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最強の分子グラフィックスソフトはどれよ?

1 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 00:15
MOLMOL、molscript、VMD、勿論往年のrasmolなどいろいろと
ありますが、何を使ってます?自分の研究をよりよく見せる
ソフトについて語りませう。

2 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 00:19
vtk

3 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 00:34
ふだんの発表用はpdbview
先生が派手な絵を欲しそうなときはpovray

それよりモデリングに何使ってるのか、どのレベルのMD計算やってるのか気になる。

4 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 01:02
InsightIIもええぞ
何でも出来る感じが頼れる感じ

5 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 01:17
InsightII、Cαトレースのstick-model表示できないの痛い。

6 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 01:21
画牛餡+藻パック

7 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 01:42
>6 PM3で100aaぐらいのを動かそうとしたことあったけど一晩計算してもほとんど進んでなかった。
どんな環境でどれぐらいの大きさのを動かしてるんですか?部分構造だけ?

水箱の中での疎水性相互作用とかVDW相互作用とかも見たいんです。
ちなみにP4 2GHz 1MDDR HyperChem六 無理?

8 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 01:51
素直に大学のスパコン使いなさい。
でなければ、並列計算モジュール買ってもらうか。

分子動力学
http://science.2ch.net/test/read.cgi/sim/949065013/l50

WinMASPHYC
http://science.2ch.net/test/read.cgi/sim/972355492/l50

分子の計算と原子核の計算
http://science.2ch.net/test/read.cgi/sim/954237082/l50


9 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 02:21
PyMol はどうすか?

10 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 08:38
>>1
 _n
(  l     _、_
 \ \  ( <_,` ) Good Job !!
   ヽ___ ̄ ̄   )
     /     /


11 :7:03/01/15 11:34
>>8 やっぱPCじゃだめっすか・・

2番目のスレw

12 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/15 23:19
どっちにしろ、明示的な水箱を量子化学的に扱うのは無理かと。
「動かす」といってもあれはただの構造最適化なので、動的な挙動は見れないし。
せいぜい基準振動解析くらいか。MOPACのMOZYMEでできたかどうかは知らないけど。

そのマシンスペックでも、一点計算なら十分可能だと思うけどね。

13 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/16 01:09
とりあえず分子ソフトの話での疑問なんですけどMOLMOLを使っていて
リボン表示するとき内蔵DSSPがあるはずの二次構造をちゃんと認識してくれないときは
どーしてます?
InsightIIとかDSSPではあることになってるのにMOLMOL内蔵のだと判って
くれないんです

認識してくれないところだけ他のソフトの言う通りに書き換えて再表示とかさせたいの
ですがそういうこと出来ます?

14 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/16 01:20
>>12
第一原理モンテカルロはどうですか?
PCで「動かす」のは可能ですか。

15 :名無しゲノムのクローンさん:03/01/16 09:05
>>14
生体分子は難しいと思う。
ちなみにモンテカルロ法でも動的な性質はあまり見られないよ。あれも
基本的には静的な状態の計算なので。
動的な状態を量子論的に見るとすれば第一原理MDだけど、それこそ
マシンパワーがなあ。せいぜいQM/MMか。

16 :山崎渉:03/01/18 13:00
(^^)

17 :名無しゲノムのクローンさん:03/02/07 09:18
素人は、rasmol、これ常識。

18 :名無しゲノムのクローンさん:03/02/07 18:21
>17 pdbviewerのほうがきれいな絵かけない?

19 :名無しゲノムのクローンさん:03/02/08 01:19
プロですがRasmol使ってます。
Win版だとドラッグ&ドロップできるのが便利


20 :17:03/02/24 12:58
>>18
pdbviewerも使うけれど、さくっと構造を見たい、
僕のような素人にはrasmolがいいっす。
spacefillとかできるし。
少しコマンドを覚えると割といろいろできるし。
19のようなプロはアニメーションまで作ると思う。


21 :19:03/02/25 00:54
CGのプロじゃないんで、そこまでやらないです。
昔、MOLMOL->POV-Rayで遊んでたくらい。
リボンの座標さえ分かればPOV-Rayでいろいろ楽しめるね。

22 :19:03/02/25 01:15
あっ、勘違いしてた。
rasmolでパラパラ漫画みたいには、やります。

23 :名無しゲノムのクローンさん:03/03/04 22:25
Cn3Dじゃいかんのか?

24 :世直し一揆:03/03/04 22:58
<血液型A型の一般的な特徴>(見せかけのもっともらしさ(偽善)に騙されるな!!)
●とにかく気が小さい(神経質、臆病、二言目には「世間」、了見が狭い)
●他人に異常に干渉し、しかも好戦的でファイト満々(キモイ、自己中心、硬直的でデリカシーがない)
●妙に気位が高く、自分が馬鹿にされると怒るくせに平気で他人を馬鹿にしようとする
(ただし、相手を表面的・形式的にしか判断できず(早合点・誤解の名人)、実際にはた
いてい、内面的・実質的に負けている)
●本音は、ものすごく幼稚で倫理意識が異常に低い(人にばれさえしなければOK!)
●権力、強者(警察、暴走族…etc)に弱く、弱者には威張り散らす(強い者にはへつらい、弱い者に対してはいじめる)
●あら探しだけは名人級でウザイ(例え10の長所があってもほめることをせず、たった1つの短所を見つけてはけなす)
●基本的に悲観主義でマイナス思考に支配されているため性格がうっとうしい(根暗)
●単独では何もできない(群れでしか行動できないヘタレ)
●少数派の異質、異文化を排斥する(差別主義者、狭量)
●集団によるいじめのパイオニア&天才(陰湿&陰険)
●悪口、陰口が大好き(A型が3人寄れば他人の悪口、裏表が激しい)
●他人からどう見られているか、人の目を異常に気にする(「〜みたい」とよく言う、
世間体命)
●自分の感情をうまく表現できず、コミュニケーション能力に乏しい(同じことを何度
も言ってキモイ)
●表面上協調・意気投合しているようでも、腹は各自バラバラで融通が利かず、頑固(本当は個性・アク強い)
●人を信じられず、疑い深い(自分自身裏表が激しいため、他人に対してもそう思う)
●自ら好んでストイックな生活をしストレスを溜めておきながら、他人に猛烈に嫉妬
する(不合理な馬鹿)  
●後で自分の誤りに気づいても、無理にでも筋を通そうとし素直に謝れない(切腹あるのみ!)
●自分に甘く他人に厳しい(自分のことは棚に上げてまず他人を責める。包容力がなく冷酷)
●男は、女々しいあるいは女の腐ったみたいな考えのやつが多い(例:「俺のほうが男
前やのに、なんでや!(あの野郎の足を引っ張ってやる!!)」)

25 :山崎渉:03/03/13 13:44
(^^)

26 :山崎渉:03/03/13 13:52
(^^)

27 :山崎渉:03/04/17 09:56
(^^)

28 :山崎渉:03/04/20 04:03
   ∧_∧
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)

29 :山崎渉:03/05/21 23:58
━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅(^^)]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

30 :Nanashi et al.:03/05/24 00:18
山崎5連発かよ(w

31 :名無しゲノムのクローンさん:03/05/24 17:33
ここにあった。すんげぇ面白れー。( ´,_ゝ`)プッ
http://plaza16.mbn.or.jp/~satchel/omoshiroi/

32 :名無しゲノムのクローンさん:03/05/24 17:33

ここにあった。すんげぇ面白れー。( ´,_ゝ`)プッ
http://plaza16.mbn.or.jp/~satchel/omoshiroi/

33 :山崎渉:03/05/28 14:22
     ∧_∧
ピュ.ー (  ^^ ) <これからも僕を応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄〕
  = ◎――◎                      山崎渉

34 :名無しゲノムのクローンさん:03/07/09 15:07
もるもる

35 :名無しゲノムのクローンさん:03/07/09 17:04
chimeraってどうよ。

36 :名無しゲノムのクローンさん:03/07/10 21:52
Queはどう?
イイと思うんだけど

http://www.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/~ishitani/

37 :山崎 渉:03/07/12 12:14

 __∧_∧_
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)
 |\⌒⌒⌒\
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄

38 :山崎 渉:03/07/15 13:03

 __∧_∧_
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)
 |\⌒⌒⌒\
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄

39 :なまえをいれてください:03/07/24 17:07
ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ?(俺を買え)」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。)
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

40 :ぼるじょあ ◆yBEncckFOU :03/08/02 03:30
     ∧_∧  ∧_∧
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ

41 :名無しゲノムのクローンさん:03/08/19 23:37
Quanta。高いけどいいぞ

42 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

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