど・・・

179 :あるケミストさん:04/01/07 14:19
サイクル数より時間。

180 :あるケミストさん:04/01/07 14:24
化学科の人はいまつか?

181 :あるケミストさん:04/01/07 14:41
>>177
3-21Gで計算しても論文通らないだろw

182 :あるケミストさん:04/01/07 14:46
4-31G 最強伝説

183 :177:04/01/07 15:23
>>181
3-21Gでも基底関数330ぐらいなのだが…

皆の基底関数は、どれくらいなの?

184 :あるケミストさん:04/01/07 15:52
系が大きくなると、ある程度は周りの基底関数が表現力を補ってくれる。

185 :あるケミストさん:04/01/07 16:43
初歩的な質問ですいませんが、Cube=Densityで電子密度をファイルに書き込んだのですが、その電子密度の見方がわかりません。誰か教えていただけませんか?以下のようなファイルになりました。
SCF Total Density
2 -5.483229 -5.483229 -6.518402
38 0.297877 0.000000 0.000000
38 0.000000 0.297877 0.000000
45 0.000000 0.000000 0.297877
7 7.000000 0.000000 0.000000 1.035173
7 7.000000 0.000000 0.000000 -1.035173
1.63471E-09 2.30422E-09 3.19275E-09 4.35241E-09 5.84208E-09 7.72658E-09
1.00748E-08 1.29565E-08 1.64371E-08 2.05705E-08 2.53891E-08 3.08936E-08
3.70411E-08 4.37356E-08 5.08222E-08 5.80873E-08 6.52651E-08 7.20529E-08
7.81322E-08 8.31941E-08 8.69662E-08 8.92373E-08 8.98770E-08 8.88483E-08
8.62107E-08 8.21149E-08 7.67884E-08 7.05146E-08 6.36071E-08 5.63828E-08

186 :177:04/01/07 17:30
>>181
も一つ
みんなは初めから、6-311+G*あたりで最適化とかしてるんですか?

程度の低い基底関数で最適化し、そのchkを別の基底関数で再最適化
するってことは、してますか?

俺の系だと、そうしないと無理ぽかも

187 :あるケミストさん:04/01/07 17:40
今年初の自演キタ━━━━━━(゚∀゚)━━━━━━ !!!!!
キタ━━━━━━(゚∀゚)━━━━━━ !!!!! キタ━━━━━━(゚∀゚)━━━━━━ !!!!!
さすが無職・ダメ板ww
http://human.2ch.net/test/read.cgi/dame/1073400390/544-545

188 :あるケミストさん:04/01/07 18:11
>>186
こっちは、ある程度大きな基底系でないと正しいところに収束すらしないので、構造最適化
計算可能なデカイ基底をぶち込む。これ最高。ただし、初期構造を丁寧に入れないと
ひたすら時間がかかるので、初心者にはオススメできない。


189 :あるケミストさん:04/01/07 18:50
最適化で前の(低い関数の)chkを使こうて、より高いので最適化する
のは聞いたことあるけど、SPでもそれは出来るんかな?

今のjobが終わったら、試してみようっとw

190 :あるケミストさん:04/01/07 20:59
ガウシアンでも周期構造(たとえば結晶)のシングルポイント計算が
出来ると聞いたのですが、どなたかご存知の方教えてください。

キーワードだけでも助かります。
マニュアルのどこに書いてあるのかがわからないので。

191 :あるケミストさん:04/01/07 21:04
>>190
悪いことは言わんからやめとけ。
別の専用ソフトを使った方がいい。

192 :あるケミストさん:04/01/07 22:05
んだ。あれはまだまだ未完成品だ。

193 :あるケミストさん:04/01/07 22:06
>>189
GUESS=READ GEOM=ALLCHECK いれとけば計算できんじゃない?

194 :あるケミストさん:04/01/07 22:41
>>190
Cartesianで分子構造をinputした後に並進ベクトルを入力すればPBC計算できるよ。
具体的なinputの書き方はOn-lineマニュアルのSpecifying Periodic Systemsの項を
見ればよい。

http://www.gaussian.com/g_ur/m_molspec.htm

ちなみに構造最適化も可能。

>>191
確かにCRYSTALが使えればそっちの方が完成度が高い。
でも、高くてなかなか使えないでしょ。

195 :あるケミストさん:04/01/08 09:25
>>194
俺はPBC使って計算してるけど、TVを理解するのは大変だったよ

196 :あるケミストさん:04/01/08 09:28
>>194

どうもありがとうございます。

197 :あるケミストさん:04/01/08 09:43
>>196
TVの指定の仕方、分かったのかな?

198 :あるケミストさん:04/01/08 12:19
>>197

196ですが、TVは単なる並進ベクトルと理解しましたが・・・?
自分はAu(111)面の2層のスラブを計算したいので、
下記のように分子座標を指定しようと思っていますが
何か間違っているでしょうか?

Au, 0. , 0. , 0.      ←第1層
Au, 0. ,+1.665653,-2.35589    ←第2層
TV,+1.442498, 0. , 0.
TV,-1.442498, 0. , 0.

199 :198:04/01/08 12:40
訂正

TV,+1.442498, +2.498480 , 0.
TV,-1.442498, +2.498470 , 0.



200 :197:04/01/08 12:46
>>199
これだと、一つ目に指定したAuと二つのTVが同一直線上に
存在することになり、計算をするとTVの指定が変だよ
ってエラーが出ると思いますよ

パート1の764の書き込みは、TV指定で参考になると思いますよ

201 :197:04/01/08 12:51
>>199
ごめん、間違えたよ。199でTVのY座標を訂正してるから
これだと計算できるよ

202 :198:04/01/08 16:04
>>201

レスどうもありがとうございました。

203 :あるケミストさん:04/01/10 18:42
LSDAって、スピンに重点をおいた計算はまかせとき って
いう方法と解釈して、いいですかね?

204 :あるケミストさん:04/01/10 21:45
LSDA 程度の精度で「まかせとき」は無い気が...。
GGA でも「まかせとき」かどうかと言われるとどうかなぁ。

DFT は具体的に何がどう効いてダメなのかが
分かりにくいのが欠点だよな。

ttp://www.geocities.co.jp/Technopolis/4765/INTRO/dftldaj.html

205 :あるケミストさん:04/01/11 11:35
Gaussian 98で構造最適化しているのですが、
エネルギーが細かく振動して、最適化が終了しません。
何かよい対策は無いでしょうか?

206 :あるケミストさん:04/01/11 13:00
2つの構造の中間の構造を自前で求めるとか...。

207 :あるケミストさん:04/01/11 15:15
>>205

SCFキーワードにVshiftオプションを入れたらどうでしょうか。
Vshift=___の値をいろいろかえてみるといいと思います。

208 :あるケミストさん:04/01/11 15:38
>>205
Opt=Tight

209 :205:04/01/11 16:27
>>206
ほんとにわずかな構造差みたいなのです。

いったん最適化を止めて、
Opt=CalcFC
を実行しても、だめでした。

>>208
Opt=Tight
を使うと構造最適化の収束条件が厳しくなって、ますます収束しないのでは?

>>207
SCF自体はできているので、Vshiftが効くとは思いませんでしたが、試しにやってみようかと思います。


210 :あるケミストさん:04/01/11 16:45
Tight はフォースのカットオフも変わるので
全く効果が無いということはないかも。

収束アルゴリズムを変えてみては?

211 :205:04/01/11 16:49
>>210
opt(nolinear)は試してみました。
他に、試す価値があるものがあったら教えていただけないでしょうか。

212 :あるケミストさん:04/01/11 18:49
>>211
Opt=VTight

213 :あるケミストさん:04/01/11 18:51
>>205
>エネルギーが細かく振動して、最適化が終了しません。
という意味なのかよーわからんが、がうし餡教科書にフラー連を
例にして、Opt=Tightが載っておった。

>>210が云う効果があるのかも。

214 :あるケミストさん:04/01/11 20:15
>>205
DFT使っているなら、MP2でやってみろ。

SCF=TIGHT, SCF=QC, OPT=CALCALL, OPT=BIG, SCF=VSHIFT=0, 50, 200, 500, 1000をそれぞれを全部試せ。



215 :あるケミストさん:04/01/11 21:28
>>214
それ釣ってるだろw

216 :205:04/01/11 21:55
>>213

エネルギーが
A -> B -> C -> 非常にAに近い値 -> 非常にBに近い値 -> 非常にCに近い値 ...
と延々と続くのです。
A, B, Cの値も非常に近い値なのです。


217 :205:04/01/11 21:58
>>214
他の類似分子も計算しているので、それらの整合性をとるため計算のレベルを変えられないのです。

あと、私のパソコン(2.8GHzペンティアム4)では、構造最適化のサイクルが
一日3回程度しか回らない程度の大きさの分子なので、
あまり全部試すのも難しいという事情があります。

218 :あるケミストさん:04/01/11 22:11
エネルギーが近いのはいいけど、
構造はどうなの? 近いの?

219 :205:04/01/11 22:16
>>218
構造もGaussViewで見る限りほとんど区別がつかないように見えます。

220 :あるケミストさん:04/01/11 22:33
A, B, C の構造を足して3で割ったところからはじめてみたら?

221 :あるケミストさん:04/01/12 11:13
>>217
だったらそこから出発して、SCD=CONV=5とかして、無理矢理収束させちゃいばいいじゃん。
どうせ教授にはばれやしないってw


222 :あるケミストさん:04/01/12 11:16
>>221 は研究者失格

223 :あるケミストさん:04/01/12 14:02
いま、Fe2O3の計算をしようと考えちょります。
Gaussianでは反強磁性を再現出来るのでしょうか?
パート1ではCASSCFをすればいいとあったのですが・・・  多重度1って、電
子を全部対にするからダメなんじゃないと思ふのでつが

ちなみに、反強磁性物質の表面クラスターモデルを無理やり多重度1でやるとい
うのは、第三者から見てダメポでつか?

224 :あるケミストさん:04/01/12 14:06
>>223

いろんな多重度で計算してみてはいかがでしょうか?


225 :223:04/01/12 14:10
>>224
といふことわ、最もエネルギーが低くなった多重度でcalc.すれば
いいということですかねぇ?

論ヴンにする時、通用できるか気になります

226 :あるケミストさん:04/01/12 18:30
>>221
反省文を書くまで、書きこみ禁止

227 :223:04/01/13 14:10
っていうか、Gaussianで反強磁性を計算している香具師さんってい
るんでつか?

もしいたら、情報よろしこ

228 :あるケミストさん:04/01/13 22:13
量子化学計算で磁性体を研究している結構有名な研究室はあるよね。
こんなところに名前を出すのはどうかと思うので出さないけど。

229 :223:04/01/14 10:30
強磁性体とかだと、多重度高くしたらいいけどね

Gaussianで多重度1は電子を全部対にしてても、
MRSCFやCASSCFなんかで電子相関考慮したら反強磁性を再現できる
って、研究室の講師が言い張ってるんだけど、どうよ

230 :あるケミストさん:04/01/14 10:47
>MRSCFやCASSCF
だったらもりぷろ

231 :223:04/01/14 11:04
>230
もりぷろって、何ですか???

232 :あるケミストさん:04/01/14 11:36
>>231
CASやるなら絶対にMolcasだろ。Gaussianはタコ。

233 :あるケミストさん:04/01/14 12:26
>>231
Molpro
ttp://www.molpro.net/

>>232に同意。Gaussianはイカだ。

234 :あるケミストさん:04/01/14 12:27
学会で「もりぷろ」って言うと恥かくからなw
「もるぷろ」だぞ。

235 :あるケミストさん:04/01/14 13:12
開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり。
でも、求めた開殻一重項状態が本当の反強磁性に対応しているかどうかを
示すのは、簡単ではないんじゃないかな。つまり、波動関数の情報から、
スピンの秩序状態を示す情報を抜き出すのをどうやるのか。


236 :あるケミストさん:04/01/14 14:52
スピン相関関数求めればいいんでないの?

237 :223:04/01/14 15:14
>235
>開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり

講師にもそう言われました。

238 :あるケミストさん:04/01/14 15:48
お前ら、Gaussianについてかなり詳しそうだから聞きたいのですが

1.Scanの方向を変える、例えば2変数を扱う場合、順番を入れ換える場合、エネルギーが変わることがある

2.Scanしているある点と一点計算のエネルギーが変化していることがある

この2点について詳細にわかる香具師いますか?w

239 :あるケミストさん:04/01/14 18:25
>>236
どうやって求めるんでしょうか?<スピン相関関数

240 :177:04/01/14 19:54
がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー

活性空間軌道の数と活性空間内の電子の数〜・・・
分かんねーよぉ

241 :あるケミストさん:04/01/14 21:11
>>240
だから、もりぷろをやると勉強になるんだよ。

242 :あるケミストさん:04/01/14 23:12
>240 がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー

English School(Gaussian系,HFベース)とScandinavian School(Molpro, Molcas系,CASベース)
の哲学はお互いに相容れないからな。ストレートに受け取っちゃだめだね。

243 :あるケミストさん:04/01/14 23:37
D・F・T!!

244 :あるケミストさん:04/01/14 23:57
C・A・S!! C・A・S!!

245 :あるケミストさん:04/01/15 10:54
多重度1での計算で、Gaussianが機械的にどの原子にもスピンゼロ
としていると考えるとすると・・・

Uつけて多重度1で計算してスピンがゼロでも、本当に電子を全部対に
して計算しているかどうかは明言できないと思うなぁ〜

って、俺の考えは皆は拒否かな・・・

246 :あるケミストさん:04/01/15 11:59
金属を含んだ錯体の計算って、得られたHOMOとLUMOだけでは
どこが活性部位かとか、分からへんって聞きました。

ホンマですか、それって。じゃあ、どうやってMOを議論すればいいの(ToT)
量子計算ヤレっていった教授や助教授は、二人とも「分かるわけ無いだろ。
計算は君がやってるんだから、何とかしろ」っていふのです〜〜・・・

247 :あるケミストさん:04/01/15 12:05
>>246
そりゃそーだ。金属の空軌道に配位子の電子(軌道)が混ざってくるんだから、HOMO LUMOの
軌道みて、活性部位がわかるわけがない。Closed shellな金属なら話はべつだけど。

248 :246:04/01/15 12:25
>247
具体的にどんな感じに議論すれば、いいんだろう〜
金属を含んだ系の理論的な考察って、むづかしすぎる (><)

249 :あるケミストさん:04/01/15 13:00
何かそういうことしてる論文でも読んでみたら?

250 :あるケミストさん:04/01/15 15:11
錯体のホモ・ルモって、エネルギーの差が殆どないもの?
縮退してるん

俺は錯体しらんから、よく分かんねーや

251 :あるケミストさん:04/01/15 15:41
>>250
それ咲くタイの教科書に載ってたよーな

252 :あるケミストさん:04/01/15 16:26
金属は難しいねー。鉄の計算やったことあるけど、スピンはあうのに電荷はまったくあわない。
マリケンでもナチュラルでもだめ。まったくだめ。

253 :あるケミストさん:04/01/15 17:31
あーgaussian使っていたら、計算しぱーい。で、この場合ってメモリ解放される
のですかね?500MBも確保して計算していたので・・

254 :あるケミストさん:04/01/15 17:56
>253
再起動かけたら、解放されるんですかね?
私はそう思っていたのですが

誰か、情報宜しくお願いします

255 :253:04/01/15 18:30
>>254

再起動かけたら解放されるとは思うのですが・・・。
再起動以外ではなにかないでしょうか・・・。

256 :あるケミストさん:04/01/15 19:48
>>253
Windows??

257 :あるケミストさん:04/01/15 21:08
>>253
Windows95 ほどボロい OS でもなければ
開放漏れってのはない。

258 :253:04/01/15 21:13
レスサンクス。たしかに、Linux系はメモリ管理ちゃんとしているはずなんですが、
以下のページ見て、不安になったもので。エラー終了だと漏れもあるのかなと。
topコマンドで見たところ、メモリ食うjobないのに、フリーのメモリが少なくて
がくがくぶるぶる感倍増ってとこだったんで。たぶん漏れはないですよね・・・

http://www.nara-wu.ac.jp/ipc/main/FAQ/Gaussian98.html


259 :あるケミストさん:04/01/16 09:34
GaussianでSCF=VShift以外にOpt計算を収束しやすく
させる方法って、無いですか?

Gaussian03使ってるんですけど、何故か自分が作ったモデル
だと、SCF=VShiftを使うとエラーになってしまうんですよ

260 :あるケミストさん:04/01/16 10:42
>>259
初期構造が悪すぎるんじゃない?

261 :259:04/01/16 10:49
初期構造はX-rayで得られた座標データを用いているよ

最適化しているのは、X-rayでわからない
HだけをOpt=Z-matrixで可変にしてるんだけど・・・

262 :あるケミストさん:04/01/16 16:24
>>147
>Fock を F'=F+SCv(C^T)S (^T は転置)と変換すると、
>F' は F'C=SCε' (ε'=ε+v, v は VShift)を満たす。
>あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。

勉強しているけど、分かんないよ〜
まだまだ、初心者だな、俺って

263 :あるケミストさん:04/01/16 16:26
(C^T) S C = 1 がヒント。

264 :あるケミストさん:04/01/16 21:31
>>262
ざぼれ!

この意味わからんかったら致命傷

265 :あるケミストさん:04/01/17 02:16
ザボる人の例(1)
ttp://www.starchild.co.jp/special/zaboga/images/zaboga2.jpg

266 :あるケミストさん:04/01/17 02:18
ザボーガーキタワァ.*・゜゚・*:.。..。.:*・゜(n‘∀‘)η゚・*:.。. .。.:*・゜゚・*!!!!!

267 :あるケミストさん:04/01/17 07:12
おまえら、年齢ばれてるぞw

268 :あるケミストさん:04/01/17 08:22
Windows 2000上でGaussian 98Wをつかって、
DFT計算で分子の振動数を計算しています。
同系統の分子で、大きい基底を使っていくと、
あるところで、
Link died!
といって、計算できなくなります。

時間がかかっても、やって見たい計算があるのですが、
何か、うまく計算を実行する方法はないでしょうか。

269 :あるケミストさん:04/01/17 09:10
>>268
RWFが2G超えてない?

それに、ちょっと基底関数を大きくするだけでも、計算時間は
莫大に大きくなるよ。それこそいくら待っても終わらないくらいに。

270 :あるケミストさん:04/01/18 02:31
良スレage

271 :268:04/01/18 23:03
>>269
コメントありがとうございます。

RWFが2GBを越えているかどうかは、どのようにして知ることができるのでしょうか?
また、越えている場合に、計算時間を度外視しても計算を実行したいとしたら、
Gaussian 98w for windowsの場合にどうすればよいのでしょうか?

トウシロウな質問で申し訳ないのですが、ぜひご教授お願いします。

272 :あるケミストさん:04/01/19 00:33
>>271
link died!が出たときのrwfの容量をチェックしる!
振動計算だとメモリーが足りないかもしれんな。freqmemでチェックしる!


273 :あるケミストさん:04/01/19 11:27
>>268
%RWF

274 :あるケミストさん:04/01/19 21:24
院試のため量子化学勉強しようと思ったのですが、買ってきた演習書が
むずかしくてよくわかりません。
簡単な演習を載せたわかりやすい参考書おしえてください・・・

275 :あるケミストさん:04/01/19 21:29
>>274
物理化学の教科書に演習がたくさんついとるべ
たとえば、あときんずやばーろー

276 :274:04/01/19 21:45
アトキンス厚くて苦手意識あるんですけど薄くていいやつってないですか?

277 :あるケミストさん:04/01/19 22:34
別に全ページ量子化学なわけじゃないし、
アトキンスでいいんじゃない?

278 :274:04/01/19 23:01
いやー細かい理論が多くてなんか・・・

279 :あるケミストさん:04/01/19 23:21
>>278
量子化学のなにを勉強したいかによるな。電子状態の計算手法を理解したいなら莫大な
数式と格闘しなければならぬ。これは通らねばならぬ道。

量子力学の知識がなくて、概念だけさくっと知りたければ「なっとくする量子化学」でも読んでおけ。

280 :あるケミストさん:04/01/19 23:24
ノート

281 :274:04/01/19 23:26
因子とけるだけの力がほしいというか・・・
最低限アトキンスですかね

282 :268:04/01/19 23:36
>>272

freqmemはWindows版でも使えますでしょうか?


283 :あるケミストさん:04/01/20 07:26
>>281
あときんすやれ

284 :初心者:04/01/20 20:01
みなさんGaussianについて詳しいみたいなので質問します。
イソプロピル基が置換している分子で反転運動によるシングルポイント
エネルギー計算を求めたいのですが簡単な方法は無いですか?
直接座標入力する以外にないでしょうか?

285 :あるケミストさん:04/01/20 20:28
>みなさんGaussianについて詳しいみたいなので質問します。
詳しくないので余所いって聞いてみてください。

286 :初心者:04/01/20 22:40
>>285
余所ってどこ行けばいいですか?

287 :あるケミストさん:04/01/20 23:11
ここでいいけど、
初心者っていう名前は印象良くないのでやめた方がいい。
http://www.geocities.co.jp/SiliconValley/5634/t82B5_0021.html#76

Z-Matrix をうまく書けば、
反転前と後での座標を
あるパラメータをちょっと変えるだけで
表現できるはず。

288 :中級者:04/01/21 00:35
>>286ですけど
ちょっと考えてみます ありがとうございます


289 :悩める3年生:04/01/21 21:03
理学部3年です。
ドラッグデザインに興味があって理論化学の研究室に入ろうと思っています。
将来的には製薬会社で研究をしたいと思っているのですが、無謀でしょうか?
飛び級して大学院に編入する試験を受ける許可が下りたので、
研究室を明後日までに決めて提出しなければなりません。
忠告、アドバイスなどありましたら、お願いします。

290 :あるケミストさん:04/01/21 21:16
>>289
スレ違い

291 :あるケミストさん:04/01/21 21:31
金属等のクラスターの各エネルギー準位にピークを持つ
ローレンツ関数の足し合わせで電子状態密度DOSを表す方法が
あると思いますが、5s、5p、5d、6s、・・・などの各成分の
partialDOSはどのようにすれば求まるのでしょうか。

292 :あるケミストさん:04/01/21 22:09
竹島、尖閣諸島にせまる ア ジ ア 各 国 = 中国・韓国 の侵略行為に対抗しよう!
ノービザ渡航廃止! ODA廃止! 不法滞在者の強制送還!

        ____________________
.∧_∧   【えー抗議メール、抗議メールいかがッすかァ? 】
( ´∀`) .  ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
( つ|□□□|  自民党 (投稿フォーム)http://www.jimin.jp/jimin/fl/n_post.html
.|     |    公明党 info@komei.or.jp   保守党 info@hoshutoh.com  民主党 info@dpj.or.jp
(_____)____)   日本共産党 info@jcp.or.jp  社民党 mail@sdp.or.jp
         【外務省】http://www.mofa.go.jp/mofaj/
         ご意見募集(質問送信フォーム) http://www2.mofa.go.jp:8080/mofaj/mail/qa.html
         【首相官邸】http://www.kantei.go.jp/
         ご意見募集(送信フォーム) http://www.kantei.go.jp/jp/forms/goiken.html




293 :あるケミストさん:04/01/21 23:50
ま、率直に言うと>>290の言う通りスレ違いなんだが。

>>289
優秀な学生さんの夢を壊すようなことを書くのは気が引けるが、
製薬企業に入ってドラッグデザインをするのなら、そもそも理学部というのは
厳しい。今のドラッグデザインはバイオ系中心に回っているので、化学系だと
いわゆる「合成屋」や「分析屋」として採用されることがある程度か。
バイオ系でも、理学部からはほとんど採用されていないようだ。

量子化学スレに書いているということは計算機によるドラッグデザイン
に興味があるようだが、それなら院では薬学系に行くことをお薦めする。
ただ、そうなると飛び級はできないだろうけど。

294 :あるケミストさん:04/01/21 23:56
そして書き忘れていたが、ドラッグデザインと量子化学はあまり
関係ない。
今のところドラッグデザインではほとんど古典力学だけで片付けている(完全に、ではないが)。
もちろん将来的にはどうなるかわからないが、生体高分子を扱う必要が
あるので、そう簡単にはいかないだろう。

295 :悩める3年生:04/01/22 00:33
確かにスレ違いですね。
294さん、ありがとうございます。引き続き量子とは遠い話ですが、
うちの大学の理論化学では生体高分子の運動と機能の解明をやっています。
知り合いの先輩が計算した、とあるタンパク質の動的構造をシュミュレーションしたものを見せてもらいました。
それで、ドラッグデザインと関係があるような気がしていたのですが・・・

296 :悩める3年生:04/01/22 00:39
確かにスレ違いでした。
294さんありがとうございました。引き続き量子とは遠い話で申し訳ないですが、
うちの大学の理論化学研究室では、少人数ですが、生体高分子の運動と機能の解明も研究しています。
知り合いの先輩が計算した、とあるタンパク質の動的構造のシュミュレーションを見せてもらった時に
ドラッグデザインと関係があるような気がしたのですが・・・
その先輩は研究熱心で就職のことなんて考えていないようでドラッグデザインとの関連を聞いても、
良く分からないと言っていたので伺いました。

297 :あるケミストさん:04/01/22 01:33
>>289
実験系へ逝け。製薬に入りたいなら理論だけでは役に立たんぞ。

298 :あるケミストさん:04/01/22 06:43
薬学部でも量子化学教えてるところもあるぜよ。

299 :あるケミストさん:04/01/22 08:15
一応計算化学の領域なので、「スレ違いだ!」というほどではないのかな?

>>296
シム板なら速攻で「『シミュ』レーション」だ!とツッコミが入りそうだ。

たぶんタンパク質のMDのことだと思うが、確かに学会なんかでは
「ドラッグデザインへの応用も可能」と発表することが多いけど、
ぶっちゃけMDとドラッグデザインは直結しない。
MD+ドラッグデザインをやっている研究室も薬学部などにはあるけど、
それ以外のところは純粋にMDをやっているだけではないかな。
理学部でMDをやっていた、というのはあまり企業ウケは良くないと思う。

薬学部でドラッグデザインをやっている研究室であれば、必ずしも実験系で
ある必要はないとは思う。もちろん製薬企業に入るだけなら>>297の言う通り
実験系のほうが
はるかに有利だけど、computer-aided drug designをやりたいのなら
実験系に行くのはちょっと冒険。

繰り返しになるが、本当にドラッグデザインがやりたいのなら、飛び級を諦めて
薬学の院に行くことを勧める。
ただ、薬学部の院試は理学部と大幅に違うので大変だが。

300 :あるケミストさん:04/01/22 08:52
GAMESS ならタダで手に入るしパソコンで動くので、
やる気があるなら量子化学を独学で勉強することができる。

301 :あるケミストさん:04/01/22 15:13
>>300
おいおい、燃料投下するなよw
本気にしてしまうぞ。

302 :あるケミストさん:04/01/22 20:13
そうだな。やる気と能力があれば、だな。

303 :あるケミストさん:04/01/22 21:13
>>300
Gaussianもフリーにしてくれねーかなー。

304 :あるケミストさん:04/01/22 22:05
>>303
昔はフリーだったがな。

305 :あるケミストさん:04/01/23 01:11
動作保証も無かったけどな

306 :あるケミストさん:04/01/23 01:13
座布団一枚

307 :-:04/01/23 12:14
drug designをしたいというのは何故だろう。もちろん趣味は好き好きだが。。
生涯にわたってアイデアを出していくにはもっと生物を学んでからの方がでいいのではないだろうか。それこそ実験系のラボでバイトでもしながら。

308 :あるケミストさん:04/01/23 14:45
Drug Designだったら正確に計算しなきゃならんからしんどいかも。大学のラボだったら
偉いひとは計算の結果しか見てないし、誰かに迷惑かかるわけじゃないから、テキトー
にごまかしておいても全然OKだけどな。

309 :あるケミストさん:04/01/23 19:40
>>307
趣味じゃないだろうと思うんだが…。

310 :あるケミストさん:04/01/23 20:51
>309
307は嗜好のこと言ってるんじゃないか?

311 :あるケミストさん:04/01/23 21:41
>>310
そうなのか。
まあ、確かにこのスレでドラッグデザインってのはスレ違いかなと。
必ずしも実験系・生物系とは限らないとは言っても、量子化学では遠すぎるだろうねえ。

>>308はたぶんそんなことはないかと。
古典がメインということは、むしろ量子化学以上にゴニョゴニョ

312 :あるケミストさん:04/01/26 05:14
軌道の混成 の時の混成という現象について。
混成になる過程というのは解るんですが、
イマイチ"混成"というのがどういう現象の事なのか理解できません。
混成する各オービタルの電子が混合されているんですか??

313 :あるケミストさん:04/01/26 08:02
>>312
前に話題になったことだが、混成軌道というのは「実在」する概念では
なく、人間が便宜的に作ったものだということをまず指摘してみる。
もちろん、だから混成軌道を考えてもムダだ、という意味ではない。

314 :あるケミストさん:04/01/26 10:04
最低エネルギー波動関数が一重項だけど、閉殻ではない
物質って、どんなのがあるでしょうか?よく考えても
分かりません

315 :あるケミストさん:04/01/26 12:18
要するにただの基底変換でしょう。


316 :あるケミストさん:04/01/26 12:47
>>314
一重項酸素原子とか。

317 :あるケミストさん:04/01/26 22:06
>>314
簡単な例は、ラジカルペアの一重項状態。

318 :あるケミストさん:04/01/26 23:06
>>316 >>317

それは、基底状態か? 最低エネルギー波動関数って書いてあるぞ。

319 :あるケミストさん:04/01/27 01:06
>>318
ああ、ラジカルペアで一重項状態が基底状態なのはごろごろあるぞ。

320 :あるケミストさん:04/01/27 04:33
エチレンを90度ひねったもの。

321 :あるケミストさん:04/01/27 12:06
>320

それは分子構造が安定じゃないだろ? 電子構造は安定だけど。

322 :あるケミストさん:04/01/27 18:19
回転障壁求める時に計算するけどね。

323 :あるケミストさん:04/01/27 22:48
antiferromagneticの計算はメチャクチャ難しいぞ。

324 :あるケミストさん:04/01/28 10:22
>>323
antiferromagneticの計算をされたことがあるのですか?
具体的にはどのような点がむづかしかったですか?

325 :あるケミストさん:04/01/28 21:38
>>323
漏れも知りたい。

326 :あるケミストさん :04/01/29 21:56
進路を量子化学にするか決めるために、
「はじめての電子状態計算」という本を買って、
量子化学を齧ろうとしたのですが、
教科書の通りにMS−DOSを操作しても途中でファイルを実行できません。
このソフトはMeでは無理なのでしょうか?
また、量子初心者が安く手に入る電子状態計算用のソフトってないでしょうか?

327 :あるケミストさん:04/01/30 01:50
Dv-Xa は今時はやらないのでは・・・・・
MOPAC とかで遊んでみてはいかかでしょうか。


328 :あるケミストさん:04/01/30 04:16
板違いかもしれないけど・・・
地球上の年降水量の平均値は約1000mm、
地球上の水の平均の厚さは2940mといわれている。
地球上の水の入れ替え時間はいくらか?
おねがいします。

329 :あるケミストさん:04/01/30 06:06
華麗にスルー

330 :326:04/01/30 08:39
>327
ありがとうございます。
Dv-Xa ってもう古かったのですか・・・。
しかも、PCに詳しい友人に聞いても起動できなかったので、
MOPACを探してみますね。

331 :あるケミストさん:04/01/30 08:47
GAMESS ならタダだべ。

332 :327:04/01/30 10:53
Dv-Xaは古いわけではないみたいですけど、
ユーザーのほとんどが
日本人なのではないかと思われます。
326さんも買った本があるので、
とっつきやすいからでしょう。

近所に使っている人がいますけど、
私は使ったことがないので、
評価に偏見が入りまくっています。

励起状態の計算がXPSなどの実験値をよく再現する
というのが、無機固体材料の実験系の私には魅力的に感じます。




333 :あるケミストさん:04/01/30 11:04
僕は量子のことは素人だがGAMESS動かしてます。

334 :あるケミストさん:04/01/30 21:53
量子化学入門に書いてあったけど、超簡単な例でSCF計算を紙と鉛筆でやると
SCF計算がどういうものなのかホント、勉強になるよね。


335 :あるケミストさん:04/01/31 12:23
>>334
どんなんがある?
ブタジエン?

336 :あるケミストさん:04/01/31 16:20
>>334
本の出版社と、計算の具体例きぼんぬ

337 :あるケミストさん:04/01/31 19:21
量子化学入門だろ。

338 :あるケミストさん:04/02/01 00:24
ザボにもあるぞ。HeH^+ のSCF計算。

339 :あるケミストさん:04/02/01 03:22
反強磁性体の話なんだが、
1.singletとtripletの計算から計算する→paraかferro(antiferro)か分かる。
2.singletとそのoverlap積分で評価→励起状態がantiferroかferroか分かる。
で上手くparaとferroとantiferroの安定性が見積もれないかなぁ・・・

340 :あるケミストさん:04/02/01 08:00
>>338
ザボとは?

341 :あるケミストさん:04/02/01 15:09
>>340
ザボもしらんのか!
「新しい量子化学」の著者じゃよ。ザボりなさい。

342 :あるケミストさん:04/02/01 21:28
SCF計算って何の略だっけ?
物忘れが激しすぎる。

343 :あるケミストさん:04/02/01 21:42
>>342
Self Consistent Field

344 :あるケミストさん:04/02/01 22:39
エネルギー計算するときって、ゼロ点補正って絶対にやらないとダメかな?


345 :あるケミストさん:04/02/02 05:20
>>344
論文の質を左右するとな

346 :あるケミストさん:04/02/02 11:39
chkファイルから特定のステップ後の構造を取り出す方法って、
あるですか?

347 :あるケミストさん:04/02/02 14:28
>>346
朝飯前でそ。Gaussianのgeomの項目みろ。

348 :あるケミストさん:04/02/02 15:40
B3LYPを日本語で分かりやすく説明するとどなるん?

349 :あるケミストさん:04/02/02 18:23
>>348
びーすりーりっぷ


350 :あるケミストさん:04/02/02 22:06
>>344
HF/3-21Gあたりでかるく計算して値の目星つけてから、
都合の良い値を適当に脳内補正しておけば、バッチリOK。
脳内補正後、ちゃんとログファイルもちゃんと補正して
おくよーに。


351 :あるケミストさん:04/02/03 00:00
>>348
似非非経験的分子軌道計算

352 :あるケミストさん:04/02/03 00:38
>>348
錬金術

353 :あるケミストさん:04/02/03 06:25
>>350-352
しばらくレスしなくていいよ

354 :あるケミストさん:04/02/03 10:36
当たらずとも遠からじではなかろうかw


355 :あるケミストさん:04/02/03 12:54
>>348

LSDA, Becke(1988年)交換、Hartree-Fock交換、および、
Lee-Yang-Parr相関の汎関数を3つのパラメータを用い組み
合わせて作られたBeckeによる交換・相関汎関数

かな?誰か添削してくれ。
>>351, >>352はそうかも知れんが、B3LYPには時々世話にな
ってるからな、まじめに書いてみた。

356 :あるケミストさん:04/02/03 14:12
LSDA じゃなくて、
具体的に Slater 交換、Vosko-Wilk-Nusair 相関汎関数
って言った方が良かないかな?

357 :あるケミストさん:04/02/03 15:05
物性のパラメーターが入ってくるよね?
そこがab initioな人が嫌うとこと聞いたけど。

358 :あるケミストさん:04/02/03 15:54
そだね。DFTはab initioじゃないと言うひともいるし。しかし、B3LYPの結果は
なんでも良く合うんだな、これが。

MP2で計算できればそれに越したことないけど、扱っている系ができるわけねーじゃんってくらい
デカイからなー。
MP2を高速で計算できるソフトってないかな。Gaussianだとスクラッチが2G以上になるし、
いつまでたっても終わらないし、まったくだめだ。

359 :あるケミストさん:04/02/03 16:42
B3LYP が合わないものもある。
万能と思うと痛い目にあうぜ。

360 :あるケミストさん:04/02/03 22:20
ペンティアム4 3GHzでは全然計算力が足りぬ!!!!!
ふごっっ!! 励起状態の構造最適化が終わらぬ・・・・・終わらんのだ!!!!


つーかさ、計算機、自分でもちこみなんてマジかよ。>○○先生
研究室で買ってくれよ!! >○○先生

361 :あるケミストさん:04/02/04 01:40
うむっ!! 構造最適化は厄介だな!!!!
フルオプティマイズせずに、
部分的にオプティマイズしてみてはどうかな!!!!!

持ち込みって、ライセンスは大丈夫か!!???

362 :あるケミストさん:04/02/04 05:10
最新のマックで計算しているヤシっていないの?

「コピーちょいと貸すから、自宅でも計算して早く結果だしなさい」
ってなことなりそう。

363 :あるケミストさん:04/02/04 11:10
漏れ、PowerBook で計算してるよ。
GAMESS 入れて。

364 :あるケミストさん:04/02/04 22:12
みんな、ちゃんとまじめに計算やってますか?

365 :あるケミストさん:04/02/04 22:20
>>361
修論締め切りに間に合いそうにない!!
みんな、オラに力(CPUパワー)をわけてくれっ!!!


つーかさ、励起状態の構造の振動数も求めろなんて、無理なこと
いってんじゃねーよ >○○先生
重原子何個あんのか知ってるだろ。
ぜってーおわらねーよ >○○先生

366 :あるケミストさん:04/02/04 22:53
>>365
ぬーめりかる?

367 :あるケミストさん:04/02/05 08:26
先生!
UHFOPNallocationfailourってなんですか?
最近QC以外で計算するとそんなのがでやがって
しかたなくQCで計算してるのですが
時間がかかりまくりやがるのです・・・

何で失敗するのか、というかなんでQC入れるとうまくいくのか
よくわかりません
誰か助けてください…

がうしあんです

368 :あるケミストさん:04/02/05 10:30
誰か、CPHFについて簡単に語ってくださいー。



369 :あるケミストさん:04/02/05 18:44
系に電場、磁場、構造変化などの摂動(X)を加えたとき、HF方程式によって
決まる分子軌道係数(C)がどう変化するかを決定する方程式。
未知量 d^nC/dX^n に対する方程式
d^n(HF-eq)/dX^n|_{X=0} = 0 (n=1,2,3,...)

・・いまいちだな。誰か添削してくれ。

370 :あるケミストさん:04/02/05 21:12
>>369
たしか、振動計算のとき使われるよね。

371 :あるケミストさん:04/02/06 00:42
>>369
Gaussianで構造最適化するときも使ってる? 一次微分の計算とか。

372 :あるケミストさん:04/02/06 11:59
>>371

MP, CI, CCの場合はyes. HFの場合はno.

HFでは∂E/∂C=0なので、
dE/dx=(∂E/∂C)(dC/dx)+∂E/∂x=∂E/∂x
となって、dC/dxは必要ないから。


373 :372:04/02/06 15:52
スマン、MP, CI, CCの場合も使ってないわ、たぶん。
Z-vector法(かその現代的アレンジ)を使ってる、きっと。

374 :あるケミストさん:04/02/06 22:29
>>370
振動計算には∂E/∂Rα∂Rβ(Rα,Rβは各座標)を計算する必要があるが、このときは分子軌道の
係数の微分が表れる。




375 :あるケミストさん:04/02/06 23:42
非調和項(三次微分)を計算してくれる分子軌道計算ソフトってないかな。

376 :あるケミストさん:04/02/07 13:04
LANL2DZってdouble zetaだけど、何を2個ずつとった基底関数系なんだろう
 STO or CGTO ???

377 :あるケミストさん:04/02/07 16:58
>>376
ロスアラモスのECPはGTOに決まってるでしょ。

378 :376:04/02/07 17:58
>>377
ありがdです

379 :あるケミストさん:04/02/08 00:37
STOを直接扱う分子軌道計算ソフトはないだろう。あっても時間がかかるだけで、
メリットはまったくないと思うが。STOを使うんだったら、GTOの6-311Gとかcc-VQZ
とか使えば十分なんだし。


380 :あるケミストさん:04/02/08 00:46
>>379
ADF は DFT だから分子軌道計算ソフトではないと仰るか。

381 :あるケミストさん:04/02/08 10:17
>>380
ADFはSTOだけど積分計算をまともにやってないでしょ。

382 :あるケミストさん:04/02/08 12:27
それを言うなら Gaussian だって交換相関項は数値積分じゃん。

383 :あるケミストさん:04/02/08 15:19
>>379
求める物性によるのじゃない?
原子核付近の電子状態で決まるものや、
波動関数の裾野が重要な場合とかは、少ない展開項数で表現可能。
#だが、展開項数少なくても、GTOより計算が楽かはまた別問題。

384 :あるケミストさん:04/02/08 16:07
誰か教えてほしいのですが、ある分子のsolvent accessible
surfaceを、例えば1000m3/mol等と計算する手法と、それが
できるフリーのソフトありませんでしょうか?

385 :あるケミストさん:04/02/08 16:33
皆様にお聞きしたい。
van der Waals interactionをそこそこ正確に見積もるのに
Gaussian98のB3LYP等を用いたDFT計算でよいのでしょうか?
当方の対象としている系は、錯体です。

386 :あるケミストさん:04/02/08 16:44
DFT は長距離相関をうまく表現できないので
van der Waals をまともに表現できないというのが通説。

387 :あるケミストさん:04/02/08 17:06
>>384
量子化学スレ的には微妙にスレ違いだが、確か多くのソフトウェアでは
数値的に求めてたんじゃなかったかな。
フリーソフトもあったような気がするが、なにぶん昔のことなので忘れた。

388 :あるケミストさん:04/02/08 17:06
>>384
Cacheお試し版とか

389 :あるケミストさん:04/02/08 19:11
>>382
チミ、ADFがSTOをどう扱っているのか知らんでしょ?

390 :あるケミストさん:04/02/08 19:17
>>389
そんなにええ加減なの?

391 :あるケミストさん:04/02/08 19:28
>>385
DFTでVDWを評価してもrejectされるぞ。CPU的にDFTでしか計算できない
のなら、DFTで計算して論文ではMP2でやったと書いておけ。


392 :あるケミストさん:04/02/08 19:36
>>391 は子ね

393 :あるケミストさん:04/02/08 19:45
>>391
〜〜、DFTで計算してMP2で重要ないくつかの構造のみ検証して論文を書け。
(ってことね?)

394 :あるケミストさん:04/02/08 19:47
>>389
知りたい、知りたい!
ただグリッド切って、足しこんでるんじゃなかったのね?

395 :あるケミストさん:04/02/08 20:33
>>391は一週間、白衣着て研究しろ!

396 :あるケミストさん:04/02/08 20:35
>>383
でも、GTOでたとえば6-311++G**程度の比較的大きな基底系だったら、原子核付近やテールの
部分のSTOを十分フィットしているんじゃない? だったら、STOを使う意味ねーじゃんってこと。



397 :あるケミストさん:04/02/08 21:21
基底関数の数を少なくしたいから STO を使うんじゃないのか?

あと、++ はより「広い」関数を追加するわけで原子核付近の改善には大して効果ないし、
** は目的が違うと思われ。
** も、6D や 10F が追加されたら、少しは効果あるかも知れんけど。

398 :あるケミストさん:04/02/08 21:26
>>396 STOを十分フィット

してないんだな。例えば原子核の尖りは、有限個のGTOでは決して表せない。
「重なりが大きくなる=解析的な性質も近づく」ではないことを知るべし。

それから、++や**を入れると基底関数は大きくなるけど、フィッティング
の向上には寄与してないよ。



399 :398:04/02/08 21:27
うっ、かぶってしもた。

400 :あるケミストさん:04/02/08 21:37
>>397, 398
そこがGTOの限界か。GTOは北斗神拳(STO)を決して越えられぬのだな。

ならばSTOを使いたいものだ。そういえば、学会でSTOで積分計算を解析的に
解く研究をみたことあったな。。。。。


401 :あるケミストさん:04/02/08 21:48
>>400
> そういえば、学会でSTOで積分計算を解析的に
> 解く研究をみたことあったな。。。。。
激しく詳細キボンヌ

402 :あるケミストさん:04/02/08 22:24
10年前と違って今どきのパソコンはめちゃくちゃ速いんだから、STOで量子化学計算できる
ソフトがでてくれてもいいんじゃねーのかなー。

GTOで説明できない実験結果がSTOで説明できるかどうかだが。

403 :あるケミストさん:04/02/08 23:18
STOでCASSCFやれるのはいつになんだろ?


404 :あるケミストさん:04/02/09 00:53
>>386,391
ありがd。
やはりDFTでVDWはきついですか・・
MP2で、時間が有ればMP4,QCISD(T)とかでチャレンジして見ます。
しかし、VDWってそもそもどのくらいの精度でみつもれるんでしょうね。

405 :あるケミストさん:04/02/09 01:22
>>391
学部四年の丁稚奉公からやりなおせ!!

406 :あるケミストさん:04/02/09 01:34
>>404
それなりの値がだせるよ。んが、そもそも、この力は数kcal程度なので、
精度の高い計算が必須であることをお忘れずなく。

DFTでやってみるのも悪くない。で、DFTでうまく評価できなければそれは
それでよく知られているDFTの弱点を確認したことになるのでデータとしては
犬死にではない。

407 :あるケミストさん:04/02/10 00:04
DFTによるvdWに関しては、はじめ希ガスの計算で問題になったけど、
十分大きなdifuseやSTOだったらそれなりに記述できるって話みたいだよね?
#汎関数によるけど
結局、電子相関を電子密度で評価するからtailの振る舞いの違いが
顕著に出るってことなのかね?

あとそのような振る舞いも、ある程度大きな系であれば、他原子の
AOを借りてきて記述が改善される。
結局、希ガスのケースで誇張されて、目立ったデータになったと。
#繰り返すけどやっぱり汎関数によるけど。

408 :あるケミストさん:04/02/10 02:34
ポープル法ってなんですか?
研究で使うんだけど全然わからないんです
そもそも波動関数ってなんなんですか?



409 :あるケミストさん:04/02/10 07:56
>>408
PPP法のことではないかと思われる。

410 :あるケミストさん:04/02/10 08:53
>>408
>>そもそも波動関数ってなんなんですか?

波動砲を打つんじゃよ。


411 :あるケミストさん:04/02/10 10:24
波動関数が何かってのが分からないのに研究で使うのか...。
大変だな...と言いたいが、量子化学の講義とか受けなかったのケ?

412 :あるケミストさん:04/02/11 00:01
>>408
釣りはもういいよ。

413 :あるケミストさん:04/02/11 04:00
>411
散々うけたんですけど
全然わかりませんでした

ppp法じゃないらしいんです
seegerとpopleが考えた方法らしいんですが




414 :あるケミストさん:04/02/11 18:44
>>413
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4061545302/ref=sr_aps_b_/249-5654584-7629111

オススメ(^^)

415 :あるケミストさん:04/02/11 19:15
デカイ基底系を使うと正しい結果が得られるとは限らない。

416 :あるケミストさん:04/02/11 19:26
バランスが悪いとマズー

417 :あるケミストさん:04/02/11 19:45
6-31Gでだめでも、3-21Gでも良い結果が得られるから不思議遊戯なんじゃ。

418 :あるケミストさん:04/02/11 20:33
それは悪い悪いで合ってるだけではなかろうか。
色んなプロパティ見てたらボロが出ると思うよ。

419 :あるケミストさん:04/02/11 21:54
そろそろ6-31G系使うの飽きてきたんで、cc-pVDZ使っている。
計算時間も結果もあまり変わらんがね。


420 :あるケミストさん:04/02/11 22:54
>>418
完全に余談だが、「悪い悪いで合っている」ってどのくらいの
ローカル言語なんだろうな。
量子化学限定、ってことはないと思うのだが。
でも量子化学以外の人が言ってるのを聞いたことないな。

421 :あるケミストさん:04/02/12 05:41
STO-3Gでも合ってしまう

422 :あるケミストさん:04/02/12 06:11
>>420
この場合は基底関数の悪さと手法の悪さが相殺して
一見上手くいってるように見える、ということだけど、
こういう風に2つの近似が存在する理論一般で使えそうではあるナ。

423 :あるケミストさん:04/02/12 17:39
悪さと悪さが相殺される例:

HF/STO−3Gで、Gussian習いたての卒研生にやらせる。

424 :あるケミストさん:04/02/12 17:44
悪い悪いでも、とにかく実験と合ってればそれでいいじゃん。
深く考える必要はまったくなし。合ってれば何でもOKだよ。

425 :あるケミストさん:04/02/12 19:07
華麗にスルー

426 :あるケミストさん:04/02/12 21:48
実験と計算が一致しないより一致したほうがいいが・・・。しかし・・・。

427 :あるケミストさん:04/02/12 23:48
GTOのf関数7種類全部教えていただけませんか?よろしくお願いします。

428 :あるケミストさん:04/02/13 00:12
>>427
#gfinput


429 :あるケミストさん:04/02/13 00:37
質問です。CuとKには4S軌道に電子が1つありますが、CuはKよりも第一イオン化エネルギーが高いそうです。
なぜ同じ4S電子を取るのにCuのほうがエネルギーが高いのですか??



430 :あるケミストさん:04/02/13 01:17
>>429
CuとKじゃ、4s軌道のエネルギー准尉の値が違うからじゃねーのか?

431 :あるケミストさん:04/02/13 01:53
>>427
複素でよければどうぞ。

f<sub>±3</sub> = <sup>1</sup>/<sub>4</sub> [(sqrt(5) f<sub>x<sup>3</sup></sub> - 3

f<sub>xy<sup>2</sup></sub>) ± (-i)(sqrt(5) f<sub>y<sup>3</sup></sub> - 3 f<sub>x<sup>2</

sup>y</sub>)]<br>
f<sub>±2</sub> = <sup>1</sup>/<sub>sqrt(2)</sub> [<sup>sqrt(3)</sup>/<sub>2</sub> (

f<sub>x<sup>2</sup>z</sub> - f<sub>y<sup>2</sup>z</sub>) ± i f<sub>xyz</sub>]<br>
f<sub>±1</sub> = sqrt(<sup>3</sup>/<sub>5</sub>) {[f<sub>xz<sup>2</sup></sub> - <sup>1</

sup>/<sub>4</sub> (sqrt(5) f<sub>x<sup>3</sup></sub> + f<sub>xy<sup>2</sup></sub>)] ± i[

f<sub>yz<sup>2</sup></sub> - <sup>1</sup>/<sub>4</sub> (sqrt(5) f<sub>y<sup>3</sup></sub> +

f<sub>x<sup>2</sup>y</sub>)]}<br>
f<sub>0</sub> = sqrt(<sup>3</sup>/<sub>22</sub>) [2 sqrt(5) f<sub>z<sup>3</sup></sub> - 3(

f<sub>x<sup>2</sup>z</sub> + f<sub>y<sup>2</sup>z</sub>)]

432 :あるケミストさん:04/02/13 01:54
ちと変になった...。
まぁ、適当に繋いでくれ。

433 :あるケミストさん:04/02/14 22:21
Local MP2という手法だと大きな系のMP2計算ができるって聞いたのですが、そもそもLocal MP2とは
なんでしょうか? Gaussianで計算できますか?

434 :あるケミストさん:04/02/16 20:51
>>433
Gaussianじゃ計算できないよ<Local MP2
どうしてもMP2でやりたかったら、DFTで計算して適当に数値あわせておけばOK。


435 :あるケミストさん:04/02/17 02:09
量子化学に興味があるのですが
この分野はどのような研究をするのでしょうか?
インターネットで色々しらべてみたのですが
蛋白質関係の研究に応用したり、有機合成の分野で応用したり等がありました。
この分野はむずかしそうですね

436 :あるケミストさん:04/02/18 23:53
分子量計算をするHPを見つけました。
携帯電話からも使えます。
結構、便利です。
http://molcal-web.hp.infoseek.co.jp/molcaltop.shtml

437 :あるケミストさん:04/02/19 07:18
ウホッ! いいHP

438 :あるケミストさん:04/02/19 20:07
>>436
IPさらされるのは勘弁。

439 :あるケミストさん:04/02/19 21:30
携帯から使えば所属はばれないな。

440 :あるケミストさん:04/02/28 17:51
酸化鉄を計算するのに、まずはアセチレンのCをFeにし、HをOに置き換えた
モデルで調べる必要があると指導してるセンコウが言いました。

俺は「アホか?」と思ったのですが、やはり量子化学的に考えてこのような
モデルで計算するのは重要なんですかね?

441 :あるケミストさん:04/02/28 22:32
>>440
まぁ、分子軌道計算をするなら、言っていることは間違ってないな。

442 :440:04/03/01 16:44
>>441
具体的には、どのような点で間違っていないのでしょうか?
酸化鉄とは全然かけ離れたモデルで計算しても、それから目的物質に
関することなど、何も得られないと思ったのですが・・・

443 :あるケミストさん:04/03/01 20:33
お聞きしたいのですが、Gaussian03の周期的境界条件を用いた計算や、
第一原理分子動力学法を用いた計算などは、使い勝手よいでしょうか?
導入するかどうか迷っております。

444 :あるケミストさん:04/03/01 21:19
>>443
その手の計算はもっともっともっと良いソフトがあるので、それを使った方が絶対に良い。
もちろんできなくはないがGaussianは万能ではない。時間の浪費をしないためにも、
使えるソフトを導入すべき。まぁ、ONIOMを使いたいというならGaussianもいいだろう。


445 :あるケミストさん:04/03/01 22:41
>444
ありがd。
あまり良くないと言う噂を耳にした事は有ったのですが、やはりそうですか。
ちなみに、そのような計算を行う良いソフトをフリーソフトも含めてご存知
でしたらお教えください。よろしくお願いします。


446 :あるケミストさん:04/03/02 02:06
ここはGaussianに詳しい方々が多いようなので、お聞きしたいのですが、
構造最適化を行っている最中に、以下のようなメッセージが出て止まって
しまうのですが、どのように改善すれば計算ができるでしょうか?
収束条件の問題なのでしょうか?周りに詳しい人がいないので困ってます。

Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UHF) = -2164.62336392 A.U. after 65 cycles
Convg = 0.7423D-04 -V/T = 2.0006
S**2 = 0.7670
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.7670, after 0.7501
Convergence failure -- run terminated.

447 :あるケミストさん:04/03/02 05:35
>>442
例えば、酸化鉄の計算をする前にどのような軌道が得られるか想像できるなら、
いきなり計算しても得られた結果が正しいか判断できる。

センコーどうのより、誰が計算してるのかによるんじゃん?


448 :442:04/03/02 09:15
>>447
そうですか〜。レス、ありがとうございます。

>>446
>SCF Done: E(UHF) = -2164.62336392 A.U. after 65 cycles
 これは、SCF計算が65サイクルで収束しなかったからなので、
 ルートセクションに IOp(5/7=…)と入力して最大サイクル数を
 多くすればいいよ
 
 例.最大サイクル数を300にしたいのなら、IOp(5/7=300)と入力


449 :あるケミストさん:04/03/02 11:40
>>448
ここの原子レベルでの電子状態を知りたいならいいけど、バルクの物性を調べることはできない。
>>447も言っているが、何を調べたいかによるわけだ。
バルクの計算がしたいなら、バルクの計算をせよ。


450 :あるケミストさん:04/03/02 19:41
>>448
ありがとう。
やってみます。

451 :あるケミストさん:04/03/02 23:25
>>450
それで回らなかったら、

(1) scf=vshift=500,maxcycle=600
(2) scf=qc,maxcycle=300

を追加して試せ。


452 :あるケミストさん:04/03/03 19:48
>>451
ありがd。
今の所まわってます。

453 :あるケミストさん:04/03/03 20:33
広島大学の青木先生の研究、または
研究室に関する情報を御存知の方は
いらっしゃいませんか?
 HPでは情報が少なかったので、
よろしければ教えてください。


454 :あるケミストさん:04/03/03 20:38
>>453

青木先生、九大だよ。

455 :あるケミストさん:04/03/03 20:47
>>454
そうなんですか。
ありがとうございます。
では改めまして九州大学の青木先生
という事でお願いします。


456 :あるケミストさん:04/03/04 04:09
広大の青木百合子助教授じゃないのですか?
広大理学部は、相田美砂子教授と吉田弘助教授もいて、
量子化学は活発なのではないでしょうか?
#研究室は違ったと思うが。

今見たら、青木先生のところのスタッフには、RISM-SCFのプロもいるのですね。

457 :あるケミストさん:04/03/06 01:02
移ったんですよ。九大の人に聞いたらわかると思います。

458 :あるケミストさん:04/03/07 15:33
>>448
IOp はそれしか手段がないときにのみ使おうぜ。

459 :あるケミストさん:04/03/07 19:56
>>457
そうなんだぁ。…やっぱり、教授ですか?それとも中野先生の所とか?

最近の巨大分子軌道計算がはやってるから、Elongationも評価高そうですものねぇ。

460 :あるケミストさん:04/03/07 21:39
総合理工学部らしいです。酒井嘉子先生の後任ですね。

461 :あるケミストさん:04/03/07 23:04
ONIOM gaussianオンラインマニュアル見ても使い方よくわからん…

462 :あるケミストさん:04/03/08 16:54
>>455
大瀧研に茂木先生という助手の方がいらして量子化学を研究なさってるようです。
おそらく来年度からそのグループの教授になられるのでしょう。
私も配属されるかも知れませんのでそのときはよろしく御願いします。
(でも、私は物理しか勉強してこなかった・・・大丈夫かな)


463 :453:04/03/08 18:33
 皆さん返信ありがとうございます。
でもこないだチャットで青木先生と知り合いという人に色々聞いたら
結構厳しい人で数学や量子力学とかバリバリできないと無理みたいなこと
を言われました。
なのでやっぱりやめようかと思います。スミマセン。


464 :あるケミストさん:04/03/08 19:12
量子化学なんて数学や量子力学ができてもやめとくのが吉。

465 :あるケミストさん:04/03/08 19:25
量子化学って就職先あるの?

466 :あるケミストさん:04/03/08 21:15
SEとかでも”ある”というならある。

467 :あるケミストさん:04/03/08 22:18
>465
今、全く同じ事カキコしようとしてますた。

>先輩方
自分は院志望なんですが、研究職での就職にはやはり有機もしくは無機系の
院に行ったほうがよいのでしょうか。



468 :あるケミストさん:04/03/08 22:36
ある程度の大学で、工学系ならそれ程気にしなくても就職
くらいあるだろうから好きなところを選べ。
理学系ならどこでも大して変わらないから好きなところを選べ。

469 :あるケミストさん:04/03/08 22:46
あ、アカポスの事か?
それをゲットしたければコネを作れ。
後は運。
最後が実力。でも意外にコレ関係ないような・・・

470 :あるケミストさん:04/03/08 22:52
>>465
その質問周期的に出てるな。

そして「意外にある」というのがいつもの答え。別にSE等に限らず。
そもそも修士で出るつもりなら、企業側は修士の専門知識なんて最初から
期待してないのであまり関係ない。って前にも答えたような。

471 :あるケミストさん:04/03/08 22:58
修士だと、どういう態度で研究に臨んでいたかが重要で内容はあまり関係なし!

472 :あるケミストさん:04/03/08 23:00
>>470

>企業側は修士の専門知識なんて最初から
期待してないのであまり関係ない。

同じ理工系でも例えば
物理学研究科物性実験専攻と
工学研究科電子工学専攻じゃだいぶ違わないか?
統計的にみて。
研究自体は大して変わらんだろうが。

473 :あるケミストさん:04/03/08 23:10
>>472
そりゃ理学系と工学系じゃ取るところが違うわな。

474 :あるケミストさん:04/03/08 23:19
工業化学
と理学部化学科
でも同様のことが言える気がする。
入るときは断然理学部の方が難しいわけだが。

475 :あるケミストさん:04/03/09 00:10
確かにそれは理学と工学の違いかも。
でもそれも言われてるほどには、って気もするよ。
昔は理学系の就職が悪いというよりは、工学系が異常に良かった(理学系は「普通」)
のが、今ではそれほど極端な差はなくなってる。
まあ、不景気になっただけだと言われればそれまでだが・・・。

476 :あるケミストさん:04/03/09 13:33
>>467
研究職のポストは圧倒的に有機系がおおいんとちゃいますか?
まあ、自分がおもろいと思える分野にいくのがええんとちゃう


477 :あるケミストさん:04/03/09 22:06
理論だけで食っていけるやつはほとんどいない。
まして、実験が嫌いだから量子化学に行ってGaussianやります、
なんていうやつに専門分野での生き残りは無理。

478 :あるケミストさん:04/03/11 10:24
あの高名なN先生やH先生は実験が嫌いで理論化学に行ったらしいぞ。
Gaussianはやってないが。かくいう折れは実験は徹夜も厭わないくらい
大好きだったが、ど下手くそで向かないと判断したから理論に移った。
細々とだが楽しくやってるよ。

479 :あるケミストさん:04/03/11 15:45
>>477
理論でも論文はいっぱいかける。とくに量子化学計算のネタだったらそこら中にゴロゴロ転がっている。
そのなかでいかに良いネタを探すかが重要だろうと思うな。

480 :あるケミストさん:04/03/11 22:10
>>477
理論だけ、は確かに難しいかもしれないけど、「理論+計算」で食ってる人は
たくさんいるよ。

それに、どんな人生舐めてるような理由で専門を選んだとしても、才能が
あれば一流になってしまうのが厳然たる事実。
数学者なんて、ふざけてるとしか思えないような理由で数学を選んで
超一流に名を連ねている人も多い。
俺は実験も計算も理論も好きだったけど、こういう半端人間が一番ダメなのかも。

481 :あるケミストさん:04/03/11 22:48
>>480
途中まではいい(マスター・ドクター)。理論(計算)も実験もやるべきだろう。ただ、研究者として
やっていくならどっちかに決めた方がよい。実験やりつつ理論(計算)もってのは理想だが、一部の
天才はともかく、普通の凡人には無理。理論(計算)の深い仕事をやるにはいっぱい勉強したり
論文を読まなければならない。計算もいっぱいやっていっぱいデータを眺めなければならない。
逆に、実験も同様だ。ただ、どっちにつくにしろ、理論をやるにしても実験データの真実を見抜けない
とダメだし、実験家も理論が多少なりともわかってないとダメだ。相補的なんだし。つまり
理論・実験、双方のモノの見方を身につけておくことは重要だというわけだ。

482 :あるケミストさん:04/03/12 00:40
>>481
私もまさにそう思います。
理論・計算で研究者としてやっていく場合には、479の言うとおりいかに
良いネタを捕まえるかが大きいと思います。
学生の場合は、良いネタは先生から降ってくるので先生をちゃんと選ぶ
必要があるし、研究者の場合は自分でよいネタを取捨選別しなきゃいけ
ないから、実験屋さんとよく議論できるだけの知識(経験もあればもっ
といいが)が必要。
大抵の実験屋さんは“計算屋なんてダメダメ”という潜在意識があるの
で、ちゃんと議論して、“こいつは実験も分かっている”と思わせれば
実験屋と仲良くできるはず。
つまり、自分が玉石を見分ける力と、実験屋から認められる力が必要。

483 :あるケミストさん:04/03/13 21:51
>>481,482
大枠で同意。
実は俺、学部、修士、博士(博士は単位取得退学したが)と、ab initioで
計算理論構築と計算をやっていたけど、途中で病気して休学、結局退学した。
で、今は別の院の博士課程に入って燃料電池の実験の研究をしている。
理論も実験もそれぞれの難しさがあるけれど、面白いよ。
少なくとも「自然科学の研究者」としては、理論と実験の両方を
(頭だけでなく体で)理解する必要があると思う。
それは、ある程度分野の違いのあるものだろうが、
得てして幅の広いものだ。
俺は、病気をして回り道をしたけれども、
塞翁が馬で理論と実験両方を経験することができた。
これは結果としてとてもラッキーなことだったと思っている。

*理論屋さんの皆さんへ:
理論計算は面白いし、それなりに(自己)満足できる結果が出てくると思います。
ですが、実験の世界ではそれを超えたことが数多く出てきます。
そのことを是非知っておいてください。
それと、量子化学の分野では、
「実験あっての理論」ということもお忘れなきよう。
素粒子物理学なんかとはちょっと違う。

最後にこの書き込みを見た人へ:
俺が誰かわかっても「シー」ね(人差し指を口に当てて)(笑)。

484 :あるケミストさん:04/03/13 22:05
人に聞いた話だけど、最近の薬には
「これは理論計算を利用して作りました」
みたいな事が書いてあるものもあるらしいね。
計算手法何使ってるんだろうな、とか考えちゃうのは職業病かな。

485 :483-追記:04/03/13 22:07
>>478
H先生って、実験嫌いだったんだ。知らなかった。
だけどあの先生は確かに頭の切れる先生だよね。
しかし、鼻っ柱の強い人なんだよね。今の大学でも専攻内で
喧嘩していたような…。
でもね、あれでいて本当は穏やかでやさしい人です。
そうだと信じています(笑)。

486 :あるケミストさん:04/03/13 22:10
>>484
MOPACだったりして…(w
さもなくばMDじゃないの?

487 :あるケミストさん:04/03/14 00:20
>>483

発想があまりにステレオタイプな上に、教訓めいたことを書いちゃうと
ころが、かなりイタイんだが...
もうちょとと気の利いたこと書いてくれよ.苦労してんだったらさ.

488 :あるケミストさん:04/03/14 02:15
>>484
エネルギー的な部分は分子力場だと思うよ。だから「theoretical」ではなく
「rational」(合理的)と表現されることが多いね。

こういう領域と比べると、一般的な化学の世界には「理論 → 実験」
という側面がないわけではないのもまた事実。
結局「実験も理論も科学にとっては極めて重要」というしかないな。
あまりにも当たり前すぎて申し訳ないけど。

>>483に限らず、この手の話題になったときに違和感を感じるのは、
「理論をやってる奴らは実験を軽視している」というへんな思い込みが
あること。実験の重要性を理解していない理論屋なんて、たぶん
ほとんどいないよ。元理論屋ならわかると思うんだが、そうでもないのかな。
今さら「お忘れなきよう」とか言われると「理論屋のことを勘違い
してるんじゃないの?」って気がするよ。

489 :あるケミストさん:04/03/14 03:18
量子化学計算の限界は量子化学者が一番良く分かってる。
未だ実験の後ろ盾無しに理論だけでどうこうできるレベルじゃないし、
将来もそれは殆ど変わらないんじゃないかと思う。
厳密には解けないことが証明されてる多体系に挑んでる時点で無茶は承知なんだけど、
それにしても計算量と精度のトレードオフは嫌になるね。

でも、実験だけでは説明付かないことを説明するのに量子化学は重要だし、
結局は相補的なんだな。
お互いあってのお互い、だ。

490 :483:04/03/14 11:34
なんか反応があったみたいなので…
あと、sageました。今まで忘れてました。

>>487
「イタい」といわれれば確かにそうかも(笑)。
読み返してみて我ながら多少なりとも感じる。
でも、自分は「基本姿勢」が大事だと考えているので、
書いてしまいました。
反感を感じさせたようだったらごめんなさい。

>>488
自分が量子化学をやっていたころは、(学部4年からだったせいもあり)
実験のことを判っているつもりでも
実はあまり判っていなかったんじゃないかと思ったんです。
外に出て違う分野に入って初めて判ったようなところがあります。
こんなの、俺だけか?

それと、最近の量子化学界はどんなことになっているんですかね?
俺がいたときは、ab initioではCAS-PT2とかが利用され始めていたんですが。
理論的展開が進んだのか、それとも計算重視の方向に進んでいるのか、
誰か教えてもらえませんか?
いまとなってはJCPを読む暇もないので。

491 :あるケミストさん:04/03/14 12:46
とりあえず Kohn-Sham(KS)-DFT 旺盛かね。
励起状態の関係ある計算にも KS-DFT を使うのは正直問題があると思うのだが、 >TD-DFT とか
DFT の世界は何でもありなとこあるからなぁ...。
合えばいいんじゃー、って感じで。
そんなんだから半経験的手法と言わ(ry
CAS-DFT っていう怪しい手法もあるけど、どこまで信用できるのか正直分からん。

DFT は非整数占有数を持てるような方向に発展しようとしてるけど、
平均場近似にならなくて結構計算量が増えてしまうみたいなんだな。
汎関数が一意に決まらない可能性もあるし、
Hohenberg-Kohn の定理を満たさないという問題もあるらしくて...
まぁ、KS-DFT の時点でかなり無理してる気もするけどね。

SAC-CI は凄いらしいけど、使うディスク容量も物凄いらしいね。
数百ギガバイトとか平気で使うみたい。

あとは、アルゴリズムの洗練、近似、並列化で
既存の手法を高速化するのをよく見るかな。
根本的な汎用的新手法ってわけじゃないけど。
やっぱ CC を高速化する研究がよくあるね。

応用に関しては多すぎて把握できない。
そういう意味で、計算重視の方向に進んでるのやもしれぬ。
理論的展開はなかなか難しいからねぇ。
もうスキマ産業で計算方法はすぐ分かるけど
誰にも計算されてないプロパティを計算するとか、
既存の理論を弄り回したりくっ付けたりすることくらいしか
やること無くなってきている。
何か1つブレイクスルーが欲しいなぁ...。

ダイナミクスは詳しくないので、他の人に任せる。

492 :発電実験中(笑):04/03/14 14:14
>>491
お返事どうもありがとう。
そうか、今はDFT全盛の時代なのか…。
そういえば、前の研究室でDFTの二次交換密度行列のlinear calculationの
方法を考えろ、と言われたことがあったなぁ。
できなかったけど。そもそも無理なのか?
今はどうなっているんだろう。

時間依存のDFTってことは、密度行列の中に時間依存項が入っている、っていうわけか?
DFTはほとんど触ったことがないのでよくわからん。
それとCAS-DFTって、あのCASSCFのCASのこと?
波動関数を使わないのに、どうやってactive spaceを作るんだろう?
もう、判らないことだらけです。

SAC-CIといえば、そのネーミングもさることながら(笑)、
EOM近似と等価だといって一時論争になっていたようですね。
その後どうなったんでしょう。

計算アルゴリズムの高速化がまだ行われているのがちょっと驚き。
まあ、計算機自体が進化しているから、
やれることも変わってくる、ということの反映なんでしょう。

結局、この分野って、マシンパワー勝負になってしまうのでしょうかね。
理論を発展させるのが仕事だ、という人以外は。
それを言ったら終わりか。

発電実験の生成物分析をしなければならないので、
実験室に戻ります。491さん、どうもありがとう。

493 :あるケミストさん:04/03/14 21:11
>>491
正直、巨大な系だとDFTしかCPU的に適用できないってところが現在の一番苦しい状況。
なんとかならんもんかなー。MP2計算がDFTレベルまで計算が楽になるようになんとか
なってくれればいいんだが。。。



494 :あるケミストさん:04/03/14 21:37
MP2 ねぇ...。
電子相関が強くなると
MP2 なんかじゃ全然足りなかったりするからなぁ。
MP4 ですらダメな系もあるし。
あくまで「摂動」だからね。

495 :あるケミストさん:04/03/14 22:51
>>494
矛盾したこと書いてることわかってるか?

496 :あるケミストさん:04/03/15 00:36


497 :あるケミストさん:04/03/15 01:43
酸化物の第一原理計算をしようかと考えてるんですが、未だにDV-Xaって現役なんでしょうかね?
Gaussianはどうも向いてないようだし、ABINITかVASPあたりがいいんでしょうか?

498 :497:04/03/15 01:50
今調べてみたら、最近のPaperでも結構DVSCAT使ってるのがあるな。


499 :あるケミストさん:04/03/15 22:41
>>497
VASP、逝っとけ。


500 :あるケミストさん:04/03/16 05:20
結局この分野っていみないだろ?
ばかばっかだしな

501 :あるケミストさん:04/03/16 07:52
そうだな。素粒子論の次の次くらいにいみないし
物性理論ほど著しくはないがその次くらいにばかの割合がおおい。

502 :あるケミストさん:04/03/16 07:58
>>500-501
うーん、煽り慣れてない人の文章、って感じだなあ。
ガンバレ。

503 :501:04/03/16 09:37
煽りではないぞ。世間知らずのど素人には困ったものだ。

504 :あるケミストさん:04/03/16 09:59
じゃ私怨か。
どっちにしろガンバレ。

505 :あるケミストさん:04/03/16 10:05
釣られるなよ。まったく。

506 :あるケミストさん:04/03/16 10:29
煽りだの私怨だの釣りだのと失礼な連中だな。
冷静になってよく考えそして周りを見回してみろ。
>>501 はお前らが噛み締めるべき紛れもない現実だと気付くはずだ。

507 :有機の人:04/03/16 10:46
いずれ整理・体系化された知識として帰ってくるんですよ。

素粒子は素粒子で裾野産業を育成してるのかなぁ〜
東大のあの人も「国民の税金で夢見させてもらってる」とか言っといて
いざ、予算が出なさそうになったらぶーたれるって言うのはあれだと思うけど。

508 :あるケミストさん:04/03/17 02:44
みなさん何を食べたらそんなに頭良くなるんですか?

509 :あるケミストさん:04/03/17 03:19
>>508

ひたすら卵クエ

510 :あるケミストさん:04/03/17 07:58
>>509
コレステロールに気を付けろ!

511 :あるケミストさん:04/03/17 10:56
Pople逝っちゃいましたね。

512 :あるケミストさん:04/03/17 12:01
>>511
ソースキボンヌ。

513 :あるケミストさん:04/03/17 12:25
マジすか!
いくつだったっけ?

514 :あるケミストさん:04/03/17 15:59
見当たらないなあ。
今、西北大学だっけ?

515 :あるケミストさん:04/03/17 19:49
ガセやないやろな。

516 :あるケミストさん:04/03/17 20:56
こんだけメールが飛び交ってるのに、その一つも届かない環境にいるっての
はなんだなあ。

517 :あるケミストさん:04/03/17 21:34
学生で悪かったね。

518 :あるケミストさん:04/03/17 23:32
誰か生存確認メール送れ
http://www.nanofabrication.northwestern.edu/faculty/pople.htm

519 :あるケミストさん:04/03/17 23:49
たまご食べても一向に頭良くならないんですけど。
やっぱ勉強しなきゃダメなんですか?そうですか。

じゃあ量子化学・量子力学は何の教科書使いましたか?


520 :あるケミストさん:04/03/18 00:01
早っ!
それはともかく、乾燥大蒜が頭にいいらしいね。

量子化学の教科書はザボとマッキーニを読んだ。
量子力学はJ. J. サクライとフェッタ・ワレチカを読んだ。
あと、ブレゾ・リプカも読んだけど、かなりハード。主に誤植の多さが。
素人にはおすすめできない。

521 :508:04/03/18 01:57
>>520
わかりました。大蒜とたまご重視にします。

過去レス呼んでもJJサクライ(日本人?)って人は評判いいみたいですね。
そいつからやっつけてみようと思います。
早く兄貴みたいになりやす!

あ!便乗質問なんですけど、
量子力学→量子化学の順の方がいいんですよね?

522 :あるケミストさん:04/03/18 02:13
量子力学の基本事項さえ分かってれば
あとは量子化学の本だけで理解できるかと。
量子化学の勉強って、どっちかっていうと数学なんだよな。
ひたすら多体系のシュレディンガー方程式を解くだけ。

523 :あるケミストさん:04/03/18 07:53
大蒜と卵の話もいいのだが、Popleどうなったんだ。
>>511のネタだったのか?

524 :あるケミストさん:04/03/18 08:08
>>522
数学というよりはただの線形代数だな大部分は。
ダイナミクス(特に量子)周辺の方が物理的内容が豊か。

525 :あるケミストさん:04/03/18 11:04
ttp://pubs.acs.org/cen/today/8212johnpople.html

ご冥福をお祈りします。

526 :あるケミストさん:04/03/18 11:27
本当だったんですね...。
ご冥福をお祈りします。

去年見た時かなりお年を召されてると思ってはいましたが、
まさかあれから1年でお亡くなりになるとは...。

527 :あるケミストさん:04/03/18 16:13
>>525
こちらでも祭りが始まっています。。。

http://www.gaussian.com/

528 :あるケミストさん:04/03/19 04:46
結局MOPACはなんでだめなの?たのむから教えてくれ。何に使えるの?

529 :あるケミストさん:04/03/19 18:31
実験値に合わせているので、炭化水素の安定構造などを求めたいのなら
計算量も少ないし、良いのでは。
ただ、それで遷移状態とか、hypervalentの構造などを求め始めると、問題。

530 :あるケミストさん:04/03/19 22:40
>>528
そんなにだめかなぁ・・

ところで、MOPACは疎水性相互作用はきちんと見積もれているのであろうか・・

531 :あるケミストさん:04/03/19 23:12
>>530
「疎水性」は指してる範囲が広いので、MOPACどころか量子化学的に
扱うこと自体が厳しい効果もあったりする。

MOPACは別にダメじゃないと思うよ。もちろん用途によるけど、
「全面的にダメ」と主張している人はそもそも少ないのでは。>>528
早とちりかと。

532 :あるケミストさん:04/03/20 00:37
>>530
疎水性相互作用ってなに? 親水性相互作用もある?

533 :あるケミストさん:04/03/21 07:59
あーーー量子力学わかんねーーー

534 :あるケミストさん:04/03/22 09:37
MOPAC系統はタンパク質の研究には良いと思うよ、分子量
何千の分子なんて、そう簡単にab initioで計算なんかできん。

MOPACで問題なのは「計算が精密だから実験値に合う」
んじゃなくて、「実験値に合うように計算している」というのが
問題。人によってはそこら辺が胡散臭く感じるらしい。

535 :あるケミストさん:04/03/22 12:29
DFT もそんなもんだよ。
実験値に合う汎関数を選んでる。

536 :あるケミストさん:04/03/27 21:35
Woodsっていう糖化学の研究者の論文で
半経験的だとだいぶab initioと(energy profileが)違っているのがあった。
たしかこのprofileは糖の5つのCと1つのOからなるリングにメトキシかなにかが付いていて
dihedralを変化させるよう回転させたものだった。
あ 、わかった J Phy Chem (1995)99,3832-だ。 そのFig7

537 :あるケミストさん:04/03/27 22:04
あってる領域で使えば大丈夫。
大体dihedralはab initioでも苦手。


538 :あるケミストさん:04/03/27 22:40
そこで UDFT ですよ。

539 :あるケミストさん:04/03/28 00:22
藻前らの脳内コンピューターでfull CI計算汁!


540 :分子力場:04/03/28 12:49
小生は糖鎖の水中での分子動力学シミュレーションのための分子力場パラメータを準備しています。
このようなとき、ab initioによるdihedral角のenergy profile描出したとして、それをどこまで利用してよいのかが良く分かりません。

ab initioで、(もちろん水のない条件で)profileを作成。 
それに一致するように、Amberなどの力場のtorsional パラメタを決めていくのだが、
完全に一致するようにすべきなのか、そもそも別のものなので無理に一致させるべきではないのかがどうも良くわからないのです。
どうすべきかは状況によるのかなあ? 
たとえば分子内の原子どうしが水素結合のように引き合う というとき
水溶液中では、水分子によって その水素結合形成が阻害されてしまう。。。
こんなとき、無理に(水の非存在下で)一致させる意味がないという気がする。。
同じような経験のある方はいらっしゃいますか?

541 :経験者:04/03/28 13:00
厳密に言うとab initioにしても計算なんてあてにならない。
実験しなさい。どうしても計算したいのならば力場とパラメータ
は誰かのを引用して、大量に計算して都合のいいのを選ぶべし。

ところで>>540は理科大ですか?

542 :分子力場:04/03/28 14:58
ありがとうございます。理科大ではなく医学系です。周りにやっている人がいないものでね。。

543 :541:04/03/28 16:14
>>542
医学系ならば尚更パラメータ設定なんていう時間のかかる割りに
効果のない計算をしないことをお勧めする。
Amber力場ならば結構前(8年位前)から糖鎖用のパラメータの
論文が出ている。

544 :あるケミストさん:04/03/29 07:41
医学系だったらそもそも計算なんてしてはいけないのではなかろうか。

545 :あるケミストさん:04/03/29 12:31
なんでだい。

546 :あるケミストさん:04/03/29 13:47
ガウシアンを使って電子密度分布をcubeファイルに書かせたく思います。

手持ちの計算結果を利用したいのですが、guess=readとguess=(read,only)
では何が違うのでしょうか?

547 :あるケミストさん:04/03/29 19:39
今日の脳内full CI計算終了!

>>546
guess=readだと、読み込んだMOを収束させるために、SCF計算を始めちゃうんだよ。
guess=only,readだと、読み込んだMOだけ使って計算する。


548 :あるケミストさん:04/03/29 22:27
>>547

chkファイルには収束したSCFに関する情報が含まれていると理解していますが、
そのchkファイルを読み込んで(指定して)guess=readで計算したときに得られた
全エネルギーが、元の計算(chkファイルを生成した計算)で得られた全エネルギー
と大きく違っています。
そういうことって有り得ますか?


549 :あるケミストさん:04/03/29 22:52
>>548
座標や基底関数などを変えてたらありうるけども。

550 :あるケミストさん:04/03/29 22:54
あっと、>>549 は only つけてる場合の話ね。
あと、計算するマシンや Gaussian のバージョンやコンパイル方法が違っても若干違う。

only がなければ最低でも一回 SCF 回すので、微妙に変わる。

551 :あるケミストさん:04/03/30 19:34
>>549
>>550

どうもありがとうございました。助かりました。

552 :あるケミストさん:04/03/30 20:38
私は物理学科に在籍してるのですが
化学の知識が無くいきなり量子化学を勉強しても理解する事が出来ますか?

553 :あるケミストさん:04/03/30 20:48
物理にどっぷり浸かってたら
色々慣れないところはあるかもしれないけど、
理論だけなら理解できるんじゃないかな?
Schroedinger 方程式解いてそこからプロパティ求めるだけだし、
解くための技術はかなり物理から入ってきてるし。

ただ、結果の解析とかなると化学的思考がいるかもしれない。

554 :あるケミストさん:04/03/30 23:30
>>553
なるほど…
ありがとうございます。


555 :あるケミストさん:04/03/31 21:44
>>459

>最近の巨大分子軌道計算がはやってるから、Elongationも評価高そうですものねぇ。

Elongationてとっくにぽしゃったのでは。
最初から発想が悪すぎるとおもってましたが。
誤差が積み重なって、だめなのは自明では?


556 :あるケミストさん:04/03/31 22:01
なんで、RCCSのGaussian98には、Fのaug-cc-pV6Zがはいってないのだろう?
マニュアルでは使える事になってるのに。

Genを使わざるおえなかった。



557 :あるケミストさん:04/03/31 23:53
現在ある方法のうちで、タンパク質、DNA,RNAに対する有力な計算方法を教えてください。

558 :あるケミストさん:04/04/01 00:01
>>557
何を計算する?

559 :あるケミストさん:04/04/01 00:10
>>528

私はとっくにMOPACやAMPACなどを使わない事にしてます。
理由は、水素結合がある分子や超分子(たとえば、水の2量体)の構造を再現できないからです。
それと、スーパーコンピュータが早くなったので、ab initio計算が手軽にできるようになったからです。
semiemmpricalは好んで使う方法ではないと思ってます。
タンパク質のような水素結合が多い場合、とても怖くて使う気がしません。

560 :あるケミストさん:04/04/01 00:13
>>558

酵素反応です。

561 :あるケミストさん:04/04/01 00:15
>>555
>最初から発想が悪すぎるとおもってましたが。

最初から、って・・・ あんた、いくつ?

562 :あるケミストさん:04/04/01 00:19
その方法の論文がJCPに出だしたころから知ってます。



563 :あるケミストさん:04/04/01 02:32
FMOもやばそうだけどなあ。

564 :あるケミストさん:04/04/01 07:32
はい、やばいです。

565 :あるケミストさん:04/04/01 07:33
ついでに ●I●M-SCF も M●●DPT もやばいといえばやばいです。

566 :あるケミストさん:04/04/01 11:21
論文に発表するデータ作成で、MOPACがab initioより役に立つ状況というのはあるのでしょうか。
大きな分子の静電ポテンシャル曲面を、限られた計算資源を用い描出する などでしょうか。

567 :561:04/04/01 11:49
>>562

ていうことは、すくなくとも45の大先生?

>>563, 565

使える範囲が限られない方法なんて今のところないんだから、
そらやばいところはあるわな。それに、名も通らず消えてくあ
またの理論よりはマシ。ていうか、おれなんかむしろうらやま
しいよ。

568 :あるケミストさん:04/04/01 19:56
研究者としてのセンスの問題かも?

巨大系の場合、やっぱりOnion法だけが残っていくのでは?

溶液化学で、RISM-SCF法がはたした役割は大きいと思いますがどうでしょう。


569 :あるケミストさん:04/04/01 20:02
>>568
計算なんて所詮は自己満の世界。ソフトが充実したものが残り、
その他は無くなっていく・・・。それだけ。。。

570 :あるケミストさん:04/04/01 20:03
理論研究の真価はどのような現象をどのように説明しあるいは新たな視点を提示した
かによって問われるべきなのだが、その辺を無視して方法論的な新規さ(珍奇さ?)
のみを求めているかのように見える仕事が見受けられる。まあそれも一つのスタイル
なのだが。

571 :あるケミストさん:04/04/01 20:08
>>568
大きくはありません。ただしあれはオリジナリティーの高いとても面白い方法です。
だけどあれによって初めて納得のいく説明がなされた現象は未だないと思います。

572 :あるケミストさん:04/04/01 20:55
>>571

そうなんですか。

ちょっと関係ない話ですいませんが、H先生がRISM-SCF法を開発されたころ
お会いしました。たいへんいい先生で、いろいろRISM-SCF法のことを教えて下さいました。
これからいろいろなことをRISM-SCF法でするとたいへん意気込んでおられました。
たしかにその後たいへん多くの論文を出され、びっくりしました。


573 :あるケミストさん:04/04/01 21:20
>>568
>研究者としてのセンスの問題かも?
>巨大系の場合、やっぱりOnion法だけが残っていくのでは?

その”センス”が理解不能なんだが?

574 :あるケミストさん:04/04/01 22:16
Onion じゃなくて ONIOM だし。

575 :あるケミストさん:04/04/01 22:24
>>573

570の方が言われてるような意味です。

直感的にOnion法はわかりやすく、タンパク質などを高精度で切り込んでいけそうです。
うまくいけば、酵素反応も解明できるのではと期待してます。
もちろん、まだコンピュータが遅いし、改良(たとえば第1層にCASを加えるとか)も必要ですが。

それに比べて、他の方法はいずれやっぱりだめでしたで終わるのが見えてるのですが。
1.誤差が大きすぎて信頼性に疑問。
2.信用できないデータからどんな現象を説明できるのでしょうか?
3.タンパク質などの場合、小さい系よりもっと高精度が必要と予想されます。
  だけど、ときどき現実は逆に進めてる感じを受けます。巨大系だから粗い計算でいいとか。
  
要するに、小さい系でテストして(超)高精度がでない方法は見込みなしと考えてます。



576 :あるケミストさん:04/04/01 22:30
失礼しました。

ちょうと雑談になりますが、
分子構造討論会で、M先生が最初は「たまねぎ法」と命名しょうかと言われましたね。

577 :あるケミストさん:04/04/01 23:41
>>575

574も書いてるが、ONIOMなんだけど?

一度でもONIOMを使って、研究したことあるんかな?やってみたら、そ
んな幻想はふっ飛ぶと思うぞ。

それに、ONIOMは、確かによく考えられた方法なんだけど、一言で言え
ばモデル化とエネルギー評価の方法であって、理論や計算手法と比較
して論じるものではないのでは?

578 :あるケミストさん:04/04/02 00:05
>>577

いろいろ思ってる事書いて失礼しました。

1.ONIOM法です。
2.一度もないです。今度、小さい系などでテストしてみます。
3.すいませんが、最後の段落よくわかりません。
  私は、理論化学というよりも計算機化学をしてます。
  他の人の作ったプログラム(Gaussian,Molpro,Gamess)を普通のスーパーコンピュータで計算してるだけです。
4.それだけに、実用的な方法には興味がありますが、役にたちそうにもない方法には疑問を感じてしまいます。



  

579 :あるケミストさん:04/04/02 00:39
ONIOM は随分いい加減な手法だと思ったけどな。
でも、計算手法をちゃんと勉強すれば、
高速で精度の良い計算手法を作るのがどれだけ大変なことか分かるよ。
巨大系で精度の良い計算なんて途方も無い話で、
ONIOM くらいになっちゃうのも分からんでもない。

580 :あるケミストさん:04/04/02 07:45
うーん、ONIOMに幻想を抱きすぎだな。
正直、FMOやProteinDFやMOZYMEのほうがマシではないか、とさえ思うよ。
おそらくきみが「役に立ちそうもない」と表現しているのはこれらの
手法のことだと思うけど。

ま、どれも大して高精度じゃない、というのが現実だけどさ。
こういう手法の開発者たちはそれぞれ頑張ってるし、もともと余りにも険しい
目標なので、もちろん責めるのは間違ってるけどね。

581 :あるケミストさん:04/04/02 09:40
いろいろありがとうございました。

582 :あるケミストさん:04/04/02 09:44
マシということはないだろう。どれも目くそ鼻くそ。
問題は何のためにやっているのかあるいはその目的(あったとして)のために
現実的に最善と判断してやっているのかどうか今ひとつ不明な事。
取り敢えず計算してみようという以上の哲学があまり感じられないのではなか
ろうか。それで良いのだと言えばまあそうなんだが。

583 :あるケミストさん:04/04/02 12:38
とりあえず計算してみる、というのだけでもどれだけ大変なことか!

584 :あるケミストさん:04/04/02 14:58
現状で目的を前面に押し出すのは無理だろう。
たとえばUDを量子で!とかいわれても逆にひいちゃうよ。

585 :あるケミストさん:04/04/02 21:44
ちょっと話題が変わりますが、
昨年のあるアメリカの学会では、MRMP法ばかりでした。
ところが、昨年の分子構造討論会では、ほとんど見ませんでした。
なぜなんでしょうか?

586 :あるケミストさん:04/04/02 23:31
アメリカと日本では評価が違うのでしょうか?

587 :あるケミストさん:04/04/03 08:05
今年のあるアメリカの学会で MRMP なんて見たっけかな。
分子計算は CC と DFT が多かった稀ガス。
学会によっても違うんでないの?

588 :あるケミストさん:04/04/03 14:18
昨年のThe Midwest Theoretical Chemistry ConferenceのAbstract見て、そう思いました。

589 :あるケミストさん:04/04/04 01:18
DFTは長距離相互作用を正しく評価できないのですね?

もしそうなら、たんぱく質をDFTで計算するときの欠点になりませんか?

590 :あるケミストさん:04/04/04 02:34
たんぱく質を計算するときに
欠点のない手法はないという肝。

591 :あるケミストさん:04/04/04 13:35
たしかにそれはいえるよ。

592 :あるケミストさん:04/04/04 19:32
欠点のない手法はないから欠点があってもいいのだという言い訳は醜悪だよ

593 :あるケミストさん:04/04/04 20:57
あってもいいなんて誰も言ってない罠。

594 :あるケミストさん:04/04/04 22:06
Cramer教授の本「Essential of Computational Chemistry]
では、RISM-SCFとONIOM法の事はかいてありますが、他の方法の記述はないです。

595 :あるケミストさん:04/04/04 22:18
欠点のない手法はないので、「○○が欠点になる」ではなく
「○○という長所がある」を話したほうが建設的では、という
程度の意味じゃないの。
実際タンパク質計算の話で欠点ばかり挙げていったら、(数が多すぎて)
建設的な話をする間もなくそのうち大荒れになって終わると思うぞ。

596 :あるケミストさん:04/04/04 22:23
たしかにそうですね。


597 :あるケミストさん:04/04/04 23:41
>594

実質を言わずに、どこかの本に書いてあったからとか、誰かが言った
からという視点でいるかぎり、いつまで経っても、その分野の「お客
さん」だよ。

598 :あるケミストさん:04/04/04 23:42
>>594
Effectuve Fragment すらも書いていないのか、ひどいな。
まあ言っちゃ悪いが名著とは到底言えない代物だからな。

599 :あるケミストさん:04/04/04 23:53
改訂の参考にするから意見を送ってくれと出版社から依頼が来たよ。
送られて来た本をざっと見て時間の無駄と思ったからうっちゃってある。

600 :あるケミストさん:04/04/05 00:16
>>598
>>Effectuve Fragment
詳細キボンヌ


601 :あるケミストさん:04/04/05 02:01
>>598

どの出版社?

602 :594:04/04/05 02:07
あまりがっかりさせる事書かないでね。
こっちは、本気でいろいろ学問的議論をしたいだけですから。



603 :本音:04/04/05 02:10
同じレベルで書くなら、
FMOは税金と時間の無駄。

604 :あるケミストさん:04/04/05 02:53
>>603
よくわからんが・・・
この文脈で、なぜ、FMOがでる?
Effective fragment法の話をしてるんじゃないの?

605 :本音:04/04/05 03:26
結局、「才能の差」。

いつも後に残るホームランを打つM先生。
いつも莫大なお金と時間をつかったあげく三振するK先生。(M先生との共同研究だけ、後に残ってるけど)
いつも悪ふざけばかりしてる雲子研究。便器にほかすしかしかたない代物ばかり。

それと、人格の差も関係あるのかも。

ノーベル賞とられたF先生に質問したら、返事がすぐに来た。
N先生もすぐ返事下さった。
ElongationのIとAには、これでも人間かとなんども?な気分にさせられた。
K先生にIMSで初めて出くわしたとき、さんざんわけのわからん事をワーワー言ってた。
なにが言いたいのかわけわからんかった。
599のように悪ふざけのうそを書いてる奴。
598のように大研究者よりも実力があると思ってる学生さんたち。

やっぱり、謙虚は必要条件。











606 :本音:04/04/05 03:36
そんな方法日本でだけ、認めてるだけ。
(ただし、もしかしたらちょっとだけ外国でもしてるかも?HPで1つだけそれらしきものみた)


607 :あるケミストさん:04/04/05 03:50
ずっと我慢してたが、俺も本音いうよ。

FMOでSTO-3GやB3LYP/3−21Gなんか、高精度云々するレベルじゃない。





608 :あるケミストさん:04/04/05 04:52
学生レベルで大研究者を批判するのは、100年早い。
できるかぎり学び取ってから、沈黙せよ。
後はデータだして、論文にして自説を認めさすしかない。

謙虚に努力してたら、本に引用されることだってある。
後世に残るような研究かてできると信じたい。

609 :あるケミストさん:04/04/05 05:12
>598のように大研究者よりも実力があると思ってる学生さんたち。
おいおい、あの著者に大はつかんだろさすがに。

610 :あるケミストさん:04/04/05 05:16
>>605
>やっぱり、謙虚は必要条件。
救いようのない自己矛盾だな。

611 :あるケミストさん:04/04/05 05:26
>>601
John Wiley and Sons

612 :あるケミストさん:04/04/05 06:19
>>609

そういうことを書く事が謙虚でないというてるのだ。
もし違うと思っても、沈黙するのが当たり前。

それに、あんた、TCAレベルの編集長か。
それくらいになってから、発言してくれ。

それどころか、たいして論文も書いてない口先者の臭いまでしてる。



613 :あるケミストさん:04/04/05 06:21
>>610

我慢の限界ということ。
それで、封印を切ったのだ。

614 :あるケミストさん:04/04/05 06:36
>>609

俺はもう一人の大研究者(M先生)のこともいうてるのだ。
ONIOM法のことを目くそ鼻くそのように書いてる奴もいたが、言語道断。
もしそう思っても、そのようなことは書くな。

ONIOM法がだめと思うなら、黙って、ONIOM法が駄目というデータ出して、論文だして、世間に認めさせろ。
口先三寸では、世界の流れは変わりません。

俺みたいなレベルでも、QM/MMからONIOM法へ発展していくのはごく自然。






615 :あるケミストさん:04/04/05 06:45
>>611

Cramer教授とYoung教授の本は役立ちました。
Handbookとして、読むべし。

616 :あるケミストさん:04/04/05 07:02
ついでだから、もっと本音をいうと、
とにかく、Simple is best. Simple is beutiful.
そういう簡単で美しい方法や解釈が結局後世に残ってるみたいです。
MRMP法、ONIOM法、RISM-SCF法などもそういう方法です。

617 :臭いに関係あること:04/04/05 07:18
>>609

それと専門ばかにならないのも大事ですね。
ごく普通に常識を働かすと、どれが真実かぐらいわかることもけっこうあります。
臭い(口臭)取り除くのに、歯医者は普通の歯ブラシで磨くように命じます。
電動歯ブラシや超音波ブラシで磨いてもいいですかと聞くと、駄目と言われました。
だれが考えても、電動歯ブラシや超音波ブラシのほうがいい。パワーが違う。
それでも、歯医者は駄目という。教科書にそうかいてあるからて言われました。
こういうのを専門ばかというのでしょう。



618 :あるケミストさん:04/04/05 08:40
急に書き込みが増えたと思ったら…。

>>594が叩かれたことに腹を立てているのなら、仕方ないと思ってくれ。
きみが>>614で書いている通り、もしONIOMが良くて他の手法がダメだと思っているのなら、
他人の著作だけからうんぬんするのではなく、データを出して世間に認めさせろ。
もし他の手法がダメだと思っても、「そのようなことは書くな」。
そう、まさにきみが言っている通りだよ。他人の著作にこう書いてました、
なんて見苦しいことを書いていてはいけない。

実際、QM/MMやONIOMの問題点を取り上げた論文なんていっぱいある。
ただ、それでも有望な点が多々あるのも事実。
「この手法が最高!」というほどのものでもないし、「こんなのダメだ」
というほどのものでもない。
どうもきみの書き込みを見ていると、同窓生意識か何かで先入観いっぱいに
凝り固まった年寄り先生の台詞みたいに見えるのだが。
今からきみが誰なのか推測していい?

619 :あるケミストさん:04/04/05 09:38
>>617
歯磨きにパワーはあんまり関係ないよ。
毛先が歯に満遍なく当たることが重要。
当たらないと菌は取れないし、
当たればそこまでパワー無くてもちゃんと取れる。

620 :あるケミストさん:04/04/05 12:06
>たいして論文も書いてない口先者の臭い
だの >>605 だのずいぶん口汚い香具師が荒らしているな。何を苛ついているんだか。

621 :あるケミストさん:04/04/05 12:09
いや、面白いからもう少し続けてほしい。


622 :あるケミストさん:04/04/05 12:16
まあ、本に引用されるだの雑誌の編集長するだのを判断基準にしてるみたいだしな。

623 :あるケミストさん:04/04/05 12:20
>>616
しかしまあ、凡庸な意見だな。
だけど最後の行の方法らは「後世に残る」ってほど時間経っていないだろ。

624 :あるケミストさん:04/04/05 14:06
あんたのかきこの内容を逆にしたら、真実です。(世の中の常識になってるから)

もう馬鹿相手するのうんざり。


625 :あるケミストさん:04/04/05 14:10
どんぐりころころどんぶりこ
荒らしに煽られさぁ大変
同類出てきてこんにちは
ぼっちゃん一緒に荒らしましょう

626 :面白い話:04/04/05 14:25
>>618

あるR歯医者に聞いた話をして、笑わせてあげておひらきにしましょう。

その歯医者の同門にO大学院生ていう「こっぱ天狗」がいました。
それが、大学院生1年目にして、東京の国立公衆衛生院とかいうところへ1年間行かしてくれといい、
教授もいかしました。

そして1年間虫歯か歯槽膿漏の疫学研究をしたらしい。
林の数量化理論とかいう難しい統計学を使って。
東京から帰ってきたら、1年間の成果を冊子にして印刷までしました。

ところがそれを見たR歯医者は唖然としました。
Conclusionのところに、「年齢とともに歯が減少することを明らかにした」とかいてあったそうです。
そんなの計算する前からわかりきった事。(だれでもわかってる常識)

俺はこの話聞いて、計算機化学にも同じような馬鹿いると思いました。
専門ばかにならないようにしないと。



627 :面白い話 II:04/04/05 14:44
ついでにO大学院生のその後を書いておきます。

まず、統計学自慢のOは、「猿でもわかる統計学」という輪講を若手(Rも含めて)でしたそうです。
Rはそういう題にたいへん不愉快だけどだまってたそうです。
Oはそういう人間なんだと。

それ以外は、研究もせずに4年目になり、ちょっとデータだしただけで歯学博士もらったそうです。
そして、厚生省の技官になり、今は富山に行かされてるそうです。
元々は、大学に残って疫学の研究者になるつもりで大学院に他大学から入学したのに。

Oの研究者としてのセンスのなさ。うぬぼれ。傲慢なところ。なまけもの。
それらは、謙虚な気持ちで研究すれば防げる事ばかりです。
Rから聞いて、教訓にしてます。


628 :あるケミストさん:04/04/05 15:01
http://www.honda.or.jp/okuchi-kenkou/html/okuchi10.html

629 :あるケミストさん:04/04/05 15:07
当たり前のことに難癖つけるのもやめたほうがいい。
それとも、わざとやってるのか。
それだったら、こんな板見ないほうがいい。(センスが悪くなるから)

ある学会で、ある60代に0.0-0.1 kcal/molしか誤差ないのに、いつまでもごじゃごじゃ言われて困った。
どこにでもこういう連中ているのですね。
これからは、適当にシャットアウトして済ます事にします。




630 :あるケミストさん:04/04/05 15:30
おまえら雲子歯だろ。
しまいに、悪ふざけしてると兵を失うぞ。



631 :雲子戦法:兵を損じるだけ:04/04/05 16:33
なんか、雲子(B)さんのやり方と似てますね。

A: @@@とQSARとどうちがうのですか?
B: QSARてなんや
A: 定量的構造活性相関です。
B: 定量的構造活性相関てなんや。
A: Hansh-Fujita法と...
B: ........
B: @@@でビタミンEが甘味があるので特許とった会社もある。
A: (からかわれてるだけか)(Bの顔が変になってる。狂ってるのか?)
  (もういいや)
B: その後Bの高等部に大きなホール発見。

その10年くらい前に、Aは構造活性相関討論会でB(当時IMS助手)をみかけましたが。
こういう人をくったとぼけたやり方を雲子戦法Iとなずけてます。
ただし、こういう戦法使うとやられたほうは00になりますから乱用しないように。
DFTも乱用しないように。






632 :あるケミストさん:04/04/05 17:43
一部の方法については開発者の人格にまで及んで口汚く罵っておきながら、
別の方法へのコメントに対しては(身内なんだか知らんが)「謙虚になれ」
だの「沈黙しろ」だのと恫喝する。全く恐れ入ったよ。教育の失敗だろうな。

633 :あるケミストさん:04/04/05 17:53
>>629
>0.0-0.1 kcal/molしか誤差ないのに、いつまでもごじゃごじゃ言われて困った。
偶然の一致だろうな。そんなに精度の高い計算は現状ではないだろう。そんな偶然の
一致を論拠にする輩はどうせ消えるだろうから無視しておけば良いのだろうが、中には
わざわざ難癖つけてみる暇な人もいるのだろう。

634 :あるケミストさん:04/04/05 18:01
雲さんの血液型は、B型みたいですね。

635 :あるケミストさん:04/04/05 18:07
>>626-627
特定人物の中傷か。こんなもので「笑わせてあげて」などと書く輩の品性を疑うよ。

636 :あるケミストさん:04/04/05 18:14
>>632,633

無知からはずれなことばかりいえるのだよ。
俺がだれで、どういう計算をしてるか知ればはずれてわかるのだが。
それともいつもの手みたいなきもするな。

とにかく、シャットアウトさせてもらうよ。
もっと多くの論文読みな。
小さい系では、その程度の誤差で計算できない事もあります。


637 :あるケミストさん:04/04/05 18:30
>>626

「年齢とともに歯が増加する」という結果がでたら面白かったが。
頭の悪い奴ならそのとき、次のように考えるかも。

タイプI:インプラントなどで歯が増えた。
タイプII:年齢とともに歯が増えるのが真実だ。
     そうだ、子供の場合歯が増える。
     もう一度、データチェック(年齢の)
タイプIII:???

一番ありそうなのは、統計学上の誤差で変な結果がでた。
次にデータ入力ミス。

でもいるんだよね、計算機化学にもタイプI,II,IIIなどが。


638 :あるケミストさん:04/04/05 18:34
謙虚になれだの言う香具師に限って少々いじるだけで化けの皮が剥けるという典型だな。
「当たり前の事」「世の中の常識」で逃げる香具師は科学研究をする資格がない。

639 :あるケミストさん:04/04/05 18:39
>>633

現在では、standardな方法でも簡単。
たとえば、CCSD(T)とDunningのaug-cc-pVXZ (X=D,T,Q,5,6)で計算し、次にCBSを求めたらいいだけ。

一度、Dunningの2000年ころのJPC-Aでもお読み



640 :あるケミストさん:04/04/05 19:04
そもそも実験値に 0.1 kcal/mol の精度があるのか?
それよりどういう観測量のことを言ってるんだ?励起エネルギーではあるまい。

641 :あるケミストさん:04/04/05 19:15
>>638

もちろん、言いたい放題になってますが、このさいもっと本音書きます。

将棋と似てるということで。
「当たり前の事」「世の中の常識」=定石
直観力、常識(定石)、本筋を読む(見える)、芋筋を読まない等は、有段者ではあたりまえ。
睡眠不足などで体調が悪いと変な手ばかり見えて、格下のものにも全然勝てません。

最近の将棋は、作戦勝ち負けだけで勝負が終わってしまうから怖い。
昔のように逆転勝ちは難しい。
だから、優秀な戦法(作戦)は本に書いてあります。

FMO等の作戦負けは、明々白々。観戦者たちはほかの対局を見に行ってしまった。
ONIOM法の作戦勝ちは明白。本にも書いてあるのはそのせいです。

私は、あくまでも公平に見て判断してます。
もちろん、他の人がどう判断して、何をされてもその人の自由です。

ただ、598や599の暴言は許せませんので、まねさせてもらいました。




642 :あるケミストさん:04/04/05 19:17
因に例の本の著者はポストに就いてからも大ボス(真実ler)の子分として働き政治的に
のし上がった人。日本ではありふれたことだが米国特に理論では珍しい。人当たりの良い
ナイスガイなのだろうが大研究者と呼ぶのは現段階では憚られる。

643 :あるケミストさん:04/04/05 19:21
>>640

悪いけど、しばらくこのスレから落ちます。
論文の改訂、雑用などで極めて多忙なので。

644 :あるケミストさん:04/04/05 19:27
奇妙だな。 >>640 に答えるくらい簡単だろう。

645 :あるケミストさん:04/04/05 19:35
意味もなく比喩を多用すると、実力がないと思われるよ。
特に科学上の議論なのに歯科治療や将棋の話を出したりすると、
そもそも議論の対象を理解していないと思われても仕方がない。

ともかく、明らかにONIOMのイメージを悪くしているのでやめてくれ。
ONIOM派の人間が他の手法(FMO等)に悪意を持っているなんて思われたら
迷惑きわまりない。
ONIOMを使っていて、さらにFMOにも期待している人間も多い。
あんたみたいな狂信者に支持されたら、M熊先生だって迷惑だろうよ。
あんたがM熊先生本人だとでもいうのなら別だが。

646 :あるケミストさん:04/04/05 19:56
FMO ってエネルギー以外でも何か計算できるの?

647 :あるケミストさん:04/04/05 21:45
ADFのライセンス、もう少し安くならんかのー。

648 :あるケミストさん:04/04/06 01:25
ちょっと進路のことで教えてください。
修士レベルで終わる人と博士課程まで行く人の差てなんでしょうか?

649 :あるケミストさん:04/04/06 01:35
経済力

650 :あるケミストさん:04/04/06 01:37
>>649
奨学金制度があるからそうとは言えんのでは。
差は引き篭もり具合だろう。

651 :あるケミストさん:04/04/06 01:46
ちがう。

修士課程までの人の特徴:少しはなしただけで、だいたいわかります。だいたい次のような点があります。
 知ったかぶりのひどさ、うぬぼれの強さ、尊大、まとはずれな事ばかり言う、頭が悪い、
 何が真実なんかまったくわからん石頭、物事を柔軟に考えられない、
 何が重要で、なにがどうでもいいことかわからん。
 



652 :あるケミストさん:04/04/06 01:51
博士課程までいける人:一言で言えば、頭がいい。
 物事の本質を見抜く早さ、他人の仕事を理解する早さ、すぐに正解いえる。
 もちろん知識も豊富だけど、それは2の次3の次。

653 :あるケミストさん:04/04/06 02:02
この前、ものすごいできる研究者みたいなこという男がいたから、
途中から変だと思い質問してみた。

1.どれくらい英文論文だしてるのですか?そしたら、よくわかりませんが、教授が論文書いて出してるみたいです。
  1つだけイタリアの雑誌に。
2.博士課程の方ですか?と聞くと、修士までです。




654 :あるケミストさん:04/04/06 02:11
学会発表も修士レベルの人の話は聞かないほうが無難。ばかみるだけ。
博士号を持ってる人かもうすぐとれる人の話は聞く価値ある。ばかみることもあまりない。

655 :あるケミストさん:04/04/06 02:17
なんか、この1週間で急に俗っぽくなったな。

656 :あるケミストさん:04/04/06 02:40
将棋でもするか。
無料のHP教えてやってもいいで。

657 :ちょっとわるふざけだけど:04/04/06 02:44
将棋で頭をきたえよう!
変な論文読むよりよっぽど価値ある。

体の調子もついでにわかるよ。

658 :あるケミストさん:04/04/06 02:54
>>651>>654
一生懸命の書き込みはいいのだが、何が言いたいわけ?

研究に関して言うと、修士を卒業して企業で立派に活躍している人も
いるし、博士が終わっても自分の意見すらまとめられない人もいます
ね。要は648次第でしょう。

>>648
進路くらい自分で決めろ!

659 :あるケミストさん:04/04/06 02:58
さて、そろそろ真面目モードに戻ろうぜ。

660 :あるケミストさん:04/04/06 04:02
>>658

経験談を言ったまで。
何かの参考になるかと思って。
口にはださないけど、他の先生かてそう思ってるのでは。

他の大学の研究室に行った時の経験談もついでにかいときます。
その研究室で一番大きな顔してる奴が単なる修士までの人でした。
この経験則の例外はない。


661 :あるケミストさん:04/04/06 04:21
修士までの人:俺があんたに教えてあげるタイプ。学び取る気がまったくない。
博士までいける人:相手から何かを学び取りたい。それもうまく学び取る。

662 :658:04/04/06 05:46
>>660>>661
失礼しました。修士までの人とは博士にいけない人で博士までいける人には実際
には修士で卒業してしまう人も含まれるのですね。
書き込みの経験談が当時「修士」の人だったので少し勘違いしてしまいました。
そういう意味では納得しました。あらためてお詫び申し上げます。

因みに自分は化学とは無関係なただの荒らしです。かしこ。

663 :あるケミストさん:04/04/06 07:03
>>660-661
幼稚園児レベルの経験則とやらを書き込んでる暇あったら >>640 に答えろよ。

664 :あるケミストさん:04/04/06 08:07
もういい加減煽りに反応するのをやめたら?
こいつが意図的な煽りか天然の煽りかはわからないが、こいつより
>>658>>663のほうが迷惑だよ。放置しとけよ。

665 :あるケミストさん:04/04/06 09:27
お前の方が迷惑だ。>>640 に関する議論の方がスレの趣旨に沿っている。

666 :あるケミストさん:04/04/06 10:00
通常 kcal/mol で表示される観測量には 0.1 kcal/mol までの精度はない。
そんな初歩的なことも分かっていないことが曝されそうになり慌てて逃げた
のだろう。CBSの様な外挿法の危うさ如何わしさについてはさておくとしても、
他人の論文を鵜呑みにして説教する態度も気になるところだな。

667 :あるケミストさん:04/04/06 10:07
>>648=651-654=660-661=664


668 :あるケミストさん:04/04/06 10:46
なんでやねん。
664は明らかに660-661をあおりと呼んでいるわけだが。
ちょっともちつけ。

669 :あるケミストさん:04/04/06 14:05
しかし>>661の書き込みはかなり感じが悪いな。客観的に読んだ場合、
一連の書き込みに関して>>651ということが本人にも当てはまる気がする。

皆も狭い価値観での人の評価したり、無闇に人の揚げ足を取ったりせず、
スレの主旨に沿った話題を書き込みましょうね。

670 :あるケミストさん:04/04/06 18:20
最後の =664 は遊びだよ。でもその前の等号はみえみえ。
府台あたりからのロンダだったら分かりやすすぎて面白いんだがな(w

671 :IJQC:04/04/06 18:48
IJQCについて、いろいろ教えて下さい。

672 :あるケミストさん:04/04/06 19:59
そう言われても、漠然としすぎというか。

673 :IJQC:04/04/06 21:06
なんでもいいですから、経験談や評判などを教えてくださればありがたいです。

674 :あるケミストさん:04/04/06 21:11
>>673
何でもいいなら自分で勉強しろ!それでも分かんなかったことを
質問しろ!!釣りなら別のスレに逝け!!!

675 :あるケミストさん:04/04/06 21:46
量子化学計算が市民権を確立したといえる現在ではもはや役割は終わったのでは
なかろうか。なくすのも寂しいので細々と存続して欲しいところだ。

676 :小人怒りやすし:04/04/06 22:01
>>674

そういかるなって。つまらんことで腹立ててると怒れる巨人になって埋没するよ。


677 :あるケミストさん:04/04/06 22:26
釣りと煽りばかりのスレになってしまったなぁ。

678 :あるケミストさん:04/04/06 22:30
まぁ、(現在で計算できるもっとも良い)精度良い計算をしたとしてもgasphaseで計算したのであれば
実験値と~0.1kcal/molの精度で比較できるわけがない(Ar matrixならArの効果を入れないとダメな
わけだし)。たとえ、solventの効果を取り入れたとしても、
そのsolventのモデルに依存するわけであり、solventoモデルが完璧でない以上なんらかのエラーが
生じるはずである。したがって計算による予測値と実験値と完璧に合っていれば、むしろなにかが悪い悪い
でたまたま合っているに過ぎないと考えなければならないのではないだろうか
(気体の2原子分子のような例外もいくつかあるが)。
したがって、意味があるのは、他の分子の物性との比較であるんじゃないかと思うがどーだろうか。

合っている場合もあるが合っていない場合もある。大抵はほどほどに分子の物性が予測できるというのが
現在の量子化学計算の現状であろう。よく言われていることだが、量子化学計算のアドバンテージのひとつ
は毒性やら合成の技術的困難さのために実験的に合成することが難しい化合物や、観測することが難しい
励起状態の電子状態予測とその物性を実験をやる前に予測することにある。
もし得られた結果で面白い物性があると予測されたのなら、それが実際に実験してみるモチベーションになるわけだ。
赤外・ラマン分光なら、実験的に得ることが難しいきわめて難しい同位体効果(極端な話、ある分子の
メチル基の水素一つを重水素化することとか)を量子化学計算では容易く予測できる。
もちろん予測ことがメインではない。ある物性の実験値が得られたのなら、それがどのような電子状態
から得られるのかを考察することが計算も一番の目的だと思うな。

というわけで、今日も実験値とつじつまの合う電子状態を求めているわけだ。


679 :あるケミストさん:04/04/06 22:56
量子化学や計算機化学が自己満足なんてとんでもない。
きわめて面白いし、重要である。
そうでなければ、ノーベル賞なんてとれないでしょう。
これからは、ますます実用的なインパクトがあります。

実験値より計算値のほうがはるかに精度いい場合は、かなりあります。
たとえば、gas phaseのクラスターのエンタルピー変化など。

水の2量体のbinding energyの場合、いろいろ面白い事がありましたね。
1.実験値=5.4kcal/mol (2つのグループでも同じ値)
2.Del Bene(JPC、20年位前)の計算値=5.4kcal/mol
そのとき、ほっとしました。
しかし、その後の高精度計算では、実験値がまちがってること判明。
3.最近のMPやJCP見ると、もう少し小さい値です。



680 :IJQC:04/04/06 23:31
IJQCの編集室てなんであんなにでたらめなんだろう。


681 :あるケミストさん:04/04/07 00:13
IJQCといえば、Popleの追悼号が出るようだが。
追悼号の投稿ってちょっと腰が引けるよな。ましてやPopleクラスとなると。

682 :IJQC:04/04/07 00:44
そうなんですか。

私のことはつまらないことです。
いろいろIJQCの編集室のでたらめぶりにうんざりしてます。(もうあきらめの境地)
書くようなことでないですが、1つだけ書いときます。

秘書が電話番号とFAX番号をとりちがえてるので困ってます。
向こうは、FAXが送れないと何度も言ってきました。
それで、何回もメールなどで正しい番号をいうたのですが、それでもとりちがえたままです。
しかたないので、自宅のFAXも教えました。

今日、メールでFAXを送ったと言うてきました。
しかし、大学にも自宅にも着てないのですが。
ついたかどうかメールで返事してほしいというてますが、ほっとく事にします。
(審査終了してるので)

683 :あるケミストさん:04/04/07 03:57
何らかの理由で大規模系の分子軌道計算をしたい時、
先人達は、“巨大系は計算できない”との理由でぶった切っていたと思います。
そこから、様々な自然観が生まれたと思います。

その一つが、Kashiwagi & Satoで、“電子状態は連続なのだからぶった切ってはダメ”。
そこで、実直かつrobustなProteinDFを作った。

また一方で、Morokumaは、“ちゃんとぶった切ればぶった切っても良い”。
見たい物理量が(直接的には)High Levelの領域にのみ依存するようにLayerを
構成すればよいとして、Oniomを作った。
そして、見たい物理量が下のレベルからどのような影響を受けるかというのを
考慮して下のレベルを決めなければならない。
また、高精度のOniom計算を行うためには、High Levelと次のレベルの繋ぎ目が
ちゃんとうまく繋がることを、検証すべきだと聞いたことがあります。

一方、Kitauraも“ちゃんとぶった切ればぶった切っても良い”。
そして、ぶった切る時のポリシーとしてenergy decompositionを使っていて、
それがFMOに期待している人達にとっては、心地良い理由でしょう。

OniomとFMOは、下のレイヤーの取り扱いとレイヤー間の繋ぎ方が異なってますが、
どちらも似たような自然観をベースに持ってると、私は感じているので、
私は645の言うように、Oniomを評価しつつ、FMOにも期待している人です。

#2chって実名はダメなんですか?

684 :あるケミストさん:04/04/07 05:12
駄目らしいけど、実害ないからacceptable.
ある程度flexibleでもいいのでは。

有益な書き込みありがとう。

685 :あるケミストさん:04/04/07 06:22
名前ださなくても方法名だけで書けた内容だと思うが。
一つ指摘させて貰うと、これらの方法はことさら特別な自然観をベースにして
(ましてや生み出してなど)いる訳ではなく、殆ど純粋に技術的なものだと思う。

686 :あるケミストさん:04/04/07 06:31
IJQC については >>675 の通りで、評価としては今や形だけ査読の付いた
学会プロシーディングスと大して変わらないレベルなのではなかろうか。
口の悪い香具師だったら、「同人誌」みたいなものだとまで言うかも知れん。
時々レビュー的な役に立つ論文も出るけど。

687 :あるケミストさん:04/04/07 07:03
>時々レビュー的な役に立つ論文も出るけど。
20年30年前のだけどね。

688 :あるケミストさん:04/04/07 09:04
同人誌といえば PRL とか酷いらしいね。

689 :あるケミストさん:04/04/07 09:45
煽るならもう一工夫必要だな。出直して来いや

690 :あるケミストさん:04/04/07 10:39
デムパ系ONIOM信者の登場以降、689みたいな興奮気味のカキコが増えたな。
冷静にやろうや。

691 :あるケミストさん:04/04/07 11:01
    |        マーロニーチャン♪
    |  ('A`)
   / ̄ノ( ヘヘ ̄



692 :あるケミストさん:04/04/07 13:24
>>685
確かに、名前なしでも書けたかも。
ただK氏の場合、ene-decompのK氏がFMOというのが私は非常に興味深い。
FMOの2Stepsは技術的要請ではなく、ene-decompからの必然的要請。
#1step目で分極相互作用を有効静電相互作用として取り込み、
#2step目でCT相互作用を取り込む。


693 :あるケミストさん:04/04/07 18:54
タンパク質を3つにFragumentすればいいだけなんですね。
やっと理解できた。

694 :あるケミストさん:04/04/07 19:03
Fragument

695 :あるケミストさん:04/04/07 19:34
そういう意味ではFMOとONIOMは等価になることもありますね。
だけど、ちょっときになることを極端に書くと、

            FMO    ONIOM
1番重要な部分    STO-3G   CCSD(T)も可
2番めに重要な部分  STO-3G   ある程度のMO
3番目に重要な部分  STO-3G MMなど

696 :あるケミストさん:04/04/07 19:48
33ざんきくらいまでのタンパク質なら、3分割可能かも?W



697 :FMOの負け:04/04/07 20:18
FMOは100レイヤーくらいあると思えばいいだけかも。
ONIOMは今のところ3レイヤーだけど。

怒られるようなこと言わしてもらえれば、3以上にレイヤー増やす事もありえるかも?



698 :あわれなポスドクたちへ:04/04/07 20:25
つなぎ目は少ないほうがいい。

699 :あるケミストさん:04/04/07 20:45
FMOが駄目な理由は他にもある。

T大学のポスドクらしき人のポスターきいて、これは全然だめな方法て判断したのです。
ざんきが増えると、途中から1kcal/molの誤差を生じる(Fragmentしたために)。
1000ざんきだと、1000kcal/molの誤差あり。
そんな方法どう考えても、駄目。
(もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし)

その人もきずいてるみたいだったけど。
少し、しらけ気味。
駄目な方法てわかってても、ポスドクでT大学に雇われてるからしかたないのだけど。
知り合いのポスドクにもFMOのプロジェクトに参加してる優秀な人います。
駄目てわかっててもばかばかしいことさせられるつらさがあるみたいです。

FMOのプロジェクトは税金と多くのポスドクを食い物にしてる。
ちがいますか?




700 :あるケミストさん:04/04/07 21:20
雲さんもそのポスドクをからかってたよ。
ばかばかしいこと(結果)を発表してるって。
内輪の間で「あほらしやの鐘が鳴ってる」方法なんてやっぱり駄目なんかなーと。

それから発表聞いて完全にFMOを見捨てた。

701 :あるケミストさん:04/04/07 21:55
>> 699
1000 kcal/molの誤差って、HFとの差でしょ?

>(もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし)
と書いてる通り、FMOの中で閉じた議論をすれば、
1000 kcal/molの誤差なんて意味無いのでは?

702 :あるケミストさん:04/04/07 22:06
>1000 kcal/molの誤差って、HFとの差でしょ?

はい。HF/STO-3GとFMO/STO-3Gの差。
(もしかしたら、B3LYP/3-21GとFMOでのB3LYP/3-21Gの差)

>>(もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし)
と書いてる通り、FMOの中で閉じた議論をすれば、
1000 kcal/molの誤差なんて意味無いのでは?

701さんの言いたい意味よくわかりません。
だけど、全然見込みなしと判断するのが当然と思います。



703 :あるケミストさん:04/04/07 22:18
1000 kcal/mol は 1.6 a.u. 程度。
原子数が1万もあれば大したことない。

704 :あるケミストさん:04/04/07 23:00
FMO:上記のようにたくさん根本的に駄目な理由あります。
  思い出せば、もっとありそうです。
  元々は、JCPEで特別講演聞いてから様子みてたのですが。
つなぎ目なしの方法:FMOよりはいいみたいです。
          ソフト名(Q-ChemかHyperChem?)をわすれましたが、
          それらのソフトで計算する事も考えたころありました。
          他の研究してるまに、忘れてしまいました。
          ワークステーションクラスターやPCクラスターで並列処理するのは魅力あります。
ONIOM:タンパク質のactive siteは、たまねぎの芯のように真ん中にあります。
   この部分が一番重要。その部分を第一レイヤーにおける魅力があります。
   active siteから離れるにしたがい、第二レイヤー、第三レイヤーにできるのも魅力です。
   

705 :あるケミストさん:04/04/07 23:02
以前よりは化学の話にはなってるけど、「きずいてる」とか
「あほらしやの鐘」とかデムパ臭が抜けきっていないな。

ONIOMといえどもFMOと同種の問題から抜けられないし、そもそも
「重要な部分」が既知でないと使えない、という問題点を抱えてもいる。
特別FMOを擁護する気はないが、ProteinDFならともかく(思想がそもそも
違うから)ONIOM信者がFMOを貶すのは天に唾するようなもの。

K先生と何か確執があったみたいな書き方してたけど、私怨を研究に
持ち込むのはやめてくれないかな。確かにそういう(小物の)先生は多いが。

706 :あるケミストさん:04/04/07 23:18
>>705

悪いけどK先生と何もないです。
別に特別嫌いとかないのですが。
まったく関係ない第三者の立場です。

704読んでもらえれば少しは返答になってると思います。

直感に訴えるより、理由をはっきり書いたほうが良かったみたいですね。
(最初そう書こうと思ったのですが、思いとどまりました。)

707 :あるケミストさん:04/04/07 23:32
いや、悪いんだけど
> タンパク質のactive siteは、たまねぎの芯のように真ん中にあります。
で、ちょっと思い込みで語ってるんじゃないかとさらに思ったんだが。
active siteがどこにあるのか、というのはタンパク質研究における極めて
大きな問題で、未だに決定的な解決策はない。この問題に関しては、むしろ
ONIOMは使えない。

K先生と特に何もないのなら、FMOが金取ってることへの嫉妬? あるいは派閥?
下世話なようで悪いが、ONIOMを支持してFMOを貶す理由が他には考えにくい。
くどいようだけど、そんなに興奮するほどの差はないよ?

ところでFMOは確か6-31Gまで対応したんじゃなかった?

708 :あるケミストさん:04/04/08 00:07
どう返事すれば正しい表現になるかわかりませんが、707の方の勘違いです。

1.当方は生物関係卒で、量子化学で理学博士習得しました。
学部のころに、生化学でactive siteのことは習いました。
さらに、その後も本や学会でactive siteのことはわかってますが。

2.私の学力程度(単著英文論文30ほど)では、FMOのよさが理解できません。
もし、またいいと思うときがきたらタンパク質研究に使うこともあるかもしれません。
(たぶんありませんが。もちろんそのときはプログラムはK先生にdependするつもりありません。
誤解されるといけないので、念のため書いときます。)

3.>FMOは確か6-31Gまで対応したんじゃなかった?

  知らないです。






709 :あるケミストさん:04/04/08 00:16
この板あまり得るものないですね。

大先生がこんなの見てるわけないですね。
大部分学生さんたちみたいですね。
修士課程の人が多いのでは。
良くても、休学や留年するような博士課程の学生さんみたいな感じします。

もっと学力ある人たちとチャットなどしたいのですが、誰かHP知りませんか。
そろそろこの板から引退します。
論文の改訂するほうが、有益なんで。


710 :あるケミストさん:04/04/08 00:46
>1.当方は生物関係卒で、量子化学で理学博士習得しました。
工学博士の間違いじゃない?

711 :あるケミストさん:04/04/08 00:50
理博

712 :あるケミストさん:04/04/08 01:04
ONIOM の様に layer にするのは一見理にかなって見えるけれども、
酵素の active site 周辺のアミノ酸残基は一次構造上かけ離れた部分が
集まっている場合が多いので、その場合 ONIOM だと高精度で扱う部分が
一次構造上にまだらに分布することになってしまう。だからタンパク質の
集団的構造変化を扱うのは苦手だろうね。

713 :あるケミストさん:04/04/08 01:10
>701さんの言いたい意味よくわかりません。
>だけど、全然見込みなしと判断するのが当然と思います。

まあ絶対値比較してもあまり意味無いよね..
学部生でしょ。
あまりにも議論が単純すぎるような気がします..

714 :712:04/04/08 01:33
いや、結構歳いってる人でもああいう酔っぱらいみたいな非論理的なこと
のたまう人いるよ、この分野。日本国内を牛耳っている学閥の出身だったり
すると変な人でもポストにありついているから始末が悪い。まあマイナーな
分野だから人がいないよりはいいんだけどね。

715 :あるケミストさん:04/04/08 05:31
誰だか分かっちゃったな。旧知のよしみで黙っといてあげるけど。
まあデムパ全開でどんどん逝って下さいよ。好きなんでしょこういうの?

716 :あるケミストさん:04/04/08 05:51
しっかし、
>1000ざんきだと、1000kcal/molの誤差あり。
ていうのもアフぉだねー。足し算しか頭に浮かばないんだろうか?
それを言い出したら classical force-field だって一自由度当たり 1 kcal/mol
程度の誤差はあるだろうからこの人によれば現行のシミュレーションも全部ダメ
ってことになってしまう。ONIOM の第2第3 layer だって同じ事。

717 :あるケミストさん:04/04/08 07:54
非科学的でデムパゆんゆんだなあ、と思ってたが、ここまで正体がばれそうになると
ちょっと気の毒な気もするな。
ひょっとするとDFTがあんまり好きじゃない人?

718 :あるケミストさん:04/04/08 08:14
DFTがあんまり好きじゃない人なんてごろごろいると思うが。
折れもそう。使ってるけど。

719 :683,685,701:04/04/08 13:51
FMOとOniomの比較は、695さんの説明が分かりやすいと思う。

アクティブサイトがローカライズしている場合で、他の部分の効果が限定的な場合、Oniomが有効。
一方で、アクティブサイトが大きい場合や、他の部分の効果が非常に大きな場合、
Oniom法ではMiddle layerを高精度にしたり、FMO法で取り扱ったりする。
そしてアクティブサイトが不明であったり、系全体で現象に関わるような場合にはFMO法が有効。
#喧嘩になるような議論じゃないと思うが。

FMOの欠点として、ぶった切ることを挙げているのは、正しいと思う。
“電子状態はぶった切ってはダメなんだ”という立場であれば、ProteinDFやQ-Chemを使えばいい。
683ではそう主張したかったのですが。
#ただ、大規模系を取り扱うために、ProteinDFもQ-Chemも“ちゃんと”近似していることをお忘れなく。
#単純に“ぶった切っていないから”良いわけではなく、大規模系を近似するときに
#どのような近似をしているかが重要。

為念、FMOは原理的にはQCISD(T)でもなんでもOK。
実装としては、HF以外にはDFTとMP2しか聞いていないけど。

720 :あるケミストさん:04/04/08 15:24
タンパク質の話してるところで話の腰折ってすまないんだけど、質問をば。
MolcasをOpteron-64bitで動かそうと目論んでるんですが、実際動かしてる人いますか?

↓を見る限り動かせたようなんですけど、BBSじゃ64bitじゃ弾かれると書いてるし…。
http://www.teokem.lu.se/molcas/benchmarks.html
どなたか参考にMolcasの動作状況を教えてください。

721 :あるケミストさん:04/04/08 16:49
巨大系では、数値誤差も問題だよ。
全エネルギーが非常に大きい上に丸め誤差も大きいから、
見たい量のオーダーが小さかったら数値誤差が大きすぎて何も議論できなくなる。
まぁ、巨大系でなくても起こりうるけど、巨大系の方が起こる領域が広い。

ECP は相対論効果だけじゃなく行列の次元を減らす効果もあるけど、
全エネルギーのオーダーを減らす効果もあったりする。
こういう工夫を織り込んでいかないと、
エネルギー差を求めても意味がない、ってことになりかねないよ。

722 :あるケミストさん:04/04/08 17:34
>>720
ttp://www.teokem.lu.se/molcas/wwwboard/messages/418.html
調べてから質問せいよ。ていうか開発者がBBS持っているんだからそこで
質問すればいいだろヴォケ。

723 :720:04/04/08 18:27
>722
いや、あそこ閑散としてるし…。
5.2で出来たって結果もあるし試した人はいないかなぁと。

癪に障ったようなら謝るよ、スマソ。

724 :あるケミストさん:04/04/08 19:57
>>723
最近ちょっと荒んでるからね。
普段はむしろ異様に親切なスレなんだが。

725 :あるケミストさん:04/04/08 20:24
CCLていうネーミングリスト知ってますか?
計算機化学の質問と返答の場です。
それを見てると、世界の研究の流れがわかります。

ONIOM:だんとつの1番。
Q-Chem:少しありました。
ProteinDF:質問等0。
FMO:質問等0。

また学生さんたちにお叱り受けそうですが、
なにかの参考にして下さい。







726 :あるケミストさん:04/04/08 20:54
でもあそこで質問して来るのはベタの初心者だし、返答してるのもあまり
名の知れ無い少なくとも「大先生」じゃない人達だよね。議論らしい議論
も滅多にないし、世界の研究の流れがわかるというほどのものではない罠。
初心者と素人には役立つだろうけど。

727 :あるケミストさん:04/04/08 20:56
>ネーミングリスト
フォートランですな。やっぱばればれ。

728 :あるケミストさん:04/04/08 21:04
あと、科学的な真価はともあれ、ONIOM に限らず政治力の強いグループが
開発提唱した方法をそのまま使えば、例えば JACS のように保守的で政治的な
雑誌に通りやすいという側面もあるだろうね。

729 :あるケミストさん:04/04/08 21:16
雲助みたいだね。

730 :あるケミストさん:04/04/08 21:19
2ちゃんは、雲助にしか役立たんよ。

731 :あるケミストさん:04/04/08 21:21
いまどき、雲助のPPPを拡張するな。
悪臭はなってるぞ。
運子研究は便器にあぼーんだ。

732 :あるケミストさん:04/04/08 21:26
ある開発者が将棋好きてしらんだろう。

雲助たち、将棋でも勉強して、とりいりな。
政治力、ふざけたことばかりいうな。
この運子やろうが。

733 :あるケミストさん:04/04/08 21:30
K氏の得意戦法も俺知ってるよ。

アヒル戦法、いび穴、藤井システム、DFT乱用御用戦法、電話でない先方。
はようT大からいなくなってくれ。

気分悪い。


734 :雲助たちありがとう:04/04/08 21:36
いろいろ勉強なったよ。
雲助の特徴が。

渡る世間は雲助だらけ。
雲助に学会等でであったら、躊躇なく切り捨てる事にするよ。
そのときは、悪く思わんでね。

さいなら。
ばかたち屁


735 :言葉の乱用:04/04/08 21:57
悪い奴のいうことは、いつも似てるよ。
結局、真実でなくても、言葉(の暴力)で相手をへこましたいだけなんだね。

今、「初心者」云々て書いてた奴もいたが、それもお決まりのテクニックなんだね。
昔、今にGamessのこと質問したら、そういう返事手紙でいただいたよ。
「初心者」はGaussian使うように。

雲助たちよ、そういうテクニックだけは超一流だね。
君たちこそ、政治力で出世めざせるよ。

先験的法則 I
「2ちゃんみるより大研究者たちの論文読むほうがいいのに決まってる」
GaoのQM/MMでの酵素反応の研究も少しきになるよ。


736 :あるケミストさん:04/04/08 22:08
ぼけなすびたち、なにも反論できまい。

先験的法則 II
「雲助にまじわれば、雲助になる」:2ちゃんを見ない事にするよ。
「大研究者にまじわれば、センスが良くなる」:論文、本、学会、留学などで大研究者と対話するよ。

それと、分子工学の某「こっぱ天狗」は鼻についてしかたない。悪臭もの。


737 :あるケミストさん:04/04/08 22:22
華麗にスルー

738 :あるケミストさん:04/04/08 22:35
す、すごいデムパっぷりだ。
まさか量子化学スレでこれほどのデムパを見られるとは・・・

「私怨じゃない」とか書いておきながらほとんど私怨。736の最後は
思わず吹きだしたよ。全然脈絡ねえじゃねえか!
まあ、これだけ書いてて素性がばれないほうがおかしいよな。

739 :だーれだ:04/04/08 22:44
当ててみな。

当てたら熊本の「くまりん」が、あれさせてくれるよ。

740 :あるケミストさん:04/04/08 22:47
「電話でない先方」にワラタよ。
そうですか、先方は電話に出ませんでしたか。

741 :いたいこと学ぶ:04/04/08 22:55
神戸の学会で、熊本の女にいたい目にあって、学ぶことあり。
本に書いてある禁じ手のオンパレード。
それから、学会で下手にでるのやめたよ。

でも、君たちのような雲助相手しなければよかっただけとわかった。
今年の学会からは「雲助には対局拒否戦法など」を使うよ。

さもないと弓をひくことになるので。


742 :あるケミストさん:04/04/08 23:04
誰か、学会でであった嫌なやり方かいてくれないか?
それと、嫌な女シリーズとかも役たつ。

743 :あるケミストさん:04/04/08 23:14
メアドの「うそばっかりつくな」が、なんだか半泣きの涙目で
腕をぐるぐる回しながらわめいている姿を思い起こさせるよ。
「うそばっかりつくな、うそばっかりつくなーー!」

744 :あるケミストさん:04/04/08 23:17
はずれ。
ばーか

745 :あるケミストさん:04/04/08 23:24
おすぎとぴーこが、後ろで大声でしゃべってるのはまいったよ。

おすぎの女弟子のやり方もすごかったな。
さんざん股下挙句、無視して知り合いにだけ発表してたよ。
すごーい。
質問しても無視してマスかいてたよ。
まだ、マスなのかもね。

学会発表で敵作ってもいいということは、ドクターまで行く気なしだな。

746 :面白い話:FMOの縫合不全:04/04/08 23:31
財全五郎の手術は、手術時間の早さを自慢にしてた。
しかし、しっかり縫合しなかったために、しばしば縫合不全があり。


747 :節人節:04/04/08 23:38
希ガスくらいからだめ。

おれも言いたい放題いわしてもらったよ。
まだまだいっぱいろくでもない話あるけど、それはまた本にでもするよ。


748 :雲助よ反論せよ:04/04/09 00:05
こういう悪ふざけてやりだすと癖になるみたいだね。
やっぱり、2ちゃんは有害無益。

杉たるはいたいを学ぶ。



749 :あるケミストさん:04/04/09 00:18
会話についていけないんだけど雲助って何?
くもすけ?うんすけ?

750 :あるケミストさん:04/04/09 00:31
既に会話ではない。

751 :雲助よ反論せよ:04/04/09 00:49
>>749

それくらい辞書かgooで調べろ!
(まねするとこういうかきかただね)

752 :あるケミストさん:04/04/09 00:56
きちすけ?

753 :雲助の意味:04/04/09 01:04
いろんな意味を含んでいる。
悪ふざけの好きな君たちなら、わかるだろ。

だいたい、おれはデバイか出っ歯かわからんぞ。
そんなへんな言葉をどこから仕入れてくるのか?
最近の若い人は、本当に恐ろしい。
そういう意味でも、若い人の発表は敬遠したほうがいいとますます思ってます。




754 :あるケミストさん:04/04/09 01:17
佐藤康光て元将棋の名人。
京都生まれの、ものすごく生真面目な人です。

どこかの佐藤さんとまったく反対ですね。
あいさつすらできん「こっぱ天狗」は、いずれもとくまとけんかだな。



755 :あるケミストさん:04/04/09 02:00
なんだ。もう終わりか?

756 :あるケミストさん:04/04/09 04:14
>>734>>754
貴方の連続的な書き込みは悪質な荒らし行為です。いくら2chとはいえ
ここは公共の場ですので今後の荒らしを防止する為にIPを晒すなどの
処分がくだされるかもしれません。貴方が学生ならば問題ありませんが、
もし地位や名誉のある方でお酒の勢いなどでこういった行為をしてしまっ
たのでしたら、後日きちんと謝罪をした方がいいと思われます。

757 :あるケミストさん:04/04/09 08:10
デバイって、debyeか?
debyeを知らないで威張ってる化学者のほうが恐ろしいよ。

758 :あるケミストさん:04/04/09 08:48
もとくまって何だろうな。

759 :あるケミストさん :04/04/09 11:09
ttp://www.chemistryquestion.jp/situmon/shitumon_senmon_kagaku21_protein_urea.html
で■尿素の変性作用■のところに
「尿素の分子平面の上下はπ電子で覆われており疎水性があります。」
とありますが、これはπ電子に疎水性があるということでしょうか?
また、そうなら何故そのような特性があるのでしょうか?
授業の量子化学が全然わかりませんせした。教えて頂けますでしょうか?

760 :あるケミストさん:04/04/09 17:11
>>757
デバイか出っ歯=デムパ
>>758
もとくまけん=熊本県

この方は学会で熊本の学生に嫌な思いをしたらしい。しかしここまで書くと
IP晒されなくても素性がバレそうだな。大丈夫なのか?

761 :あるケミストさん:04/04/09 19:09
まあどうせこんな場所だし生暖かく見守ってあげよう。しかし折れの交配が
彼と関係悪化させているとは知らんかったよ。あまり突っ張らんで苦浪人の
気持ちも解せるようにならんとな。

762 :あるケミストさん:04/04/09 19:20
>「尿素の分子平面の上下はπ電子で覆われており疎水性があります。」
典型的な悪文だね。確かにベンゼン環のようなπ電子系分子の多くは疎水性を持つが
π電子が疎水性の原因ではない。

763 :あるケミストさん:04/04/09 21:17
芳香族は臭い。
さらに、パイ電子を持ってる。
だから、芳香族の臭いの原因をPPPで研究するのは面白い。

君たち向きの研究テーマ。



764 :あるケミストさん:04/04/09 21:23
>>763
3-Methyl-indoleの匂いの研究の方がいいのでは?

765 :あるケミストさん:04/04/09 21:49
>芳香族の臭いの原因をPPPで研究
さっくしいーで出入り創刊を考慮しないとダメなのでは?

766 :あるケミストさん:04/04/09 22:10
すまねー。
ちょっとからかっただけだよ。

30年位前、はじめて研究するとき自分で思いついたこと。
そのころのパソコン(しかもBasic)でできることていえば、その程度でもきびしかった。
結局、そのままになってしまったけど。

wて悪ふざけの略なの?


767 :あるケミストさん:04/04/09 22:22
やはり釣れましたな。よう知らんのですが、笑→藁→w のようです。

768 ::04/04/09 22:29
元熊の見湯て、ひでーツッパリ。いたーい。
ひでりで弱いものいじめしたのでは。

九州でも特別なんだよ。
評判悪いので。
とくに、おなごは。

769 :熊本県人ですか:04/04/09 22:51
九州で「熊本のかたですか」、て言われたら要注意。
変な人間にはそう言うことになってるから。

ようわからんのだけど、ひでりで水不足になるから変人が多いらしい。
それ以外にもなんかいろいろ原因聞いたけど、思い出せない。

もちろん他のひでりw


770 :あるケミストさん:04/04/09 23:04
もういい加減スレ違いやめれ。

771 :あるケミストさん:04/04/09 23:10
そうだな。少なくとも sage 進行でやって欲しい。知人だけに恥ずかしい。

772 :あるケミストさん:04/04/09 23:37
本人じゃねーか。

ある意味ではいい事ですよ。
ひどい事してただで済むとおもてるから、ひどい仕打ちを平然とする人がいるのだよ。
かきこされるとわかれば、ちょっとはましになるのでは。

俺はどちらかいうと私は他人に寛容なほうだと思ってるけど、
こいつらだけは許せんという連中がいるよ。
いずれ、小説でもかくよ。

773 :あるケミストさん:04/04/09 23:41
英会話教室なんて、暴露のHPもあるよ。
あれで英会話教室や外人などが変なことするのを抑止してるみたいです。

おれもだまされたくちなんで。

774 :あるケミストさん:04/04/09 23:41
もう誰も止められそうにないぞ。
せめてメール欄に sage と書いてね。

775 :あるケミストさん:04/04/09 23:44
わかったよ。
もう止めとくよ。



776 :あるケミストさん:04/04/10 00:27
で、だれなの?
それとcclでONIOMで困ってる人が出てきたのはGaussianで使ってみてうまくいかないからだよね。

777 :あるケミストさん :04/04/10 00:32
>>762
そうなのですか・・・
ありがとうございます。
では、尿素が疎水性作用をもつのはどういう理由からなのでしょうか?

778 :疎水性ないよ:04/04/10 00:37
MCやMDしても、疎水性なんかありそうもないけど。
QCLDB IIなどでMCやMDの文献調べたらはっきりするけど、調べるまでもないよ。

直感ばかり使うので、またおこられそうですが。

779 :あるケミストさん:04/04/10 00:37
>>759
>>762を除いてあまりにもスルーされているので解答すると、
CH-π相互作用やπ-π相互作用のことを「疎水性相互作用」と
呼ぶことがある(疎水性分子に多く見られる相互作用なので)。
そのせいで、あたかもCH-πやπ-πが疎水性の起源であるかのように
書いていることがある。>>759はその例か。
ひどいときにはいわゆるvan der Waals相互作用を「疎水性相互作用」
と呼んでいることもある。

本来「疎水性」と呼ぶべき現象は、ほぼエントロピー的な効果(いわゆる
「疎水性水和」によるエントロピーロスとか)によるもので、量子化学的に
扱うのは難しい。

780 :あるケミストさん:04/04/10 00:38
あらら、かぶった。
>>779が回答になっていれば幸いだが。

781 :あるケミストさん:04/04/10 02:09
>>777
「π電子で覆われており」が間違ってるんじゃなくて、「疎水性が
あります」が間違ってるんだよ。π電子が疎水性残基のCHやπ
と相互作用するだけのことで、尿素自身が疎水性の強い分子だという
わけではない。今回ばかりは>>778は間違っていない。
>>759の引用先の著者は、疎水性残基と相互作用することを疎水性と
勘違いしているんだよ。

782 :あるケミストさん:04/04/10 02:52
だけど >>778 は MD や MC を根拠にしているところがちとイタイな。

ついでだが >>772-773 は詭弁。立場的な弱者→強者の場合ならともかく、
この場合には態度の悪い相手を直接諭せば済むこと。敢えて言うならば
むしろこの人を晒すことがあの様な書込みを抑止することになる。

783 :あるケミストさん:04/04/10 02:54
だから、スレ違いにいちいち反応すな。

784 :あるケミストさん:04/04/10 03:11
いや、釘刺しといた方が良いだろう。ところで、
>エントロピー的な効果
って上にあるけど、この言い方どうもしっくり来ない。
エントロピー的には損するのだから。

785 :あるケミストさん:04/04/10 03:21
>>784
そうだな、「エントロピーの寄与」のほうが良かったかな。ご指摘のとおり、
「利得を増やす」というよりは「損失を減らす」方向だしな。

しかしスレ違いはほっとこうよ。何人もが何度も釘刺して、それが全部ムダになってんだから。

786 :あるケミストさん:04/04/10 03:31
>>748
荒らしは放置が基本。放置できない奴も荒らし。
荒らしは反応されるのを楽しんでるんだから、放置が一番。
どんなに荒らされても放置を徹底。
じき拗ねていなくなるから、
それまでは 2ch ブラウザ使って
ローカルアボーンで無視してればいい。
その痕跡があまりにも酷いなら、いなくなった後削除依頼。

787 :あるケミストさん:04/04/10 03:42
ということは >>786 も荒らしの一種ということだな?

ところで疎水相互作用は疎水基ー水のコンタクトを減らして水ー水の利得を
損なわないということで、エントロピーは寄与しないと思うのだが。

788 :あるケミストさん:04/04/10 11:28
まあここにたむろしてる学部生や量子化学の院生PD(時には教員さえも)が熱力学に
弱いのは仕方ないな。一番遊び惚けている時期にカリキュラムされてる。かくいう折れ
も授業しながら勉強し直したクチだから他人のこと胃炎が(w

789 :あるケミストさん:04/04/10 15:53
じゃあ皆でシュレディンガー音頭でも踊るか・・・(違

790 :あるケミストさん:04/04/10 16:18
ttp://schrodinger.haun.org/

791 :あるケミストさん:04/04/10 17:49
>>787
いや、エントロピー的なことを考えないとすると、疎水性水和によって
エネルギー的には利得を得る。しかし疎水性水和を行うためには水が
秩序立った行動を取らないとならないので、エントロピー的に損をする。

ということだったと思うのだが。イスラエルアチヴィリの「分子間力と
表面力」にあったような気がするが、ちょっと今はわからない。

792 :あるケミストさん:04/04/10 23:58
タンパクでも疎水性ざんきのコアが露出すると、
水の氷状構造ができ、エントロピー減少すると言われている。

793 :あるケミストさん:04/04/11 00:28
>>792 面白いね。ソースはあるの?

794 :あるケミストさん:04/04/11 16:07
>> 791
787さんもちゃんと理解してる。言葉の問題の指摘。
“エントロピーが寄与しない”=“エントロピー的に損する”=“エンタルピー主導”
“エントロピーが寄与する”=“エントロピー的な効果”=“エントロピー主導”

あと蛇足だが、こんな表現はいかが?
エンタルピーとしては、水−水の方が疎水基−水より利得が大きい。
なので温度を下げるとエンタルピー主導で水−水を増やし、水−疎水基を減らす。
温度を上げると、エントロピーの効果で乱雑さが増え、水−疎水基が増える。

795 :719:04/04/11 18:04
#あまりに流れが早くて、ついていけないのですが…。亀で申し訳ない。

721さんの指摘は私も同意。 #こういう問題がシビアなんですよね。
計算できても倍精度の誤差がChemical accuracyを超えるのは簡単に想像できる。
それに対して、“ぶった切る”ことは一度に扱う系を小さくするので、一つの回答。
計算精度を4倍精度にするのも(もっとも素直な)回答の一つ。

また、“ぶった切る”ことにより、行列の次元を減らすとSCFの収束性の問題も解決。
#大規模系ではSCFの収束性(これも精度落ち関連だが)も結構問題だと思うんだけど。


728さんの指摘ももっとも。
Gaussianに入ることが、化学で認められたという意味になりつつあるからねぇ。
FMOなんかもGamessに入るらしいけど、GaussianがLindaと組んでいるうちは、
Gaussianには入らんだろう。

796 :あるケミストさん:04/04/11 18:55
ポインタは >>721 >>728 のようにして頂けるとありがたい。
ところで Linda とは? あとGamessにはEffective Fragment Potential
が既に入っているのだが、KさんのFMOもオプションとして入るということ?

797 :719:04/04/11 19:37
ポインタの件、ご指摘ありがとうございます。

LindaとはGaussianが使う並列実行ライブラリーです。大規模並列化には向かない。
#他にもthread parallelも可能なようだが。

GamessのEFPは、私は溶媒分子を取り扱っている論文しか見たことがないので、
FMOとは共存可能と認識してました。

KさんのFMOは既にGamessバージョンがあって、Naregiで活躍するとかの噂です。
Mikeの本家Gamessには、production runが終わってから合併と言っていたような。

798 :あるケミストさん:04/04/11 20:29
EFPとFMOは、全然別物では?

799 :719:04/04/11 20:33
>>798
はい。なのでGamessにFMOとEFPが共存しても問題ないと思ってます。

800 :あるケミストさん:04/04/11 21:20
>>794
逆、じゃないかな。
エンタルピー的には水-疎水基が水-水より劣るということはない
(水素結合の本数では水-疎水基のほうが多くなるらしい)。
しかしエントロピー的に劣るので、温度を上げると水-水のほうが増える。
そんなに自信があるわけではないので、間違ってたらごめんだけど。

801 :あるケミストさん:04/04/11 21:39
このテーマはいつまでも考える価値ないよ。
いまわからなくても、自然とわかるから。



802 :あるケミストさん:04/04/11 22:24
マシンパワーが上がるだけで随分違うってのはあるね。

803 :あるケミストさん:04/04/11 22:41
タンパク疎水ざんきが露出したらどうなるかについては
アイゼンバーグらの「生命科学のための物理化学」で少し触れてあったが、
永山國昭先生編の水と生命(だったか)by共立出版にも
最近の理解が述べられていることだろう。

804 :あるケミストさん :04/04/11 22:46
759,777です。
遅れましたがみなさん、
質問に答えて頂きありがとうございました。
勉強なりました。

805 :あるケミストさん:04/04/11 23:06
>>798
そうなんだ。似た様なもんだと思っていたよ。あとGAMESSのEFPを蛋白質に
応用した論文があったはず。ただし現行の配布バージョンでは水以外使えない
のではないかな。

806 :あるケミストさん :04/04/12 15:16
京大出て、教授している人が間違っているとか言われると
お馬鹿な学生は何を信じればよいのでしょうか・・・

807 :あるケミストさん:04/04/12 16:42
自分の判断を信じるしかない。

808 :あるケミストさん:04/04/12 19:36
ありふれ過ぎていて悩みにもならんな。
そもそも学問とは信じるものではないしな。

809 :あるケミストさん:04/04/12 21:16
審査員の意見がいい例です。
最近、3回続けて意見が割れてます(そのままacceptとreject)。
しかたないことですが、だれか原因教えて下さい。




810 :あるケミストさん:04/04/12 21:32
レフェリーがライバルだった場合は
難癖つけてリジェクトなんてこともあるらしい。

811 :あるケミストさん:04/04/13 00:02
「こともある」どころかそんなのばっかしだろう。
ジェラシーに満ちたレフェリーレポートが来る様になったら一人前だな。

812 :あるケミストさん:04/04/13 06:36
まともにレフェリーできるのはライバルだけだが、
ライバルがまともにレフェリーしてやるかどうかは分からない。
何か、構造的欠陥を感じるね。

813 :あるケミストさん:04/04/13 09:37
折れがレフェリー依頼されるのはライバルでも何でもない香具師が多い。
純粋にその雑誌のレベルが落ちると嫌だからリジェクトするということが多いよ。

814 :あるケミストさん:04/04/14 18:55
全然知らないフランス人に「JPCのレフェリーになってくれ」とメールで頼まれたけど、
そういう方法て普通なんですか?
レフェリーは匿名なはずなのに。

815 :あるケミストさん:04/04/14 21:30
ACS の雑誌ではレフェリー候補を数名挙げることが奨励されている。
それらに依頼するとは限らないが似た分野の人を選びやすくなる。
折れも雑誌ではなく研究費の審査員になってくれとフランス人からメール
が来たことがある。結局来なかったけど。まさか同じ香具師じゃなかろうなw


816 :あるケミストさん:04/04/14 21:31
>>814
日本プロレス倶楽部からじゃねーのか?

817 :あるケミストさん:04/04/14 21:41
そういうオチだったのか。釣られてしまった。_| ̄|○

818 :あるケミストさん:04/04/14 22:15
んなわきゃーない

819 :814:04/04/14 23:52
>>816

本当の話です。
その後で、ACSから審査依頼がきました。
結局、かなり甘く審査してしまった。(JPC-Aに出版済み)
だいぶたってから、フランスの女にしてやられたとわかりました。

その後も何度もフランス人に狡猾なことされたので、
フランス人には用心することにしてます。


820 :あるケミストさん:04/04/15 09:41
Gaussianで最適化計算をしているのですが、
次のステップでのSCF Doneのエネルギー値が前ステップでのものよりも
高くなっていました。

このまま計算を続けてもいいでしょうか?それとも、何かキーワードを
入力して、やり直すべきなのでしょうか?

821 :あるケミストさん:04/04/15 21:52
>>820
opt=calcallで逝け。


822 :あるケミストさん:04/04/16 06:21
少しくらい振動してもいいんじゃないの?

823 :あるケミストさん:04/04/16 06:22
まさか MP2 で最適化しているのに HF エネルギーを見ていたとかいうオチじゃ
なかろうな。

824 :あるケミストさん:04/04/16 14:15
>>820
>>823の言っているような場合を除き、状況次第です。
順調にエネルギーが下がっていたのに、いきなりあがった場合は>>821の言うとおりしばらく待ちましょう。
これはHessianの精度が悪いためで、そのうち元に戻ります。
一方、同じようなエネルギーで十数回も振動しているような場合、>>822の言うとおりopt=calcallやopt=calcfcでやる方が一般的に能率的です。


825 :あるケミストさん:04/04/17 01:09
近頃はなんでも、

#p mp2/6-311++G** nosymm opt=calcall scf=qc

で最適化計算をはじめているよ。一週間もすれば解がでてくる。ホント、CPUの発達はすごいもんだ。


826 :820:04/04/17 09:49
>>823
SCF Doneの所にあるエネルギー値を見たのですが…

>>824
十数回も振動しているのではないので、もう少し様子をみることにします

827 :あるケミストさん:04/04/17 15:55
>>826
手法が分かんないとそれでいいのか分かんないよ。 > Done

828 :826:04/04/17 17:37
>>827
計算は LSDA/STO-3G で行いました。

もしかして、B3LYP,HF,MP2など、計算方法によって
見るべきエネルギーの場所は違うのですか?私はどんな計算の時でも
SCF Done=… の所を見ればよいと思っていたのですが

829 :あるケミストさん:04/04/17 18:09
DFT なら問題ないけど、MP や CI は見るとこ別。
"SCF" Done って書いてあることの意味を考えてみれ。

ttp://webs.wofford.edu/whisnantdm/shortcl2o4/Output.htm

830 :あるケミストさん:04/04/17 19:27
>>828
あとは計算している分子のサイズ。400原子&2000AOだと、
状況はかなり違う。一方、10原子&50AOなら、calcall。

831 :あるケミストさん:04/04/18 01:58
バクかも

832 :あるケミストさん:04/04/18 02:09
何でもバグのせいにするなー。

バグのときもあるけどな。

833 :あるケミストさん:04/04/18 03:25
そうだね。

前に、Gaussianで変な結果でたから、ちょっとそう思いました。
B3LYP/aug-cc-pVXZ//B3LYP/aug-cc-pVDZ (X=D,T,Q,5,6)の計算をしたとき、
X=6のエネルギーが、X=5よりも悪かったです。

よくわかりませんが、他のプログラム(GAMESSなど)は使えないの?

834 :あるケミストさん:04/04/18 08:35
何 だ。 D F T じ ゃ な い か !

835 :あるケミストさん:04/04/18 08:52
複数の条件を試してみて、
エネルギーが下がった方がより正しいってのは、
DFT では通用しない。
Full CI よりエネルギー低いこともあるし。

836 :あるケミストさん:04/04/18 17:00
>>833

cc-pV5Zの張る空間は、cc-pV6Zの張る空間の部分空間なわけではないので、
プログラムが正しくてもあり得ることだね。非常に稀だけど。
計算経験は豊富じゃないけど、同じようなことがこれまでRHFで2回、
DFTで1回あったよ。

837 :あるケミストさん:04/04/18 18:11
>>836

そうなんですか。

基底関数が大きいほどエネルギーが下がると思ってました。

838 :あるケミストさん:04/04/18 19:15
ガウシアン98を使って電子密度をcubeファイルに出力したのですが、
電子密度の単位は何でしょうか?
長さの原子単位がボーアということは、1/(1Bohr)^3 でしょうか?

数値的には、各原子の中心付近では10の0乗のオーダーの数値で、
最近接2原子の中間領域では10の-2乗のオーダーの数値が出ています。

それから、cubeキーワードのオプションの中でどれが電子密度を得るのに
適したものかよくわからなかったので、とりあえずcube=densityと書いて
みました。
使い方はこれでいいのでしょうか?


839 :あるケミストさん:04/04/18 20:19
>電子密度の単位は何でしょうか?
>長さの原子単位がボーアということは、1/(1Bohr)^3 でしょうか?
原子単位ってのは本当のところ無次元なんだけど、
普通の単位に変換するときに 1/a0^3 をかければいいってのは正しい。
(a0 は Bohr 半径)

840 :あるケミストさん:04/04/19 14:17
日本コンピュータ化学会と理論化学討論会はどうちがうのでしょうか?

841 :あるケミストさん:04/04/19 19:01
行くなら、もちろん。。。

842 :あるケミストさん:04/04/19 20:22
Sanibel?

843 :あるケミストさん:04/04/19 20:48
わかったw

844 :あるケミストさん:04/04/20 12:01
>>841
発表申込締切は、日本コンピュータ化学会が2月13日、
理論化学討論会が4月3日でどちらも締め切ってるよ。
#参加なら当日登録でOKだが。

845 :あるケミストさん:04/04/20 13:47
料金は?

846 :あるケミストさん:04/04/20 14:15
そんくらい調べりゃわかる。
ttp://nabit02.sh2.adsm.hiroshima-u.ac.jp/theoret8/
ttp://www.sccj.net/event/nenkai/2004sp/nenkai2004sp.htm

847 :あるケミストさん:04/04/20 15:10
1万円(1万2千円)はちょっと高すぎる。
創設されたころ行ったら、受付の人がただで要旨集くれた。
もちろん、「見学してもいいですよ」て言われた。
やっぱり、O先生のされる事は、他の人たちと違うと思った。
学生のころ、MOPAC(QCPE)を無料でコピーして送って下さった。
論文のAcknowledgementに先生の名が良く載ってました。
「今どうされてるのかな」と少し思いました。
いまどき、他人に奉仕する人なんてほとんどいない。
それどころか、他人をうまく(大儀名文などで)食い物にしてる連中がほとんどです。
金儲けに走ってる学会などのあさましさ。
元の奉仕の気持ちでされてた頃がなつかしい。





848 :あるケミストさん:04/04/20 15:27
会場代や印刷代はどうするんだよ。

849 :あるケミストさん:04/04/20 15:41
前は1000円でした。

850 :あるケミストさん:04/04/20 15:57
前、某学会にプログラムを無料で提供しました。
そしたら、それを5000円で希望者に売ってました。
「管理費が必要のため」という大儀名文が会報に書いてありました。
しかし、おかしすぎる。
5000円X(売れた本数)−(雑費)= 会の収入
その収入どこに消えたのか?
おまけにもっと驚いたのは、購入者の評価というのを送ってきた事です。
名前は忘れましたが、千葉大の方からの点数表を見て唖然として言葉を失いました。
5点満点で、2や3ばかりでした。
私は、プログラムに点数付けてもらうために無料奉仕したのではない!!!
それから、その学会見捨てていくようになりました。
あまり寝ぼけた運営したから、JCPEに吸収されたけど。
合併してから、腐ったみたいです。



851 :あるケミストさん:04/04/20 16:05
世間に見捨てられた学会は、消えるしかないのかもしれない。
あるいは、内輪だけで細々と恥さらして存在していくのだろう。

なんでこんな学会になってしまったのか。
嘆かわしいが、見捨てるしかない。

852 :あるケミストさん:04/04/20 16:49
>>850
>私は、プログラムに点数付けてもらうために無料奉仕したのではない!!!
だったら点数なんて無視しておけばよいと思われる。点数を参考にプログラムを
改善したいと思う人のみが点数を見れば良い。何か不利益を被った訳じゃないでしょ?
まあでも無料提供されたソフトを5千円で売るとはひどいね。何本売れたんだか
知らないけど。

853 :あるケミストさん:04/04/20 17:30
LANL2DZの指定で、例えば

O H 0
3-21G
****
Fe 0
LANL2DZ
****      の後に、1改行して

Fe 0
LANL2DZ
****


//       とするように言われたのですが、
        マニュアルとかにはそんな風な形式にはなっていません
        最後に指定した原子と基底関数のセットは、もう一度
        入力しないといけないのですか?

854 :あるケミストさん:04/04/20 17:37
>>852

>だったら点数なんて無視しておけばよいと思われる。点数を参考にプログラムを
改善したいと思う人のみが点数を見れば良い。何か不利益を被った訳じゃないでしょ?

たしかに、大きな気持ちの人ならそうできるかもしれません。
しかし、根本的に相手の気持ちがわからなすぎる無神経なやり方に腹が立つのです。
1.提供前に点数付けるなんて聞いてない。
2.なにもプログラムを改善するために提供したのではない。
「プログラム年鑑にプログラムが集まらない」と会報に書いてあったから、
学生のとき作ったプログラムを提供しただけ。
3.5000円で売るなんて後で会報読み直してわかった。

そういう話だったら、提供しませんでした。
それ以降プログラム年鑑用のアンケートが送られてきても無視しました。
それでもYさんたちは無断当用してました。

それと、点数付けて送った人の無神経さも不愉快です。
5000円も出して購入したプログラムが役にたたなかったことはわかります。
しかし、私も同じような思いしましたが点数なんかつけなかったし、
「役に立たない」なんて書かずにおきました。
別に点数やコメントは付けたい人だけが、付ければいいことになってましたから。

だれでも思う事は、ほとんど同じではないでしょうか?
もう少し相手のことを考えてほしい。
  


855 :あるケミストさん:04/04/20 17:48
何か食べさせてくださいというから料理をわざわざ作ってやった。
そして、食べてからまずいといわれた気分か?w

856 :あるケミストさん:04/04/20 17:58
>>853

参考にして下さい。19−22はpseudo=readのため必要。

3 #P MP2/GEN pseudo=read opt=calcfc freq density=current pop=npa
4
5 I-W
6
7 -1 1
8 I 0 0.646920 0.057789 0.311451
9 1 0 -1.544355 0.071991 -0.614793
10 8 0 -2.370886 -0.140032 -1.097448
11 1 0 -2.130768 -0.974344 -1.506423
12
13 I 0
14 CEP-121G
15 ****
16 O H 0
17 6-311++G(d,p)
18 ****
19
20 I 0
21 CEP-121G
22

857 :853:04/04/20 19:15
>>856
ありがとうございます。参考にさせてもらいます

ところで、pseudo=read はどういう意味を持つのでしょうか?

858 :あるケミストさん:04/04/20 19:37
>>857

Gaussian 98のマニュアルに次のように書いてあります。

Read pseudo-potential data from the input stream (この場合、19-21行目)

要するに、core electronのためのECP(この場合、CEP-121G)を入力(19−21行目)から読み取ることを指定してます。
またわからないことがあれば聞いてください。


859 :あるケミストさん:04/04/20 19:38
なんで、原子核が正で電子が負なのにくっついてないんですか?

遠心力=引力 となる位置で軌道を廻る。と言われたけれどいまいち納得できません。

860 :あるケミストさん:04/04/20 22:50
>>859
釣りはもういいよ。


861 :あるケミストさん:04/04/21 01:30
>>859

すり鉢の縁をぐるぐる回るパチンコ玉の場合、摩擦があるから
パチンコ玉は必ずやがてすり鉢の底に落ちます。
それに対し、原子核の周りを回る電子には摩擦力に相当するものが
存在しないので、いつまでも回り続けられると思います。
いかがでしょうか。

862 :あるケミストさん:04/04/21 01:34
初心者でもわかる量子論なんかでもよみな

863 :あるケミストさん:04/04/21 01:36
いまさら、なぜ1+1=2なのかのような質問うざい。

864 :あるケミストさん:04/04/21 05:52
>>859
不確定性があるから、くっついた状態でとどまれないんだよ。
遠心力=引力の説明は間違ってるから気にするな。

865 :あるケミストさん:04/04/21 08:10
>>864

間違ってはいないでしょう。

866 :あるケミストさん:04/04/21 13:51
>>865
遠心力=引力と波が打ち消されないという
単純なモデルから Bohr 半径出してるけど、
あれは量子数0を考慮せず
1から始めてるという変なことをやっている。
このモデルの本当の基底状態は量子数0の時であって、
その時の半径は0、つまりくっついちゃってるわけだ。
古典モデルで説明付いたら、量子論なんかいらんってこった。

867 :857:04/04/21 15:48
>>858
理解する事ができました。ありがとうございました。
(m--m)

868 :あるケミストさん:04/04/21 23:23
>>842

正直、Sanibelも(journalのIJQCも)落ち目のところをLowdinの死にとどめを
さされた感があるんだが。どうよ?



869 :あるケミストさん:04/04/22 00:56
>861
その考え方はだめ。
古典的電磁気学で考えると電子が回転運動(加速度運動)すると電磁波を放出して
運動エネルギーを失うから摩擦があるのと同じことになってしまう。

870 :あるケミストさん:04/04/22 08:01
そもそも「原子核と電子がくっつく」という考え方は、原子核や電子が
粒子だという暗黙の前提に基づいていると思うよ。
まずそこから考え直そう。

871 :あるケミストさん:04/04/22 10:25
「古典」粒子な。

872 :あるケミストさん:04/04/22 15:52
>>870

しかし、エネルギーの高いところから低いところに粒子が動こうとする
ことは、古典/量子問わずに成り立つことではないの?

873 :あるケミストさん:04/04/22 16:02
>>872
波動関数を思い浮かべてたら「くっつく」という言葉は普通使わない、
ということじゃないの?

874 :あるケミストさん:04/04/22 18:58
>>872
言葉が足りなかった。スマソ。
>>872の指摘通りで、「くっつく」という言葉には「粒子がどこか一箇所に
確実に存在している」というニュアンスがあるし、>>859の表現もそれっぽいな、と思ったので。

875 :あるケミストさん:04/04/23 03:25
非相対論的量子力学(場の理論でなく)の範囲で考えているからだろうな。

876 :あるケミストさん:04/04/23 05:31
何に対するどういうレス?

877 :あるケミストさん:04/04/23 23:07
>>846

あまりのおそまつな発表にあきれたよ。
これでよく、金取るね(5千円ー1万2千円)。
無料でも東京近辺以外の人は来ないよ。

大阪に無料の研究会館あるけど、見学者数人いればいいほだよ。
遠足の時だけ、混むけどね。
ただ、無料で静寂なところで特製の椅子でリラックスできるのは最高な気分。


878 :あるケミストさん:04/04/23 23:11
>>876

珍妙なだけ。
くるくるぱーがわけわからんこというてるだけ。


879 :867:04/04/24 09:33
>>858
中心金属にLANL2DZ,その他の原子(OやH)にいろいろな基底関数を
使って計算してみました。すると、OやHにSTO-3Gを用いると、中心金属の電荷が
負になっていました。(それ以外の場合はどれも正)

こういうことって、あるんですか?

880 :あるケミストさん:04/04/24 10:28
いかにもありそうだな。そんな微妙な量を計算するのに Double zeta と STO-3G を
混在させてはだめだな。

881 :879:04/04/24 11:10
>>880
OやHに3-21Gや6-31G(d)を用いた場合は、ちゃんと
中心金属の電荷は正になっていたのですが・・・

やはり、基底関数を混在させる時は、その組み合わせをよく考えないと
ダメなんですね(汗)

882 :あるケミストさん:04/04/24 16:41
>>881
LANL2DZ の方が STO-3G よりも極端に表現力が大きいから、
LANL2DZ の方に電子が多く分布しやすくなる。
多分、逆に O や H に aug-cc-pVQZ とか使うと、
中心金属の電荷が大きく正になるんじゃないかな?

既定関数を混在させるときは、
大体近い表現力の既定関数同士を混ぜないといけないよ。

883 :881:04/04/24 16:55
>>882
STO-3Gは実在する軌道だけを考慮する関数だから、LANL2DZの方が
表現力は大きいですね。言われてみれば、LANL2DZの方に電子が
多く分布するのも納得です。

ありがとうございました。

884 :あるケミストさん:04/04/24 18:20
>>883
金属の種類は何?


885 :あるケミストさん:04/04/24 18:34
>>883
実在する軌道じゃなくて、最小限の軌道。
Gauss 関数使ってるから原子軌道としても正確じゃないし、
分子においては外場(核電荷による場)が原子の時とは違うので、
なおさら表現力が足りなくなる。

886 :あるケミストさん:04/04/24 19:20
Gaussianだと金属原子でまともに使える基底系LANL2DZしかないかならな・・・。



887 :883:04/04/26 10:25
>>884
CrとかFeとかです。

OやHの基底関数をSTO-3G,3-21G,6-31G(d)として計算したところ、
かなり大きな電荷のバラつきがありました。基底関数の組み合わせを考え
ているのですが、何を基準にすればいいのでしょうか?

888 :あるケミストさん:04/04/26 10:51
>>887
先ず、STO-3G は定性的にも間違った結果を出すことが多いので避ける。
STO-3G 使って計算しても信用してもらえない。
LANL2DZ は名前通り DZ なので、O や H も DZ で十分だろう。
4-31G と 6-31G は大きく変わんないこともあるけど、
3-21G は流石に poor 過ぎると思う。

あとは diffuse や polarize を含めるかどうかだ。
電荷が O に流れるようなので diffuse はあった方がいいと思う。
電荷が多くなると電子の反発が大きくなり、電子は広がろうとするからね。
polarize は分子の形によっては必要になるかもしれない。
このあたりは実際に計算してみて、基底関数依存性を見てみた方がいいと思う。

889 :あるケミストさん:04/04/26 13:19
こういう化合物を計算した事ないのでよくわかりませんが、
私だったら、次のように進めます。

1.似た化合物の論文をQCLDB IIで探す。
2.でてきた論文のうち、最近の論文で使われてる方法を参考にする。
3.もし、基底関数依存性やレベル(HF,DFT,MP2など)による影響に関する論文
  があれば、よく読んでみる。
4.できたら現在のstandardな方法を使う事。
  昔はstandardでも現在では論外な方法を使うと最悪です。
  論文に投稿したら、必ず審査員は方法が現在のレベルを満たしているかを重視します。
5.ちょっと余談になりますが、この前読んだ本では、
  編集者や審査員は論文を落とす事が仕事て書いてありました。
  論文が山のようにくるからだそうです。
6.もし論文に投稿されるつもりでされてるのなら、基底関数とレベルを慎重に選ぶことが絶対条件です。

890 :あるケミストさん:04/04/26 17:38
>>883

ちょっとよくわからないんだが、LanL2DZ指定でのデフォルトの組み合わせである
D95Vを使わずに、何でSTO-3Gや3-21Gとの組み合わせを調べてるの?

891 :あるケミストさん:04/04/27 00:32
電荷はオブザーバブルでないから、あまりむきになる価値ないかもしれませんよ。


892 :あるケミストさん:04/04/27 05:02
ポカーン

893 :883:04/04/27 09:35
>>890
>デフォルトの組み合わせであるD95Vを使わずに…
 LANL2DZのデフォルトの組み合わせはD95Vだったのですか?
 金属以外の原子もLANL2DZ指定のように、何らかの基底関数を同じように
 指定しないといけないと思い、STO-3Gなどを使っていたのです

 ということは、
    O H 0              O H 0
   ****      →→→→     **** 
   STO-3G      D95V

 として計算するのが一般的と考えたらよいのですか?      


894 :883:04/04/27 09:36
すみません、893のD95Vの位置とかがズレちゃって
いました

895 :890:04/04/27 12:03
>>893

そんなことしなくても、Genの代わりにLanL2DZと書けば、第一周期元素
には勝手にD95Vを置いてくれる。あと、分極を足したいならExtraBasis
を使うとか。マニュアル読むべし。

www.gaussian.com/g_ur/g03mantop.htm



896 :あるケミストさん:04/04/28 14:23
LanL2DZを使っています。
S原子に分極関数を加えたいのですが、どうしたらよいか
どなたか教えてください。
http://www.gaussian.com/g_ur/g03mantop.htm
のExtraBasisをざっとみましたが、よくわかりませんでした。

897 :あるケミストさん:04/04/28 14:51
>>896
例の教科書、嫁。


898 :あるケミストさん:04/04/28 15:40
>>897

ガウシアン社の発行している日本語のやつ?
「電子構造論による化学の探求」の第二版があるけれど。

899 :890:04/04/28 21:59
>>896

こんな感じ。
# RHF/LanL2DZ ExtraBasis

H2S

0 1
S
H 1 1.33
H 1 1.33 2 94.

S 0
D 1 1.00
0.496000000 1.00000000
****



900 :あるケミストさん:04/04/28 22:25
?

901 :あるケミストさん:04/04/28 22:33
すこし、甘えすぎ。
自分のことは自分で解決できないようでは、研究者になる資格なし。

心構え

誰にも頼らず。
そのかわり、他人に頼られても必ず断る事。

902 :あるケミストさん:04/04/28 23:15
>>901

67 :あるケミストさん :03/12/18 15:20
Q&Aを作る利点は、初学者が無駄に悩まなくていいということだね。

おまえらも悩め、ハマれ、それで成長するんだっていうなら
そんなものいらないけど、考えてみるとノウハウを得るために
無駄に時間を棄てていたってことない?
本やすぐにアドバイスをくれる先輩がいれば、どれだけはかどった
ことかと・・・


903 :901:04/04/28 23:43
>>902

何が言いたいのかよくわからない。

私も、かつてつまらない事をすぐに人に聞いていました。
だけど、今から考えると、必死になれば自分で解決できる事をすぐに人に聞いていただけです。
私が力が付きだしたのは、他人に頼るのはやめて、
何事も自力で必死に解決しようと決めたときからです。

くだらない事ばかりたびたび聞かれる人かて迷惑なんですよ。
口には出さないけど。

世間にでたら、誰も助けてくれないと思ったほうがいいです。
世間にでればみなお互いライバルです。
誰も教えてくれません。
もちろん、こちらも教えなくていい。

904 :あるケミストさん:04/04/29 00:00
Gaussianのインプットくらいのことで、研究者の資格とか心構えとか世間
に出たらとか説教するものどうかと・・・

905 :901:04/04/29 00:02
>>902

今、言われてる意味わかりました。
だけど、長い目で見ると自力で解決できない人は成長しません。
私も誰も教えてくれる人や本(HPも含めて)がないころ、
GENを使わざるおえないときがありました。そのころは、もっとGENはややこしかったです。
そのとき、まさに崖っぷちに立った気分でした。果たしてできるのだろうか。
だけど、論文を読み基底関数を入力できました。そして、新しい事を解決できる能力が少し付いたのです。
もちろん、自信と満足感を得る事ができました。

必死に考えてわかった知識は単なる知識よりもっと大きな価値があります。
たとえ周り道でも、長い目で見ればそれでよかったと思えるようになりました。

906 :あるケミストさん:04/04/29 01:32
>>905
あげ足を取るようでわるいが、たとえば「使わざる-おえない」ではなく
「使わざるを-得ない」だ、というのは人に教わって恥をかいたほうが
覚えないかな? そもそも、間違っていることに自力で気付くことすら
困難じゃないかな。
自分で調べるんだという心意気はもちろん良い。しかし単純な言葉遣い
とか入力ファイルの書き方程度のことなら、人に聞いて覚えたほうが
効率的で、下手に試行錯誤するよりも身に付くんじゃないか?

907 :あるケミストさん:04/04/29 05:41
>>906

そうそう。
確かにいつの日か間違いに自分で気付く日が来ることは確かだけど、
しかし、それまでに費やす時間が無駄。
世の中、発見的学習の意義をやたらに強調する人がいるが、
「研究の最前線から程遠い事柄=周りの人は皆知っている事柄」は
恥をしのんでわかっている人に尋ねてしまったほうが早いと思う。
自分の知恵とエネルギーがなるべく未解決の問題に注がれるように
周りの人をうまく利用することは悪いことではないと思う。

そういう意味で、コミュニケーション能力が研究者としての成功の
鍵であると思う今日この頃。


908 :あるケミストさん:04/04/29 06:54
でも折れの指導凶漢もそうだったが今50代以上の理論化学の連中には
>>901 みたいなタイプが多いな。香具師らも上からそうされたのだろうが。
折れ的には >>907 に賛成だが、それは別に相手のためではなく、さっさと
結果を持って来て欲しいからだな。w

909 :908:04/04/29 06:57
ちなみに折れ自身はつまらん事で廻り道を沢山したクチだが、むしろそれに
よってつまらん事をさっさと片付けるコツを掴んだとも言えるかも知れない。

910 :あるケミストさん:04/04/29 08:03
俺は C を Trubo C++ のヘルプのみを使って勉強したんだが、
ずっとスパゲティだったんだ。
某 HP を見て初めて自分のプログラムのひどさを理解した。
やっぱバランスが大事ね。
全てを自分で再発見するのは無駄が多すぎる。

聞くべきところは聞く。
聞かざるべきところは聞かない。
うまくその境界を見極める力をつけるのが一番だと思う。

911 :あるケミストさん:04/04/29 10:13
まあ一般論はともかくとして、まず確実に言えるのは、ガウシアンの
インプットごときに苦労する価値は無いってことだろうな。

折れ的に一番価値無かったのは JCL の書き方だな(’禿藁

912 :あるケミストさん:04/04/29 10:29
>>906
これは本人の心がけ次第だな。

>>901,903のいうことももっともだし、>>902のいうことも賛同できる。

他人に聞くことは悪いことじゃない。最初に新しい分野をはじめたときは、
なんでもわからないことだらけだし。でも、なんでも聞くということは賛同
できない。

人から1、聞いたら、その後自分の力で10を知るくらいの気合いをもて。
そのあとまた人から1、聞いたら、その後は自分で20を調べろ。そうして
どんどん人に頼らずやっていけるやつは研究者向き。

先輩が研究室にいるなら、どんどんいろんな話を聞いておく方がよい。
ぜんぜん理解できなくても、耳学問で聞いたちょっとした話が、
そのあと引っかかっているときに思わぬ解決の手がかりになる。

今回の場合、>>897ですごいヒントがでているんだから、あとは
自分の力で解決して欲しかった。



913 :あるケミストさん:04/04/29 11:08
>>912

「教えると教えてもらわなければ何も出来ない人間になる」
という意見はしばしば耳にするけれど、あまり賛成できないですね。
なぜならば基本的なノウハウの数は有限だからです。
もし無限にあるならば話は別ですが。

基本的なノウハウを覚えて軌道に乗ってきたら、心配しなくても
一人で問題解決できますよ。
そこまでの基本的なノウハウの類は教えてもらったほうが早い。

今回の場合は、確かに「分極関数の追加の仕方」そのものは
本に載っています。
でも、係数と指数の具体的な数値は本には載っていないわけだしね。
本にはExampleしかない。
Exampleを見れば書き方はわかるが、書き込むべき具体的な数値
まではわからない。
ちなみに俺は以前、http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html
というホームページを先輩に教えてもらって、必要な係数と指数の
具体的な数値を手に入れたよ。


914 :あるケミストさん:04/04/29 11:37
分子量計算をするHPを見つけました。
携帯電話からも使えます。
結構、便利です。
http://molcal-web.hp.infoseek.co.jp/molcaltop.shtml

915 :あるケミストさん:04/04/29 12:02
>>903
> くだらない事ばかりたびたび聞かれる人かて迷惑なんですよ。
> 口には出さないけど。
そんならこのスレに来なければいいじゃん。
鏡に向かって己のパターナリズムを反省するといいよ。

916 :あるケミストさん:04/04/29 12:06
>>914
宣伝ご苦労。

917 :901:04/04/29 12:55
883の人、がんばって下さい。
書き込み見てると、かつての自分のスタイルと似ていて苦笑い。
きっと、「周囲にだれも教えてくれる人いないのでは」と想像してしまいました。
私も、量子化学を独学で勉強しました。

その人が置かれた環境で、何が最善なのかは異なるのかもしれません。
いろいろな人の意見を参考にして下さい。
私個人は、912の方の意見に賛成です。

2チャンネルの人は、いろいろ教えてくれます。
だけど、世間にでたらその厳しさと態度にたびたび?な気分にさせられました。
たとえば、IMSの某技官にGaussianのマニュアルの購入先を手紙でたずねましたが、
4回出しても返事なし。途中でIMSで出会ったときも、先生が「00先生ですか」
というおとぼけぶりです。「マニュアルはもう購入されましたか」と言われました。
それで、「マニュアル貸してください」というと、
そこに立って(技官室)このマニュアルのコピー読めと言われました。

世間に出てから、こういう経験はしばしばです。
質問、頼みごとしても、100人のうち97人は断るとわかりだしました。
ごく一部の奉仕の気持ちがある人だけが、引き受けてくれるだけです。

この話のつづきは、915の方の返答もかねて後でゆっくりします。
とにかく、883の人、がんばって下さい。


918 :あるケミストさん:04/04/29 14:48
>>917 この話のつづきは、915の方の返答もかねて後でゆっくりします。

俺は≠915だが聞きたくねえな。あんたの話、人のために書いてるようで
いて、結局いつも、過去にうけた仕打ちのうさばらししてるだけじゃん。

あれだけ暴れたんだから、しばらく静かにしてたら?言葉づかいが特徴的だ
からすぐわかるぞ。

919 :901:04/04/29 15:23
私が人に頼らないと決めた理由は、頼らない事が自分にとって1番得で、1番害がないからです。
それは、今までの長い経験でわかったからです。

質問や頼みごとなどしたときの世間(100人)の対応:
1.大部分の人(90人)は無視。返事なんか絶対出しません。結局、時間と金の無駄。
2.返事をくれたとしても、否定的なコメントなどがかいてあるだけ(5人)。
  そういう否定的なコメントは何も役に立たない。
  それどころか、ものすごいショックを受けるだけ(特に、若いときは)
  うそを真に受けるようなものです。
3.だますために会う約束する人(2人)。時間とお金と苦痛を受けるだけ。
  たとえば、(i)約束の時間にいったが待ち合わせの場所にいない。
  (ii)約束の時間に京大のG教授室にいったら、「何しにきた!!」と怒鳴られた。
いろいろ嫌な事聞かれただけで、お断り。うちには兵隊がおおくいるので。
  (iii)中間地点で会う事に岩石のようにこだわる。 
赤旗ホテルのロビーで学位のことを数分話すから、ホテル探し来いと言われたとき、おかしいと思った。
結局逢いにいったけど、また2ヶ月後に電話すると言われてそれっきり。
世も末と思った。信用してただけに。

ちょっと休憩  
  

920 :あるケミストさん:04/04/29 15:27
       へ
     /∧\
   / ,/  i; \
  / ,/   i;  \
<  /     i;   >
 \,i'      | /  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  i  ⌒    |"  / 世間が冷たいんなら
  |●_ ●   | < ここは人情があってもいいじゃねか この野郎♪
  () ▽  〇  |  \_
  /      |
  |     |,,/  |
 J|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|し
  |;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|
  |;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|

921 :918:04/04/29 15:30
>>

922 :918 and 920 :04/04/29 15:36
また本性むき出しになりましたね。

この際、いろいろ教えてやるよ。
ちょっと休憩してから。
ちょっとドライブ。
ただし、南はさけるよ。
演技悪いから。



923 :918 and 920 :04/04/29 15:42
       へ
     /∧\
   / ,/  i; \
  / ,/   i;  \
<  /     i;   >
 \,i'      | /  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  i  ⌒    |"  / 世間が冷たいんなら
  |●_ ●   | < ここは人をだますためにあってもいいじゃねか この野郎♪
  () ▽  〇  |  \_
  /      |
  |     |,,/  |
 J|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|し
  |;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|
  |;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|


924 :918 and 920 :04/04/29 15:49
君たちには、恩人のことは書かないよ。
それが97人以外の人たちです。

マジになって書き込みする連中じゃねーな。
たちわるーい。
めんどくさいから、後は書かないよー。

Take and Take and Poison Giveたちへ


925 :リアル918なんだが:04/04/29 15:50
>>922>923

頼むから騙らんでくれ。

926 :918 and 920 :04/04/29 15:54
それ、自分に言ってるのか。


927 :リアル918なんだが:04/04/29 16:04
       へ
     /∧\
   / ,/  i; \
  / ,/   i;  \
<  /     i;   >
 \,i'      | /  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  i  ⌒    |"  / 世間が冷たいんなら
  |●_ ●   | < ここは人をだますためにあってもいいじゃねか この野郎♪
  () ▽  〇  |  \_
  /      |
  |     |,,/  |
 J|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|し
  |;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|
  |;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|



928 :あるケミストさん:04/04/29 16:05
>>919

何かを尋ねる前にちゃんと良好な人間関係を築いておくのは常識です。
そして教わったらフォロウも忘れずに。
さすがに何の人間関係も存在しないあかの他人が親切にしてくれる
はずはありません。

929 :あるケミストさん:04/04/29 16:09
>>924

過去のも含めて、匿名掲示板において他人を特定可能な書き方で非難するこ
とは、「たちわるーい」ことじゃないのですか?

それから「名前:」欄くらい正しく記入したらどうですか?

930 :928:04/04/29 16:13
そんなせこいめんどくさい事せずに、
901の言われるように行動すればいいだけ。

同じことを違う表現してるだけ。

931 :あるケミストさん:04/04/29 16:13
>>927

だからやめてくれって。9・1・8


932 :928:04/04/29 16:20
なにお

933 :928:04/04/29 16:32
>>915

みんなが答えいうてる。

934 :あるケミストさん:04/04/29 16:36
>>928

時間と手間隙書けたら、岩にも田が作れるよね。


935 :あるケミストさん:04/04/29 16:42
そういうのを人を利用してるというんだぜ。


936 :あるケミストさん:04/04/29 17:18
次は北野武史の毒舌漫才だ。
お楽しみに。

937 :リアル918なんだが :04/04/29 17:39
       へ
     /∧\
   / ,/  i; \
  / ,/   i;  \
<  /     i;   >
 \,i'      | /  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  i  ⌒    |"  / 世間が冷たいから
  |●_ ●   | < 北野武史は万年技官じゃねのか この野郎♪
  () ▽  〇  |  \_
  /      |
  |     |,,/  |
 J|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|し
  |;;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|
  |;|;;|;;|;;|;;|;;|;;|;|




938 :883:04/04/29 19:00
久しぶりに覗いてみたり、スゴイことになっちゃってますね。
元々の原因は俺の質問にあるんですね・・・

確かに、俺はここだとGaussian使っている人が多いから、質問しました。
そこに甘えがあったことは自分でも、認めます。でも、俺も全く何もせずに
質問していたわけではありません。
量子化学のセンコウがLANL2DZの指定を教えるから、計算しとけと言われ
やったがメタルが負電荷になっており、マニュアル見てもそれとは全く
違っていたので、質問したんです

939 :883:04/04/29 19:08
続けて、すみません。ちなみに、私は896ではありません。
895さんが教えてくださったページを読み、自分で理解しました。

確かに、何でもかんでも人に聞くのはよくないことだと思っています。
私は以前、透過型電子顕微鏡を使っていました。引継ぎなどなく、簡易
マニュアルを見て、一人で体得しました。試料ホルダーを顕微鏡内部に入れて
しまい、かーなり怒られたりしましたが失敗によって凄く上達しました。
自分で試行錯誤するのは大事だと思います。

ただし、今回はどうしても分からなかったので、質問させてもらったんです。
今後は気をつけます。

940 :あるケミストさん:04/04/29 19:43
>>928
まったくごもっとも。人間関係はどこでも重要だよね。

だけど、コイツだけはなにも教えてないってやつはどこにでもいるよ。

教えても礼もいえないやつ。教えてもらって当たり前のような態度を取られるとさすがに
カチンとくるね。研究室の同期だけでなく、指導教官、研究室の先輩にもなめたような
態度をとるやつ。しゃべれば出てくるのはいつも人のけなし話、自分の自慢話なやつ。
人間的にそもそも根が腐っているやつ。

そういう輩がひとりでも研究室にいると雰囲気が悪くなるな。


941 :あるケミストさん:04/04/29 19:49
>>940
漏れが思っていたことを書きやがったな、この野郎。

確かに、そーいう奴がいると研究室が腐る。

942 :あるケミストさん:04/04/29 19:57
ひとはそれをDQNと言う


943 :あるケミストさん:04/04/29 21:01
それを940−942という。

944 :あるケミストさん:04/04/29 21:27
>>940-942

そういうのは0点者だから、考えるにもあたいしない。
人間関係云々より研究に励もう。
研究に励んでる人は人間的にもいい人が多い。
量子化学の研究者にとって研究がすべて。
24時間体制で研究に打ち込むべし。

945 :あるケミストさん:04/04/29 21:42
>>940-942

それ自分に向かっていえば正解。

アメリカの大学から教授候補の公募に応募してくれと言われた。
悔しかったら、それくらいになれ。
なにが人間関係だ。そんなものなくてもいい研究者は引き抜かれていくのだ。

2チャンネルでいろいろ話したけど、
煮ても焼いても食えないような奴らとしかいえない。
俺も883の人のような人にしか教えたくない。

おれが2チャンネルを見てるのは、世の中の悪い奴らを勉強するため。



946 :あるケミストさん:04/04/29 22:07
>>945
>アメリカの大学から教授候補の公募に応募してくれと言われた。
で、応募したのかい?

947 :あるケミストさん:04/04/29 22:20
Referenceが2、3名必要なはずなんだが?
人間関係がなくても書いてもらえるんかい?

948 :あるケミストさん:04/04/29 22:23
まあアメリカの大学って言ってもピンキリだからな。
日本人に応募してくれと頼むような所はむしろ行かない方が
いいような所だろうな。

949 :あるケミストさん:04/04/29 22:28
>>946-948

煮ても焼いても食えないような奴らとしかいえない。

950 :あるケミストさん:04/04/29 22:47
>>946-948

知ったかぶりの特徴まで勉強させてもらったよ。
ところで、なぜ、俺が高く評価させたと思う?


951 :あるケミストさん:04/04/29 23:58
妄想の激しい香具師だな。単に公募情報がメールで回ってきたという程度の話だろ?

952 :GTO:04/04/30 00:06
負け犬のとうぼえは終わりかね。
早く答えんか。
都合悪くなるとだんまりか。
それも全部悪い奴らの常套手段だけど。

たぶん、俺の書き個はこれが最後と思え。
自分で自分の道を開く気がない奴は、世間に埋没しろ!
楽する事ばかり考えるんじゃね!!
他人の足引っ張る事ばかりたくらむな!!!このぼけなすども



953 :GTO:04/04/30 00:12
>>951

あーでもない、こーでもない、結局なんでもない。
世間の馬鹿のしてることだよ。

俺、そろそろ研究に集中するよ。
今年は7つacceptさせるぞ。



954 :951:04/04/30 00:56
何だ。やはりそうだったのか。つまらんな。

955 :あるケミストさん:04/04/30 01:12
曰く、「過剰な自己の露出は、高い自己の評価とは裏腹に評価を受けない鬱積
した感情の表出である」と。

956 :GTO:04/04/30 01:21
>>951

You are right person for Full Professor.

>>955

はずれ。
風邪ひいたので、ちょっと休養してるだけ。
もちろん、馬鹿からかってw

957 :GTO:04/04/30 01:27
すまねー。
からかって。

おひまなーら、俺の論文探してごらん。
どっかの本に引用されてるかもよ。

俺のイニシャル当ててごらん。
当てたら、Associate Professorでやとてやるよ。

958 :GTO:04/04/30 01:30
ついでに分野を当ててごらん。
ヒント:00化学

959 :GTO:04/04/30 01:33
今、さんまが「あまりなめるなよ」と騒いでるぜ。
おれも、同じ気持ちだ。とっくの前から。

960 :GTO:04/04/30 01:50
まだかー

961 :GTO:04/04/30 01:55
手めーらの書いてる事見ると、
人を自分のレベルまで引き下げよーと必死になってるだけじゃーねのか。
このうすきたないハイエナ目。

あまりせこい事ばかりかんがえるんじゃーねー。
セコムしてもなにも人生あんぜんじゃねー。
少しは、ホンダやソニーの創始者のように命がけで勝負しろ。




962 :研究第一:04/04/30 02:23
おーい。
寝たのか?

悪ふざけは今日で終わりにするよ。
学位下さった先生が乱暴な言葉を使うのを嫌われてたので。

Bye

963 :あるケミストさん:04/04/30 03:05
そろそろ次スレの季節ですね。
...といっても、前スレ落としてないわけだけど。
そろそろ 980 まで埋めちゃって落としてもいいんでないかい?

964 :あるケミストさん:04/04/30 08:58
人間関係と研究は全く無関係なものだと考えている人がまだまだ
いるんですね。
確かに全てを自分で背負うという研究スタイルもあるでしょう。
昔の大天才の多くはそうです。みんな一匹狼タイプです。
しかし、いろんな人と情報交換しながら研究するという研究スタイル
もあります。
大天才までいかない大半の研究者にとっては後者の研究スタイルの
方が現実的です。同じ時間でより多くの成果が出ます。
そして、この研究スタイルの場合、人間関係が重要です。
人間関係といっても別にプライベートでベタベタするとかそういう
ものではないですよ。あくまでも研究における人間関係です。

実際に世の中の多くの論文は共著です。
ファーストオーサーである自分の名前のほかに、サポートして
くれた人の名前が後ろに入っているわけです。

では、どうやってサポートを得られる人間関係を築くか?
それこそがコミュニケーション能力です。
大天才でもないくせに一匹狼を気取っている人ときどき
見かけますが、正直に言ってイタイですね。
もちろん、一匹狼でちゃんと成果が出せるならそれでいいのですが。

965 :あるケミストさん:04/04/30 09:02
分野は違うけれど例えば小柴さんは明らかに一匹狼タイプでは
ないよね。
さまざまな人と協力しながらノーベル賞までとったのですから、
そういう研究スタイルを否定はできません。

966 :あるケミストさん:04/04/30 09:58
いつまでも話を続けるんじゃぁないよ。
この手の話は荒れるって相場が決まってるんだから。

967 :あるケミストさん:04/04/30 10:25
Gaussian98 と Gaussian03 では Bohr to Angstrom の定数が変わってるね。
0.529177249 だったのが 0.5291772083 になってる。
7桁は一緒だからそう気にするもんでもないと思うけど、
一応知っておくに越した事はないかと。

GAMESS(16 FEB 2002 (R4))では 0.52917724924 だから、Gaussian98 と近いね。
今の GAMESS も変わってるのかな?

968 :あるケミストさん:04/04/30 15:22
>>967

それは、Committee on Data for Science and Technologyが推奨する物
理定数の値が時々更新されるから。
G98は、CODATA1986を、G03は、CODATA1998を使っていると思われる。

気にしだすとエネルギー単位の変換定数なんかもそれに応じてあわせないと
いけないし、キリがないんでもう気にしないようにしてるよ。

969 :あるケミストさん:04/04/30 20:51
Genを使ってS,C,Hの各原子に6-31G*を、Au原子にLanL2DZを
割り当てたく思います。

ルートセクションにB3LYP/Genと指定し、分子指定の後に
空行を1行いれて、その後に次のように入れたのですが、
エラーメッセージが出ます。

S C H 0
6-31G*
****
Au 0
LanL2DZ
****

エラーメッセージは
There are 945 occupied orbitals but only 636 basis functions!
Error termination via Lnk1e in /work/linda/g98/l301.exe.
です。
どうもAu原子に割り当てたはずのLanL2DZの擬ポテンシャルを
読み込んでいないような気がするのですが(違うかもしれませんが)
間違いに気付いた方、是非教えてください。

970 :あるケミストさん:04/04/30 22:20
こういう質問はGaussian Inc.に直接聞くといいよ。返事は確実で丁寧。
普通は一日程度で返事が返ってくる。

http://www.gaussian.com/g_email/em_help.htm


971 :あるケミストさん:04/04/30 23:11
>>969

基底関数とECPは、genとpseudo=readを使って、両方読ませんとダメだよ。
>>856が書いてくれてるから読むがよろし。

972 :あるケミストさん:04/04/30 23:51
>>972

ありがとうございました。
ようやく動きました。

973 :あるケミストさん:04/05/01 05:47
>>968
( ・∀・)つ〃∩ へぇ〜 へぇ〜 へぇ〜 へぇ〜 へぇ〜
いい事知った。
まぁ、もうどうでもいい程度の誤差だと思うから気にしなくていいとは思うけど、
自分でソフトを作ったときの動作チェックには必要かもね。

CODATA2002 だと 0.5291772108(18) になってるね。
G03 なら間に合ったと思うんだけど、
それを言ったら G98 ももうちょい新しいのが使えたはずか。

974 :あるケミストさん:04/05/01 07:20
次スレ 量子化学の話題はこのスレで MP3

http://science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1083363576/

975 :あるケミストさん:04/05/01 10:35
>>974
乙。
しかしかつてはほとんど荒れなかったこのスレで「荒れそうになったら」と
書かなきゃならなくなったとはねえ。残念だ。

976 :あるケミストさん:04/05/02 18:27
>>975
それだけ覗くヤシが増えたからでしょ。
久しぶりに覗いたら、恐ろしいほどスレが伸びていて
驚いた。

パート2の>>1より

977 :あるケミストさん:04/05/02 22:17
というか、先にこっちを消化しようよ!

978 :あるケミストさん:04/05/02 22:57
>>977
前の件だけどさぁ
分子量計算をするHPを見つけました。
携帯電話からも使えます。
結構、便利です。
http://molcal-web.hp.infoseek.co.jp/

979 :あるケミストさん:04/05/02 23:00
>>977
ていうか、1さえも消化されてないよ。
しかもdat落ちもしてない。

980 :あるケミストさん:04/05/03 00:04
>>979
本当だ知らなかった。もういっそのこと量子化学の雑談は1と2で
やろうか?

981 :あるケミストさん:04/05/03 00:12
↑っとスレタイを見たら・・・もともとそうだったんだね。質問スレ
かと思っていた。

982 :あるケミストさん:04/05/03 13:59
消費あげ2!

983 :あるケミストさん:04/05/04 06:29
こちらでご協力いただけませんか?
http://news10.2ch.net/test/read.cgi/news2/1083474233/l50
劣化ウラン弾の調査

984 :あるケミストさん:04/05/04 10:53
>>983
何を?

985 :あるケミストさん:04/05/04 13:56
放っとけ。

986 :あるケミストさん:04/05/04 17:35
>>964

あなたの書いてる事は、世間の受け売りみたいです。
論理的矛盾がないようで、根本的な欠陥があります。

あなたは、自分のことをサポートしてほしい。
そのためだけに、相手を利用する事しか考えてない。
だけど、相手かて同じ事考えてます。
自分の仕事を手伝ってくれる奴いないかなって。
できたら、金払わずに、利用できる奴いないかな。
そんな人たちが、あなたのような人を利用することしか考えてない人をサポートしますか。

たぶん、あなたは学生でしょう。
サポートしてもらって当然のように思ってる。
じゃ、あんたは他人の研究のサポートする気あるの。
あるなら、まだいいけど。
だけど、今時の大部分の教授は、自分の仕事を無料で手伝ってくれる兵隊がほしいだけ。
「サポートしてほしいのは、俺のほうだ」といわれるよ。

あなたは、他人に何かしてもらう事しか考えてない。


987 :あるケミストさん:04/05/04 17:51
>>964

なんでも知ってるようなこと書いてるけど、
今の時代でも単著でなんぼでも論文書いてる人たくさんいます。
彼らは、なにも自分を大天才と思ってません。
環境(部下がいないとか、学生がいないとか、教養部所属だからとか)で、
単著で書かざるおえないだけです。
共著で書いてる人かて、単著で書く事はできます。
ただ、論文を多く出版してるようにみせかけるためにチームを組んでるだけです。
たとえば、4人でチーム組むで、研究の手伝いしてなくても名前のせることを約束する。
すると、みせかけ4倍の論文の数になります。
こういうせこいことが共著が増えた大きな原因です。
一人でできない分野はたしかにあります。
だけど、量子化学は一人でも研究できる分野です。


988 :あるケミストさん:04/05/04 22:22
>>940

学生が悪い奴でも影響なんかたかがしれてる。
教授が悪魔のような奴だったら、どういうことになるか知らないみたいだね。

俺の知ってるNA教授の部屋の助手(定員2名)は、いつも数年でやめていく。
最後には、助手が欠員のまま教授が助手の役も併任してたよ。数年間。
さすがにNAもたまらなくなり、外人(西ドイツやアメリカ)から人雇ってたよ。
この癌も定年でいなくなり、その講座ましになったけど。
俺なんか、廊下の椅子に座ってるだけで2回も怒られ、
その上、そのころの上司にまでクレーム言うたんだ。

もう一人、人を食い物にすることしか考えてないWA教授のことも書いとくよ。
人類のためとか、すぐ大儀名文をいうけど、だんだん食い物にしたいだけとわかりだす。
このデータ入力すれば、3人ほどに博士号だせるとみえみえのうそいう。(本当にうそでした)
部屋の者は、さんざんこき使われ疲労困憊。
WA教授のいじめなどで、部屋の雰囲気最悪。
講座に8人入ってきても、1ヶ月で4人いなくなったことが3回ほどあった。
今年、5人やめた。助手のポストも2名欠員。

それ以外にもたくさんとんでもない教授います。
「講座選ぶのなら、好きな科目よりも教授で選べ」と化学にも書いてあったよ。





989 :あるケミストさん:04/05/04 22:37
>>964

相手を利用したい者どうしはいずれ闘争になります。(戦争も同じ。奇麗事言っても)
周囲の者まで巻き込まれる事はしばしば。
そして、無益な争いでエネルギーを消耗して研究なんてまったくしない日が過ぎていく。

人間関係を築くことも大事かもしれないけど、
現実にみかけるのはごたごたのほうが多い。

俺の知ってる講座の教授も助教授もすぐ人を利用したがるタイプ。
教授は下のものをこき使いたがる。
助教授も下のものこき使いたがる。
そしたら、教授は助教授とけんかだ。みちゃおれん。

だから、俺は一人がいい。ごたごただけはたくさん。

990 :あるケミストさん:04/05/05 20:24
>>988

その話を聞く限り、最悪な環境だな。多少、同情するよ。

991 :あるケミストさん:04/05/06 06:06
>>988
疲労コンパイルする前にそーす書き換えておけよ

992 :あるケミストさん:04/05/06 17:39
転職先みつけたよw

993 :あるケミストさん:04/05/06 18:26
>>992
御目!

994 :あるケミストさん:04/05/06 18:53
格言

逃げるが勝ち。

王の早逃げ8手の得。

995 :あるケミストさん:04/05/06 21:54
>>993



996 :あるケミストさん:04/05/06 22:15
sage

997 :あるケミストさん:04/05/06 22:19
下げ個

998 :あるケミストさん:04/05/06 22:30
下げ満

999 :あるケミストさん:04/05/06 22:31
どんな本(量子化学)読んでるの。

1000 :あるケミストさん:04/05/06 22:33
1000ゲット!!!

1001 :1001:Over 1000 Thread
このスレッドは1000を超えました。
もう書けないので、新しいスレッドを立ててくださいです。。。

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